大陆委员会表示，有关国台办发言人6日晚间表示，「後续运送安排不断受到台湾当局阻挠」，陆委会严正澄清，并非事实，对於陆方再次片面传达无助於双方沟通合作的有关言论，表达遗憾。
在首批接返人员於2月3日返台後，其中2人有呼吸道症状、1人发烧，经後送就医，其中1人确诊的情形，产生防疫的破口，足见陆方宣称之防疫作为并未落实，也造成同机人员交叉感染风险，倘因此增加更多感染者，其严重後果不堪想像，明显不符合双方商定防疫为先之共识。
面对疫情严峻，防疫绝非儿戏。滞留人员接返作业，的确存在防疫上的风险，必须采取最高安全规格的防护作为，妥慎执行，接运过程相关操作绝对不能失之草率、便宜行事，这都需要双方加强相关准备与协调合作。如果用已提交多少人的名单、必须於几日之内运送完毕，这样急就章、草率的处理方式，势必造成疫情传播风险遽增，形成双方防疫上的莫大危机。
此外，我方早先已告知对方，须以於武汉短暂出差者、有慢性病患者、有长期特殊用药与密切医疗照顾需要者（如：血友病等重大伤病），或老人、小孩等抵抗力较弱者为优先，也提交相关名单；结果上述对象多数多未在列，未能真正体现人道优先的原则。
陆委会表示，防疫是高度专业的工作，必须料敌从宽、御敌从严。双方应该以负责审慎的态度来进行沟通与合作，让滞留人员能有序平安返台。因此，我方再次重申，後续接返作业，必须提升防检疫工作的确实度，必须优先接返人道弱势对象，必须考量我方隔离收容场所能量，经过双方沟通商定，才能有效推动下次的接返作业。
两岸关系特殊，希望陆方能够放下政治思考，尽速回归人道立场，落实防疫管控风险，让滞留人员可以顺利早日回台。