民國91年8月1日入出境管理局境行君字第0910090417號令修正，並自91年8月1日施行。
民國92年6月3日入出境管理局境行鎧字第0920054374號令修正第2點及第10點條文，並自92年6月5日施行。
民國92年11月3日入出境管理局境行楚字第0922005131號令修正第2點及第10點條文，並自即日起施行
民國92年12月4日入出境管理局境行楚字第0922008597號令修正第24點條文，並自即日起施行
民國93年2月27日內政部警政署入出境管理局境行楚字第09320043510號令修正發布，定自93年3月1日起施行
民國93年7月8日內政部警政署入出境管理局境行楚字第 09320132420 號令修正第3點條文
民國93年12月20日內政部警政署入出境管理局境行楚字第 09320238540 號令修正條文
民國94年3月8日內政部警政署入出境管理局境行楚字第 09420281770 號令修正條文
民國95年5月1日內政部警政署入出境管理局境行楚字第09520069780號令修正發布，並自95年5月1日起施行
民國96年1月2日內政部入出國及移民署移署秘法楚字第09620001070號令修正條文，並定自民國95年12月31日起施行
民國96年4月14日內政部入出國及移民署移署出服秀字第09620051150號令修正條文，定自民國96年3月31日起施行（歷史條文）
民國97年3月31日內政部入出國及移民署移署出服秀字第09720072360號令修正條文，定自民國97年4月1日起施行
第一章 總則
一、為辦理試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法（以下簡稱本辦法）有關人員入出境事項，訂定本作業規定。
第二章 臺灣地區人民申請進入大陸地區入出境許可
二、在金門、馬祖及澎湖設有戶籍6個月以上者，得向內政部入出國及移民署（以下簡稱移民署）各縣市服務站申請進入大陸地區之入出境許可證。
依前項申請者，應備文件及證明文件：
（一）申請書（附最近6個月內拍攝之2吋白色背景照片1張）。
（二）國民身分證正、影本（正本驗畢退還，影本貼於申請書上），年齡在14歲以下未領身分證者，附戶口名簿影本。
（三）掛號回郵信封（委託他人在移民署署本部代領或在當地領證者免附）。
（四）戶口名簿正本（驗畢退還，查核在金門、馬祖、澎湖設戶籍日期）。
第一項在金門、馬祖及澎湖設有戶籍6個月，包括經許可在金門、馬祖及澎湖居留之期間；其在金門、馬祖及澎湖間遷徙者，設有戶籍或居留之期間併計之。
三、臺灣地區人民有下列情形之一者，得向移民署或所屬各縣市服務站申請由金門、馬祖入出大陸地區許可，於護照加蓋章戳：
（一）經經濟部許可在大陸地區投資之事業，其負責人與所聘僱員工，及其配偶、直系血親。
（二）前款以外經大陸地區台商協會證明在大陸地區投資之事業，其負責人與所聘僱員工，及其配偶、直系血親。
（三）在大陸地區投資之事業，其負責人與所聘僱員工之子女，或為外商在大陸地區所聘僱臺籍員工之子女，於金門、馬祖就學者，及其直系血親。
（四）在金門、馬祖出生或於中華民國89年12月31日以前曾在金門、馬祖設有戶籍之臺灣地區人民。
（五）與在金門、馬祖及澎湖設有戶籍6個月以上人民或前款人民同行之配偶、直系親屬、二親等旁系血親及其配偶、未成年子女。
（六）在大陸地區出生或籍貫為大陸地區之榮民。
（七）與前款人民同行之配偶或直系親屬及二親等旁系血親。
