104242号令修正发布全文55点，并自发布日施行
民国091年08月01日内政部警政署入出境管理局境行君字第0910090417号令修正发布全文55点，并自91年08月01日施行
民国092年06月03日内政部警政署入出境管理局境行铠字第0920054374号令修正发布第2点及第10点条文，并自92年06月05日施行
民国092年11月03日内政部警政署入出境管理局境行楚字第0922005131号令修正发布第2点及第10点条文，并自即日起施行
民国092年12月04日内政部警政署入出境管理局境行楚字第0922008597号令修正发布第24点条文，并自即日起施行
民国093年02月27日内政部警政署入出境管理局境行楚字第09320043510号令修正发布全文56点，定自93年03月01日起施行
民国093年03月23日内政部警政署入出境管理局境行楚字第09320062730号令修正发布第36、42、50点条文，并自即日起施行
民国093年07月08日内政部警政署入出境管理局境行楚字第09320132420号令修正发布第3点条文
民国093年12月20日内政部警政署入出境管理局境行楚字第09320238540号令修正发布第2、15、23、25、49、54点条文，并自即日起施行
民国094年03月08日内政部警政署入出境管理局境行楚字第09420281770号令修正发布全文56点
民国095年05月01日内政部警政署入出境管理局境行楚字第09520069780号令修正发布，并自95年05月01日起施行
民国096年01月02日内政部入出国及移民署移署秘法楚字第09620001070号令修正发布全文55点，并定自民国95年12月31日起施行
民国096年04月14日内政部入出国及移民署移署出服秀字第09620051150号令修正发布全文55点，定自民国96年03月31日起施行 (历史条文)
民国097年03月31日内政部入出国及移民署移署出服秀字第09720072360号令修正发布全文55点，定自民国97年04月01日起施行 (历史条文)
民国097年06月19日内政部入出国及移民署移署出服秀字第09720151220号令修正发布全文45条，并定自97年06月19日起施行
民国097年09月30日内政部入出国及移民署移署出陆建字第09720249880号令修正发布，并定自97年09月30日起施行
民国097年10月15日内政部入出国及移民署移署出陆建字第09720266401号令修正发布名称及全文48点，并定自97年10月15日起施行（原名称：试办金门马祖与大陆地区通航人员入出境作业规定）
民国098年07月03日内政部入出国及移民署移署出停泰字第0980096491号书函修正第17点条文
民国098年11月09日内政部入出国及移民署移署出陆建字第0980161433号函修正第21、28、34点条文，并自即日起生效 (历史条文)
民国099年07月15日内政部入出国及移民署移署出陆建字第0990100257号令修正；自即日起生效 (历史条文)
民国100年06月30日内政部入出国及移民署移署出陆建字第1000098745号令修正；自即日起生效 (历史条文)
民国102年7月31日内政部入出国及移民署移署出陆美字第1020115451号函修正
民国103年12月26日内政部入出国及移民署移署出陆忍字第10301651972号函修正
民国105年11月30日内政部移民署移署出陆勤字第1050135598号函修正
第一章 总则
一、为办理试办金门马祖澎湖与大陆地区通航实施办法（以下简称本办法）有关人员入出境事项，订定本作业规定。
第二章 台湾地区人民申请由金门、马祖或澎湖入出大陆地区许可
二、台湾地区人民得持凭有效护照，经内政部移民署（以下简称移民署）查验许可後由金门、马祖或澎湖入出大陆地区。
