有关清华海峡研究院於国立清华大学校内设置清华海峡研究院新竹办公室一节，本部前於110年10月26日接获陆委会来函认有违反台湾地区与大陆地区人民关系条例(以下简称两岸条例)第40条之2「大陆地区之非营利法人、团体或其他机构，非经各该主管机关许可，不得在台湾地区设立办事处或分支机构，从事业务活动。」规定，本部於11月4日函请国立清华大学校友总会及国立清华大学就该新竹办公室从事活动情形查察报部。本案将依据两岸条例第93条之3规定，以违反该条例40条之2进行裁罚。
针对国立清华大学将校内空间租供清华海峡研究院(新竹办公室)，作为办公处所部分，本部已督导国立清华大学依该校场地设备管理使用相关规定，针对本案违背法令情事，立即停止其使用并即刻撤离。