（八）與在大陸地區福建設有戶籍大陸配偶同行之臺灣地區配偶或子女。
（九）在大陸地區福建設有戶籍之大陸配偶，已取得臺灣地區人民身分者，及其同行之臺灣地區配偶或子女。
依前項申請者，應備下列文件：
（一）申請書。
（二）有效期限內之護照，且護照效期不得少於申請許可加蓋章戳之效期（護照影本黏貼申請書上）。
（三）相關證明文件：
１、依前項第一款申請者：
（１）負責人：經濟部許可在大陸地區投資事業之已行投資證明文件。
（２）聘僱員工：
Ａ、經濟部許可其雇主在大陸地區投資事業之已實行投資證明文件。
Ｂ、經濟部許可赴大陸地區投資事業之聘僱證明。
Ｃ、前二目人員之配偶、直系血親：前述證明文件影本或有效蓋有多次許可章戳之護照影本（同時申請者免附），及親屬關係證明。
２、依前項第二款申請者：
（１）負責人：大陸地區臺商協會出具證明書暨在大陸地區投資事業之證明文件。
（２）聘僱員工：
Ａ、大陸地區臺商協會出具證明書暨在大陸地區投資事業之證明文件。
Ｂ、大陸地區投資事業之聘僱證明。
（３）前二目人員之配偶、直系血親：前述證明文件影本或有效蓋有多次許可章戳之護照影本（同時申請者免附），及親屬關係證明。
３、依前項第三款申請者：在金門、馬祖就學之證明、親屬關係證明及父母在大陸地區投資之證明或受聘僱證明。
４、依前項第四款申請者：在金門、馬祖出生之證明或於中華民國89年12月31日以前曾在金門、馬祖設有戶籍之相關證明（如身分證、戶口名簿或相關舉證資料）。
５、依前項第五款申請者：其配偶、直系親屬、二親等旁系血親及其配偶、未成年子女之親屬關係證明（如身分證、戶口名簿或相關舉證資料）及其有效多次入出境證影本或有效蓋有許可章戳之護照影本。
６、依前項第六款申請者：行政院退除役官兵輔導委員會所核發之榮民證及籍貫或出生地為大陸地區之證明。
7、依前項第七款申請者：其配偶、直系親屬、二親等旁系血親之親屬關係證明（如身分證或戶口名簿）及其有效蓋有許可章戳之護照影本。
８、依前項第八款或第九款申請者：大陸地區配偶在福建設有戶籍文件（如居民身分證影本）、親屬關係證明（如身分證或戶口名簿），及其有效入出境許可證影本或載明出生地為福建之中華民國國民身分證。
（四）證件費用：在金門、馬祖或澎湖設有戶籍6個月以上者免費。第三點人員多次有效許可新臺幣800元；單次有效許可新臺幣400元。
第二點及第三點臺灣地區人民，係年滿18歲翌年1月1 日起至屆滿36歲之年12月31日止之男子，應另檢附下列文件之一，未附者按役男規定辦理。
1、退伍令、轉役證明書、因病停役令或補充兵證明書。
2、免役證明書或丁等體位證明書。
3、禁役證明書。
4、國民兵身分證明書、代訓國民兵證明書或丙等體位證明書。
5、直轄市、縣（市）政府核定或鄉（鎮、市、區）公所證明為免服兵役之公文。
6、替代役退役證明書。
四、第二點及第三點人民係公務員、役男或服替代役役男者，應另檢附下列文件：
（一）地方公務員：服務於金門、馬祖當地縣級以下機關人員，所列職務之職務列等或職務等級最高在簡任或相當簡任第十職等以下者，附所屬縣政府、縣議會同意文件。
（二）服務於金門、馬祖縣營事業單位人員，赴大陸地區從事公務活動，或在金門、馬祖設有戶籍滿6個月以上以非公務事由申請者，附所屬縣政府同意文件。
（三）中央、省級各機關（構）及警察機關服務於金門、馬祖人員，所列職務之職務列等或職務等級最高在簡任或相當簡任第10職等以下及警監4階以下，且在金門、馬祖設有戶籍6個月以上者，或未設有戶籍或設籍未滿6個月以上以非公務事由申請者，附所屬中央主管機關或其授權機關同意文件。
