104242號令修正發布全文55點，並自發布日施行
民國091年08月01日內政部警政署入出境管理局境行君字第0910090417號令修正發布全文55點，並自91年08月01日施行
民國092年06月03日內政部警政署入出境管理局境行鎧字第0920054374號令修正發布第2點及第10點條文，並自92年06月05日施行
民國092年11月03日內政部警政署入出境管理局境行楚字第0922005131號令修正發布第2點及第10點條文，並自即日起施行
民國092年12月04日內政部警政署入出境管理局境行楚字第0922008597號令修正發布第24點條文，並自即日起施行
民國093年02月27日內政部警政署入出境管理局境行楚字第09320043510號令修正發布全文56點，定自93年03月01日起施行
民國093年03月23日內政部警政署入出境管理局境行楚字第09320062730號令修正發布第36、42、50點條文，並自即日起施行
民國093年07月08日內政部警政署入出境管理局境行楚字第09320132420號令修正發布第3點條文
民國093年12月20日內政部警政署入出境管理局境行楚字第09320238540號令修正發布第2、15、23、25、49、54點條文，並自即日起施行
民國094年03月08日內政部警政署入出境管理局境行楚字第09420281770號令修正發布全文56點
民國095年05月01日內政部警政署入出境管理局境行楚字第09520069780號令修正發布，並自95年05月01日起施行
民國096年01月02日內政部入出國及移民署移署秘法楚字第09620001070號令修正發布全文55點，並定自民國95年12月31日起施行
民國096年04月14日內政部入出國及移民署移署出服秀字第09620051150號令修正發布全文55點，定自民國96年03月31日起施行 (歷史條文)
民國097年03月31日內政部入出國及移民署移署出服秀字第09720072360號令修正發布全文55點，定自民國97年04月01日起施行 (歷史條文)
民國097年06月19日內政部入出國及移民署移署出服秀字第09720151220號令修正發布全文45條，並定自97年06月19日起施行
民國097年09月30日內政部入出國及移民署移署出陸建字第09720249880號令修正發布，並定自97年09月30日起施行
民國097年10月15日內政部入出國及移民署移署出陸建字第09720266401號令修正發布名稱及全文48點，並定自97年10月15日起施行（原名稱：試辦金門馬祖與大陸地區通航人員入出境作業規定）
民國098年07月03日內政部入出國及移民署移署出停泰字第0980096491號書函修正第17點條文
民國098年11月09日內政部入出國及移民署移署出陸建字第0980161433號函修正第21、28、34點條文，並自即日起生效 (歷史條文)
民國099年07月15日內政部入出國及移民署移署出陸建字第0990100257號令修正；自即日起生效 (歷史條文)
民國100年06月30日內政部入出國及移民署移署出陸建字第1000098745號令修正；自即日起生效 (歷史條文)
民國102年7月31日內政部入出國及移民署移署出陸美字第1020115451號函修正
民國103年12月26日內政部入出國及移民署移署出陸忍字第10301651972號函修正
民國105年11月30日內政部移民署移署出陸勤字第1050135598號函修正
第一章 總則
一、為辦理試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法（以下簡稱本辦法）有關人員入出境事項，訂定本作業規定。
第二章 臺灣地區人民申請由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區許可
二、臺灣地區人民得持憑有效護照，經內政部移民署（以下簡稱移民署）查驗許可後由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區。
