民国九十五年一月一日(2006.1.1)
陈总统发表元旦祝词表示，不论未来两岸关系如何发展，都必须符合「主权、民主、和平、对等」的四大原则。并强调两岸经贸政策所追求的不是个别或企业本身的经济利益而已，台湾能够永续发展才是我们所追求的最大利益。具体而言，政府的角色必须「积极」负起「管理」的责任，才能「有效」降低「开放」的风险。执政者必须著眼於国家长远的发展，为可以预见的风险把关，扮演经济安全的守门人，不能够讨好或取巧。「积极管理、有效开放」将是未来两岸经贸政策的新思维与新作为。
民国九十五年一月一日(2006.1.1)
陆委会发布新闻稿表示，「积极管理」是为了确保台湾的自主性和经济的永续发展，也是作为「有效开放」的坚实基础。将两岸经贸政策简化为「开放」与「紧缩」是严重的扭曲事实；唯有政府和民间企业能确立我们有足够的自信与能力加以管理，探讨推动特定的开放措施才具有意义，也才能降低开放的风险，更可以获得全民的支持与认同。
民国九十五年一月三日(2006.1.3)
陈总统接见英国国会小组共同主席、上议院议员福克纳勳爵访问团时表示，过去数年乃至未来的两岸的经贸政策基调已经确定，并未改变，只是将过去执行面未做好管理之处有所调整及修正。没有「积极管理」就不可能「有效开放」，做不好积极管理，就宁可不开放，这是「积极管理、有效开放」核心价值的所在。
民国九十五年一月六日(2006.1.6)
陈总统日前致函天主教教宗本笃16世，响应教宗2006年世界和平日文告盱衡世局。函中表示，两岸对话之开启与台海之和平稳定，为吾人永不退却之努力目标。台湾在两岸关系上，仍将继续秉持追求「善意和解、积极合作、永久和平」之坚定立场。因此吁请 圣座持续关切中国之人权与宗教自由，并促使中国撤除对台飞弹部署及放弃武力犯台，以确保台海与亚太地区之和平与稳定。
民国九十五年一月六日(2006.1.6)
陆委会发布新闻稿表示，政府推动宪政改造工程是为了深化台湾民主，强化政府良好的管理与效能，提升台湾社会的公正与公平，以及让台湾成为一个具有竞争力的现代化国家。而中共一向将我民主政治的基本运作、维护台湾主体性、拓展外交活动空间等，均诠释为所谓「法理台独」，这反映出中共是另有政治图谋之外，也突显她对民主政治的恐惧。中共这种政治操作，不仅不会得到国际间的认同，也突显其对「民主」认知上的贫乏，更严重阻障了两岸关系的和平与发展。
民国九十五年一月十一日(2006.1.11)
陈总统主持海巡署查缉能量展示暨誓师典礼时表示，由於能源短缺的问题日益严重，更加速了中国大陆对东海及南海等地区海底资源的探勘与开发，不但引起周边情势的紧张，更对我国家安全及主权的维护造成严重的威胁，我们必须予以高度的重视并审慎以对。
民国九十五年一月十六日(2006.1.16)
陈总统接见美国民主党政策菁英团团员时表示，所谓「终极统一论」完全违背「主权在民」的民主精神，台湾的前途、未来与命运只有2300万台湾人民才有权决定。
民国九十五年一月十七日(2006.1.17)
陈总统视导金门时强调，两岸军力现况在质与量上出现向中国严重倾斜的失衡现象，在中国逐年增加对台战术导弹部署数量到现阶段的784枚，以及去年三月中国人大通过所谓的「反分裂国家法」，授权中国人民解放军以「非和平」方式解决台湾问题後，更为两岸关系增添巨大的变数。
民国九十五年一月十九日(2006.1.19)
陈总统接见韩国「21世纪经济社会研究院」理事长柳晙相时表示，当台湾内部有人倡议海峡两岸实行三通之际，朝鲜半岛的经验很重要也值得我们参考，南北韩间除基於人道因素外并无真正直航，因此，基於台湾的国家安全及国家最大利益，对於两岸三通我们必须更为审慎。
民国九十五年一月廿九日(2006.1.29)
陈总统在台南县与乡亲欢聚新年团圆餐叙前致词时表示，台湾应该要走自己的路，并应认真思考否要废除国统会、废除国统纲领此一严肃的课题。
民国九十五年二月二日(2006.2.2)
陆委会发布新闻稿指出，总统日前提出要认真考虑废除国统会与国统纲领的议题，有助於提醒国人对於一些环境背景已有重大变迁的事项，应予以重新检视。国统会与国统纲领设定，与中国统一为唯一及终极的目标，这是党国体制的余绪，完全不符理性民主的期待，也违反「台湾前途应由2千3百万台湾人民自由意志选择」的主流民意，确实有加以讨论、检讨与研究的必要。
民国九十五年二月六日(2006.2.6)
陈总统参加95年大陆台商春节联谊活动致词时指出，未来政府将进一步透过法规、税制、土地、劳工、资金及技术等方面的协助与配合，强化台湾投资与经营的环境，全面推动招商活动，吸引更多的外资，包括台商的资金在内，积极回流台湾、投资台湾，使台湾产业的体质更为健全壮大、未来发展的脚步能够走得更为平稳。
民国九十五年二月七日(2006.2.7)
陈总统参加「台北市台南县同乡会」新春团拜，致词时强调，国家的主权不可能分割及分享，台湾的国家主权属於两千三百万台湾人民，绝不能与中国十三亿人民共同分享。
民国九十五年二月八日(2006.2.8)
陈总统参加工商团体95年春节联谊致词表示，我们必须拉大我们的视野和格局，不要把眼光局限於眼前的利益，并深陷在两岸经贸这个狭小的框架之中，而要放眼全世界，严肃的思考台湾永续发展的主体性和利基在哪里。唯有自己能够掌握自己的命运和发展的命脉，任何的市场都可以是我们的市场和发展的立足点。
民国九十五年二月八日(2006.2.8)
陆委会发布新闻稿表示，有关两岸客货运包机及大陆人民来台观光等议题，是政府既定的两岸经贸政策，我方早已完成规划，并具体指定安排协商联系的窗口。中共方面若真有诚意，应该尽速透过双方窗口，具体回应我方建议，积极展开两岸相关议题协商的安排。
民国九十五年二月九日(2006.2.9)
陈总统出席外交部主办的「驻台使节及代表春宴」致词时表示，两岸军事优势逐步向中国倾斜的事实，已经引发美、日等亚太国家的高度忧虑。国际社会过度姑息纵容中国对台「不武却濒武」，忽略台湾人民「爱民主、要和平」呼声的结果，已经形成对两岸政治与军力关系严重失衡的误判，进而威胁「台湾民主」、亚太「民主社群」与美、日等国在西太平洋的安全利益。
民国九十五年二月十二日(2006.2.12)
陆委会吴钊燮主委日前接受英国BBC HARDtalk TV采访指出，一九四九年以来两岸就没有隶属关系，一九九六年後台湾拥有民选总统和国会，象徵台湾的主权地位，政府在领土范围内也有排他性管辖权，是实质的独立国家。
民国九十五年二月十四日(2006.2.14)
陈总统参加「国际卫生医疗合作策略联盟」成立大会，致词时表示，中国的禽流感疫情将严重威胁全世界，有监於两岸三地往来频繁，届时港、台必将首当其冲。来自中国的禽流感威胁绝不是危言耸听，而是令全世界卫生单位都不敢掉以轻心的严肃课题，然而自2003年爆发SARS疫情以来，中国当局一贯隐藏不报的作法，不但是全球最大的「防疫黑洞」，更是无视其本国及其他国家人民健康权益的不道德行为。
民国九十五年二月十五日(2006.2.15)
陈总统主持二级上将晋任暨授勳典礼时表示，中国坚持台湾是中国的一省、是中国的地方政府这样违反台湾主流民主的前提。作为负责任的政府，不能让台湾的主权被并吞、不能让台湾的安全受威胁，更不能让台湾的前途被任何个人或者政党来决定。
民国九十五年二月廿二日(2006.2.22)
陈总统接见美国联邦众议员席门斯（Robert R. Simmons）时表示，国统会及国统纲领是在荒谬年代的荒谬产物，最主要是在於其违背了「主权在民」的精神，并剥夺台湾人民对台湾未来走向的最後自由选择权。
民国九十五年二月廿二日(2006.2.22)
陆委会吴钊燮主委接见德国国会议员访台团时表示，中共近年来的军力快速增长，对台湾威胁与日俱增，严重腐蚀「四不一没有」的前提基础。台湾是个民主国家，人民应有自由意志去选择台湾的未来，国统会及国统纲领是党国旧时代的产物，其设定与中国统一是唯一及终极的目标，明显违反台湾现状，也完全不符主流民意的期待。
民国九十五年二月廿三日(2006.2.23)
陈总统接见德国国会议员访问团时表示，对岸中国不仅完全不承认台湾是主权独立国家，也不尊重两千三百万台湾人民的自由选择权，更以非和平手段威胁两千三百万台湾人民，企图矮化台湾、将台湾去政府化，这与统一前两德的情形，绝对无法同日而语。
民国九十五年二月廿六日(2006.2.26)
