民國90年09月26日內政部警政署入出境管理局(90)境行君字第104242號令修正發布全文55點，並自發布日施行
民國91年08月01日內政部警政署入出境管理局境行君字第0910090417號令修正發布全文55點，並自91年08月01日施行
民國92年06月03日內政部警政署入出境管理局境行鎧字第0920054374號令修正發布第2點及第10點條文，並自92年06月05日施行
民國92年11月03日內政部警政署入出境管理局境行楚字第0922005131號令修正發布第2點及第10點條文，並自即日起施行
民國92年12月04日內政部警政署入出境管理局境行楚字第0922008597號令修正發布第24點條文，並自即日起施行
民國93年02月27日內政部警政署入出境管理局境行楚字第09320043510號令修正發布全文56點，定自93年03月01日起施行
民國93年03月23日內政部警政署入出境管理局境行楚字第09320062730號令修正發布第36、42、50點條文，並自即日起施行
民國93年07月08日內政部警政署入出境管理局境行楚字第09320132420號令修正發布第3點條文
民國93年12月20日內政部警政署入出境管理局境行楚字第09320238540號令修正發布第2、15、23、25、49、54點條文，並自即日起施行
民國94年03月08日內政部警政署入出境管理局境行楚字第09420281770號令修正發布全文56點
民國95年05月01日內政部警政署入出境管理局境行楚字第09520069780號令修正發布，並自95年05月01日起施行
民國96年01月02日內政部入出國及移民署移署秘法楚字第09620001070號令修正發布全文55點，並定自民國95年12月31日起施行
民國96年04月14日內政部入出國及移民署移署出服秀字第09620051150號令修正發布全文55點，定自民國96年03月31日起施行（歷史條文）
民國97年03月31日內政部入出國及移民署移署出服秀字第09720072360號令修正發布全文55點，定自民國97年04月01日起施行（歷史條文）
民國97年06月19日內政部入出國及移民署移署出服秀字第09720151220號令修正發布全文45條，並定自97年06月19日起施行
民國97年09月30日內政部入出國及移民署移署出陸建字第09720249880號令修正發布，並定自97年09月30日起施行
民國97年10月15日內政部入出國及移民署移署出陸建字第09720266401號令修正發布名稱及全文48點，並定自97年10月15日起施行（原名稱：試辦金門馬祖與大陸地區通航人員入出境作業規定）
民國98年07月03日內政部入出國及移民署移署出停泰字第0980096491號書函修正第17點條文
民國98年11月09日內政部入出國及移民署移署出陸建字第0980161433號函修正第21、28、34點條文，並自即日起生效（歷史條文）
民國99年07月15日內政部入出國及移民署移署出陸建字第0990100257號令修正；自即日起生效
第一章 總則
一、為辦理試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法（以下簡稱本辦法）有關人員入出境事項，訂定本作業規定。
第二章 臺灣地區人民申請由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區許可
二、臺灣地區人民得持憑有效護照，經內政部入出國及移民署（以下簡稱入出國及移民署）查驗許可後由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區。