三、在金門、馬祖及澎湖設有戶籍六個月以上者，得向移民署在金門、連江、澎湖所設服務站（以下簡稱服務站）申請核發三年效期多次入出境許可證，其應備文件及證明文件如下：
（一）申請書，照片一張，同國民身分證相片規格。
（二）國民身分證正、影本（正本驗畢退還，影本貼於申請書上），年齡在十四歲以下未領身分證者，附戶口名簿影本。
（三）掛號回郵信封（自取者免附）。
（四）戶口名簿正本（驗畢退還，查核在金門、馬祖、澎湖設戶籍日期）。
前項未成年人由父或母代申請或同意，均可受理。由其他人代申請或同意者，另附監護權證明文件。
第一項在金門、馬祖及澎湖設有戶籍六個月，包括經許可在金門、馬祖及澎湖居留之期間；其在金門、馬祖及澎湖間遷徙者，設有戶籍或居留之期間併計之。
四、依第三點規定申請者，工作日五日，服務站人員受理申請書後，應即審查核對基本資料、照片及戶籍遷入日期與申請書填載是否相符，國民身分證照片有無換貼、偽變造，服務站於核發入出境許可證後，申請書整批寄移民署移民資訊組處理。但假日不受理此類申請案件。
五、戶籍遷出金門、馬祖及澎湖者，其多次入出境許可證由電腦自動註銷，有自金門、馬祖及澎湖進入大陸地區必要者，另依規定申請有效護照持憑查驗許可後由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區。
六、依第三點核發之入出境許可證遺失或逾期之處理方式：
（一）逾期或查驗欄位不敷使用者，原證作廢，重新申請。
（二）在臺灣地區遺失者，檢附警察機關開具之遺失報案證明，或由申請人至服務站申報遺失，重新申請。
（三）在大陸地區遺失者，檢附大陸報案證明及身分證明文件，重新申請。
七、臺灣地區人民具役男身分者，應先依役男出境處理辦法規定辦妥役男出境核准。
八、臺灣地區人民具公務員身分者，應先依臺灣地區公務員及特定身分人員進入大陸地區許可辦法及簡任第十職等及警監四階以下未涉及國家安全機密之公務人員及警察人員赴大陸地區作業要點申請許可或同意。
九、下列人員申請赴大陸地區從事交流活動，得向移民署申請許可，持憑有效護照經查驗許可後，由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區：
（一）金門、連江及澎湖縣縣長。
（二） 服務於金門、連江及澎湖縣各機關之政務人員。
（三） 服務於金門、連江及澎湖縣各機關未涉及國家安全機密之簡任或相當簡任第十一職等以上公務員或警監三階以上警察人員。
前項申請案之許可，必要時，得會商相關機關為之。
十、服務於金門、連江、澎湖縣政府及所屬機關（構）未涉及國家安全機密之簡任或相當簡任第十職等以下公務員，以公務事由申請赴大陸地區者，經所屬縣政府、縣議會同意，持憑有效護照經查驗許可後，由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區。
第三章 大陸地區人民申請往來金門、馬祖或澎湖入出境許可證
十一、大陸地區人民依本辦法申請往來金門、馬祖或澎湖者，應備下列文件向服務站申請入出境許可證。但依規定以網際網路申請者，依其規定之申請方式辦理：
（一）申請書（依申請事由不同而異）。
（二）照片一張（同國民身分證相片規格)。
（三）大陸地區核發有效旅行證照或大陸居民身分證影本（貼於申請書上）；年齡未達請領身分證規定者，附常住人口登記表影本。
（四）相關證明文件：
1.探親：親屬關係公證書及被探人戶籍謄本。
2.探病、奔喪：親屬關係公證書、被探人戶籍謄本及醫院診斷書或死亡證明書。奔喪對象非臺灣地區人民者，免附戶籍謄本。
3.人道探視：足資證明在金門、馬祖或澎湖出生之文件。其隨行之配偶、子女附親屬關係公證書、常住人口登記表或出生證明文件。
4.藝文商務交流：
（1）團體名冊。
（2）藝文商務交流活動計畫書及行程表。
（3）申請人及邀請單位資格證明文件。
（4）其他經主管機關或目的事業主管機關指定之文件。
5.旅行：
（1）團體旅遊：
