第一条 本办法依台湾地区与大陆地区人民关系条例第二十八条、第二十九条第三项及第三十条第三项规定订定之。
第二条 台湾地区与大陆地区直航港口包含下列港口：
一、国际商港。
二、国内商港。
三、工业港。
前项港口由交通部报行政院指定後公告，并刊登政府公报。
第三条 船舶运送业申请经营台湾地区与大陆地区海运客货直航业务，应检附海运直航申请书、营业计画书及相关文书，向航港局申请，经该局考量运量供需及运能平衡，核转交通部许可後，始得营运。
第一项许可期间，以二年为限，并得於期限届满三十日前重新申请许可。
船舶运送业应於取得许可後四个月内营运；届期未开始营运者，由航港局报交通部废止其营运许可。
台湾地区船舶运送业经营第三地与大陆地区航运业务者，准用本办法规定。大陆地区船舶运送业经营第三地与台湾地区航运业务者，亦同。
第四条 从事台湾地区与大陆地区海上客货直接运输之船舶，以符合下列各款情形之一者为限：
一、台湾地区或大陆地区资本，并在两岸登记者。
二、台湾地区或大陆地区资本，并在香港登记者。
三、本办法施行前，已从事境外航运中心运输、两岸三地货柜运输或砂石运输业务之台湾地区或大陆地区资本之外国籍船舶。
前项第三款以外之外国籍船舶经航港局核转交通部许可者，得航行於台湾地区与大陆地区港口。
第五条 大陆地区船舶运送业经营台湾地区与大陆地区海运客货直航业务，其在台湾地区揽载客货、代理登记、设立分公司、申报运价表、申报加入为国际联营组织会员、合作营运、提供查核文件等管理事项，准用航业法第十七条、第二十三条至第二十九条、第三十四条、第三十五条、第三十七条至第四十条、第五十七条至第六十条、第六十二条、船舶运送业及船舶出租业管理规则第二十五条、第三十条至第三十六条、船务代理业管理规则第十六条规定。
第六条 船舶运送业经营台湾地区与大陆地区固定航线业务者，应检附海运直航固定航线申请书、营业计画书、船舶一览表、运价表、船期表、船舶适航证明文件及其他相关文书，申请航港局核转交通部许可；许可内容变更时，亦同。
船舶运送业申请经营非固定航线业务者，应检附海运直航非固定航线申请书、营业计画书及相关文书，逐船逐航次向航港局申请许可；许可内容变更时，亦同。
船舶运送业申请经营之运送客货大陆船舶航经第十条第二项公告之航路或航道入出大陆地区直航港口者，应检附申请书及相关文书，向航港局申请许可；许可内容变更时，亦同。
前项许可期间，以六个月为限，并得於期限届满十五日前重新申请许可。
第七条 非运送客货之各类船舶申请航行台湾地区与大陆地区港口者，应检附航行目的、计画及相关文件，申请航港局核转交通部专案许可。
前项申请案件，交通部应会商有关机关进行审查。
第八条 船舶运送业经营台湾地区与大陆地区航线之船舶，入出台湾地区直航港口时，应全程开启海事通信频道，并装设船舶自动识别系统。
船舶运送业经营之运送客货船舶，航经第十条第二项公告之航路或航道入出大陆地区直航港口者，於入出航道时，其通信导航识别依前项规定办理，并应接受调度及依交通部相关管理规定办理。
第九条 大陆地区船舶入出台湾地区直航港口期间，船舶悬挂公司旗，船艉及主桅不挂旗。
第十条 经营台湾地区与大陆地区航线船舶入出台湾地区直航港口，所经航路或航道，交通部得依实际需求，会同有关机关划设公告，并刊登政府公报，船舶应依公告之航路或航道航行。
运送客货之船舶航经台湾地区之金门、马祖限制或禁止水域入出大陆地区直航港口，所经航路或航道，交通部得依实际需求，会同有关机关划设公告，并刊登政府公报，船舶应依公告之航路或航道航行。
第十一条 经营台湾地区与大陆地区航线船舶、旅客及货物入出台湾地区直航港口，依港口一般作业规定缴交费用。
第十二条 船舶运送业或其代理人应於每月十日前，依交通部所定格式，向航港局申报前一月所经营或代理之直航船舶及运送统计资料。
第十三条 船舶运送业未依第五条、第八条第一项、第十条第一项或第十二条规定办理者，交通部得令其改正或停止其营业之一部，情节重大者，得废止其直航许可。
船舶运送业经营之运送客货船舶，航经第十条第二项公告之航路或航道入出大陆地区直航港口，未依第八条第二项办理、第十条第二项公告之航路或航道航行者，交通部应立即令其改正，情节重大者，应立即废止其许可，并得自废止之日起三年内不受理其申请许可。
大陆船舶未经许可进入台湾地区限制或禁止水域，并依据台湾地区与大陆地区人民关系条例第三十二条及第八十条之一规定处置。
第十四条 本办法有关许可管理事项，交通部得委任航港局办理。
第十五条 本办法自发布日施行。