三、在金门、马祖及澎湖设有户籍六个月以上者，得向移民署在金门、连江、澎湖所设服务站（以下简称服务站）申请核发三年效期多次入出境许可证，其应备文件及证明文件如下：
（一）申请书，照片一张，同国民身分证相片规格。
（二）国民身分证正、影本（正本验毕退还，影本贴於申请书上），年龄在十四岁以下未领身分证者，附户口名簿影本。
（三）挂号回邮信封（自取者免附）。
（四）户口名簿正本（验毕退还，查核在金门、马祖、澎湖设户籍日期）。
前项未成年人由父或母代申请或同意，均可受理。由其他人代申请或同意者，另附监护权证明文件。
第一项在金门、马祖及澎湖设有户籍六个月，包括经许可在金门、马祖及澎湖居留之期间；其在金门、马祖及澎湖间迁徙者，设有户籍或居留之期间并计之。
四、依第三点规定申请者，工作日五日，服务站人员受理申请书後，应即审查核对基本资料、照片及户籍迁入日期与申请书填载是否相符，国民身分证照片有无换贴、伪变造，服务站於核发入出境许可证後，申请书整批寄移民署移民资讯组处理。但假日不受理此类申请案件。
五、户籍迁出金门、马祖及澎湖者，其多次入出境许可证由电脑自动注销，有自金门、马祖及澎湖进入大陆地区必要者，另依规定申请有效护照持凭查验许可後由金门、马祖或澎湖入出大陆地区。
六、依第三点核发之入出境许可证遗失或逾期之处理方式：
（一）逾期或查验栏位不敷使用者，原证作废，重新申请。
（二）在台湾地区遗失者，检附警察机关开具之遗失报案证明，或由申请人至服务站申报遗失，重新申请。
（三）在大陆地区遗失者，检附大陆报案证明及身分证明文件，重新申请。
七、台湾地区人民具役男身分者，应先依役男出境处理办法规定办妥役男出境核准。
八、台湾地区人民具公务员身分者，应先依台湾地区公务员及特定身分人员进入大陆地区许可办法及简任第十职等及警监四阶以下未涉及国家安全机密之公务人员及警察人员赴大陆地区作业要点申请许可或同意。
九、下列人员申请赴大陆地区从事交流活动，得向移民署申请许可，持凭有效护照经查验许可後，由金门、马祖或澎湖入出大陆地区：
（一）金门、连江及澎湖县县长。
（二） 服务於金门、连江及澎湖县各机关之政务人员。
（三） 服务於金门、连江及澎湖县各机关未涉及国家安全机密之简任或相当简任第十一职等以上公务员或警监三阶以上警察人员。
前项申请案之许可，必要时，得会商相关机关为之。
十、服务於金门、连江、澎湖县政府及所属机关（构）未涉及国家安全机密之简任或相当简任第十职等以下公务员，以公务事由申请赴大陆地区者，经所属县政府、县议会同意，持凭有效护照经查验许可後，由金门、马祖或澎湖入出大陆地区。
第三章 大陆地区人民申请往来金门、马祖或澎湖入出境许可证
十一、大陆地区人民依本办法申请往来金门、马祖或澎湖者，应备下列文件向服务站申请入出境许可证。但依规定以网际网路申请者，依其规定之申请方式办理：
（一）申请书（依申请事由不同而异）。
（二）照片一张（同国民身分证相片规格)。
（三）大陆地区核发有效旅行证照或大陆居民身分证影本（贴於申请书上）；年龄未达请领身分证规定者，附常住人口登记表影本。
（四）相关证明文件：
1.探亲：亲属关系公证书及被探人户籍誊本。
2.探病、奔丧：亲属关系公证书、被探人户籍誊本及医院诊断书或死亡证明书。奔丧对象非台湾地区人民者，免附户籍誊本。
3.人道探视：足资证明在金门、马祖或澎湖出生之文件。其随行之配偶、子女附亲属关系公证书、常住人口登记表或出生证明文件。
4.艺文商务交流：
（1）团体名册。
（2）艺文商务交流活动计画书及行程表。
（3）申请人及邀请单位资格证明文件。
（4）其他经主管机关或目的事业主管机关指定之文件。
5.旅行：
（1）团体旅游：
组团人数五人以上四十人以下之团体名册，大陆地区随团领队，请列第一位。
行程表。
（2）个人旅游：
签注事由为「G」之大通证签注页。
简要行程表。
紧急联络人资料。
已投保最低二百万元之旅游平安保险之保单影本或其他伤害保险证明文件影本。