（四）服務於臺灣本島或澎湖人員，所列職務之職務列等或職務等級最高在簡任或相當簡任第10職等以下及警監4階以下，且在金門、馬祖設有戶籍6個月以上者，以非公務事由申請者，附所屬中央主管機關、縣市政府或其授權機關同意文件。
（五）役男：
１、國內在學、未在學役男：附戶籍地縣政府或鄉鎮公所役男出國核准文件。
２、20歲以上緩徵在學役男、自大陸地區或香港、澳門來臺設籍未滿1年役男：依電腦檔案資料審查，免附相關文件。
３、役齡前出國於國外就學役男：附經驗證之在學證明。
４、僑民役男：附僑居身分證明。
（六）服替代役役男：附內政部核准出境文件。
五、因病需緊急赴大陸地區就醫者，及其同行照料人員申請入出境許可證，除應備第二點之文件外，另應檢附金門、馬祖公立醫院出具需赴大陸地區就醫之證明文件。
前項赴大陸地區就醫或同行照料者，如係出境應先經核准人員，得先行許可出境後再補辦核准手續。
臺灣地區人民在大陸地區患重病、受重傷、發生天災或其他特殊事故情事，該人民及其必要協處人員申請許可往返金門、馬祖與大陸地區，除應備第三點之文件外，另應檢附相關證明文件。
六、未成年人由父或母代申請或同意，均可受理。由其他人代申請或同意者，另附監護權證明文件。
七、服務站人員受理申請書後，應即審查核對基本資料、照片及戶籍遷入日期與申請書填載是否相符。國民身分證照片有無換貼、偽變造。依一般人民、公務員或縣營事業單位人員等三種身分分別編號，收件後發給收件單。身分欄選政務人員、機密科技研究人員、涉及國家機密人員、退離職政務人員、退離職涉密人員（以下簡稱政務及涉密人員）及有疑義或需再查證案件列二級審查，其餘授權一級許可。
八、依第二點申請者，經收件、編號、審查之案件，由各縣市服務站立即登錄查核後發給入出境許可證後，申請書整批寄署本部移民資訊組處理。
九、依第二點申請者，假日不受理，工作天5天，發3年效期金門、馬祖專用之多次入出境許可證（18歲男子效期至18歲當年12月31日止）。依第四點申請者，假日不受理，工作天5天，第四點第一款至第三款，發1年效期金門、馬祖專用之逐次加簽入出境許可證或小三通單次入出許可，依第四點第四款申請者，發給效期1個月之金門、馬祖專用單次入出境許可證。依第三點申請者，隨到隨辦，第一款、第二款、第三款、第四款及第六款人員，於護照加蓋1年效期多次小三通入出許可章戳；第五款、第七款至第九款人員，於護照加蓋6個月效期單次小三通入出許可章戳。依專案申請許可者，於護照加蓋1個月效期單次小三通入出許可章戳。依第五點申請者，船舶有開航即予受理，由服務站立即核發1個月效期金門、馬祖專用之單次入出境許可證或小三通單次入出許可。
十、第四點所列人員，發給入出境許可證或單次小三通入出許可，效期如下（其所持之單次小三通入出許可已逾效期且人尚在大陸者，申請金馬專用單次入境許可證）：
（一）國內在學、未在學役男：持入出境許可證者，其出境效期依戶籍地縣政府或鄉鎮公所出具之役男出境核准文件所載日期，入境效期為出境效期加2個月；持單次小三通入出許可者，其出境效期依戶籍地縣政府或鄉鎮公所出具之役男出境核准文件所載日期。
（二）20歲以上緩徵在學役男：持入出境許可證者，其出境效期為2個月，入境效期為4個月。但緩徵最後1年，出境效期不得逾緩徵截止日；持小三通單次入出許可者，其出境效期為2個月。但緩徵最後1年，出境效期不得逾緩徵截止日。
