财政部北区国税局表示，依台湾地区与大陆地区人民关系条例第24条规定，纳税义务人取得大陆地区来源所得，应并同台湾地区来源所得课徵综合所得税。但其在大陆地区已缴纳之所得税额，得自应纳税额中扣抵，惟不得超过因加计大陆地区来源所得，而依台湾地区适用税率计算增加之应纳税额。
稽徵机关於结算申报期间提供纳税义务人查询课税年度所得资料之范围，为扣缴义务人於法定期间内向稽徵机关申报之扣缴暨免扣缴凭单、股利凭单、缓课股票转让所得申报凭单、信托财产各类所得凭单及信托财产缓课股票转让所得凭单。大陆地区来源所得非属稽徵机关提供查询之所得资料范围，纳税义务人如有大陆地区来源所得，应并入当年度综合所得总额申报。
该局举例说明，纳税义务人A君103年度综合所得税结算申报短漏大陆地区来源所得800余万元(含缴纳大陆个人所得税200万元)，经核算其含大陆地区来源所得的应纳税额为360万元，不含大陆地区来源所得之应纳税额为60万元，因加计大陆地区来源所得，而依台湾地区适用税率计算增加之应纳税额300万元(360万元-60万元)，较在大陆地区已缴纳所得税额200万元为高，故在大陆地区已缴纳所得税可全数扣抵。本案遭稽徵机关核定补徵应纳税额100万元(300万元-200万元)，A君虽采用网路申报方式办理该年度综合所得税结算申报，惟该漏报之大陆地区来源所得并非稽徵机关提供查询之所得资料范围，除补徵本税外，另处以罚锾。
该局特别呼吁，纳税义务人及其合并申报之配偶暨受扶养亲属，如发现有大陆地区来源所得漏未申报，在稽徵机关调查前，尽速依税捐稽徵法第48条之1规定，向户籍所在地稽徵机关自动补报缴所得税，请民众勿心存侥幸，以免被查获补税外，还要加处罚锾，得不偿失。
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