第一条 本办法依台湾地区与大陆地区人民关系条例（以下简称本条例）第二十九条之一第二项规定订定之。
第二条 本办法用词，定义如下：
一、大陆地区船舶运送业：指依大陆地区法律设立登记之公司，经依台湾地区与大陆地区海运直航许可管理办法规定，从事台湾地区与大陆地区海上客、货直接运输之船舶运送业者。
二、大陆地区民用航空运输业：指依大陆地区法律设立登记之公司，经依台湾地区与大陆地区空运直航许可管理办法规定，从事台湾地区与大陆地区定期航线或客、货运包机之民用航空运输业者。
第三条 大陆地区船舶运送业於中华民国九十七年十二月十五日以後，自台湾地区载运客、货进入大陆地区取得之运输收入，营业税税率为零，其所得免徵营利事业所得税。
大陆地区民用航空运输业於中华民国九十八年六月二十五日以後，自台湾地区载运客、货进入大陆地区取得之运输收入，营业税税率为零，其所得免徵营利事业所得税。
第四条 大陆地区船舶运送业或民用航空运输业在台湾地区销售货物或劳务，其固定营业场所或代理人应依加值型及非加值型营业税法第四章及第五章规定，办理税籍登记、开立凭证、设置与登载帐簿、计算税额及申报销售额、应纳或溢付税额；其取得前条规定之收入，於办理营业税申报时，应依规定格式检附载运国外客、货收入清单。
第五条 大陆地区船舶运送业或民用航空运输业有台湾地区来源所得者，应就其台湾地区来源所得，依本条例第二十五条第三项及第四项规定课徵营利事业所得税。但有第三条规定之所得者，应检附所得相关证明、目的事业主管机关核可文件及其他相关文件，事先向给付人所在地之税捐稽徵机关申请核准免徵营利事业所得税。
前项但书规定之所得，属所得税法第八十八条规定扣缴范围之所得者，税捐稽徵机关於核准时，应副知扣缴义务人免办理扣缴。
第一项大陆地区船舶运送业或民用航空运输业依规定应由其在台湾地区之固定营业场所办理结算申报，或由其营业代理人申报纳税者，得於办理营利事业所得税结算申报或申报纳税时并同申请，由税捐稽徵机关核定其免徵之营利事业所得额。
第六条 前条第一项之大陆地区船舶运送业或民用航空运输业取得第三条规定之所得，已依各类所得扣缴率标准课税者，得由所得人或扣缴义务人自缴纳税款之日起五年内，检附前条第一项但书规定之证明文件及扣缴凭单，向原受理扣缴申报之税捐稽徵机关办理退还溢缴税款。
前条第一项之大陆地区船舶运送业或民用航空运输业取得第三条规定之所得，已依本条例第二十五条第三项规定办理结算申报或申报纳税者，得自缴纳税款之日起五年内，检附前条第一项但书规定之证明文件、申报书及缴款书正本，向原受理申报之税捐稽徵机关办理退还溢缴税款。
第七条 本办法自发布日施行。