組團人數五人以上四十人以下之團體名冊，大陸地區隨團領隊，請列第一位。
行程表。
（2）個人旅遊：
簽注事由為「G」之大通證簽注頁。
簡要行程表。
緊急聯絡人資料。
已投保最低二百萬元之旅遊平安保險之保單影本或其他傷害保險證明文件影本。
（3）金門二日團體旅遊、馬祖二日團體旅遊及澎湖二日團體旅遊：
組團人數五人以上四十人以下之團體名冊，大陸地區隨團領隊，請列第一位。
行程表。
檢附大陸居民往來臺灣通行證收據影本及大陸地區居民身分證影本。
（五）限時掛號回郵信封（團體一團一個，自取或以旅行事由於入境時申請者免附）。
（六）除大陸地區隨團領隊外，其他申請人應於出境後，始得再申請。
本作業規定對於大陸地區人民以旅行事由於入境金門、馬祖或澎湖時申請發給臨時入境停留通知單之相關規定，由移民署以公告方式辦理。
十二、金門、馬祖或澎湖親屬、同性質廠商、學校、相關團體或旅行社代申請第七點之案件，並由代申請人擔任其保證人，代申請人資格如下：
（一）社會交流：
1.探親、探病、奔喪：由被探人代申請，但探病、奔喪對象係大陸地區人民者，得由被探人在金門、馬祖或澎湖之親友或救助單位代申請。
2.人道探視：由金門、馬祖或澎湖親友代申請。
（二）藝文商務交流：包含學術、體育、宗教、文化、商務等活動類型，由經核准設立有案之邀請單位負責人代申請。
（三）就學(包含就讀推廣教育學分班或非學分班）：由校長代申請。
（四）旅行：由經交通部觀光局及金門、馬祖或澎湖當地縣政府許可之綜合或甲種旅行社代申請。
前項第四款之旅行社，依當地縣政府提供之名單辦理。
十三、大陸地區人民於金門、馬祖或澎湖海域，因突發之緊急事故，經救助單位救助上岸者，由救助單位填具申請書附身分證明文件及說明書，向移民署申請臨時停留許可證。
十四、以社會交流、藝文商務交流及就學等事由申請者，工作日五日（不含等待中央目的事業主管機關審查時間），停留地點以金門、馬祖或澎湖為限，核發之入出境許可證種類及效期如下。但假日不受理此類申請案件：
（一）社會交流：六個月效期單次入出境許可證或一年至三年效期多次入出境許可證，必要時，得予縮短效期，每次停留期間不得逾二個月，並不得辦理延期。
（二）藝文商務活動：六個月效期單次入出境許可證或一年至三年效期多次入出境許可證，每次停留期間按實際需要核給，最長不得逾三個月，並不得辦理延期。
（三）就學：六個月效期單次入出境許可證或一年效期多次入出境許可證，每次停留期間不得逾四個月，並不得辦理延期。
十五、以旅行事由申請由金門、馬祖或澎湖入境者，得於入境前二十四小時前由經交通部觀光局許可在金門馬祖澎湖營業之綜合或甲種旅行社代為向移民署申請臨時入境停留通知單，申請後不得申請退件。
隨團領隊及依本辦法以旅行事由再次申請入境金門、馬祖或澎湖者，得申請一年至三年效期多次入出境許可證。
依前二項發給之入出境許可證種類、效期及停留地點如下：
（一）臨時入境停留通知單：
1.個人旅遊：有效期間自核發之翌日起算三日，停留期間不得逾十五日，並不得辦理延期，停留地點以金門、馬祖或澎湖為限。
2.團體旅遊：有效期間自核發之翌日起算三日，停留期間不得逾十五日，並不得辦理延期，停留地點以金門、馬祖或澎湖為限。
3.金門二日團體旅遊：有效期間自核發之翌日起算二日，停留期間為入境翌日前有效，並不得辦理延期，停留地點以金門為限。
4.馬祖二日團體旅遊：有效期間自核發之翌日起算二日，停留期間為入境翌日前有效，並不得辦理延期，停留地點以馬祖為限。
5.澎湖二日團體旅遊：有效期間自核發之翌日起算二日，停留期間為入境翌日前有效，並不得辦理延期，停留地點以澎湖為限。
（二）多次入出境許可證：有效期間自核發之翌日起算一年至三年，必要時，得予縮短效期，停留期間不得逾十五日，並不得辦理延期，停留地點以金門、馬祖或澎湖為限。
十六、依第十四點及第十五點規定申請之入出境許可證件規費收費規定如下：
（一）單次入出境許可證：每件新臺幣四百元。
（二）一年效期多次入出境許可證：每件新臺幣八百元。
（三）三年效期多次入出境許可證：每件新臺幣二千元。
（四）臨時入境停留通知單：以網際網路申請，每件新臺幣二百元。
