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两岸关系是建构区域与集体安全的重要一环。政府根据中华民国宪法、两岸人民关系条例处理两岸事务，致力维持台海和平稳定现状，展现建立一致性、可预测且可持续的两岸关系之立场，符合两岸及区域的共同利益。
维护台海及区域的和平稳定，是两岸共同的责任，也是所有人的共同期待。面对中共持续操作对台复合性施压，总统提出「四个坚持」、「四大韧性」与「四项任务」，凝聚团结共识；呼吁北京当局战争从来都不是解决问题的选项，只有对话、合作，共同以促进区域的稳定发展为目标，才能够让更多人得到安全和幸福。未来政府将持续坚定扞卫国家主权安全及民主自由，强化自我防卫能力，也将与理念相近国家深化合作，共同维护台海和平稳定。
近年来本会重要施政绩效如下：
一、分析中国大陆内外部动向、两岸关系及区域情势，研议政策与应处
二、强化与国内外智库互动交流合作，多元蒐析情势资讯及政策建言
三、加强两岸相关议题研究与资讯研蒐，提供业务支援
四、办理民意调查掌握民意趋势，增进中央地方政策之沟通合作
一、开放中国大陆学生来台就学，促进两岸青年学生互动与认识
二、办理认识台湾相关活动，协助及增进台商子女对台湾的了解与认同
三、适度采认中国大陆高等教育学历，有利争取陆方大学毕业生来台升读及协助台生回台衔接升学或就业
四、办理研习活动，促进青年学生对两岸关系与政府政策之了解
五、开放中国大陆记者来台驻点采访，促进两岸新闻交流
一、两岸海、空运直航执行情形
二、中国大陆旅客来台观光执行情形
三、两岸邮政机构直接通邮、通汇执行情形
四、现阶段两岸金融往来执行情形
五、海外企业来台上市及陆资投资国内股市相关情形
六、两岸海关合作协议执行情形
七、「两岸经济合作架构协议（ECFA）」执行情形
八、推动小三通常态化，促进金马澎地区发展
九、加强对中国大陆台商之联系、辅导及服务工作
一、持续推促「海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议」执行，保障民众权益
二、赓续落实「海峡两岸智慧财产权保护合作协议」，保障民众智慧财产权益
三、建立两岸食品卫生安全处理机制
四、建立两岸医药卫生合作机制
五、完善两岸人员往来机制与管理
一、推动对於香港、澳门高等院校学历采认，促进高教人才务实交流与良性互动
二、持续松绑港澳学生来台就学规定，吸引优秀港澳学生来台就学及毕业後留台发展贡献所学
三、因应港府修订「逃犯条例」，向港方表达我方严正立场、研提保护国人措施，有效维护国家主权及国人安全
四、审慎因应「港版国安法」造成之香港变局，强化风险控管，扞卫民主自由普世价值
五、因应香港情势变化，调整港处业务办理方式，持续维持及精进为民服务业务