陆委会发表严正声明指出，中共当局一方面无所不用其极地抹黑污蔑，一方面企图以各种口惠遮掩其消灭中华民国的举措，中共当局对台海现状一再严重挑衅，否定我中华民国存在的事实，并限缩台湾人民自主权的作法，不仅严重损害两岸关系发展，斲伤台湾人民的感情，更对东亚区域和平与安全构成威胁。
民国九十五年二月廿七日(2006.2.27)
陈总统主持国安高层会议，发表七点声明，并裁示：基於中国持续以军事威胁及《反分裂国家法》等非和平手段意图片面改变台海现状，今国安高层会议综合国安会所提报告建议及相关单位之讨论共识，作成「「国家统一委员会」终止运作，不再编列预算，原负责业务人员归建；《国家统一纲领》终止适用，并依程序送交行政院查照。」之决议。
民国九十五年二月廿八日(2006.2.28)
陈总统批示：「同意：『国家统一委员会』终止运作，不再编列预算，原负责业务人员归建；《国家统一纲领》终止适用，并依程序送交行政院查照。」
民国九十五年三月一日(2006.3.1)
行政院会以报告案方式，对国统纲领终止适用的处理结果予以查照，行政院长苏贞昌在会中表示，终止国统纲领的适用，意义在於尊重2300万人民的意志，维护台湾的自由民主及台海的现状，保护台湾人民对未来的自由选择。
民国九十五年三月一日(2006.3.1)
陆委会向中国大陆台商发表公开信，说明政府决定国家统一委员会终止运作、国家统一纲领终止适用，是为了确保中华民国的长治久安，并维护台湾2,300万人民选择未来的自由意志。陆委会也郑重表明，政府致力维护两岸现状的努力不会改变，也会继续推动两岸互利双赢的交流措施，并且会尽一切努力营造出长期稳定的环境，让台商能安心在大陆经营事业，为台湾经济继续打拼，更可以对台湾民主前景具有信心，让大家没有後顾之忧。
民国九十五年三月三日(2006.3.3)
陈总统接受日本「读卖新闻」国际部部长原野喜一郎、国际部主任若山树一郎及该报台北支局长石井利尚专访时表示，台湾的前途与两岸关系，只有2300万台湾人民有权利作选择与决定。台海和平的现状，不仅是台湾的利益，也是日本与美国的共同利益，更应该受到维持。
民国九十五年三月三日(2006.3.3)
陆委会吴钊燮主委接受香港「东方日报」专访时表示，终止国统会及国统纲领符合维持现状，「终统」後无论陆委会的角色以至台湾的两岸政策，都不会有改变。外界指台湾在「终统」後会紧缩两岸政策是错误的，以前宣布过的政策，目前为止会继续推动，包括中国旅客到台观光、两岸货客包机，以至媒体的交流，台湾都会继续推动。
民国九十五年三月三日(2006.3.3)
陆委会黄伟峰副主委主持记者会时表示，中华民国作为主权独立的国家，任何现状的改变，都需要台湾2300万人民同意，这是国内最大共识。北京政府不断增加飞弹部署，不时使用威胁语言恫吓台湾人民，更在去年3月14日制订「反分裂国家法」，企图将非和平手段加以合法化，这种做法才是真正改变台海现状。台湾人民当然有权选择台湾前途。中共完全不了解台湾民主政治的运作，对於「终统」一事的解读也是完全错误。
民国九十五年三月六日(2006.3.6)
行政院苏院长在立法院作终止「国统会」运作、《国统纲领》适用相关决策专案报告时强调：「国统会」及《国统纲领》为党国不分时代的产物，当年中国国民党以党领政，迳自设定统一为两岸间唯一且终极目标，严重违反民主程序，更抵触主权在民的基本价值。「国统会」终止运作及《国统纲领》终止适用，其真正的价值在於尊重2,300万人民的意志，维护台湾自由、民主及和平现状，保护台湾人民对於未来的自由选择。
民国九十五年三月六日(2006.3.6)
陆委会吴钊燮主委在立法院回答立委询问时表示，我们不排除跟中国大陆进行任何议题的协商、接触，但中国却设定以一个中国为条件，阻碍双方互动。
民国九十五年三月六日(2006.3.6)
陆委会吴钊燮主委接受「日本经济新闻」访问时指出，台湾是主权独立国家，主权属於2300万人民，未来前途只有全体台湾人民可以决定，并非由中国决定，这是我们确切不疑的立场，也是台湾人民最大的共识。
民国九十五年三月八日(2006.3.8)
行政院通过陆委会的提议，将一年前北京当局制定反分裂国家法的日子3月14日这一天定为「反侵略日」。
民国九十五年三月十日(2006.3.10)
陈总统接受德国「法兰克福广讯报」(Frankfurter Allgemeine Zeitung)专访时指出， 德国的统一，完全是秉持民主、主权、和平、对等的四原则，并且完全尊重两德人民自由意志的选择，没有诉诸武力或者非和平的手段。海峡两岸目前的情况是，中国不承认、不尊重、也不接受台湾是个主权独立的国家，甚至把台湾视作中国的一省、中华人民共和国的一部份。说要「寄希望於台湾人民」，但却不尊重2300万台湾人民自由意志选择的权利，何况又通过要并吞台湾、要侵略台湾的所谓「反分裂国家法」，是采取武力或者是其他非和平的手段。总统强调，两岸的歧见、台海的争议，只有透过对话和平解决，在主权、民主、和平、对等四大原则之下，我们愿意随时随地跟中国政府展开接触、对话与协商。
民国九十五年三月十一日(2006.3.11)
陆委会吴钊燮主委在「台海飞弹危机十周年」研讨会上指出，尽管1996年飞弹危机已过十年，但台海危机从未消失，因中国军事力量不断扩张，武力犯台准备愈加明显，台海情势依然复杂，区域和平仍受严重威胁。
民国九十五年三月十二日(2006.3.12)
陆委会吴钊燮主委参加「『反分裂国家法』通过一周年之回顾与前瞻」座谈会演讲时表示，面对中国制定「反分裂国家法」并积极操作对台两手策略的新情势，政府盱衡全局後，明确提出优先推动的协商事项及主动邀访中国官员协商，这是我方所展现的最大善意与诚意，我们也期待中国当局能够作出相对的调整与改变，排除阻碍开展两岸良性互动的障碍，以开启两岸和解共生的新时代。
民国九十五年三月十三日(2006.3.13)
陈总统接受美国华盛顿邮报驻东北亚支局总局长Anthony Faiola与驻北京分社主任Edward Cody专访时表示，台美双方都非常清楚，所谓维持现状，当然是指维持台湾民主、自由、人权的现状，及台海和平稳定的现状。所以双方都非常清楚，也了解我们对国统会终止运作、对国统纲领的终止适用，无涉於现状的改变。根据各项的民调，超过八成、甚至八成五都主张，台湾的前途应交由台湾的住民自由选择、决定。所以我们终止国统会的运作、国统纲领的适用，最主要是我们要把决定台湾前途的自由权利还给台湾人民。
民国九十五年三月十三日(2006.3.13)
陆委会吴钊燮主委接受中央社访问时指出，将来如果要启动两岸直航，政府也会依照2003年8月15日的两岸直航评估报告，规划相关安全事项；不过，最重要的仍然是要透过两岸政府协商，才能避免安全的顾虑。
民国九十五年三月十四日(2006.3.14)
针对中国当局发表若干不当谈话，陆委会发布新闻稿强调，我政府基於坚守「扞卫民主」及「维护现状」的重要原则终止「国统会」运作及「国统纲领」适用，不涉及台海现状之改变；政府尊重2300万台湾人民自由意志的选择，也坚持任何国家或政党不得为台湾人民的自由选择预设前提或终极目标，中国当局领导人恶意批评陈总统，是完全不了解台湾民意主流。
陆委会并呼吁中国当局：立即终止「反分裂国家法」适用；放弃虚幻的「一中」原则； 立即实施政治改革工程。
民国九十五年三月十五日(2006.3.15)
陈总统接见帛琉共和国众议院议长梅萨贝鲁（Augustine Mesebeluu）夫妇时表示，台湾的前途与未来只有2300万台湾人民才有权作最後的选择与决定，台湾的现状如果要有任何改变，也只有2300万台湾人民透过公投的民主程序才能够进行。
民国九十五年三月十五日(2006.3.15)
陆委会吴钊燮主委接见甘比亚外交部长H.E. Lamin Kabba Bajo时指出，台湾有权参与世界卫生组织，获得必要的的专业医疗卫生资讯，保障人民生命安全，却因中共打压被排拒在外。台湾作为积极、负责任的国际公民，却频遭中共阻挠无法进入联合国，这对台湾2300万人民来说非常不公平。
民国九十五年三月十六日(2006.3.16)
陈总统接见「留日台湾同乡会回国致敬团」时表示，去年11月美国布希总统在京都发表演讲时指出，台湾有超过八成以上的民众主张台湾的前途应该要由2300万的台湾人民自己决定，而「国统会」及「国统纲领」的终止运作及适用，正是要把决定台湾前途自由选择权利完整的还给台湾人民，这是台湾的民主进一步巩固与深化
民国九十五年三月十七日(2006.3.17)