（3）金门二日团体旅游、马祖二日团体旅游及澎湖二日团体旅游：
组团人数五人以上四十人以下之团体名册，大陆地区随团领队，请列第一位。
行程表。
检附大陆居民往来台湾通行证收据影本及大陆地区居民身分证影本。
（五）限时挂号回邮信封（团体一团一个，自取或以旅行事由於入境时申请者免附）。
（六）除大陆地区随团领队外，其他申请人应於出境後，始得再申请。
本作业规定对於大陆地区人民以旅行事由於入境金门、马祖或澎湖时申请发给临时入境停留通知单之相关规定，由移民署以公告方式办理。
十二、金门、马祖或澎湖亲属、同性质厂商、学校、相关团体或旅行社代申请第七点之案件，并由代申请人担任其保证人，代申请人资格如下：
（一）社会交流：
1.探亲、探病、奔丧：由被探人代申请，但探病、奔丧对象系大陆地区人民者，得由被探人在金门、马祖或澎湖之亲友或救助单位代申请。
2.人道探视：由金门、马祖或澎湖亲友代申请。
（二）艺文商务交流：包含学术、体育、宗教、文化、商务等活动类型，由经核准设立有案之邀请单位负责人代申请。
（三）就学(包含就读推广教育学分班或非学分班）：由校长代申请。
（四）旅行：由经交通部观光局及金门、马祖或澎湖当地县政府许可之综合或甲种旅行社代申请。
前项第四款之旅行社，依当地县政府提供之名单办理。
十三、大陆地区人民於金门、马祖或澎湖海域，因突发之紧急事故，经救助单位救助上岸者，由救助单位填具申请书附身分证明文件及说明书，向移民署申请临时停留许可证。
十四、以社会交流、艺文商务交流及就学等事由申请者，工作日五日（不含等待中央目的事业主管机关审查时间），停留地点以金门、马祖或澎湖为限，核发之入出境许可证种类及效期如下。但假日不受理此类申请案件：
（一）社会交流：六个月效期单次入出境许可证或一年至三年效期多次入出境许可证，必要时，得予缩短效期，每次停留期间不得逾二个月，并不得办理延期。
（二）艺文商务活动：六个月效期单次入出境许可证或一年至三年效期多次入出境许可证，每次停留期间按实际需要核给，最长不得逾三个月，并不得办理延期。
（三）就学：六个月效期单次入出境许可证或一年效期多次入出境许可证，每次停留期间不得逾四个月，并不得办理延期。
十五、以旅行事由申请由金门、马祖或澎湖入境者，得於入境前二十四小时前由经交通部观光局许可在金门马祖澎湖营业之综合或甲种旅行社代为向移民署申请临时入境停留通知单，申请後不得申请退件。
随团领队及依本办法以旅行事由再次申请入境金门、马祖或澎湖者，得申请一年至三年效期多次入出境许可证。
依前二项发给之入出境许可证种类、效期及停留地点如下：
（一）临时入境停留通知单：
1.个人旅游：有效期间自核发之翌日起算三日，停留期间不得逾十五日，并不得办理延期，停留地点以金门、马祖或澎湖为限。
2.团体旅游：有效期间自核发之翌日起算三日，停留期间不得逾十五日，并不得办理延期，停留地点以金门、马祖或澎湖为限。
3.金门二日团体旅游：有效期间自核发之翌日起算二日，停留期间为入境翌日前有效，并不得办理延期，停留地点以金门为限。
4.马祖二日团体旅游：有效期间自核发之翌日起算二日，停留期间为入境翌日前有效，并不得办理延期，停留地点以马祖为限。
5.澎湖二日团体旅游：有效期间自核发之翌日起算二日，停留期间为入境翌日前有效，并不得办理延期，停留地点以澎湖为限。
（二）多次入出境许可证：有效期间自核发之翌日起算一年至三年，必要时，得予缩短效期，停留期间不得逾十五日，并不得办理延期，停留地点以金门、马祖或澎湖为限。
十六、依第十四点及第十五点规定申请之入出境许可证件规费收费规定如下：
（一）单次入出境许可证：每件新台币四百元。
（二）一年效期多次入出境许可证：每件新台币八百元。
（三）三年效期多次入出境许可证：每件新台币二千元。
（四）临时入境停留通知单：以网际网路申请，每件新台币二百元。
