两岸两会於99年12月21日签署「海峡两岸医药卫生合作协议」。
效益：由两岸卫生主管机关建立制度化的合作机制，有效管控两岸交流日益深化後可能衍生的医药卫生风险，依据协议规定，两岸已建立平时及重大疫情资讯交换及通报机制，我方得以即时掌握中国大陆疫情资讯，将更有效维护民众之健康安全；对於两岸医药品的安全管理协处机制，双方将依照国际间公认安全管理之规范建立相关品质安全管理机制，确保两岸医药品的品质，以及推动双方新药临床试验合作；并针对中国大陆输入中药材进行源头管理，以保障消费者使用进口中药材的安全；同时，对於国人在中国大陆发生重大意外事故，即时提供紧急救治措施之协助，使国人生命健康更有保障。