(制定依据)
一、 依据行政院大陆委员会97年12月11日陆经字第0970024100号函暨97年12月12日陆经字第0970024150号函办理。
(制定目的)
二、 为利国籍民用航空运输业者（以下简称业者）申请飞航包机载运旅客往返台湾地区与大陆地区（以下简称两岸客运包机），特订定本作业程序。
(申请资格)
三、 申请两岸客运包机，以经交通部民用航空局（以下简称民航局）核准经营国际航线不定期航空运输业务之业者为限。
(飞经航路)
四、 业者飞航两岸客运包机，其来程（由大陆飞往台湾）及去程（由台湾飞往大陆）均应依北线飞航路线(自B576 BERBA点经双方议定之航管交接点至东山双向使用)或现行飞越香港至大陆之航路飞航。
(停降航点)
五、 飞航两岸客运包机之航点如下：
(一) 大陆地区限定为北京、上海浦东、广州、厦门、南京、成都、重庆、杭州、大连、桂林、深圳、武汉、福州、青岛、长沙、海口、昆明、西安、渖阳、天津、郑州等21个航点。
(二) 台湾地区则限定为桃园、高雄小港、台中清泉岗、台北松山、澎湖马公、花莲、金门及台东等8个航点。
(飞航架次、额度)
六、 业者飞航两岸客运包机，每周飞航架次总计以往返各54架次为限。惟往返上海浦东国际机场之包机以往返各20架次为限。今後视市场需求适时增减班次。春节期间可视情适量增加临时包机。
七、 业者申请飞航桃园及高雄小港航点之两岸客运包机前，应先向台北市航空运输商业同业公会国际机场时间带协调中心申请取得於前揭航点起降所需之时间带。
(承载对象)
八、 两岸客运包机承载对象为持有效旅行证件往返两岸之旅客；并可利用客运包机运送双方邮件。
(申请期间及应备文件)
九、 业者申请飞航两岸客运包机，应经民航局航机务审查合格并逐月於预计起飞十五日前检附申请书（如附件一）、包机合约副本及经审查合格之「民用航空运输业申请新增航线及既有航线更换机种飞航－航务、机务审核表」报请民航局核准後，始可飞航。
十、 民航局航务、机务查核人员得视需要以组员方式赴大陆地区进行航机务查核。
(其他事项)
十一、 申请以国籍航空器飞航两岸非营利性商务(公务)包机准用本程序第四点、第五点第二款、第八点规定，使用民用机场应於预计起飞二工作日前、使用军民合用机场应於预计起飞四工作日前，检附申请书（如附件二）、责任保险证明文件及搭乘人员名单，直接向民航局提出申请或委托飞航国际航线之本国籍民用航空运输业或经营国际商务专机之本国籍普通航空业代理申请。
十二、 业者应随时提报有关大陆民航主管机关对於两岸客运包机准驳情形，供政府各相关单位参考。
十三、 本作业程序未规定者，依民用航空法及其相关子法有关国际航线包机、自用航空器飞航活动作业规定办理。
附件一 民用航空器飞航国境（包机）申请书
附件二 航空器飞航国境申请书