本会成立於民国八十年元月卅一日。依据本会组织条例之规定，职司统筹处理政府有关大陆事务，对地方政府执行本会主管事务及对中介团体经政府授权处理两岸交流事项，有指示及监督之责。自新政府成立以来，两岸关系一直是各界关注的焦点，本会基於职掌，对大陆政策的规划与实施，一方面除了寻求政策的延续性外，另一方面更积极地以新的思维，凝聚台湾内部对大陆政策的共识，使政府施政在新的世纪能充分反映主流民意。
当前大陆政策的首要目标是「稳定两岸关系」，并在确保国家安全与尊严的前提下，积极推动以经贸为主轴的交流，加上文化及社会各层面的互动与往来，逐步建立完整的两岸交流互动秩序，为两岸关系的正常化铺路。据此，本会年度内推动之重要工作，包括：加强整体大陆政策之研究与规划，协助地方政府办理大陆工作研习会，积极准备两岸协商事宜；研拟两岸经贸政策及规范措施，在金马地区试办「小三通」，并审慎规划推动两岸「三通」，并审慎规划推动两岸「三通」检讨调整「戒急用忍」政策，规划开放大陆地区人民来台观光；推动两岸文教交流，加强资讯互通，加强民间团体之联系与辅导；健全两岸交流秩序与管理机制，研（修）订两岸交流相关法规，强化大陆地区人民来台管理机制；掌握港澳情势，扩大交流与互惠关系，完成台澳航约续约谘商；加强国内外各界大陆政策宣导，凝聚各界共识，办理海外宣导活动，增进国际社会之了解等。
进入新世纪後，政府改善两岸关系，致力维持台海和平与安定的政策主轴，将更为明确。推动两岸经贸关系正常化，逐步建构永久和平与稳定的两岸关系，将是政府在进入新世纪全力以赴的施政愿景。期盼各界先进续予本会指导和支持，使政府大陆工作能汇集各方的力量，共同促成愿景的实现。
主任委员 蔡英文 谨识 民国九十年四月