(制定依据)
一、 依据行政院大陆委员会97年12月11日陆经字第0970024100号函暨97年12月12日陆经字第0970024150号函办理。
(制定目的)
二、 为利大陆籍民用航空运输业者（以下简称大陆业者）申请飞航包机载运旅客往返台湾地区与大陆地区（以下简称两岸客运包机），特订定本作业程序。
(申请资格)
三、 申请两岸客运包机，以经资本在大陆登记注册的航空公司，并经大陆民用航空主管机关许可得从事两岸间航空客货运输业务之业者为限。
(飞经航路)
四、 大陆业者飞航两岸客运包机，其来程（由大陆飞往台湾）及去程（由台湾飞往大陆）均应依北线飞航路线(自B576 BERBA点经双方议定之航管交接点至东山双向使用)或现行飞越香港至大陆之航路飞航。
(停降航点)
五、 飞航两岸客运包机之航点如下：
(一)大陆地区限定为北京、上海浦东、广州、厦门、南京、成都、重庆、杭州、大连、桂林、深圳、武汉、福州、青岛、长沙、海口、昆明、西安、渖阳、天津、郑州等21个航点。
(二)台湾地区则限定为桃园、高雄小港、台中清泉岗、台北松山、澎湖马公、花莲、金门及台东等8个航点。
(飞航架次、额度)
六、 大陆业者飞航两岸客运包机，每周飞航架次总计以往返各54架次为限。今後视市场需求适时增减班次。春节期间可视情适量增加临时包机。
七、 大陆业者申请飞航桃园及高雄小港航点之两岸客运包机前，应先向台北市航空运输商业同业公会国际机场时间带协调中心申请取得於前揭航点起降所需之时间带。
(承载对象)
八、 两岸客运包机承载对象为持有效旅行证件往返两岸之旅客；并可利用客运包机运送双方邮件。
(申请期间及应备文件)
九、 大陆业者申请飞航两岸客运包机，应具备保安计画，并逐月於预计起飞十五日前检附申请书（如附件一）、包机合约副本及保险证明文件，得直接向民航局提出申请或委托飞航国际航线之本国籍民用航空运输业代理申请。
十、 大陆业者直接向民航局申请飞航两岸客运包机者，应委托飞航国际航线之本国籍民用航空运输业代理处理机场运务及旅客消费权益相关事宜。
十一、 大陆业者於飞航两岸客运包机进入台湾地区时应已备妥保证函，证明其航空器登记证书、适航证书、无线电台执照及航空人员检定证、体格检查及格证均为有效。民航局航务、机务查核人员得视需要进行查核。
(办事处)
十二、 大陆业者申请在台湾地区设立办事处者，应检附下列各款文件一式二份向民航局申请核转交通部许可，并依法向有关机关办理备案。
(一)申请书(如附件二)。
(二)委托授权书。
(三)大陆地区主管机关发给之证明文件。
(四)主要股东名簿。
(五)现有航线图。
(其他事项)
十三、 申请以大陆籍航空器飞航两岸非营利性商务(公务)包机准用本程序第四点、第五点第二款、第八点规定，使用民用机场应於预计起飞二工作日前、使用军民合用机场应於预计起飞四工作日前，检附申请书（如附件三）、责任保险证明文件及搭乘人员名单，直接向民航局提出申请或委托飞航国际航线之本国籍民用航空运输业或经营国际商务专机之本国籍普通航空业代理申请。
十四、 本作业程序未规定者，依民用航空法及其相关子法有关国际航线包机、外籍航空器飞航国境作业规定办理。
附件一 民用航空器飞航国境（包机）申请书
附件二 大陆地区民用航空运输业在台湾地区设立办事处申请书
附件三 航空器飞航国境申请书