（三）自大陸地區或香港、澳門來臺設籍未滿1年役男：持入出境許可證者，其出境效期為6個月。但不得逾自設戶籍之日起屆滿1年之日止，入境效期為6個月；持單次小三通入出許可者，其出境效期為6個月。但不得逾自設戶籍之日起屆滿1年之日止。
（四）役齡前出國於國外就學役男：持入出境許可證者，其出境效期為自入國之翌日起2個月，入境效期為6個月；持單次小三通入出許可者，其出境效期為自入國之翌日起2個月。
（五）僑民役男：持入出境許可證者，民國73年次以前出生者，其出境效期為自入國之翌日起4個月，民國74年次以後出生者，其出境效期為自入國之翌日起6個月，入境效期皆為6個月；持單次小三通入出許可者，出生為民國73年次以前者，其出境效期為自入國之翌日起4個月，出生為民國74年次以後者，其出境效期為自入國之翌日起6個月。
（六）服替代役役男：入出境效期，依內政部核准文件所載返國日期。
前項效期為6個月者，由電腦程式列印。其他效期，由收件審核人員註記於申請書正面，供登錄人員輸入。
十一、依本辦法第十條之一、第十二條之一、第二十條及第二十條之一申請專案許可由金門馬祖進入大陸地區者，依相關作業要點辦理。
十二、申請進入大陸地區之入出境許可證者，已持有其他有效入出境許可證件，或再申請其他入出境許可證件，均不予註銷。但持有有效進入大陸地區之多次入出境許可證者，不得再申請單次入出境許可證。
十三、戶籍遷出金門、馬祖及澎湖者，其多次入出境許可證由電腦自動註銷，有自金門、馬祖及澎湖進入大陸地區必要者，另依規定重新申請。
十四、入出境許可證遺失或逾期之處理方式：
（一）在臺灣地區逾期者，原證作廢，重新申請；遺失者，檢附說明重新申請。多次入出境許可證查驗欄位用完者，繳附原證重新申請。
（二）在大陸地區逾期者：
１、自出境之翌日起算2年以內者，委託在臺灣地區之親友向移民署各縣市服務站申請單次入境許可證。發六個月效期之金門、馬祖專用入境許可證。
２、自出境之翌日起算逾2年者，依一般入出境規定辦理。
（三）在大陸地區遺失者，檢附大陸報案證明及身分證明文件，依前款規定辦理。
第三章 大陸地區人民申請往來金門、馬祖入出境許可證
十五、大陸地區人民申請往來金門、馬祖入出境許可證，應備下列文件：
（一）申請書（附最近6個月內拍攝之2吋白色背景照片1張）。
（二）大陸居民身分證影本（貼於申請書上）；年齡未達請領身分證規定者，附常住人口登記表影本。
（三）相關證明文件：
１、探親：親屬關係公證書及被探人戶籍謄本。
２、探病、奔喪：親屬關係公證書、被探人戶籍謄本及醫院診斷書或死亡證明書。奔喪對象非臺灣地區人民者，免附戶籍謄本。
３、返鄉探視：足資證明在金門、馬祖出生之文件。其隨行之配偶、子女附親屬關係公證書、常住人口登記表或出生證明文件。
４、商務活動：大陸地區福建公司執照或商業登記文件影本。
５、學術活動：大陸地區福建各級學校出具之任職或在學證明書。
６、就讀推廣教育學分班：經經濟部許可在大陸地區福建投資事業之聘僱證明及金門或馬祖學校之入學許可證明或該校學生證明文件。
７、宗教、文化、體育活動：在大陸地區福建具有相關專業造詣或能力之證明文件。
８、交流活動：金門、馬祖機關、學校、團體之邀請函、活動計畫及行程表。
９、旅行：團體名冊2份，由旅行社以電腦列印。
（四）限時掛號回郵信封（委託他人在移民署署本部代領或在當地領證者免附，團體一團一個）。
十六、在金門、馬祖出生之華僑申請返鄉探視，應備第十五點第一款、第三款第三目及第四款之文件及我國、外國或中共護照影本。
海外華僑團體應邀返鄉參加重要節日之交流活動者，應備第十五點第一款、第三款第八目及第四款之文件及我國、外國或中共護照影本。