陈总统接见「台湾投资中国受害者协会」成员时表示，「积极开放、有效管理」就是「积极管理、有效开放」，这才是真正原先八个字的本意。中国大陆可以是一个市场，但绝对不是台湾唯一的市场，也不是最後的市场，或者全部的市场，因此我们一再地提醒政治的风险与商业的风险，相信是所有的台商朋友都应该要去重视的。
民国九十五年三月十八日(2006.3.18)
陈总统参加「318护民主反并吞」大游行时表示，台湾要成为正常的民主国家，除了要有公投权利之外，对台湾的前途，也一定要有自由选择权利，台湾是主权独立的国家，台湾的主权属於2300万台湾人民，台湾的前途唯有2300万台湾人民才有权利作决定，台湾的主权更不能分割、也不能与人分享，台湾的前途不是中国13亿人所能决定的。
民国九十五年三月廿一日(2006.3.21)
陈总统在接见日本民主党前代表冈田克也众议员时重申，两岸议题的任何争议皆须透过对话和平解决，不得诉诸武力或任何非和平手段，他强调，扞卫台海和平稳定是日、美、台的共同利益，台湾一定会矢志扮演好台海和平稳定扞卫者的角色。
民国九十五年三月廿二日(2006.3.22)
行政院长苏贞昌接见美国在台协会台北办事处处长杨苏棣时强调，政府对两岸的交流抱著开放的态度，现在的问题是中国不愿与台湾协商，让两岸交流可能产生的许多管理原则无法确定，增加了国家安全的风险。
民国九十五年三月廿三日(2006.3.23)
陆委会刘德勳副主委在记者会指出，中共长期以来一直坚持以一个中国原则来发展各种两岸关系的框架，所以从各种角度上希望以这样一中前提的框架，在政治上、外交上及经济上产生对台湾的孤立、吸纳效果，最终目标就如同去年所制定通过的反分裂国家法的目的一样。
民国九十五年三月廿四日(2006.3.24)
陆委会副主委刘德勳指出，从中共的宪法、去年的反分裂法以及今年十一．五的相关规定，都可以看出，「大陆地区」是没有中华民国存在的空间。
民国九十五年三月廿六日(2006.3.26)
行政院长苏贞昌与媒体茶叙时表示，两岸互动应采和平、对等、互惠原则，这点绝不打折。在此架构下，两岸政策两大原则为「台湾主体性」、「政策主动性」。
民国九十五年三月廿七日(2006.3.27)
陆委会召开委员会议，会中就中共规划「海峡西岸经济区」及其对未来两岸关系之影响提出报告中指出，海峡西岸经济区的概念，符合中共一贯对台工作思维，虽强化其经济资源吸纳的策略与手段，但最终目的仍是将「两岸交流国内化、地方化」，政治统战意涵远大於经济交流的利益考量。
民国九十五年三月廿七日(2006.3.27)
陆委会召开委员会会议，针对国人或法人(团体)担任大陆地区职务或为其成员相关规定之主管机关，是否包含地方政府乙事，陆委会提出报告中指出，现阶段有关国人或法人(团体)担任大陆地区职务或为其成员等事务，仍宜由中央主管机关统筹处理，并先行建置处理模式，以利未来思考地方政府协助相关事项时，有遵循之参考机制。另为避免施行细则第46条所指主管机关恐被引申为地方政府之疑义，为杜绝争议，陆委会将依循法制作业程序，尽速研修施行细则，以期明确相关规定之主管机关意涵。
民国九十五年三月廿九日(2006.3.29)
陆委会记者会重申，我国任何政党或民间团体赴大陆进行交流，只要依法进行，都在许可的范围，但是在交流过程中，如果触及与中共协商涉及公权力或台湾人民权利义务事宜，在没有经过政府依法同意及授权下，其行为在法律上是无效的。陆委会也再次呼吁朝野各界能共同维护我国民主法治，以面对谋我日亟的中共当局。
民国九十五年三月卅日(2006.3.30)
陈总统接见法国国民议会议员于诺（Michel Hunault）、卜法（Loic Bouvard）及隆克勒（Francois Loncle）时指出，1989年中国发生天安门事件，对无辜百姓、年轻人进行武力镇压，有监於此，欧盟国家决议对中国进行武器禁运，迄今尚未解禁，主要系因为中国人权并无太大改善、对台海争议企图以武力解决，并将大规模毁灭性武器销往第三国，总统认为，在上述问题未获圆满解决之前，欧盟国家应该维持武器禁运的决议，否则无异变相鼓励不民主的中国以武力对付民主台湾，同时危及亚太地区的和平与稳定。
民国九十五年三月卅日(2006.3.30)
陈总统出席「台湾医卫行动团队」成立酒会时表示，台湾与一向惯於隐匿疫情的中国仅一海之隔，而且两岸人员、物资往来频繁，在国际严重关切禽流感威胁以及全力防堵疫情出现漏洞之际，若台湾持续被排除在国际防疫体系之外，一旦中国禽流感疫情爆发大流行，台湾人民的生命安全势必受到严重威胁，也可能直接影响到其他国家。因此，呼吁国际社会支持台湾加入WHO，协助2300万台湾人民获得应有的卫生人权，不要让中国的无理政治阻挠造成台湾的遗憾、甚至世界的遗憾。
民国九十五年三月卅一日(2006.3.31)
陈总统接见「日华议员恳谈会」副会长龟井久兴（Kamei Hisaoki）众议员时表示，中国共产党一党专政的极权统治是对民主、自由、人权及和平等普世价值最大的灼伤与破坏，也将对整个亚太区域安全、和平及稳定造成隐忧。并强调，维持现状就是要维持台湾民主、自由、人权的现状，特别是要维持台海和平稳定的现状。中国的军事扩张、军事预算的增加及飞弹的部署，是对台海和平稳定现状的改变及破坏，中国对台湾的武力威胁，日、美两国也会受到影响。
民国九十五年四月三日(2006.4.3)
陈总统参加「2006年国际医院联盟泛亚太区域会议」开幕典礼时强调，中国一再阻挠台湾加入「世界卫生组织」，无理杯葛台湾与世界其他国家在共同对抗禽流感等卫生议题上进行合作，不但造成2300万台湾人民的损失，更严重地与「医疗卫生无国界」这个普世价值背道而驰。
民国九十五年四月三日(2006.4.3)
陈总统与中国国民党主席马英九会面，并就军购、两岸关系、九二香港会谈、终统等议题进行意见交换。陈总统指出，「四不一没有」最重要的精神、最主要的核心价值在「维持现状」，「现状的维持」应指对台湾民主、自由、人权现状的确保，特别是对台海和平、稳定的确保，这才是现状的维持。对岸的九二共识并没有接受一中各表，他们还是坚持一个中国原则才是九二共识，所以，不能够落入陷阱。陈总统亦强调对於两岸关系未来如何演变，只有2300万的台湾人民才有权力来决定，要尊重2300万台湾人民自由选择的权力，也要尊重2300万台湾人民自由选择的结果，不能够预设前提，也不能够预设结论，这才是真正的民主，所以整个过程就是为了推动台湾的民主。
民国九十五年四月七日(2006.4.7)
陈总统接见美国两岸事务学者专家访问团时表示，台湾的核心价值就是民主价值的巩固与深化，台湾前途与现状改变与否，只有2300万台湾人民有权决定，而决定的方式就是透过公民投票此一民主程序来进行。
民国九十五年四月十日(2006.4.10)
陆委会吴钊燮主委接见由Mr. Jose Pomes Ruiz担任团长的欧洲议会友台小组时指出，中国只承认「一个中国」原则，根本不承认「各自表述」。不论从中国所制定的「反分裂国家法」内容，或是上(3)月中国人大通过的「十一五规划纲要」，皆载明台湾是中华人民共和国神圣不可分割的领土。
民国九十五年四月十日(2006.4.10)
陆委会吴钊燮主委接见由前美国在台协会理事主席白乐崎担任团长的美国两岸事务学者专家访问团时表示，中国大陆执意强行制定、通过「反分裂国家法」，完全无视中华民国与中华人民共和国互不隶属的现状。中国大陆明定统一是台湾人民的义务与神圣职责，已经片面改变台海现状。此外，中国大陆持续扩张军力与对台湾的外交打压等，也是改变现状的明确事证。因此，吁请美国支持台湾，防止两岸现状被改变。
民国九十五年四月十一日(2006.4.11)
陈总统接见由Pomes Ruiz副主席领队的「欧洲议会友台小组访问团」时强调，只要中共不放弃一党专政的极权统治，任何人都不应逼迫台湾人民接受所谓终极统一；但只要中共能放弃一党专政、极权统治，只要经过台湾人民的同意，未来两岸发展任何形式的关系，都不排除任何的可能。
民国九十五年四月十一日(2006.4.11)
陈总统接见美国联邦众议员林德（John Linder）时强调，两岸最大的分歧在於双方生活方式与制度的不同，如果中国能够放弃一党集权统治，相信未来双方针对共同关切的政经议题作进一步磋商、协议，并不是完全不可能的。
民国九十五年四月十二日(2006.4.12)
