有关陆续传出武汉滞留民众返台後续事宜，大陆委员会表示，此事只是单方面的讯息，并未经双方商讨及协调，更无所谓「2月5日即要运送第二批民众返台」之事。由於2月3日第一批武汉返台247位旅客当中，已有一个确诊病例，政府高度关切滞留当地国人健康，希望对岸配合适当检疫工作，不要因为检疫的不确实而让搭机的民众在机上或旅途中被感染，因此我政府接续处理原则如下：
一、有鉴於247位返台旅客中，已有一名确诊病例，因此，後续的工作推动，必须提升防检疫工作的确实度。因此，我方将与对岸协调如何强化防检疫作业的执行方式。
二、首批人员运送前，我方已预先告知对方，须以於武汉短暂出差者、有慢性病患者、有长期特殊用药与密切医疗照顾需要者（如：血友病等重大伤病），或老人、小孩等抵抗力较弱者为优先，也获对方同意；但查对旅客资料，上述人员多数并未在列。故接续执行的优先旅客名册，对岸务须与我方协商并达成一致。同时，完整旅客名册也希望於啓航前一日交给我方，俟审查入境资格无误後再予执行。
三、有鉴於隔离收容场所容量有一定限度，接回者须隔离14天，在执行下次任务前，须做好充足准备，以确保返台人员都能够得到妥适的照顾。目前相关部会都在积极进行整备，务必落实完整安置与隔离工作。
陆委会强调接返任务都要以「人员健康安全第一，防疫第一」为目标，上述三原则必须得到满足，不能便宜行事。这次包机返台後续的工作，需要有充分的协调与准备，目前陆续在沟通协调中，完成後再执行後续作业，今明两天不会再有加班机返台。
陆委会表示，政府关心滞留武汉国人的安全与健康，将会在兼顾国内防疫与国人权益、国内执行能量的前提下，积极依上述原则洽商协助滞留武汉国人的返台事宜。