政府大陆工作体系包括总统、行政院及各相关部会。
一、总统
总统依法对重大之政策行使决策权，国家安全会议承总统指示，负责有关国家安全重大政策之幕僚作业，另总统亦依职权，设置必要的政策谘询机构。
二、一般政策之决策与执行体系
- 行政院
行政院负责一般性大陆政策之决定与执行，在决策过程中，由各机关依其职权承担幕僚业务，由陆委会综合协调、审议；经作成决策後，交由各部会执行。
- 陆委会
负责通盘性大陆政策及大陆工作的研究、规划、审议、协调及部分跨部会事项之执行工作。
- 各部会
从事与主管业务有关之大陆政策与大陆工作的研究、规划与执行事项。
- 海基会
接受政府委托，处理两岸往来涉及公权力之协商、交流与服务事宜。