十七、金門、馬祖親屬、同性質廠商、學校、相關團體或旅行社代申請第十五點及第十六點之案件，應備文件及代申請人資格如下：
（一）探親：由被探人代申請。
（二）探病、奔喪：由被探人或被探人之親屬代申請。奔喪對象係大陸地區人民者，得由被探人在金門、馬祖之親友或救助單位代申請。
（三）返鄉探視：由金門、馬祖親友代申請。
（四）商務活動：金門、馬祖公司執照或營業登記證，並由負責人代申請。
（五）學術活動：金門、馬祖之學校公文，由校長代申請。
（六）就讀推廣教育學分班：金門、馬祖之學校公文，由校長代申請。
（七）宗教、文化、體育活動：由邀請單位負責人代申請。
（八）交流活動：由邀請單位負責人代申請。
（九）旅行：由經交通部觀光局及金門、馬祖當地縣政府許可之綜合或甲種旅行社代申請。
前項旅行社，依當地縣政府提供之名單辦理。
十八、大陸地區人民於金門、馬祖海域，因突發之緊急事故，經救助單位救助上岸者，由救助單位填具申請書附身分證明文件及說明書，向服務站申請臨時停留許可證。
十九、服務站受理申請書後，應即審查核對基本資料、照片、應備文件與申請書填載是否相符。審查合格案件分探親、探病、奔喪、返鄉探視、商務活動、學術活動、就讀推廣教育學分班、宗教、文化、體育活動、交流活動（以下簡稱第一類）及旅行（以下簡稱第二類）二類分別編號，每人收費新臺幣400元，並發給收據。但就讀推廣教育學分班者，如係申請多次入出境許可證，每人收費新臺幣800元。
二十、依第二類申請者，代申請之旅行社如自願個別退件，其他成員仍可受理。
大陸地區隨團領隊應於申請書背面貼大陸地區領隊證件影本，並列於團體名冊第一位。
二十一、依第二類申請者，團體名冊由收件人員予以編團號，第1聯蓋收件章交代申請之旅行社收執，第2聯隨申請書寄送。每團人數40人者，要求其分為2團。每團人數不足5人者，不予受理，經審查合格之案件未達五人者，亦不予受理；已受理者，均不予許可。
二十二、一般不須送審案件（如探親、探病、在金門、馬祖出生及其隨行配偶子女返鄉探視、旅行）申請人不具大陸黨、政、軍職務或無身分疑慮者，本署金門馬祖服務站3天發證後，申請書整批寄署本部移民資訊組處理。
二十三、依交流活動事由申請者或有本辦法第十七條第一項第一款至第四款及第九款情形之一者，移民署承辦單位應會同、會商或以書面徵詢相關目的事業主管機關及行政院大陸委員會同意後許可之。
除大陸地區隨團領隊外，其他申請人應於出境後，始得再申請。
二十四、移民署移民資訊組應設計第一類每日出境人數、停留人數，由承辦組列印，供排配發證依據。
二十五、依第一類申請者，假日不受理，工作天6天（不含等待中央目的事業主管機關審查時間）。由移民署承辦單位依內政部公告之每日許可數額按排配進度發證，每日核配依最低人數核發，前1日出境人數逾最低人數者，依出境人數核發，假日之數額於假日之前1日核發。發入境效期15日或30日，出境效期自入境之次日起6天之個別往來金門、馬祖入出境許可證。申請進入金門者，附記欄載「限停留金門」，申請進入馬祖者，附記欄載「限停留馬祖」，由移民署郵寄代申請人，委託他人在署本部代領者，證交發證櫃檯。但就讀推廣教育學分班者，於再次申請時，得核發1年效期金門、馬祖專用之多次入出境許可證。
