在两岸方面，总统表示，他於97年上任後，积极改善两岸关系，并坚持在中华民国宪法架构下，维持台海「不统、不独、不武」的现状，在「九二共识、一中各表」的基础上，推动两岸交流，创造和平与繁荣。过去8年来，两岸交流密切，共达成23项协议；去（104）年两岸往来人次超过960万；两岸直航班次由他上任前的每年48班，迄今每周达到890班；96年时来台陆生仅有823人，迄今已近4万2,000人，成长超过50倍，期盼双方透过更多的交流与了解，避免冲突的发生。
总统提及，两岸建立足够互信基础後，他在去年11月与大陆领导人习近平先生晤面，双方针对「巩固两岸和平、维持台海现状」交换意见，重申「九二共识」为共同政治基础，不仅打造两岸关系可长可久的稳定框架，「马习会」的共识如两岸事务首长电话热线、扩大「专升本」名额、陆客中转等也在过去几个月内逐渐落实，为的就是希望打造一座跨海和平大桥，未来任何一位中华民国总统皆可依循。
【总统府新闻稿】