陈总统接见澳大利亚联邦国会执政党众议员访问团时表示，台湾的在野党追求的是两岸终极统一，执政党则坚持民主自决，因为主权在民的精神就在於尊重台湾2300万住民的自由意愿，台湾的前途、两岸关系，只要经过台湾人民同意，我们不排除任何的可能；最重要的是，我们不能有预设立场或结论，不能将两岸终极统一当成2300万台湾人民的唯一选择或结论。
民国九十五年四月十二日(2006.4.12)
陈总统接见比利时国会议员访问团戴克斯(Alain Destexhe)参议员及Stef Goris众议员时表示，他所领导的台湾政府与人民并不反对中国人民，但坚决反对中国共产党一党极权独裁统治，所以两岸最大的不同在於生活方式与制度，因此，台湾人民明知困难重重，但仍勇敢、坚定地走在民主、和平与人权之路。
民国九十五年四月十三日(2006.4.13)
陆委会吴钊燮主委接见美国联邦众议员林德（John Linder）时表示，政府希望透过包括大陆人民来台观光及货客运包机等各项开放政策改善两岸关系，进而维护台海及亚太区域的稳定。
民国九十五年四月十四日(2006.4.14)
陈总统接见日本东京都知事石原慎太郎（Ishihara Shintaro）时指出，中国国民党马主席特别表示，对中国而言，所谓的「一中」是指中华人民共和国，半个世纪以一直来不承认中华民国的存在，不但宪法不承认中华民国，而且认为中华民国早在1949年已经灭亡，目前中国对台湾的外交基调是三光:挖光、挤光、堵光台湾的邦交国及在国际舞台角色。
民国九十五年四月十四日(2006.4.14)
陈总统在接见美国外交政策全国委员会访问团时表示， 此次所谓的「国共会谈」、「连胡再会」，是在即将举行的「布胡会」前刻意排定的。这是中国大陆领导阶层企图混淆国际视听、制造和平假象，目的在减轻来自美国表示中国大陆应该与台湾民选政府对话的压力。当中国大陆一日不放弃一党独裁、极权专政及武力犯台的企图、不实施真正民主、自由生活的制度，在此情况下的谈判都只是假象。
民国九十五年四月十四日(2006.4.14)
针对中国国民党与中国共产党举行国共「两岸经贸论坛」，行政院大陆委员会发表三点正式声明强调，我政府对於两岸定位，始终坚持中华民国是主权独立的国家，主权属於2300万台湾人民，承认中华人民共和国亦为主权独立国家，两岸互不隶属才是真正的现状。对於包括大陆人民来台观光、客货包机、农产品输销大陆、刑事犯及经济犯遣返、台商投资保护及智慧财产权等议题均持开放态度，并愿与中共方面就所涉问题进行务实协商，由於这些议题涉及公权力，依法必须由政府主导协商。中共应尽速采取正面积极态度，与我政府进行对话与协商，开启两岸间正常的往来与互动。
民国九十五年四月十五日(2006.4.15)
陈总统主持空军「鹰眼机全战备成军暨年度校阅典礼」致词时表示，中共政权对我的军事威胁与恫吓从来没有片刻停止过。同时，近年来更透过所谓的「法律战、舆论战、心理战」等「三战」的攻势，企图对台政治、军事及外交斗争开创有利的条件。在军备扩张方面，中共军力的大幅提昇明显超过基本防卫的需求，已引起包括美国、日本等国在内的邻近国家高度的关切，台湾身为中共政权军事威胁直接的目标，以及全球自由民主阵营的一员，我们不但要对自我的防卫负完全的责任，更要对区域的安全、稳定与和平贡献心力。
民国九十五年四月十五日(2006.4.15)
吕副总统秀莲出席国际扶轮社3480地区第19届地区年会开幕典礼，以「从国共经贸论坛谈起」为题发表演说指出，中国对台湾经济策略为，以商围政、以民逼官、以经济统合来促进政治统合。并希望全国人民能以台湾心、台湾情作为基点，立足台湾、放眼天下，要求与北京政府谋求两岸关系正常化，但须基於彼此对等，并以台湾人民民主程序来完成，同时一定要以和平方式进行，但此和平必须是确保台湾主权独立的和平，而不是投降式，拥抱中国、牺牲台湾的假和平。
民国九十五年四月十六日(2006.4.16)
针对中共领导人提出所谓「四点建议」，行政院大陆委员会发布新闻稿郑重指出，中共当局再度突显其完全未脱离现有「一个中国」之僵化窠臼与意识形态；1995年中共藉词先片面中断两岸制度化协商，再企图以「一中」原则对我进行政治勒索；2000年以来更假藉国民党创造的「九二共识」说法，包藏其「一中」的祸心。事实上，中共始终刻意漠视中华民国存在之事实，限缩台湾人民对未来前途的自由选项，这才是两岸关系互动障碍之基本根源。
民国九十五年四月十七日(2006.4.17)
陆委会吴钊燮主委接受日本「产经新闻」访问表示，对於大陆人士来台观光，将沿袭农历春节两岸包机直航的协议方式，以接受观光业界等民间委托的方式，由两岸有关当局人士上谈判桌直接交涉。吴钊燮主委也重申，两岸商谈不排除任何议题，但前提是对话需平等和对等。
民国九十五年四月十八日(2006.4.18)
陈总统接受法国「费加洛日报」（Le Figaro）」驻北京特派员Jean-Jacques Mevel专访时表示，对台湾2,300万台湾人民来说，和平公投、「公投入宪」、终止国统会运作和终止国统纲领适用，均是把台湾未来以及两岸关系未来的决定权，全部交给人民有自由意志选择的空间，不能够由任何的政党或者政府预设立场、预设结论，剥夺人民自由选择的机会，这一切的一切，都是台湾民主巩固深化的一部分，绝对不是中国所谓的走向「法理台独」。
民国九十五年四月十九日(2006.4.19)
陈总统出席教廷驻台大使馆庆祝教宗就任周年纪念酒会致词时表示，力行民主、自由、和平的中华民国（台湾）正受到对岸中国的武力威胁。自称「和平崛起」的中国共产党独裁极权政府迄今未放弃以武力或「非和平」手段处理两岸问题，还在对岸部署将近八百枚飞弹对准台湾，去年更通过了所谓的「反分裂国家法」，十八年来每年的国防预算更以两位数的百分比继续成长。中国共产党的此种行径，不但威胁台湾的民主、自由与繁荣，破坏台海的安全与稳定，更危害全世界、全人类的和平。
民国九十五年四月廿日(2006.4.20)
美国「华尔街日报」(Wall Street Journal )以「我们相信民主（We Believe in Democracy）」为题刊出陈总统专文，该报亚洲版「亚洲华尔街日报」（Wall Street Journal, Asia）也以「两岸会谈」（Strait Talk）」为题同步刊登并强调，台湾无意改变现况，同时强烈反对以非和平手段改变现况，是中国而非台湾政府决意改变台海现况及东北亚局势。台湾政府对不设前提的两岸直接对话态度开放。至於包机、观光及台商在中国的投资保障等事务性议题，我们愿与中国对话协商，以和平方式寻求和平的解决方案。
民国九十五年四月廿一日(2006.4.21)
陆委会发布新闻稿表示，布希总统公开表达台海争议应以和平方式解决，这完全符合联合国宪章以和平为解决国际争端唯一方式的规定，也和我国政府一贯政策完全一致，陆委会对此表达肯定与感谢。台湾会和国际社会继续合作，全力维持台海的现状与和平稳定。
民国九十五年四月廿四日(2006.4.24)
陈总统接见世界台湾商会联合会总会访问团时表示，希望与对岸进行接触、对话与协商，但我们绝对没办法接受任何将台湾矮化、边缘化、地方化、去政府化、去主权化的作法。任何企图跳过台湾民选政府的作为，不管在野政党如何卖力的配合演出，这一切的一切都只是中国的统战伎俩，对於促进两岸经贸的正常发展完全没有任何的助益。
民国九十五年四月廿五日(2006.4.25)
行政院长苏贞昌宣布，监於两岸人民往来日渐频繁，政府将自今年5月1日起，开放金门、马祖旅台乡亲及相关的亲属（包括其配偶、直系血亲、二亲等旁系血亲与配偶、未成年子女），皆可经金马出入大陆地区；并自6月以後启动金门－泉州航线；以及主动邀请对岸共同进行「海难救助联合演练」等三项。
民国九十五年四月廿七日(2006.4.27)
陈总统接受日本「产经新闻」总主笔千野境子(Keiko Chino)、国际版主编鸟海美朗(Yoshiro Toriumi)专访时表示，坚持台湾的经济主体性、坚持台湾的经济并非中国经济的附庸，必须做好「积极管理、有效开放」，这不仅是政府的责任，也是所有赴中国投资经商的乡亲朋友所应该具有的风险意识。
民国九十五年五月二日(2006.5.2)
陈总统接见全国模范劳工当选人及家属时表示，依「台湾地区与大陆地区人民关系条例」第95条规定，中国人民进入台湾工作前，应经立法院决议始得引进，而现今政府仍严守保障本国人就业机会的原则，尚未同意开放引进中国劳工，未来政府也一定严格把关，保障台湾基层劳工的工作机会。
民国九十五年五月三日(2006.5.3)