依第二類申請者，假日不受理，工作天6天（不含等待聯合審查時間）。由移民署承辦單位依內政部公告之每日許可數額按排配進度發給入境效期15日或30日，出境效期澎湖2天、金門2天、馬祖2天（自入境之次日起算）之團體往來金門、馬祖入出境許可證，假日之數額於假日之前1日核發。第一張註記本團人數及團號，第二張以後註記「應與○○等○人整團入出境」。申請進入金門者，加註「限停留金門」，申請進入馬祖者，加註「限停留馬祖」。其最後一團團員逾當日數額者，超出部分預先使用翌日之數額。
前二項之入境效期，每日申請數量未逾公告數額者，入境效期為30日；申請案件須經排配時，入境效期為15日。
大陸地區隨團領隊，得核發1年效期逐次加簽入出境許可證。
二十六、依第一類事由或緊急事故進入金門、馬祖，因受禁止出境處分、疾病住院、突發或其他特殊事故，未能依限出境者，應備下列文件，向服務站申請延期，由服務站予以延期，每次不得逾7日。
（一）延期申請書。
（二）入出境許可證或臨時停留許可證出境聯。
（三）流動人口登記聯單。
（四）相關證明文件。
（五）依第一類申請者之證件費新臺幣200元。
二十七、依第二類事由進入金門、馬祖，因受禁止出境處分、疾病住院、突發或其他特殊事故，未能依限隨團出境者，應備下列文件，向服務站申請發給自到期之次日起算7日之個別入出境許可證出境聯。
（一）延期申請書。
（二）團體入出境許可證本人聯影本（正本由港口查驗人員註銷）。
（三）流動人口登記聯單（當日入境者免附）。
（四）相關證明文件。
（五）證件費新臺幣200元。
前項人員再次未能依限出境者，申請延期依第25點規定辦理。
二十八、依第二類事由進入金門、馬祖，因故急於個別出境者，應備下列文件，向服務站申請發給當日效期之個別入出境許可證出境聯。
（一）申請書。
（二）團體入出境許可證本人聯影本（正本由港口查驗人員註銷）。
（三）證件費新臺幣200元。
二十九、大陸地區人民依本辦法申請進入金門、馬祖探親或探病、奔喪者，得再依大陸地區人民進入臺灣地區許可辦法之規定辦理。
大陸地區人民依本辦法進入金門、馬祖者，除第二類人員外，得依大陸地區人民進入臺灣地區許可辦法或大陸地區人民在臺灣地區依親居留長期居留或定居許可辦法之規定，申請變更事由，其停留期間自入境之次日起算；居留期間自發證之日起算。
大陸地區人民為臺灣地區人民之配偶，且在大陸地區福建設有戶籍者，經依大陸地區人民進入臺灣地區許可辦法或大陸地區人民在臺灣地區依親居留長期居留或定居許可辦法規定許可進入臺灣地區者，其入出境許可證入境聯及出境聯或入境證，由移民資訊組印證時主動加註「得經金門馬祖入出境。」其同行之子女亦同。
第四章 大陸地區船員申請臨時停留許可證
三十、大陸地區人民在經政府核准往返金門、馬祖與大陸地區航行之船舶服務之船員或服務於船舶之人員（以下簡稱大陸地區船員），因航行任務抵達離島兩岸通航港口，須離開港區臨時停留者，由所屬之船舶運送業者在金門、馬祖之船務代理業者，備下列文件，向服務站申請臨時停留許可證。
（一）申請書（1式3聯）。
（二）大陸地區船員證影本。
（三）經政府核准往返金門、馬祖與大陸地區航行之證明文件影本。
（四）船期表。
三十一、大陸地區船員臨時停留許可證，由服務站核發，其停留期間依船期表所列靠泊港口期間填載。在金門申請者，加註「限停留金門」，在馬祖申請者，加註「限停留馬祖」。並均限由同一港口入出。
三十二、大陸地區船員經許可臨時停留，因受禁止出境處分、疾病住院、災變或其他特殊事故，須延長停留期間者，應於停留期間屆滿前，由代申請人備下列文件，向服務站申請延期停留，每次以7日為限。
（一）延期申請書。
（二）臨時停留許可證。
第五章 證照查驗
三十三、臺灣地區人民出境進入大陸地區，查驗之證件如下：