二之一、在金門、馬祖及澎湖設有戶籍6個月以上者，得向入出國及移民署在金門、連江、澎湖所設服務站（以下簡稱服務站）申請核發三年效期多次入出境許可證。
依前項申請者，應備文件及證明文件：
（一）申請書，照片1張，同國民身分證相片規格。
（二）國民身分證正、影本（正本驗畢退還，影本貼於申請書上），年齡在14歲以下未領身分證者，附戶口名簿影本。
（三）掛號回郵信封（自取者免附）。
（四）戶口名簿正本（驗畢退還，查核在金門、馬祖、澎湖設戶籍日期）。
第一項在金門、馬祖及澎湖設有戶籍6個月，包括經許可在金門、馬祖及澎湖居留之期間；其在金門、馬祖及澎湖間遷徙者，設有戶籍或居留之期間併計之。
二之二、未成年人由父或母代申請或同意，均可受理。由其他人代申請或同意者，另附監護權證明文件。
三、臺灣地區人民具役男身分者，應先依役男出境處理辦法規定辦妥役男出境核准。
四、臺灣地區人民具公務員身分者，應先依臺灣地區公務員及特定身分人員進入大陸地區許可辦法及簡任第十職等及警監四階以下未涉及國家安全機密之公務人員及警察人員赴大陸地區作業要點申請許可或同意。
五、服務於金門、馬祖及澎湖各機關之政務人員或所任職務之職務列等、職務等級跨列簡任或相當簡任第十一職等以上及警監三階以上公務員及警察人員，申請赴大陸地區從事交流活動，得向入出國及移民署申請專案許可，持憑有效護照經查驗許可後，由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區。
六、服務於金門、連江、澎湖縣政府及所屬機關（構）之所任職務之職務列等、職務等級最高在簡任或相當簡任第十職等以下公務員，以公務事由申請赴大陸地區者，經所屬縣政府、縣議會同意。
六之一、服務站人員受理申請書後，應即審查核對基本資料、照片及戶籍遷入日期與申請書填載是否相符。國民身分證照片有無換貼、偽變造。
六之二、服務站立即登錄查核後發給入出境許可證，申請書整批寄署本部移民資訊組處理。
六之三、工作天5天。
六之四、戶籍遷出金門、馬祖及澎湖者，其多次入出境許可證由電腦自動註銷，有自金門、馬祖及澎湖進入大陸地區必要者，另依規定申請有效護照持憑查驗許可後由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區。
六之五、入出境許可證遺失或逾期之處理方式：
（一）逾期或查驗欄位不敷使用者，原證作廢，重新申請。
（二）在臺灣地區遺失者，檢附說明重新申請。
（三）在大陸地區遺失者，檢附大陸報案證明及身分證明文件，重新申請。
第三章 大陸地區人民申請往來金門、馬祖或澎湖入出境許可證
七、大陸地區人民申請往來金門、馬祖或澎湖入出境許可證，應備下列文件：
（一）申請書（依申請事由不同而異）。
１、大陸地區人民申請臨時入境停留進入金門、馬祖或澎湖申請書 (以旅行事由申請者，照片2張，同國民身分證相片規格)。
２、大陸地區人民往來金門馬祖澎湖申請書(以旅行事由於入境前事先申請者，或亦以旅行事由依本修正辦法再次入境及領隊申請多次入出境許可證者及以其他事由申請者;照片1張，同國民身分證相片規格)。
（二）大陸地區核發有效旅行證照、大陸護照或大陸居民身分證影本（貼於申請書上）；年齡未達請領身分證規定者，附常住人口登記表影本。
（三）相關證明文件：
１、探親：親屬關係公證書及被探人戶籍謄本。
２、探病、奔喪：親屬關係公證書、被探人戶籍謄本及醫院診斷書或死亡證明書。奔喪對象非臺灣地區人民者，免附戶籍謄本。
３、返鄉探視：足資證明在金門、馬祖或澎湖出生之文件。其隨行之配偶、子女附親屬關係公證書、常住人口登記表或出生證明文件。