陆委会吴钊燮主委接见日本民主党青年局局长泉健太众议员时表示，中国经贸市场虽不断成长，但也存在许多不确定因素，台湾在处理两岸经贸议题时，必须将影响两岸关系的不利因素纳入考量，取得平衡发展，并做好风险控管，以确保台湾经济利益不受影响。
民国九十五年五月四日(2006.5.4)
陈总统展开「和平永续、邦谊永固」之旅，登机前发表谈话表示，如果真的有诚意进行对话与交流，中国就应该与台湾民选政府坐下来谈，不要把台湾逼到墙角、让台湾在国际上没有生存的空间，也不要剥夺台湾2300万人民的健康人权，更不要不接受两岸「终极统一」就要用武力、非和平手段来解决。
民国九十五年五月四日(2006.5.4)
行政院长苏贞昌在行政院会指出，最近发生三起事件，包括出访海地、中东外交受到打击、陈总统出访所遇到问题，可看出中国对台湾任何形式的过境外交都是无所不用其极进行打压，国人应该有所警惕。
民国九十五年五月八日(2006.5.8)
教育部发表新闻稿表示，大陆地区高等学校学历之采认，非仅为单纯教育问题，因事涉国家高等教育人力之永续发展及配置，应考量各部会整体大陆政策步调之一致性及两岸关系之敏感性，并须考虑以下几项因素审慎为之：
（一）就国家安全及民众需求等重大因素综合考量。
（二）认可学校之学术专业水准与相关学制，必须与国内同级同类学校相当。
（三）考量对国内高等教育之冲击。
（四）考量对国内就业市场之影响。
基於前述原则，大陆地区高等学校学历迄尚未开放检核及采认，也未受理报备。
民国九十五年五月九日(2006.5.9)
陈总统访问哥斯大黎加，在「全侨民主和平联盟」中南美洲分盟2006年年会致词时强调，唯有台海双方透过政府与政府之间的对话与协商，积极寻求建立互动交流的有效机制，才能消弭歧异、增进互信、解决问题，如此才能增益两岸人民的福祉并符合国际社会的期待。
民国九十五年五月九日(2006.5.9)
陈总统於哥斯大黎加与随行的国内媒体记者茶叙时表示，民主台湾当然绝不会是所谓的麻烦制造者，两岸问题要寻求根本解决，必须摒除武力和其他非和平手段，唯一的途径就是对话。没有两岸政府与政府之间的对话，台海问题就不可能寻求根本的最後解决。
民国九十五年五月十一日(2006.5.11)
陆委会吴钊燮主委在立法院受访时说，若照国亲版修正两岸条例推动直航，可能在海、空运涉及协商事项衍生诸多问题。例如，航空器飞行时的两岸飞航情报区如何联系、飞机轮船证件如何处理、轮船国旗如何悬挂，都需透过两岸协商才能解决。
民国九十五年五月十二日(2006.5.12)
陈总统出席「欧洲日」晚宴并致词表示，「极权」的中国与「民主」的台湾，是两个互不隶属的主权国家，各自有各自的国旗、国号与国歌，也有各自的宪法、政府、军队与司法体系，是两个完全不同的国家，这就是维持了半个世纪之久的「台海现状」、「台海和平的现状」。面对这「台海和平的现状」唯一的威胁就是「极权」的中国始终企图以武力及非和平的手段，侵略及并吞「民主」的台湾。台湾绝对不是区域稳定与和平的「麻烦制造者」，台湾是「台海和平现状」最积极的维护者与扞卫者。
民国九十五年五月十三日(2006.5.13)
陆委会吴钊燮主委在台湾大学国家发展研究所「两岸关系与大陆问题」研讨会演讲时表示，中国的民主化是开启改善两岸关系大门的钥匙，但中国惟恐台湾的民主，经由两岸交流对其政治体制形成挑战；中国种种顾忌，形成两岸关系结构性瓶颈。因此，除非中国民主化，否则两岸关系无法正常发展。
民国九十五年五月十六日(2006.5.16)
陆委会吴钊燮主委接见前美国白宫国安会亚洲事务资深主任葛林（Michael Green）时表示，两岸直航涉及国家主权，国家主权不能用投票表决。对於两岸直航可能面对的问题，必须透过协商来解决，也必须在直航前，先建立相关安全机制，以维护国家整体利益。目前有关两岸货客运包机协商正在联系安排中，政府希望两岸完成直航协商前，能透过协商，让货客运包机常态化。
民国九十五年五月十七日(2006.5.17)
陈总统接受「欧洲新闻电视台」（EuroNews）主播记者Julian Lopez Gomez专访时表示，不反对台湾与中国进行两岸经贸关系的正常化，但必须坚持台湾的主体性并进行必要的风险管理。
民国九十五年五月十七日(2006.5.17)
陈总统接见英国国会下议院外交委员会访问团时强调，我国政府矢志扞卫台海的和平及稳定与台湾民主、自由、人权的现状，过去50年台海的现状是，一边是民主的台湾，另一边是极权的中国，是两个互不隶属、各自独立的国家，海峡两岸拥有各自不同的国号、国旗、国歌、国会、司法、政府和军队，这就是台海50年来的现状，以及我们所要维护的现状，我们不希望如此的现状被片面改变。
民国九十五年五月十七日(2006.5.17)
陆委会发布新闻稿表示，我方对於推动两岸货客运包机、促成大陆开放人民来台观光，以及大陆有意输入台湾农产品等议题，都已委托相关团体与大陆指定之对象，进行沟通联系，并获得一定成果。但是，中共方面却只见汲汲於口头宣传，却未见积极从事协商的作为。陆委会呼吁，中共方面若真有诚意，就应该尊重并尽速透过双方各自指定之窗口，具体回应我方建议，积极展开两岸相关议题协商的安排。
民国九十五年五月十八日(2006.5.18)
陈总统主持国家安全会议，听取《2006国家安全报告》後裁示，坚持台海争端只能透过和平对话解决，在主权、民主、和平、对等的四大原则之下，展开与对岸的对话、协商，积极建立两岸稳定的和平互动架构，并且与全球民主社群成员，共同促进中国的民主化，以实现区域的永久和平与繁荣。
民国九十五年五月十九日(2006.5.19)
陈总统接见「海外台商磐石奖暨创业楷模得主研习班」学员时表示，两岸关系一定是循序渐进，不可能也不能一步到位，任何大开大阖的剧烈改变，不但会危及国家的安全，更会对现有的两岸关系投下不确定的变数。
民国九十五年五月十九日(2006.5.19)
陈总统与日内瓦国际重要人士举行越洋视讯会议时表示，只要中国能做到：第一，必须放弃一党极权独裁统治、第二，必须实施真正民主、自由以及重视人权的制度、第三，不再对台湾打压，其中包括在国际舞台不再打压台湾参与WHO、第四，放弃对台动武企图及废除「反分裂国家法」、撤除对台所部署的飞弹、第五，必须尊重2300万台湾人民自由意志的选择权利。以上5点，相信2300万台湾人民可能会改变对中国所谓两岸终极统一的结论也说不定。但以目前来说，我们认为条件还不够成熟，也不可能实现，因为中国一再把台湾矮化、边缘化、地方化、甚至去政府化、去主权化，所以包括所谓邦联模式，2300万台湾人民目前是不可能接受。
民国九十五年五月廿日(2006.5.20)
国家安全会议公布国家安全报告。报告清楚载明，中国对台湾的威胁，已从传统军事安全扩散到经贸、环境、社会更层面，希望台湾民众明白体认。陆委会吴钊燮主委说，报告具有提纲挈领的指导效用，让国内外都能理解台湾政府面临的安全现状与威胁，是透明且负责任的执政思维。
民国九十五年五月廿四日(2006.5.24)
陆委会主委吴钊燮接见瑞典「瑞台国会议员协会」访宾时表示，台湾申请加入WHO不是政治议题，而是全民健康的议题，但是，台湾第十度争取成为WHO观察员的诉求，却因中国打压宣告失败，中国此举再次严重伤害台湾人民情感。
民国九十五年五月廿六日(2006.5.26)
陈总统接见美国副贸易代表巴提亚（Karan Bhatia）时重申，他个人对布希总统及美国政府的承诺及保证绝不会改变。他将继续扞卫台湾民主、自由、人权及台海和平稳定的现状，不但不会片面改变现状，也不容许现状被片面改变。
民国九十五年五月廿六日(2006.5.26)
陆委会发布新闻稿强调，从中共卫生主管官员拒绝我国卫生署长主张两岸在日内瓦协商双方防疫合作，阻我加入WHA成为观察员，并提出的所谓「四项原则」看来，根本是企图脱罪卸责的说法，无法取信於人。中共在国际场合公然说谎的行径，是无法欺骗台湾人民、欺骗世人。
民国九十五年五月廿六日(2006.5.26)
陆委会吴钊燮主委接见法国国民议会巴喀尼议员等人时表示，两岸争议应透过和平方式解决，不应诉诸武力及威胁，国际社会也应向中共传达此讯息，以和平协商取代军事对抗。
民国九十五年五月廿七日(2006.5.27)
陆委会吴钊燮主委表示，中共以促统诱谈的统战伎俩，透过「不战而屈我」的方式，遂行「并吞」台湾的目的，国人应有所警觉，面对中共「极权」、「专政」、「一条鞭」的指挥体系，国人更应体认中共政权黩武的本质。并从巩固我主权地位；深化民主制度、协助大陆民主化；凝聚国人共识，巩固心防三方面反制。