（一）登船證。
（二）下列證件之一：
１、金門、馬祖專用入出境許可證，於效期內查驗入出境。
２、蓋有有效小三通入出許可章戳護照，於效期內查驗入出境。
三十四、臺灣地區人民在經政府核准往返金門、馬祖與大陸地區航行之船舶服務之船員或服務於船舶之人員（以下簡稱臺灣地區船員），因航行任務出境進入大陸地區，查驗之證件如下：
（一）航政機關所發已辦妥任職簽證之船員服務手冊。
（二）船員名冊。
三十五、大陸地區人民出境返回大陸地區，查驗之證件如下：
（一）登船證。
（二）大陸居民身分證、往來通行證或其他足資證明大陸居民身分之文件。
（三）下列證件之一：
１、往來金門、馬祖或澎湖之入出境許可證，於效期內許可出境。團體入出境許可證未隨團出境者，該證蓋註銷章，均收繳。
２、臺灣地區入出境許可證：來臺地址載明金門、馬祖或澎湖地址、附記欄加註「得經金門馬祖入出境」或蓋有經服務站查驗之入境章者，始得查驗出境。
大陸地區人民依大陸地區人民進入臺灣地區許可辦法規定，經許可進入臺灣地區，其申請時入出境許可證來臺住址欄載明在金門、馬祖居住者，自離島兩岸通航港口以外之機場、港口入境，得向原入境之機場、港口服務站請求將代保管之證件寄金門、馬祖之服務站轉發，由金門、馬祖返回大陸地區。
三十六、大陸地區船員出境上船，查驗其臨時停留許可證及大陸地區船員證，於效期內許可出境。
三十七、香港、澳門居民或臺灣地區無戶籍國民（以下簡稱無戶籍國民）在金門、馬祖居留者，出境進入大陸地區憑登船證及載明居住地址係金門、馬祖之入出境證查驗出境。
三十八、外國人在金門、馬祖居留或永久居留者，進入大陸地區查驗證件如下：
（一）登船證。
（二）外僑居留證或外僑永久居留證，居留地址為金門、馬祖，其發證日期已達6個月者。但附有公立醫院證明需赴大陸地區就醫之證明者，其本人、同行照料之父母、配偶或子女，不受發證日期6個月之限制。
（三）於外國護照上蓋出境章。
（四）於旅客出境登記表（Ｅ／Ｄ卡）上蓋出境章後收繳之。
三十九、臺灣地區人民自大陸地區返回金門、馬祖，查驗下列證件之一：
（一）金門、馬祖專用入出境許可證，於效期內予以查驗入境。
（二）蓋有有效小三通入出境許可章戳，於效期內查驗入境。持單次小三通入出許可者，並予蓋註銷章戳。
四十、臺灣地區船員因航行任務自大陸地區返回金門、馬祖，查驗之證件如下：
（一）航政機關所發已辦妥任職簽證之船員服務手冊。
（二）船員名冊。
四十一、大陸地區人民入境進入金門、馬祖，查驗下列證件之一：
（一）往來金門、馬祖或澎湖入出境許可證：
１、核驗其大陸居民身分證或足資證明居民身分之文件。
２、團體入出境許可證未入境者，由服務站將入境聯及出境聯均予註銷。實際入境人數，全團在5人以上者，始得查驗入境。
（二）臺灣地區入出境許可證、入境證及居留證副本或入境證及定居證副本：
１、核驗其有效之大陸地區往來臺灣地區通行證。
２、來臺地址載明金門、馬祖或澎湖地址者，或入境聯附記欄加註「得經金門馬祖入出境」者，始得查驗入境。
３、於入出境許可證、居留證副本或定居證副本蓋入境章後，入出境許可證、居留證副本或定居證副本交還當事人持用。
四十二、大陸地區船員入境進入金門、馬祖臨時停留，查驗其臨時停留許可證及大陸地區船員證，於入境聯及出境聯均蓋查驗章後，交還當事人持用。
四十三、香港、澳門居民或無戶籍國民在金門、馬祖居留者，自大陸地區返回金門、馬祖，憑載明居住地址係金門、馬祖之入境證查驗入出境。
四十四、外國人在金門、馬祖居留或永久居留者，自大陸地區返回金門、馬祖，查驗證件如下：