４、商務活動：大陸地區福建公司執照或商業登記文件影本。
５、學術活動：大陸地區福建各級學校出具之任職或在學證明
６、就讀推廣教育學分班（含非學分班）：在金門、馬祖或澎湖學校之入學許可證明或該校學生證明文件。
７、宗教、文化、體育活動：在大陸地區福建具有相關專業造詣或能力之證明文件。
８、交流活動：金門、馬祖或澎湖機關、學校、團體之邀請函、活動計畫及行程表。
９、旅行：團體名冊2份，由旅行社以電腦列印。
（四）限時掛號回郵信封（團體1團1個，自取或以旅行事由於入境時申請者免附）。
八、金門、馬祖或澎湖親屬、同性質廠商、學校、相關團體或旅行社代申請第七點之案件，應備文件及代申請人資格如下：
（一）探親：由被探人代申請。
（二）探病、奔喪：由被探人或被探人之親屬代申請。奔喪對象係大陸地區人民者，得由被探人在金門、馬祖或澎湖之親友或救助單位代申請。
（三）返鄉探視：由金門、馬祖或澎湖親友代申請。
（四）商務活動：金門、馬祖或澎湖公司執照或營業登記證，並由負責人代申請。
（五）學術活動：金門、馬祖或澎湖之學校公文，由校長代申請。
（六）就讀推廣教育學分班（含非學分班）：金門、馬祖或澎湖之學校公文，由校長代申請。
（七）宗教、文化、體育活動：由邀請單位負責人代申請。
（八）交流活動：由邀請單位負責人代申請。
（九）旅行：由經交通部觀光局及金門、馬祖或澎湖當地縣政府許可之綜合或甲種旅行社代申請。
前項旅行社，依當地縣政府提供之名單辦理。
九、大陸地區人民於金門、馬祖或澎湖海域，因突發之緊急事故，經救助單位救助上岸者，由救助單位填具申請書附身分證明文件及說明書，向服務站申請臨時停留許可證。
十、以探親、探病、奔喪、返鄉探視、商務活動、學術活動、就讀推廣教育學分班、宗教、文化、體育活動、交流活動等事由申請者（以下簡稱第一類），入出國及移民署受理申請書後，應即審查核對基本資料、照片、應備文件與申請書填載是否相符，並給予編號，每人收費新臺幣400元，發給收據。但就讀推廣教育學分班（含非學分班）者，如係申請多次入出境許可證，每人收費新臺幣800元。
十一、以旅行事由(以下簡稱第二類)申請由金門、馬祖或澎湖入境者，得於入境前24小時前或於入境時由經交通部觀光局許可在金門馬祖澎湖營業之綜合或甲種旅行社代為向入出國及移民署申請臨時入境停留通知單，申請後不得申請退件。
隨團領隊及依本修正辦法申請再次入境金門、馬祖或澎湖者得申請1年多次入出境許可證。
臨時入境停留通知單每人收費新台幣200元，單次入出境許可證每人收費新臺幣400元，1年多次入出境許可證每人收費新臺幣800元。
大陸地區隨團領隊應於申請書背面貼大陸地區領隊證件影本(已有多次入出境許可證者免附，但請註記說明)，並列於團體名冊第一位。
十二、依第二類申請者，團體名冊由收件人員予以編團號，第1聯蓋收件章交代申請之旅行社收執，第2聯隨申請書寄送。每團人數限5人以上，40人以下，整團同時入出，不足5人之團體，不予許可，並禁止入境。
十三、依第一類申請不須送審案件（如探親、探病、在金門、馬祖出生及其隨行配偶子女返鄉探視、旅行）申請人不具大陸黨、政、軍職務或無身分疑慮者，服務站3天發證後，申請書整批寄署本部移民資訊組處理。
十四、依第一類申請者或有本辦法第十七條第一項第一款至第四款及第九款情形之一者，入出國及移民署承辦單位應會同、會商或以書面徵詢相關目的事業主管機關及行政院大陸委員會同意後許可之。
十五、依第二類申請者除曾在臺非法工作、因刑案或偷渡等事由尚在管制期限內不予許可。若或有本辦法第十七條第一項第一款至第四款及第九款情形之一者，依相關規定辦理。
除大陸地區隨團領隊外，其他申請人應於出境後，始得再申請。