十七、有本辦法第十七條第一項第一款至第四款及第九款情形之一者，移民署承辦單位應會同、會商或以書面徵詢相關目的事業主管機關同意後許可之；有同項第五款逾期停留之情形者，於不予許可期間屆滿後三年內，不得以臨時入境停留通知單入境；有同項第六款至第八款情形之一者，於管制期限內不予許可。
十八、以團體旅遊、金門二日團體旅遊、馬祖二日團體旅遊及澎湖二日團體旅遊申請進入金門、馬祖或澎湖，因故急於個別出境者，得逕持尚有效之入出境許可證或臨時入境停留通知單出境，代申請之旅行社應依規定通報相關單位。
十九、依本辦法進入金門、馬祖或澎湖，因受禁止出境處分、疾病住院、突發或其他特殊事故，未能依限出境者，應於停留期間屆滿前，備妥下列文件，向服務站申請延長停留期間，每次不得逾十五日，如經主管機關會同相關機關認有必要者，得酌予延長期間及次數。
（一） 延期申請書。
（二） 入出境許可證。
（三） 相關證明文件。
（四） 證件費新臺幣二百元。
二十、服務站於發證後，申請書整批寄移民署移民資訊組處理。
移民署移民資訊組應設計社會交流、藝文商務交流、就學及旅行等每日入、出境人數及停留人數，供承辦單位列印及使用。
二十一、大陸地區人民依本辦法以外之相關規定，經許可進入臺灣地區者，得持憑有效入出境許可證，經移民署查驗後，由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區，但臺灣地區人民之配偶依法須經機場、港口接受面談者，須符下列情形之ㄧ，始得由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區：
（一） 來臺地址為金門、馬祖或澎湖。
（二） 在大陸地區福建設有戶籍。
大陸地區人民申請進入金門、馬祖或澎湖，內政部得限制人數。
第四章 大陸地區船員申請臨時停留許可證
二十二、大陸地區人民在經政府核准往返金門、馬祖或澎湖與大陸地區航行之船舶服務之船員或服務於船舶之人員（以下簡稱大陸地區船員），因航行任務抵達離島兩岸通航港口，須離開港區臨時停留者，由所屬之船舶運送業者在金門、馬祖或澎湖之船務代理業者，以網際網路申請或備下列文件向移民署派駐港口之國境事務隊申請臨時停留許可證。
（一）申請書。
（二）大陸地區船員證。
（三）船舶進港報告單。
二十三、大陸地區船員臨時停留許可證，其停留期間依船期表所列靠泊港口期間填載。在金門申請者，加註「限停留金門」，在馬祖申請者，加註「限停留馬祖」，在澎湖申請者，加註「限停留澎湖」，並均限由同一港口入出境。
二十四、大陸地區船員經許可臨時停留，因受禁止出境處分、疾病住院、災變或其他特殊事故，須延長停留期間者，應於停留期間屆滿前，由代申請人備下列文件，向服務站申請延期停留，每次以七日為限。
（一）延期申請書。
（二）臨時停留許可證。
（三）相關證明文件。
（四）新臺幣二百元。
第五章 證照查驗
二十五、臺灣地區人民出境進入大陸地區，查驗之證件如下：
（一）登船證。
（二） 有效護照或金門馬祖澎湖專用入出境許可證。
二十六、臺灣地區人民在經政府核准往返金門、馬祖或澎湖與大陸地區航行之船舶服務之船員或服務於船舶之人員（以下簡稱臺灣地區船員），因航行任務出境進入大陸地區，查驗之證件如下：
（一）護照或航政機關所發已辦妥任職簽證之船員服務手冊。
（二）船舶出港報告單。
二十七、大陸地區人民出境返回大陸地區，查驗之證件如下：
（一）登船證。
（二）大陸地區核發之有效護(證)照。
（三）入出境許可證。
二十八、大陸地區船員出境上船，查驗其臨時停留許可證及大陸地區船員證，於效期內許可出境。
二十九、香港、澳門居民或臺灣地區無戶籍國民（以下簡稱無戶籍國民）出境進入大陸地區，查驗其登船證、有效護照及入出境許可證。
三十、外國人出境進入大陸地區，查驗其登船證及有效護照。
三十一、臺灣地區人民自大陸地區返回金門、馬祖或澎湖，查驗有效護照或金門馬祖澎湖專用入出境許可證。
三十二、臺灣地區船員因航行任務自大陸地區返回金門、馬祖或澎湖，查驗之證件如下：