（一）外國護照上重入國許可為移民署核發或外僑永久居留證居留地址為金門、馬祖。
（二）於外國護照上蓋入境查驗章。
（三）於旅客入出境登記表（Ｅ／Ｄ卡）入境聯正面、出境聯背面蓋入境章後，收繳入境聯。
四十五、收繳之證、表及外國人之旅客入出境登記表，按船舶呼號每日彙送移民署移民資訊組。
第六章 違規處理
四十六、電腦顯示係禁止出境對象，製作禁止出境處分書交付當事人，並禁止其出境。
四十七、查獲持用偽造、變造或冒用身分證件案件之處理方式：
（一）申請案件：
１、臺灣地區人民，函送當地警察局處理。
２、大陸地區人民，申請案不予許可，並予註參。
（二）入出境查驗：
１、大陸地區人民，偵訊後原船強制出境。相關資料送移民署註參。
２、其他人民，偵訊後解送當地警察局處理。
四十八、查獲無入出境許可證件對象之處理方式：
（一）無出境許可證件者，拒絕查驗出境。
（二）無入境許可證件者，原船強制遣返，或依其他相關法令辦理，並將違規情形填舉發單送移民署處罰船舶運送業者。但其係出境尚未逾2年之金馬澎居民同意補辦入境手續後查驗入境。
四十九、大陸地區人民在金門、馬祖逾期停留、非法工作或過夜未申報流動人口，代申請人之處罰規定如下：
（一）依第一類代申請者，大陸地區人民出境前，不受理其代申請案件，已受理尚未許可者，申請案不予許可。
其代申請之案件，第2次以後違反規定，1年內不受理其代申請。
（二）依第二類代申請者：
１、一人違規者，該違規人出境前，不受理其代申請案件，已受理尚未許可者，申請案不予許可。其不受理期間最長為1年。
２、一個月內有2人違規且已出境者，3個月不受理其代申請，3人至5人違規者，6個月不受理其代申請。6人以上違規者，1年不受理其代申請。
前項違規案件，送移民署承辦單位製作處分書，通知代申請人，副知當地縣政府、服務站。
五十、大陸地區船員違規者，服務站不受理其服務之船舶6個月辦理大陸地區船員臨時停留許可證。該船員在1個月內出境者，不受理期間縮短為3個月。
五十一、大陸地區人民依法應強制出境，無有效出境證件者，由服務站發給出境通知單，並通報移民署註參。查驗出境時，於通知單上蓋出境章後收繳之。
第七章 附則
五十二、經政府核准往返金門、馬祖與大陸地區航行之船舶啟航或抵達時，應由所屬船舶公司造具乘客名冊，送服務站備查。
五十三、依本作業規定發給之入出境證件污損或遺失，除依第十三點規定辦理者外，應備下列文件向服務站申請補發，並依規定收繳證件費。
（一）入出境許可證件申請書。
（二）污損之證件或遺失證件之具結書。
五十四、中華民國船舶經申請專案核准，由臺灣本島航行經金門、馬祖進入大陸地區或由澎湖航行進入大陸地區。其人員名冊，得由交通部轉送移民署，或由專案申請之團體送移民署，由承辦單位通知各服務站受理申請書，於護照加蓋1個月效期單次小三通入出許可章戳。第三點所列人員，仍應另繳附相關文件。
船舶由臺灣本島經金門、馬祖應停泊，人員並應上岸，其在臺灣本島登船時檢查蓋有有效入出許可章戳之護照。在金門、馬祖或澎湖登船時辦理出境查驗，於護照加蓋出境章。自大陸地區返回進入金門、馬祖或澎湖時辦理入境查驗，於護照蓋入境章，並予加蓋註銷章戳。其在金門、馬祖登船返回臺灣本島，憑蓋有入境章戳之護照檢查後登船。
前項查驗得於船舶上辦理。
五十五、在金門、馬祖居留6個月以上之香港、澳門居民或無戶籍國民，申請進入大陸地區，服務站得予受理，轉送承辦組發給旅行證或金門、馬祖專用單次入出境許可證。其效期依各相關法規之規定。