十六、入出國及移民署移民資訊組應設計第一類每日出境人數、停留人數，由承辦單位列印，供排配發證依據。
十七、依第一類申請者，假日不受理，工作天6天（不含等待中央目的事業主管機關審查時間）。發給入境效期6個月，有效期間自核發日起算6個月，必要時得於縮短。出境效期自入境之次日起15天之個別往來金門、馬祖或澎湖入出境許可證。申請進入金門、馬祖或澎湖者，加註「限停留金門、馬祖或澎湖」。其停留期間如下：
（一）依探親事由申請者（第12條第1項第1款規定），每次停留期間不得逾2個月，並不得辦理延期，每年來金馬澎不得逾3次。郵寄代申請人，委託他人在署本部代領者，證交發證櫃檯。
（二）依探病、奔喪、返鄉探親事由申請者（第12條第1項第2款、第3款規定），每次停留期間不得逾1個月。郵寄代申請人，委託他人在署本部代領者，證交發證櫃檯。
（三）依商務活動（第12條第1項第4款規定），從事商務訪問、考察、會議、演講、參加（觀）商展者，由移民署依活動行程予以增加5日，其停留期間不得逾1個月，並不得辦理延期。從事商務研習（或受訓）或驗貨、售後服務、技術指導等履約活動者，其停留期間不得逾3個月，並不得辦理延期。郵寄代申請人，委託他人在署本部代領者，證交發證櫃檯。
（四）依就讀推廣教育學分班（含非學分班）事由申請者（第12條第1項第6款規定），每次停留期間不得逾4個月，並不得辦理延期。再次申請時，得核發1年效期金門、馬祖或澎湖專用之多次入出境許可證。郵寄代申請人，委託他人在署本部代領者，證交發證櫃檯。
（五）依學術、宗教、文化、體育及交流活動事由申請者（第12條第1項第5款、第7款、第8款規定），由移民署依活動行程予以增加5日，其停留期間不得逾2個月，並不得辦理延期。郵寄代申請人，委託他人在署本部代領者，證交發證櫃檯。
十八、依第二類旅行事由（第12條第1項第9款規定）申請者，發給入境效期6個月，其停留期間不得逾15日。第一張註記本團人數及團號，第二張以後註記「應與○○等○人整團入出境」。申請進入金門、馬祖或澎湖者，加註「限停留金門、馬祖或澎湖」。
十九、依第一類事由或緊急事故進入金門、馬祖或澎湖，因受禁止出境處分、疾病住院、突發或其他特殊事故，未能依限出境者，應備下列文件，向服務站申請延期，由服務站予以延期，每次不得逾15日，如經主管機關會同相關機關認有必要者，得酌予延長期間及次數。
（一）延期申請書。
（二）入出境許可證。
（三）相關證明文件。
（四）證件費新臺幣200元。
二十、依第二類事由進入金門、馬祖或澎湖，因受禁止出境處分、疾病住院、突發或其他特殊事故，未能依限隨團出境者，應備下列文件，向服務站申請發給自到期之次日起算15日之個別入出境許可證出境聯。
（一）延期申請書。
（二）入出境許可證或臨時入境停留通知單。
（三）相關證明文件。
（四）證件費新臺幣200元。
前項人員再次未能依限出境者，申請延期依第十八點規定辦理。
二十一、大陸地區人民進入臺灣地區患重病、受重傷、發生天災或其他特殊事故，其必要協處人員，得向入出國及移民署申請專案許可，往返金門、馬祖或澎湖與大陸地區。
依第二類事由進入金門、馬祖或澎湖，因故急於個別出境者，得逕持尚有效之入出境許可證或臨時入境停留通知單出境，代申請之旅行社應依規定通報相關單位。
二十二、大陸地區人民依「試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法」以外之相關規定經許可進入臺灣地區者，得持憑有效入出境許可證，經移民署查驗，由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區，但臺灣地區人民之配偶依法須經機場、港口接受面談者，須符下列情形之ㄧ，始得由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區：