民国九十五年五月廿九日(2006.5.29)
内政部於陆委会第170次委员会议提报「大陆地区人民进入台湾地区许可办法」第17条、「大陆地区专业人士来台从事专业活动许可办法」第20条、「大陆地区人民在台湾地区依亲居留长期居留或定居许可办法」第5条、「香港澳门居民进入台湾地区及居留定居许可办法」第18条修正草案，删除保证书应送保证人户籍地警察机关（构）办理对保手续之规定，改由境管局进行实质查核。
民国九十五年五月廿九日(2006.5.29)
陆委会委员会议讨论通过，放宽大陆专业人士来台从事文教专业交流涉及商业行为之活动项目，大陆地区大众传播专业人士可来台从事合理且必要之宣传活动，并可依其许可目的性质召开记者会、接受大众传播媒体（含报纸、杂志、电视、广播）访问。
民国九十五年五月卅一日(2006.5.31)
陆委会发布新闻稿郑重指出，坚持台湾的主体性、维护台海的和平稳定是我政府一贯的立场，也是当前两岸政策的核心精神。历来各项民调也显示，绝大多数台湾人民赞成在确保国家安全的前提下，发展正常的两岸关系。
民国九十五年六月一日(2006.6.1)
行政院长苏贞昌出席95年大陆台商端午节联谊餐会时表示，秉持陈总统「积极管理、有效开放」的两岸经贸政策，未来政府将以「台湾的主体性、政策的主动性」为主轴，一切以台湾主体为考量，务求善尽管理的责任，同时降低投资的风险，希望在政府的努力下，让台商好、大家好、国家的未来更好。
民国九十五年六月一日(2006.6.1)
陆委会吴钊燮主委出席大陆台商端午节座谈联谊活动时表示，政府会积极从事善意营造和解的环境，希望中国大陆在这个和解的环境中，愿跟台湾就实质议题来进行协商。吴主委也指出，未来有关旅客资格认证、两岸旅行社签订合约以及一定要有政府的监督机制让旅游的品质可以维持高档、纠纷如何解决等议题，都需要两岸坐下来谈，才能确保旅游品质。
民国九十五年六月五日(2006.6.5)
吕副总统出席「台美产业科技高峰论坛开幕典礼」致词表示，中国已挑明对台作战三阶段准备任务，2007年前中国要全面形成应急作战能力，2010年前具备大规模作战能力，2015年前具备决战决胜能力，显示中国对武力犯台已作好充分准备；而现今中国对台部署飞弹已达820枚，今年年底更可能增至1000枚，速度之快可见其武力进犯台湾的野心与企图。
民国九十五年六月七日(2006.6.7)
陆委员会吴钊燮主委结束访日指出，台湾在面对中国的压力采取两项原则因应：一，推动民主外交；二，不和中国进行金钱外交对抗。
民国九十五年六月八日(2006.6.8)
陈总统接见美国在台协会理事主席薄瑞光时强调，他本人2000年就职演说与2004年连任就职讲话，到目前为止，没有任何、丝毫的改变，其中包括只要中共无意对台动武，他所宣示的「四不」，过去6年没有改变，未来2年当然也不会改变，更不可能因为最近政治气氛围影响而改变。
民国九十五年六月十四日(2006.6.14)
陆委会发布新闻稿指出，为推动两岸货客包机协商事宜，双方主管部门已同意先行实施具共识之四项专案包机，包括：专案货运包机、节日客运包机机制化、紧急医疗包机，以及急难救助与残障（疾）人士等特定人道包机。 上述四项专案包机之後续执行，将由陆委会协调交通部等有关机关尽速研拟相关作业规定，并於完成行政程序後公布实施，以利业者提出申请。至於常态化货客包机运作，双方已同意将积极进行沟通，俾利及早作出相关具体安排。
陆委会吴钊燮主委表示，这些结果是经双方政府核可後，再对外宣布，至於洽谈过程、人员、时间、和地点，双方基於默契内容不对外公布，而常态化货客包机运层面的歧见、协商细节和安排，也无法对外说明。
民国九十五年六月十五日(2006.6.15)
陆委会吴钊燮主委参加台湾劳工阵线举办的「台湾劳动学苑系列论坛」时表示，尽管两岸经贸关系对中国大陆经济发展及就业有显著的贡献，但是中国并未因此减少对我国在军事上的恫吓威胁，以及在政治外交上的打压。面对中国日益强硬、僵化的对台政策与本质，并考量近年来两岸经贸交流对我国造成的负面影响，「积极管理、有效开放」将是未来两岸经贸政策的新思维与新作为。
民国九十五年六月十五日(2006.6.15)
行政院发言人郑文灿表示，政府会秉持台湾的主体性、政策的主动性，以及政府的主导性的原则和前提循序渐进，非常稳健、负责地推动两岸的交流。行政院认为政府必须很负责任的规划两岸的交流工作，也必须很稳健推动各项交流的进展，事实上只要两岸能够透过一定的政府授权程序，坐下来谈，包括包机、货运便捷化、观光客来台等议题就会有很好的进展。
民国九十五年六月廿日(2006.6.20)
陈总统发表「向人民报告」讲话时表示：政府处理两岸关系有四个原则，就是「主权」、「民主」、「和平」与「对等」。我们坚持这四大原则，不能够被矮化、不能够被边缘化、不能够被地方化、不能够被去政府化、去主权化。2000年所宣示的「四不」，只要中共无意对台动武，「四不」没有改变。
民国九十五年六月廿一日(2006.6.21)
陆委会吴钊燮主委接见美国阿肯色州哈克比(Gov. Mike Huckabee)州长时表示，自由与民主是美、台两国共同的价值，希望美国贯彻以民主自由为主轴的外交政策，持续呼吁北京政府与台湾民选政府对话。吴主委强调，北京政府必须了解，两岸政府必须坐下来谈，以沟通代替对抗，才能促进两岸的和平与稳定。
民国九十五年六月廿三日(2006.6.23)
陈总统接见阿拉伯联合大公国海湾时报社长Galadari夫妇时表示，台海和平、安全与稳定，必须建立在台湾内部政局稳定的基础上，并强调，唯有在内部推动政治协商、对外推动两岸和谈，才能维系台海两岸的和平发展。
民国九十五年六月廿三日(2006.6.23)
内政部警政署入出境管理局表示，自本（95）年7月1日起，对於大陆专业人士来台参访，同团申请入境人员，如未能於同日自香港或澳门机场换证入境者，视为擅自拆团，不予换发入出境许可证正本。
民国九十五年六月廿六日(2006.6.26)
陆委会第171次委员会议中就「福建省对台青少年工作研析」提出报告指出，近年来中共将我青年学生列为重点争取对象，采取交流、招生、就业等环环相扣的利诱策略，以为其长远之政治目的进行奠基。对於大陆方面有计画、有系统地加强对我青年学生工作力道，我方宜对两岸青年交流作一整体考量，除避免遭中共的政治污染外，进而导引学生深层思考，建立我方青年学生正确交流观念与主体意识。另为因应两岸青年学生交流失衡现象持续加大，政府宜提供多种管道及方式鼓励大陆学生来台交流，增进大陆年轻一代对台湾学术开放、民主自由的认识。
民国九十五年六月廿九日(2006.6.29)
陈总统接见美国国家安全会议前亚洲事务资深主任李侃如时指出，两岸若能和平对话绝对是台湾的最大利益，相信也符合美国与日本在亚洲地区的共同利益。虽然目前台湾内部有一些政治纷扰，但绝对不影响政府希望稳定台海和平现状的意志与决心。
民国九十五年六月廿九日(2006.6.29)
陈总统接见中央通讯社改制十周年邀访之外宾时表示，中国对於人权以及新闻的迫害众所皆知，可谓恶名昭彰，对於许多国际知名的网站，包括google、雅虎(yahoo)、微软(Microsoft)等网站加以打压与限制，而且中国也是拘禁最多新闻记者的国家。依照「自由之家」所提出的「世界新闻自由度」评比，中国在190余国家中排名第177名，可以说是完全没有新闻自由的国家之一。
民国九十五年七月三日(2006.7.3)
行政院长苏贞昌表示，开放中国大陆观光客必须在「台湾主权」、「国家安全」两前提下开放；包括中国入出境管理、治安维护、人民币兑换机制等，都必须进一步讨论。
民国九十五年七月三日(2006.7.3)
陆委会吴钊燮主委接见中国维权人士时表示，我们对於民主台湾有百分之百的信心，因此，乐见更多的大陆人民来到台湾，也愿意以更开放的态度处理两岸事务，相信这对两岸都有好处，也更能增进两岸关系和平发展。
民国九十五年七月五日(2006.7.5)
陈总统接见尼加拉瓜共和国驻联合国常任代表塞维亚（Eduardo Sevilla）及圣多美普林西比民主共和国驻联合国代办费瑞拉（Domingos Ferreira）时表示，根据联合国宪章的会籍普及化原则，台湾2,300万人民在联合国的代表权不应受到漠视，参与联合国、善尽国际社会责任，也是2,300万台湾人民的基本人权，不应受到剥夺或歧视。联合国2758号决议只解决了13亿中国人民在联合国的代表权问题，至於2,300万台湾人民在联合国代表权问题，并未得到真正的处理。
