本会拟具「台湾地区与大陆地区人民关系条例(下称两岸条例)第五条之3修正草案」(下称本草案)，刻於立法院进行审议中。针对近来有论者指陈本草案合宪性相关问题，特予补充说明如下：
一、两岸协议并非宪法所称之「条约」，两岸协议处理程序有其特殊性
(一)司法院释字第329号解释理由书已明确指出，宪法第38条、第58条、第63条所称之「条约」，系指我国与其他国家或国际组织所缔结之国际书面协定，而两岸协议尚非此所称之国际书面协定。此外，立法者制定条约缔结法，规范条约与协定之缔结程序及其法律效力，但两岸协议并不适用该法之规定。
(二)宪法增修条文第11条规定，立法者对於两岸事务之处理，得依此授权以法律「为特别之规定」，此系基於两岸关系之特殊性，两岸条例即为规范两岸往来及处理衍生事件之特别立法。为因应「习五条」後之两岸情势变化，两岸条例针对两岸政治议题协议之处理程序予以严谨规范，应符合宪法规定。依此，有认为两岸协议处理程序至多只能比照条约，不能增加更多要件，尚属无据。
二、国会高门槛审议，是考量议题重要性，须寻求更高的社会共识，无违宪法规定及民主原则
(一)按多数决的投票表决方式，可约略分为相对多数决(不须过半数)、绝对多数决(须过半数)、特别多数决(须达一定之门槛)，三者均为民主制度之下的多数决方式。至於制度上应采择前开何种表决方式，仅系民主原则采择之不同，仍须由制宪者或立法者，考量事务本质差异及重要性而定。宪法既无限制之规定，难谓立法者采择何种多数决方式，即属违反宪法规定。有认为特别多数决之高门槛将破坏民主政治的多数统治，或认为系赋予少数否决多数的权力而违背多数决之民主原则，应属严重误解。
(二)已有学者指出，参诸外国立法例，对於涉及主权或具重大宪政影响之事项，亦设定特别高度或等同修宪程度之国会审议门槛，如德国基本法、芬兰宪法规定应以等同修宪门槛议决，丹麦宪法规定更以须经国会6分之5高门槛同意。
(三)宪法增修条文针对领土变更、修宪等事项，规定须经立法委员4分之3之出席、出席委员4分之3之决议的高门槛审议，惟宪法并未限制立法院不得以高门槛审议其他重要事项；且宪法增修条文第11条明定，两岸事务得为特殊之处理。本草案鉴於两岸情势变化，考量政治议题具宪政及重大政治影响，应寻求更高社会共识，其性质及重要性与修宪程度相当，设定特别多数决之高门槛，自非宪法所不许。
三、主权国家地位与自由民主宪政秩序不容协商，以守护中华民国主权及宪法基本价值
(一)司法院释字第499号解释揭示，自由民主宪政秩序(即宪法上具有本质上重要性之规范，如民主共和国原则、国民主权原则、保障人民权利、以及有关权力分立与制衡之原则)，是现行宪法赖以存立之基础，凡宪法设置之机关均有遵守之义务，即便是修宪亦有其界限。本草案爰参诸此意旨，明定主权国家地位与自由民主宪政秩序之毁弃或变更，不应作为两岸政治议题谈判及协议之项目。换言之，此类议题是两岸政治谈判的「禁区」，行政部门自始即不得提出。
(二)「主权」是国家存废之基础，是国家对其管辖区域所具有排他性的至高政治权力，其内涵包括对内之立法权、司法权、行政权，以及对外之外交权及国防军事权等。各个国家在国际组织之谈判，例如关税、货币等，是国家基於主权地位行使其国家主权之行为，并非将其主权割让或放弃，不应将国家行使主权之行为与国家主权地位混为一谈。
四、提高国会参与比例，并未侵犯总统及行政部门之宪政权能，有利於减少行政立法差异性
(一)本草案规定，两岸政治议题协议协商，须由行政院提出协议缔结计画及影响评估报告，程序的发动权能仍在总统及行政部门；协商开启後，也是由行政部门主导协商进行，协议草案并须报请总统核定，尚无侵犯总统及行政部门之宪政权能。有认为本草案之规定侵犯总统及行政部门之「协议参与权」，应属误解。
(二)基於国会监督原则，国会对於协议本有审议之决定权，本草案则考量两岸政治议题之特殊性，特於协商前阶段导入国会参与，并规定协商时负责协议之机关应适时向立法院报告，亦有利减少行政立法权责互动上的差异，使後续协议处理程序更为顺畅。
五、两岸政治议题协议具有重大宪政或政治影响性，政治议题须依协议具体内容个别判定
(一)现行两岸条例有3个条文（第4条之2、第5条之1及第18条）规范「政治议题」，但并未具体定义。鉴於两岸政治议题具高度敏感性，具体类型如两岸和平协议、建立军事互信机制、结束敌对状态、安排阶段性或终局性政治解决，以及其他具有重大宪政或政治影响性，可能影响我国主权之各项协议，需要更多社会共识，相关处理程序须受更严谨的规范。
(二)两岸间涉及经济性、事务性、功能性等一般公权力行使或主权行使行为之协议，原则上非属政治议题协议，应依一般两岸协议处理程序办理。惟两岸条例第5条之3修正草案所规范的「政治议题协议」，仍应依协议具体内容有无涉及政治性意涵，个别判定。例如，两岸租税协议处理两岸重复课税之问题，原则上非属政治议题协议；但协议内容如涉有「一个中国原则」或「一国两制台湾方案」等政治性意涵，就必须要依照草案规定之监督程序处理。
六、协商结果须经公投，以落实国民主权原则，并为国家安全、利益及人民福祉设下更坚实的防线
(一)中共「习五条」积极推动「一国两制台湾方案」的「民主协商」进程，强加其政治框架於台湾，未来两岸谈判协商可能被迫在陆方片面设定的政治前提下进行。当前民调显示，绝大多数台湾人民不赞成中国大陆「一国两制」主张，也不接受「一个中国原则的九二共识」。考量政治议题对於国家安全、利益及人民福祉影响甚钜，本草案爰规定，协商的结果经国会高门槛审议後，还必须经过公投，由全民做最後的检视及把关，俾符宪法国民主权原则之精神。
(二)参诸丹麦及法国等外国立法例，对於影响主权及宪政之事项，亦规定须交付人民公投，均在落实国民主权原则。
七、协议草案交付公投之规定，是公投法的特别规定，法制上已有前例可循
(一)两岸政治议题协议草案交付公投，是属於特别类型的公投，也就是公投法第2条所定3种类型(法律之复决、立法原则之创制、重大政策之创制或复决)以外的特别类型。按中央法规标准法第16条规定，法规对其他法规所规定之同一事项而为特别之规定者，应优先适用之。爰本草案有关公投之规定应优先於公投法适用。
(二)现行法制上已有以其他法律规定应交付公投事项之立法例(如离岛建设条例第10条之2、低放射性废弃物最终处置设施场址设置条例第11条)，该等规定有排除公投法部分规定之适用，但程序上仍依公投法之规定办理，与本草案之立法体例尚无不同。
(三)有论者依公投法第1条之规定：「本法未规定者，适用其他法律之规定」，即认本草案已违反公投法法理原则，应有谬误。