（一）來臺地址為金門、馬祖或澎湖。
（二）在大陸地區福建設有戶籍。
大陸地區人民申請進入金門、馬祖或澎湖，內政部得限制人數。
第四章 大陸地區船員申請臨時停留許可證
二十三、大陸地區人民在經政府核准往返金門、馬祖或澎湖與大陸地區航行之船舶服務之船員或服務於船舶之人員（以下簡稱大陸地區船員），因航行任務抵達離島兩岸通航港口，須離開港區臨時停留者，由所屬之船舶運送業者在金門、馬祖或澎湖之船務代理業者，備下列文件，向入出國及移民署申請臨時停留許可證。
（一）申請書（1式3聯）。
（二）大陸地區船員證影本。
（三）經政府核准往返金門、馬祖或澎湖與大陸地區航行之證明文件影本。
（四）船期表。
二十四、大陸地區船員臨時停留許可證，其停留期間依船期表所列靠泊港口期間填載。在金門申請者，加註「限停留金門」，在馬祖申請者，加註「限停留馬祖」，在澎湖申請者，加註「限停留澎湖」。並均限由同一港口入出。
二十五、大陸地區船員經許可臨時停留，因受禁止出境處分、疾病住院、災變或其他特殊事故，須延長停留期間者，應於停留期間屆滿前，由代申請人備下列文件，向服務站申請延期停留，每次以7日為限。
（一）延期申請書。
（二）臨時停留許可證。
第五章 證照查驗
二十六、臺灣地區人民出境進入大陸地區，查驗之證件如下：
（一）登船證。
（二）有效護照或金門馬祖澎湖專用入出境許可證。
二十七、臺灣地區人民在經政府核准往返金門、馬祖或澎湖與大陸地區航行之船舶服務之船員或服務於船舶之人員（以下簡稱臺灣地區船員），因航行任務出境進入大陸地區，查驗之證件如下：
（一）航政機關所發已辦妥任職簽證之船員服務手冊。
（二）航行任務證明。
（三）船員名冊。
二十八、大陸地區人民出境返回大陸地區，查驗之證件如下：
（一）登船證。
（二）大陸居民身分證、往來通行證或其他足資證明大陸居民身分之文件。
（三）下列證件之一：
１、往來金門、馬祖或澎湖之入出境許可證或金門馬祖澎湖專用入出境許可證，於效期內許可出境。團體入出境許可證未隨團出境者，該證蓋註銷章，均收繳。
２、臺灣地區入出境許可證：來臺地址載明金門、馬祖或澎湖地址、附記欄加註「可經金門馬祖澎湖入出境」或蓋有經入出國及移民署查驗之入境章者，始得查驗出境。
大陸地區人民依大陸地區人民進入臺灣地區許可辦法規定，經許可進入臺灣地區，其申請時入出境許可證來臺住址欄載明在金門、馬祖或澎湖居住者，自離島兩岸通航港口以外之機場、港口入境，得向原入境之機場、港口國境隊請求將代保管之證件寄金門、連江或澎湖國境分隊轉發，由金門、馬祖或澎湖返回大陸地區。
二十九、大陸地區船員出境上船，查驗其臨時停留許可證及大陸地區船員證，於效期內許可出境。
三十、香港、澳門居民或臺灣地區無戶籍國民（以下簡稱無戶籍國民）出境進入大陸地區，查驗其登船證、有效護照及入出境許可證。
三十一、外國人出境進入大陸地區，查驗其登船證及有效護照。
三十二、臺灣地區人民自大陸地區返回金門、馬祖或澎湖，查驗有效護照或金門馬祖澎湖專用入出境許可證。
三十三、臺灣地區船員因航行任務自大陸地區返回金門、馬祖或澎湖，查驗之證件如下：
（一）航政機關所發已辦妥任職簽證之船員服務手冊。
（二）船員名冊。
三十四、大陸地區人民入境進入金門、馬祖或澎湖，查驗下列證件之一：
（一）往來金門、馬祖或澎湖入出境許可證或臨時入境通知單：
１、核驗其大陸居民身分證、大陸地區核發有效旅行證照或足資證明居民身分之文件。
２、團體入出境許可證未入境者，由服務站將入境聯及出境聯均予註銷。實際入境人數，全團在5人以上者，始得查驗入境。