十七、有本办法第十七条第一项第一款至第四款及第九款情形之一者，移民署承办单位应会同、会商或以书面徵询相关目的事业主管机关同意後许可之；有同项第五款逾期停留之情形者，於不予许可期间届满後三年内，不得以临时入境停留通知单入境；有同项第六款至第八款情形之一者，於管制期限内不予许可。
十八、以团体旅游、金门二日团体旅游、马祖二日团体旅游及澎湖二日团体旅游申请进入金门、马祖或澎湖，因故急於个别出境者，得迳持尚有效之入出境许可证或临时入境停留通知单出境，代申请之旅行社应依规定通报相关单位。
十九、依本办法进入金门、马祖或澎湖，因受禁止出境处分、疾病住院、突发或其他特殊事故，未能依限出境者，应於停留期间届满前，备妥下列文件，向服务站申请延长停留期间，每次不得逾十五日，如经主管机关会同相关机关认有必要者，得酌予延长期间及次数。
（一） 延期申请书。
（二） 入出境许可证。
（三） 相关证明文件。
（四） 证件费新台币二百元。
二十、服务站於发证後，申请书整批寄移民署移民资讯组处理。
移民署移民资讯组应设计社会交流、艺文商务交流、就学及旅行等每日入、出境人数及停留人数，供承办单位列印及使用。
二十一、大陆地区人民依本办法以外之相关规定，经许可进入台湾地区者，得持凭有效入出境许可证，经移民署查验後，由金门、马祖或澎湖入出大陆地区，但台湾地区人民之配偶依法须经机场、港口接受面谈者，须符下列情形之ㄧ，始得由金门、马祖或澎湖入出大陆地区：
（一） 来台地址为金门、马祖或澎湖。
（二） 在大陆地区福建设有户籍。
大陆地区人民申请进入金门、马祖或澎湖，内政部得限制人数。
第四章 大陆地区船员申请临时停留许可证
二十二、大陆地区人民在经政府核准往返金门、马祖或澎湖与大陆地区航行之船舶服务之船员或服务於船舶之人员（以下简称大陆地区船员），因航行任务抵达离岛两岸通航港口，须离开港区临时停留者，由所属之船舶运送业者在金门、马祖或澎湖之船务代理业者，以网际网路申请或备下列文件向移民署派驻港口之国境事务队申请临时停留许可证。
（一）申请书。
（二）大陆地区船员证。
（三）船舶进港报告单。
二十三、大陆地区船员临时停留许可证，其停留期间依船期表所列靠泊港口期间填载。在金门申请者，加注「限停留金门」，在马祖申请者，加注「限停留马祖」，在澎湖申请者，加注「限停留澎湖」，并均限由同一港口入出境。
二十四、大陆地区船员经许可临时停留，因受禁止出境处分、疾病住院、灾变或其他特殊事故，须延长停留期间者，应於停留期间届满前，由代申请人备下列文件，向服务站申请延期停留，每次以七日为限。
（一）延期申请书。
（二）临时停留许可证。
（三）相关证明文件。
（四）新台币二百元。
第五章 证照查验
二十五、台湾地区人民出境进入大陆地区，查验之证件如下：
（一）登船证。
（二） 有效护照或金门马祖澎湖专用入出境许可证。
二十六、台湾地区人民在经政府核准往返金门、马祖或澎湖与大陆地区航行之船舶服务之船员或服务於船舶之人员（以下简称台湾地区船员），因航行任务出境进入大陆地区，查验之证件如下：
（一）护照或航政机关所发已办妥任职签证之船员服务手册。
（二）船舶出港报告单。
二十七、大陆地区人民出境返回大陆地区，查验之证件如下：
（一）登船证。
（二）大陆地区核发之有效护(证)照。
（三）入出境许可证。
二十八、大陆地区船员出境上船，查验其临时停留许可证及大陆地区船员证，於效期内许可出境。
二十九、香港、澳门居民或台湾地区无户籍国民（以下简称无户籍国民）出境进入大陆地区，查验其登船证、有效护照及入出境许可证。
三十、外国人出境进入大陆地区，查验其登船证及有效护照。
三十一、台湾地区人民自大陆地区返回金门、马祖或澎湖，查验有效护照或金门马祖澎湖专用入出境许可证。
三十二、台湾地区船员因航行任务自大陆地区返回金门、马祖或澎湖，查验之证件如下：
（一）航政机关所发已办妥任职签证之船员服务手册。
（二）船员名册。
三十三、大陆地区人民入境金门、马祖或澎湖，查验下列证件之一：
