大陆委员会

海基会性质上属於民间团体，在业务执行上，主要是受政府委托处理两岸往来涉及公权力之协商、交流与服务事宜。陆委会与海基会之间具有下列两方面的关系：

监督关系

依据台湾地区与大陆地区人民关系条例第4条第2项、第4条之4等相关条文、财团法人法、民法第32条及陆委会组织法第2条规定，陆委会对海基会的业务有监督之责。

委托关系

陆委会与海基会在法律上的另一层关系就是委托关系，属於特别监督程序，双方的权利义务，依照委托契约约定，双方互动关系（如指示、请求报告、履行）亦以委托契约为依据。