第 1 条 本办法依台湾地区与大陆地区人民关系条例第二十八条及第二十九条第三项规定订定之。
第 2 条 台湾地区民用航空运输业应先取得航权後，始得申请飞航台湾地区与大陆地区（以下简称两岸）定期航线或客、货运包机。
前项航权之分配及管理，准用国际航权分配及包机审查纲要第三条至第六条、第九条至第十一条规定。
第 3 条 台湾地区民用航空运输业申请飞航两岸定期航线，其航线筹办、航机务审查、试航、航线证书申请、缴还、注销或换发、航线暂停、终止或复航、定期飞航班机时间表报核、证书费及其有效期限等事项，准用民用航空运输业管理规则第十二条、第十三条第一项、第十三条之一第三项至第六项、第十五条第一项、第三项、第十九条第一项及第三十五条规定。
台湾地区民用航空运输业应将前项定期航线之客、货运价，报请交通部民用航空局（以下简称民航局）转报交通部备查，变更时，亦同。客、货运价之使用限制、报请备查程序及生效日期等事项，准用航空客货运价管理办法第二条、第三条、第十条及第十一条有关国际定期航线规定。
第 4 条 台湾地区民用航空运输业申请飞航两岸包机者，其航机务审查、试航、申请条件、程序及申请费等事项，准用民用航空运输业管理规则第十三条第二项、第十六条第一项、第三项、第三十五条之一、国际航权分配及包机审查纲要第十三条第一项及第二项规定。
台湾地区民用航空运输业申请飞航两岸空运相关协议明定以定期班机管理之包机者，依前条规定办理。
台湾地区民用航空运输业申请飞航两岸包机之航线，已有业者经营定期航线班机者，应不予核准。但专案申请经民航局核准者，不在此限。
第 5 条 台湾地区普通航空业申请执行两岸紧急医疗或特定人道任务之飞航者，其申请程序，准用普通航空业管理规则第十条规定。
第 6 条 台湾地区自用航空器飞航两岸者，其申请程序，准用自用航空器飞航活动管理规则第七条规定。
第 7 条 台湾地区民用航空器飞航两岸包机以外之不定期飞航及特种飞航者，其申请程序，准用民用航空运输业管理规则第二十条规定。
第 7-1 条 台湾地区民用航空器从事国际飞航，其航空器所有人或使用人应报经民航局核准後，始得以大陆地区机场为备用机场。
第 8 条 大陆地区民用航空运输业应在台湾地区设立分公司或委托在台湾地区之总代理执行或处理客、货运业务，始得在台湾地区揽载客货。
大陆地区民用航空运输业申请在台湾地区设立分公司或办事处者，应向民航局申请核转交通部许可後，依法向公司登记主管机关办理许可及登记或报备。
前二项申请程序、委托总代理申请程序、许可证费、公司名称及代码之报核程序等事项，准用外籍民用航空运输业管理规则第三条、第四条、第四条之一、第八条第一项至第三项及民用航空运输业管理规则第九条第四项规定。
第 9 条 大陆地区民用航空运输业申请飞航两岸定期航线，其航线证书申请、缴还、注销或换发、证书费与其有效期限、航线暂停、终止或复航及定期飞航班机时间表报核等事项，准用外籍民用航空运输业管理规则第五条、第八条、民用航空运输业管理规则第十三条之一第三项至第六项、第十五条第一项、第三项及第十九条第一项规定。
大陆地区民用航空运输业应将前项定期航线之客、货运价，报请民航局转报交通部备查，变更时，亦同。客、货运价之使用限制、报请备查程序及生效日期等事项，准用航空客货运价管理办法第二条、第三条、第十条及第十一条有关国际定期航线规定。
第 10 条 大陆地区民用航空运输业申请飞航两岸包机者，其申请程序及申请费，准用外籍民用航空运输业管理规则第六条第一项、第二项、第四项及第九条规定。
大陆地区民用航空运输业申请飞航两岸空运相关协议明定以定期班机管理之包机者，依前条规定办理。
第 11 条 大陆地区民用航空器，除前二条规定之飞航外，其飞入飞出台湾地区之申请程序，准用民用航空运输业管理规则第二十条、外籍航空器飞航国境规则第六条、第七条及第七条之一规定。
第 12 条 两岸专案货运包机、台湾地区航空维修厂承揽大陆民用航空器在台维修及台湾地区民用航空器飞越大陆空域等事项，应依交通部订定之国籍航空公司申请飞航两岸专案货运包机作业程序、大陆籍航空公司申请飞航两岸专案货运包机作业程序、国籍航空维修厂申请承揽大陆民用航空器在台维修作业程序及国籍航空公司申请飞越大陆空域作业程序办理。
第 12-1 条 本办法各项飞航申请得於民航局指定之资讯系统以电子化方式为之。
第 12-2 条 第三条至第五条、第七条及第九条至第十一条之飞航申请或变更之受理及核准，民航局得委托航空站经营人办理。
民航局依前项规定为委托行为时，应将委托之对象、事项及法规依据公告之，并刊登於政府公报。
第 13 条 本办法未规定事项，涉及两岸空运直航许可管理事务者，准用民用航空法及其相关法规命令有关国际飞航及外国人规定办理。
第 14 条 本办法自发布日施行。