行政院大陆委员会於日前举行第254次谘询委员会议，主题为「从李明哲案看台湾NGO从事两岸交流的认识与挑战」，与会谘询委员发言及讨论重点摘录如次：
1. 与会学者引言报告指出，李明哲案发生迄今，关於其遭关押地点、健康情况，及侦讯期间当事人相关权利保障等问题，到现在外界都不清楚；这事件对台湾NGO在中国大陆从事交流活动，造成很大冲击。引言也提到，陆方「境外非政府组织境内活动管理法」於今年1月实施後，任何境外NGO均须在陆方经过合法登记获得许可後，始得在其境内活动，且大陆方面早在成立国家安全委员会後，就已经逐步加强对境外NGO的控管，这使得境外NGO团体在大陆进行交流活动时，面临更多的不确定性及风险。
2. 与会委员表示，或许各界对於如何营救李明哲所提出之解决方案不尽相同，但期盼李明哲能早日平安、尊严返台之心意是一致的；有委员认为，李明哲家属强调人权及拒绝私了的主张，应是陆方第一次遭遇此种家属的回应方式，使得本案具有其独特性；部分委员则建议，面对陆方强势态度，我方应采取较为沉稳的作为，更有技巧的处理应对，且李明哲可能不是最後的案例，未来仍有可能会有其他案件再发生，政府对此应有较长远的因应与规划。
3. 部分与会委员指出，台湾NGO非常多元且具有活力，是我方在进行两岸交流时的优势；但目前陆方对境外NGO在陆活动之监控程度加强，除了慈善救援、扶贫、社区营造等NGO活动较能为陆方接受外，从事其他活动之风险相对较高，此种状况，有人臆测在中共十九大後，会不会对管控比较放松，但因陆方近年国安法网络已经形成，未来可能仍会严格执行，对此台湾NGO应提高警觉并加强合作，共同面对因应这样的情势。
4. 与会委员也提醒李明哲案突显两岸彼此之间对民主、自由存在很大差距，建议政府应统整目前台湾NGO赴陆交流面临之问题及风险，并定期告知NGO团体相关讯息；且政府应更重视两岸社会面的交流，在两岸三通後，两岸社会交流已扩及至民间团体及个人，政府於相关政策及规范上，也要做好因应，让两岸社会面的交流更有序进行；此外，政府也要透过适当方式提醒国人，赴陆交流的风险及应注意的事项。