（一）往来金门、马祖或澎湖入出境许可证或临时入境通知单：
1.核验其大陆居民身分证、大陆地区核发有效旅行证照或足资证明居民身分之文件。
2.团体入出境许可证未入境者，由服务站将入境联及出境联均予注销。实际入境人数，全团在五人以上者，始得查验入境。
（二）台湾地区入出境许可证、入境证及居留证副本或入境证及定居证副本：
1.核验其有效之大陆地区往来台湾地区通行证。
2.来台地址载明金门、马祖或澎湖地址者，或入出境许可证附记栏加注「可经金门马祖澎湖入出境」者，始得查验入境。
3.於入出境许可证、居留证副本或定居证副本盖入境章後，入出境许可证、居留证副本或定居证副本交还当事人持用。
三十四、大陆地区船员入境进入金门、马祖或澎湖临时停留，查验其临时停留许可证及大陆地区船员证。
三十五、香港、澳门居民或无户籍国民自大陆地区进入金门、马祖或澎湖，查验证件如下：
（一）香港、澳门、中华民国护照及有效入出境许可证。
（二）旅客入境登记表。
（三）离境机（船）票。
三十六、外国人自大陆地区进入金门、马祖或澎湖，查验证件如下：
（一）外国护照上有效签证。
（二）旅客入境登记表。
（三）离境机（船）票。
三十七、收缴之证、表及旅客入境登记表，按船舶呼号每日汇送移民署移民资讯组。
第六章 违规处理
三十八、电脑显示系禁止出境对象，制作禁止出境处分书交付当事人，并禁止其出境。
三十九、查获持用伪造、变造或冒用身分证件案件之处理方式：
（一）申请案件：申请案不予许可，并予注参。
（二）入出境查验：侦讯後原船强制出境或解送当地警察局处理，相关资料注参。
四十、查获无有效入出境证件对象之处理方式：
（一）无有效出境证件者，拒绝查验出境，或依其他相关法令办理。
（二）无有效入境证件者，强制遣返，或依其他相关法令办理，并将违规情形填举发单，由移民署处罚船舶运送业者。
四十一、大陆地区人民在金门、马祖或澎湖逾期停留、非法工作，代申请人之处分规定如下：
（一）以社会交流、艺文商务交流、就学等事由代申请者，大陆地区人民出境前，不受理其代申请案件，已受理尚未许可者，申请案不予许可。其代申请之案件，第二次以後违反规定，一年内不受理其代申请。
（二）以旅行事由代申请者：
1.一人违规者，该违规人出境前，不受理其代申请案件，已受理尚未许可者，申请案不予许可。其不受理期间最长为一年。
2.一个月内有二人违规且已出境者，三个月不受理其代申请，三人至五人违规者，六个月不受理其代申请。六人以上违规者，一年不受理其代申请。
前项违规案件，送移民署原案件承办单位制作处分书，通知代申请人，副知当地县政府、服务站。
四十二、大陆地区船员违规者，移民署不受理其服务之船舶六个月办理大陆地区船员临时停留许可证。该船员在一个月内出境者，不受理期间缩短为三个月。
四十三、大陆地区人民依法应强制出境，无有效出境证件者，由移民署发给出境通知单，并通报注参。查验出境时，於通知单上盖出境章後收缴之。
第七章 附则
四十四、经政府核准往返金门、马祖或澎湖与大陆地区航行之船舶启航或抵达时，应由所属船舶公司造具乘客名册，送移民署备查。
四十五、依本办法发给大陆地区人民之入出境许可证污损或遗失，应备妥下列文件向服务站申请补发，并依规定收缴证件费。
（一）入出境许可申请书。
（二）污损之证件或遗失证件之具结书。
四十六、中华民国船舶经申请专案核准，由台湾本岛航行经金门、马祖或澎湖进入大陆地区。其人员名册，得由交通部转送移民署，或由专案申请之团体送移民署。
船舶由台湾本岛经金门、马祖或澎湖应停泊，人员并应上岸，其在台湾本岛登船时检查有效护照。在金门、马祖或澎湖登船时办理出境查验，於护照加盖出境章。自大陆地区返回进入金门、马祖或澎湖时办理入境查验，於护照盖入境章。其在金门、马祖或澎湖登船返回台湾本岛，凭盖有入境章戳之护照检查後登船。前项查验得於船舶上办理。
四十七、外国人、香港澳门居民或无户籍国民依各相关法规之规定。