（一）航政機關所發已辦妥任職簽證之船員服務手冊。
（二）船員名冊。
三十三、大陸地區人民入境金門、馬祖或澎湖，查驗下列證件之一：
（一）往來金門、馬祖或澎湖入出境許可證或臨時入境通知單：
1.核驗其大陸居民身分證、大陸地區核發有效旅行證照或足資證明居民身分之文件。
2.團體入出境許可證未入境者，由服務站將入境聯及出境聯均予註銷。實際入境人數，全團在五人以上者，始得查驗入境。
（二）臺灣地區入出境許可證、入境證及居留證副本或入境證及定居證副本：
1.核驗其有效之大陸地區往來臺灣地區通行證。
2.來臺地址載明金門、馬祖或澎湖地址者，或入出境許可證附記欄加註「可經金門馬祖澎湖入出境」者，始得查驗入境。
3.於入出境許可證、居留證副本或定居證副本蓋入境章後，入出境許可證、居留證副本或定居證副本交還當事人持用。
三十四、大陸地區船員入境進入金門、馬祖或澎湖臨時停留，查驗其臨時停留許可證及大陸地區船員證。
三十五、香港、澳門居民或無戶籍國民自大陸地區進入金門、馬祖或澎湖，查驗證件如下：
（一）香港、澳門、中華民國護照及有效入出境許可證。
（二）旅客入境登記表。
（三）離境機（船）票。
三十六、外國人自大陸地區進入金門、馬祖或澎湖，查驗證件如下：
（一）外國護照上有效簽證。
（二）旅客入境登記表。
（三）離境機（船）票。
三十七、收繳之證、表及旅客入境登記表，按船舶呼號每日彙送移民署移民資訊組。
第六章 違規處理
三十八、電腦顯示係禁止出境對象，製作禁止出境處分書交付當事人，並禁止其出境。
三十九、查獲持用偽造、變造或冒用身分證件案件之處理方式：
（一）申請案件：申請案不予許可，並予註參。
（二）入出境查驗：偵訊後原船強制出境或解送當地警察局處理，相關資料註參。
四十、查獲無有效入出境證件對象之處理方式：
（一）無有效出境證件者，拒絕查驗出境，或依其他相關法令辦理。
（二）無有效入境證件者，強制遣返，或依其他相關法令辦理，並將違規情形填舉發單，由移民署處罰船舶運送業者。
四十一、大陸地區人民在金門、馬祖或澎湖逾期停留、非法工作，代申請人之處分規定如下：
（一）以社會交流、藝文商務交流、就學等事由代申請者，大陸地區人民出境前，不受理其代申請案件，已受理尚未許可者，申請案不予許可。其代申請之案件，第二次以後違反規定，一年內不受理其代申請。
（二）以旅行事由代申請者：
1.一人違規者，該違規人出境前，不受理其代申請案件，已受理尚未許可者，申請案不予許可。其不受理期間最長為一年。
2.一個月內有二人違規且已出境者，三個月不受理其代申請，三人至五人違規者，六個月不受理其代申請。六人以上違規者，一年不受理其代申請。
前項違規案件，送移民署原案件承辦單位製作處分書，通知代申請人，副知當地縣政府、服務站。
四十二、大陸地區船員違規者，移民署不受理其服務之船舶六個月辦理大陸地區船員臨時停留許可證。該船員在一個月內出境者，不受理期間縮短為三個月。
四十三、大陸地區人民依法應強制出境，無有效出境證件者，由移民署發給出境通知單，並通報註參。查驗出境時，於通知單上蓋出境章後收繳之。
第七章 附則
四十四、經政府核准往返金門、馬祖或澎湖與大陸地區航行之船舶啟航或抵達時，應由所屬船舶公司造具乘客名冊，送移民署備查。
四十五、依本辦法發給大陸地區人民之入出境許可證污損或遺失，應備妥下列文件向服務站申請補發，並依規定收繳證件費。
（一）入出境許可申請書。
（二）污損之證件或遺失證件之具結書。
四十六、中華民國船舶經申請專案核准，由臺灣本島航行經金門、馬祖或澎湖進入大陸地區。其人員名冊，得由交通部轉送移民署，或由專案申請之團體送移民署。
船舶由臺灣本島經金門、馬祖或澎湖應停泊，人員並應上岸，其在臺灣本島登船時檢查有效護照。在金門、馬祖或澎湖登船時辦理出境查驗，於護照加蓋出境章。自大陸地區返回進入金門、馬祖或澎湖時辦理入境查驗，於護照蓋入境章。其在金門、馬祖或澎湖登船返回臺灣本島，憑蓋有入境章戳之護照檢查後登船。前項查驗得於船舶上辦理。
四十七、外國人、香港澳門居民或無戶籍國民依各相關法規之規定。