民国九十五年七月六日(2006.7.6)
总统府卓荣泰副秘书长在记者会表示，总统府充分支持和平对话，解决包括两岸问题在内所有纷争，台湾也正面临飞弹的威胁，中国完全无视於台海的和平与稳定，针对性地对台部署飞弹，国际社会应对台海的安全情势寄予相同的关注。
民国九十五年七月六日(2006.7.6)
陆委会吴钊燮主委接见「香港总商会台北访问团」时指出，为能更直接协助在台湾的香港人士，提供更便利的服务，以及建立台港双方政府正常化的联系协调机制，希望港府能在台湾设立办事处。
民国九十五年七月七日(2006.7.7)
陈总统偕同吕副总统参加三军七院校95年联合毕业典礼致词表示，台湾人民不希望与对岸发生战争，更渴望台海能够永远和平，但和平绝对不可能建立在一厢情愿的自我欺骗，或是不切实际地寄望於敌人的善意。历史也一再证明，唯有「备战才能止战、能战才能避战」，苟且偷安不但不能防止战争，反而是鼓励侵略最重要的因素。
民国九十五年七月七日(2006.7.7)
针对北韩试射飞弹引发国际关注，陆委会刘德勳副主委於记者会指出：中共近年来迅速扩张军备，针对台湾部署武力，希望国际间看到朝鲜半岛问题的同时，也能对台海安全及中共对台湾的威胁与打压表达关注。
民国九十五年七月十日(2006.7.10)
陆委会吴钊燮主委接见立法院国民党团曾永权执行长等人时表示，「澳门模式」为两岸正式协商的可行方式之一，在两岸正式协商之前，需要透过双方指定窗口持续进行沟通、协调及安排。吴主委并强调目前政府正积极透过管道与大陆方面进行连系沟通，希望能尽速与大陆方面就相关问题展开协商，早日实现大陆人士来台观光之目标。
民国九十五年七月十四日(2006.7.14)
行政院发言人郑文灿表示，两岸包机常态化、货运便捷化、大陆观光客来台、扩大小三通等都是陆委会既定政策。对於开放大陆观光客来台等议题，陆委会已经公布各项进程表，国内各界也都形成共识，将按照既定时程推动不会改变。
民国九十五年七月十六日(2006.7.16)
行政院长苏贞昌出席「台日论坛」时表示，我们在和中国交往的同时，如果只看到机会，而没有正视风险，这是相当不智而且危险。台湾在推动两岸关系是秉持著普世的价值，所以陈总统提出「民主、和平、对等、繁荣」的四大原则，并在「积极管理、有效开放」的框架下，开放务实稳健地推动两岸关系。
民国九十五年七月十六日(2006.7.16)
陆委会吴钊燮主委接见加拿大国会议员访问团时表示，从中国人民不断尝试透过网路传播讯息、民众示威抗议事件截至去(94)年激增至87,000件，到「冰点」杂志在民意压力下复刊等事件，可以看出中共现在已无法完全掌握其社会内部稳定，这或许是中共领导人反省思考政治民主改革的一个契机，台湾也愿意提供自身经验协助中国的民主化发展。
民国九十五年七月十七日(2006.7.17)
陈总统接见参加「台日论坛」日方代表团时表示，中国在短时间内对台的飞弹部署到目前已经达到784枚的战术导弹，如果再加上36枚东海10号的巡弋飞弹，已有820枚直接瞄向台湾，每年还以100至120枚的速度继续增加，让2300万台湾人民每天活在中国的飞弹威胁之下，这不仅危害到台海的和平稳定，也影响到日本的安危，绝对不是所谓和平发展与对外和解的应有作为。
民国九十五年七月廿日(2006.7.20)
陈总统视导国军「汉光22号」演习时表示，面对中国「三战」的攻势，台湾应进一步巩固并深化台湾的民主，坚定全体国人同胞对自由、民主、人权与和平等普世价值的信念。
民国九十五年七月廿七日(2006.7.27)
陈总统参加「台湾经济永续发展会议」全体会议开幕典礼致词指出，两岸经贸绝对不是台湾对外经贸的全部，而只是全球布局整体的一环，并强调不能纯就两岸经贸谈两岸经贸，必须放在整个国际经贸往来的脉络之下，再一次确认台湾的国家发展定位，并在「台湾优先、投资台湾优先」的基本思维与架构下，拟定两岸经贸政策。
民国九十五年七月廿七日(2006.7.27)
陈总统接见美国「德国马歇尔基金」(GMF)赞助计画访问团成员时表示，过去六年来，台湾一直期待能与中国重启对话，尤其是2000年政党轮替之时，就是最好的对话机会，但北京当局无法抓住这次「机会之窗」，并且一再的误判情势，拒绝与台湾民选政府对话。并表示，两岸对话仍是台海及区域和平安全稳定最重要的基础，台湾的生存与发展，也可对美、日的区域利益提供助益；此外，台湾的民主成果，也可以为中国及亚太区域民主化，发挥灯塔效应。
民国九十五年七月廿八日(2006.7.28)
「台湾经济永续发展会议」针对「全球布局与两岸经贸」分组达成58项共同意见。陆委会吴钊燮主委表示，两岸经贸本於「投资台湾」及「全球布局」之思维，以国家安全及总体利益为优先，在有效管控风险前提下，持续进行两岸经贸政策调整。
民国九十五年七月廿九日(2006.7.29)
吕副总统参加「台湾心会嘉义市分会」演讲时指出，台商在大陆投资生产金额占台湾生产毛额的5成，而到大陆投资更占对外投资的7成，都显示 台湾对大陆经济过於依赖，大陆当局也运用此一形势，透过台商以商为政，以民逼官，甚至要以经济统合来促成政治统合。
民国九十五年七月卅日(2006.7.30)
陆委会吴钊燮主委接受专访时强调，两岸关系并未出现能走向政治对话的结构性变化，即使如此，「陆委会」仍努力推动一些实质性议题的协商，例如包机协商与大陆旅客赴台观光协商等，争取获得一些具体成果。「陆委会」会在「六一四」的基础上，再寻求是否有更多的可能性，让两岸人员及货物往来更加便捷。
民国九十五年七月卅日(2006.7.30)
行政院长苏贞昌表示，台湾经济永续发展会议的516项共识，其中针对两岸开放措施是秉持陈总统的「积极管理、有效开放」政策，对投资中国会设定上限管控，健全台湾的投资环境及提升国内投资率。
民国九十五年八月一日(2006.8.1)
陆委会吴钊燮主委在行政院召开的中外记者会表示，陈总统提出的「积极管理，有效开放」仍是政府秉持的两岸经贸原则。
民国九十五年八月六日(2006.8.6)
行政院长苏贞昌表示，台查外交生变，这是中国刻意要给台湾难堪，压缩2300万同胞的外交空间。
民国九十五年八月六日(2006.8.6)
陆委会吴钊燮主委指出，中国政府选择在行政院苏院长出访前夕以各种手段要胁查德与我断交，目的就是在羞辱台湾政府、羞辱台湾人民，台湾政府与人民对中国政府的作为同感愤慨与不齿。此一事件对两岸关系的可能冲击，中国政府必须负起唯一与所有的责任。
民国九十五年八月十二日(2006.8.12)
陈总统出席国际同济会台湾总会十大杰出农业专家表扬大会致词表示，应该认真检讨是不是应该以台湾名义，直接申请加入联合国。
民国九十五年八月廿一日(2006.8.21)
陆委会表示有关中共国台办主任陈云林等申请来台参加「两岸农业合作论坛」，政府已透过海基会邀请中共方面尽速派员来台进行磋商。
陆委会亦强调，当前两岸农业合作的急务，并不是中共派人来台湾参加民间的讨论会，而是应该积极采取措施改善中国大陆的作法，立即降低对台湾农民的利益损害；其次，则应接受我方邀请，展开政府主管部门之协商，以期建立长期有效运作的机制，台湾农民的利益才能受到真正的照顾。
民国九十五年八月廿三日(2006.8.23)
陆委会吴钊燮主委接见德国社民党国会议员Mr. Engelbert Wistuba时表示，政府刻正努力就非政治敏感性的议题与中国大陆展开协商，在包机议题上已有相当好的成果，目前也正积极推动大陆人民来台观光，希望很快能展开协商，期盼未来能持续针对其他实质议题与大陆展开协商，让两岸关系逐渐好转。
民国九十五年八月廿三日(2006.8.23)
陈总统在金门主持「八二三战役胜利48周年纪念大会」并致词时表示，2300万台湾人民热爱和平，我们不希望与对岸广大的中国人民为敌，更渴望台海能有永久的和平，但这绝不表示就能轻忽对自我防卫能力的提升与强化。为了确保台湾自由、民主、繁荣与和平的现状不会被片面改变，我们必须要凝聚全民对国家安全的共识，建立有效而充分的国防武力，吓阻并预防任何军事冲突的发生。
民国九十五年八月廿三日(2006.8.23)
陈总统接见德国社民党国会议员访问团时表示，欧盟成功主要奠基於「主权、民主、和平、对等」4大原则，所有欧盟会员国都是主权独立国家，而且完全尊重会员国人民自由意志的选择，而非诉诸武力或暴力，符合民主、和平原则。而且，所有会员国都是对等的。因此，有关台海两岸未来的走向，不论建立怎样的政治关系，都应该学习欧盟统合的精神，离不开这4大原则。