（二）臺灣地區入出境許可證、入境證及居留證副本或入境證及定居證副本：
１、核驗其有效之大陸地區往來臺灣地區通行證。
２、來臺地址載明金門、馬祖或澎湖地址者，或入出境許可證附記欄加註「可經金門馬祖澎湖入出境」者，始得查驗入境。
３、於入出境許可證、居留證副本或定居證副本蓋入境章後，入出境許可證、居留證副本或定居證副本交還當事人持用。
三十五、大陸地區船員入境進入金門、馬祖或澎湖臨時停留，查驗其臨時停留許可證及大陸地區船員證。
三十六、香港、澳門居民或無戶籍國民自大陸地區進入金門、馬祖或澎湖，查驗證件如下：
（一）香港、澳門、中華民國護照及有效入出境許可證。
（二）旅客入境登記表。
（三）離境機（船）票。
三十七、外國人自大陸地區進入金門、馬祖或澎湖，查驗證件如下：
（一）外國護照上有效簽證。
（二）旅客入境登記表。
（三）離境機（船）票。
三十八、收繳之證、表及旅客入境登記表，按船舶呼號每日彙送入出國及移民署移民資訊組。
第六章 違規處理
三十九、電腦顯示係禁止出境對象，製作禁止出境處分書交付當事人，並禁止其出境。
四十、查獲持用偽造、變造或冒用身分證件案件之處理方式：
（一）申請案件：申請案不予許可，並予註參。
（二）入出境查驗：偵訊後原船強制出境或解送當地警察局處理，相關資料註參。
四十一、查獲無有效入出境證件對象之處理方式：
（一）無有效出境證件者，拒絕查驗出境，或依其他相關法令辦理。
（二）無有效入境證件者，強制遣返，或依其他相關法令辦理，並將違規情形填舉發單入出國及移民署處罰船舶運送業者。
四十二、大陸地區人民在金門、馬祖或澎湖逾期停留、非法工作，代申請人之處罰規定如下：
（一）依第一類代申請者，大陸地區人民出境前，不受理其代申請案件，已受理尚未許可者，申請案不予許可。其代申請之案件，第2次以後違反規定，1年內不受理其代申請。
（二）依第二類代申請者：
１、1人違規者，該違規人出境前，不受理其代申請案件，已受理尚未許可者，申請案不予許可。其不受理期間最長為1年。
２、1個月內有2人違規且已出境者，3個月不受理其代申請，3人至5人違規者，6個月不受理其代申請。6人以上違規者，1年不受理其代申請。
前項違規案件，送入出國及移民署承辦單位製作處分書，通知代申請人，副知當地縣政府、服務站。
四十三、大陸地區船員違規者，入出國及移民署不受理其服務之船舶6個月辦理大陸地區船員臨時停留許可證。該船員在1個月內出境者，不受理期間縮短為3個月。
四十四、大陸地區人民依法應強制出境，無有效出境證件者，由入出國及移民署發給出境通知單，並通報註參。查驗出境時，於通知單上蓋出境章後收繳之。
第七章 附則
四十五、經政府核准往返金門、馬祖或澎湖與大陸地區航行之船舶啟航或抵達時，應由所屬船舶公司造具乘客名冊，送服務站備查。
四十六、依本作業規定發給之入出境證件污損或遺失，應備下列文件向服務站申請補發，並依規定收繳證件費。
（一）入出境許可申請書。
（二）污損之證件或遺失證件之具結書。
四十七、中華民國船舶經申請專案核准，由臺灣本島航行經金門、馬祖或澎湖進入大陸地區。其人員名冊，得由交通部轉送入出國及移民署，或由專案申請之團體送入出國及移民署。
船舶由臺灣本島經金門、馬祖或澎湖應停泊，人員並應上岸，其在臺灣本島登船時檢查有效護照。在金門、馬祖或澎湖登船時辦理出境查驗，於護照加蓋出境章。自大陸地區返回進入金門、馬祖或澎湖時辦理入境查驗，於護照蓋入境章。其在金門、馬祖或澎湖登船返回臺灣本島，憑蓋有入境章戳之護照檢查後登船。前項查驗得於船舶上辦理。
四十八、外國人、香港澳門居民或無戶籍國民依各相關法規之規定。