疾病管制署2月13日自国内今年2月4日确诊首例H7N9境外移入个案检体成功分离病毒，并於2月15日完成全基因序列分析，相关序列讯息已於2月16日提供农委会并同步发布於国际GISAID网站与全球分享，并於今日经流感谘询委员会专家会议确认研判结果。结果显示，自个案检体分离出此境外移入H7N9流感病毒，其红血球凝集素（HA）与神经胺酸(西每)（NA）蛋白基因，与中国所分离出来的H7N9流感病毒相似，其他内部蛋白基因组合与目前病毒相比略为不同，可能为一个新的基因型，对禽类具高病原性，但无增强禽传人或人传人能力之突变。
疾管署表示，自个案检体分离出的H7N9病毒在HA蛋白切割位新增3个硷性胺基酸，可能使其在禽类的病原性提高。此外，进一步的基因序列分析显示，该病毒的NA蛋白具有突变，对克流感及瑞乐沙等抗病毒药物具抗药性，专家推测可能是治疗过程筛选出来之抗药性病毒。疾管署於2月15日检出病毒抗药性时立即通知照护医疗团队作为治疗参考，目前个案仍病况严重住院治疗中。疾管署和农委会将密切掌握国际人类和禽鸟H7N9病毒流行株变化趋势，强化即时疫情监测及病毒监视，并於今日公布更新之新型A型流感临床诊疗指引，确保国人健康。
针对外界近期对国内首例H7N9境外移入个案之防疫处置等疑义，疾管署重申，个案1月25日入境台湾，第一时间即因发烧被机场检疫人员拦检并开立就医敬告单建议就医，个案同日就医并於隔日转至某医学中心时医师即怀疑H7N9流感轻症，并立即通报采检，说明检疫站或医师均有高度警觉心及善尽监控通报责任，绝无延迟通报或误诊情形。此外，卫生单位亦每日主动了解个案病情；另自个案确诊後，即对所有相关接触者进行调查与造册，对密切接触者均给予适当卫教及开立自主健康通知书。总计列管之相关接触者共141人，均已於2月13日解除列管。
另根据世界卫生组织2013年4月发布之疫情速讯（https://goo.gl/qLijxc）内容所示，中国大陆H7N9首批病例是上海2例、安徽1例，3人发病时间介於2013年2月19日和3月15日之间，所有病例发展为重症肺炎。这些病例至3月29日才获得中国疾病预防控制中心的实验室确认H7N9流感，由发病至确诊长达13至38天。外传「2013年世界H7N9首例出现於上海，当地医疗机构一天即确认，且完成病毒解析」并非事实。
中国大陆本季自入秋（2016年10月1日）迄今累计426例H7N9流感病例，已超越历年，病例数以江苏省124例、浙江省75例、广东省47例及安徽省45例为多；个案多具禽类、活禽市场暴露史，以50岁以上族群为多。全球自2013年迄今累计1,224例病例，世界卫生组织（WHO）更新截至今年1月16日累积359例死亡。
目前中国大陆仍处H7N9流感高峰期，民众如需前往请提高警觉，并应遵守「5要6不」原则，「5要」：禽肉及蛋要熟食、要以肥皂澈底洗手、出现症状，要戴口罩速就医并告知职业及接触史、与禽鸟长期接触者要接种流感疫苗、要均衡饮食及适当运动；「6不」：不生食禽鸟蛋类或制品、不走私及购买来路不明禽鸟肉品、不接触或喂食候鸟及禽鸟、不野放及随意丢弃禽鸟、不将饲养禽鸟与其他禽畜混居、不去空气不流通或人潮壅挤的场所。