民国九十五年八月廿四日(2006.8.24)
陆委会吴钊燮主委出席「中国崛起：北京战略及其对亚太的冲击」国际研讨会演讲时表示，中国崛起对台湾而言更是一大挑战，也是台湾人民在面临中国经济、外交与军事威胁下，展现自我抉择的时刻。并期盼北京政府能够成为一个理性的政权，共同建立两岸和平稳定互动架构，藉由此一过渡安排，避免两岸冲突之发生，以转向永久性之和平解决。
民国九十五年八月廿五日(2006.8.25)
陆委会发布新闻稿表示，为落实推动开放大陆人民来台观光政策，政府决定成立「财团法人台湾海峡两岸观光旅游协会」，以利与大陆方面进行後续沟通联系及协助安排双方协商等工作。目前相关机关就接待大陆观光客之准备工作及相关安全管理等配套措施已陆续推动，同时也完成各项协商准备工作。
民国九十五年八月廿五日(2006.8.25)
陆委会吴钊燮主委在记者会表示，将依照行政院长苏贞昌在行政院院会中裁示，当两岸达成协商共识，落实中国人民来台观光的同时，台湾将做好安全管理及开放人民币在台湾本岛兑换的配套措施。
民国九十五年八月廿八日(2006.8.28)
行政院长苏贞昌接见由欧洲商务协会薛勒（Mr. Ralf Scheller）理事长时表示，中国不仅长期对我国进行武力威胁，并持续在经济与外交方面打压，因此我国对两岸经贸须做必要的管理。而对於再大幅开放大陆产品进口，我国愿意在WTO架构下与对岸协商，反而对岸迟迟不愿与我进行谘商，显见两岸经贸自由化方面，仍有待对岸以更务实的态度面对。
民国九十五年九月三日(2006.9.3)
陈总统前往帛琉参加「第一届台湾与太平洋友邦元首高峰会议」行前表示，台湾做为一个主权独立国家的事实绝对是不容否认的，但要获得国际普遍的认同，是需要不断的努力奋斗，积极打拚才可能换来的。我们绝对不能因为别人打压，结果自己反而先自我设限，任何一个能具体展现台湾国家主权的机会，我们都不能、更不应该放弃。
民国九十五年九月四日(2006.9.4)
陆委会吴钊燮主委接见英国国会议员Sir Nicholas Winterton时表示，盼望国际社会能持续向中国强调，不得以非和平手段方式解决两岸争议，并期许国际社会能鼓励中国政府和台湾政府展开和平对话。
民国九十五年九月六日(2006.9.6)
陈总统在帛琉接受路透采访时表示，中国大陆在2010年有能力发动对台湾大规模的入侵，但是台湾也有能力反击，并强调，除非中国大陆承认台湾的中华民国是一个独立的国家，否则他不会与中国大陆的领导人会面。
民国九十五年九月六日(2006.9.6)
陆委会吴钊燮主委接受美国威尔逊中心邀请发表演说时表示，希望美国建议北京放弃以「一个中国」为前提的两岸协商；希望美国敦促中国尊重台湾的民主现状；希望美国直接促请中国采取行动，跟台湾的民选政府接触，否则只是做例行性的公开宣示，北京根本毫不理会，这对维持台海和平稳定没有帮助。
民国九十五年九月七日(2006.9.7)
陈总统接见「2006年全球越棉(柬)寮侨社负责人回国访问团」时表示，中国近年来为了在国际上打压台湾，不断地以金钱攻势，企图利诱我邦交国，面对这种新的挑战与考验，中华民国台湾不愿意、也没有这个能力与中国进行金援竞赛，我们所凭藉的是对自由与民主的共同信仰、以及诚心的交往与合作。
民国九十五年九月八日(2006.9.8)
陆委会吴钊燮主委在洛杉矶接受记者采访时表示，大陆 800多枚飞弹瞄准台湾，威胁台湾安全。虽然美国应台湾要求一再向中国重申不能对台湾使用武力或武力威胁，但是，中方没有因为美国的要求而停止下来，反而是不断的加强。
民国九十五年九月八日(2006.9.8)
陆委会针对中共国台办主任陈云林等官员拟申请来台一案，审查决定不予许可之处理结果，提出郑重声明：
一、中共显然毫无改善两岸关系之诚意。
二、中共明显对我施以两手策略。
三、中共应本相互尊重原则与我磋商。
四、中共未曾真心关注两岸农业深层问题。
五、政府推动两岸和平稳定的努力不会改变。
民国九十五年九月十一日(2006.9.11)
陆委会发布新闻稿表示，促进两岸交流正常化，推动货客运包机及大陆人民来台观光，是政府一贯的政策；针对民间团体协助政府推动相关政策，陆委会表示感谢并表示以下立场：
一、政府已将开放大陆人民来台观光列为优先协商项目，并持续与大陆方面就协商所涉技术性问题进行沟通、联系。惟由於协商涉及双方互动，无法由我方片面订定协商时间表，我方立场系希望愈快愈好。
二、有关货客运包机议题，我方正持续就相关议题积极与大陆方面沟通中，只要经过两岸协商，不排除任何的可能性。
三、两岸间新辟航线航路，我方始终不排除经过正式协商，以作好相关安排。
民国九十五年九月十一日(2006.9.11)
针对中共新华社公布「外国通讯社在中国境内发布新闻资讯管理办法」，陆委会发布新闻稿严加谴责，并呼吁国际社会共同努力，促使中共当局早日解除对言论自由的管制，还给中国人民自由的空间。
民国九十五年九月十三日(2006.9.13)
陈总统在参加「推动参与联合国案」视讯会议中表示，愿以和平的方式，透过平等的对话来解决台海两岸的歧见。未来两岸关系的发展必须符合「主权、民主、和平、对等」四大原则，这是多数台湾人民的坚持，而联合国及其专门组织正可做为台海两岸良性互动、交换意见，以及沟通合作的平台。
民国九十五年九月十三日(2006.9.13)
联合国大会第61届常会裁定我参与案不列入本届联大正式议程。外交部针对中国滥用其影响力，迫使总务委员会作出自失原则、罔顾立场的决定，表达强烈谴责并表示，中国在国际上对台湾的蛮横打压，只会加深台湾人民对中国的不满与反感，对两岸关系的良性发展绝无助益。
民国九十五年九月十四日(2006.9.14)
陈总统在与纽约学者举行的视讯会议上表示，用「台湾」来加入联合国，将有助澄清两岸是两个不同的国家，也表明无意挑战联合国2758号决议。
民国九十五年九月十四日(2006.9.14)
内政部公告，今後大陆地区大众传播专业人士可以来台从事一定的宣传活动，并可依其许可目的性质召开记者会、接受大众传播媒体（含报纸、杂志、电视、广播）访问。
民国九十五年九月十五日(2006.9.15)
陈总统参加「中美洲185周年独立纪念日」庆祝酒会时表示，民主确实是最好的TMD，是和平最佳的屏障；因此，台湾面对来自对岸中国文攻武吓的严重威胁，除了要继续深化并巩固我国的民主外，也要呼吁北京政权摒弃其对人民自由的箝制，并加速民主化的脚步。
民国九十五年九月十六日(2006.9.16)
陆委会吴钊燮主委以「中国遏制台湾」（China "Suffocating" Taiwan）为题，接受美国「国家新闻」周刊（National Journal）专访中指出，现阶段中国未必会使用武力来解决台湾问题，但随著中国军力的扩充，有朝一日中国是有可能将动武视为其解决方案之一。而中国也可能藉激发民族主义来解决台湾问题，以移转其内部动荡不安的情势，这些都是不可测的因素。
民国九十五年九月廿日(2006.9.20)
陆委会吴钊燮主委表示，大陆旅客来台观光的协商议题可望有具体进展，两岸观光协商的民间组织，可望坐上谈判桌谈判。若一切顺利，年底前陆客来台观光政策应可落实。
民国九十五年九月廿五日(2006.9.25)
陆委会委员会议就「大陆地区人民来台从事商务活动许可办法」进行讨论，决议适度放宽企业邀请中国大陆商务人士来台的人数及条件限制。
民国九十五年九月廿五日(2006.9.25)
陆委会委员会议通过「两岸条例第79条第5项至第7项有关停航、废止船长、船舶证照及没入船舶之裁处作业流程图」及处理原则，将函请各相关机关参考遵循，以期有效遏止大陆地区人民非法进入台湾地区之情形。
民国九十五年九月廿七日(2006.9.27)
陆委会发布新闻稿指出，中共国台办针对我修宪议题所发表的荒谬言论，充分显示中共当局缺乏对民主政治运作原则的基本认知，也暴露其根本无法理解台湾主流民意的走向，一再发表这类无理的言论以及企图干涉台湾内政的行径，对两岸关系的发展毫无正面的意义。
民国九十五年十月一日(2006.10.1)
行政院长苏贞昌视察小三通时表示，在不影响国家安全前提下，政府会务实检讨调整小三通各项措施；在考虑扩大中转功能的同时，会规划做好配套措施，让国人同胞往返两岸更便捷。
民国九十五年十月四日(2006.10.4)
行政院长苏贞昌出席海基会「大陆台商秋节联谊晚宴」致词时指出，只要不涉及国家安全与两岸之间的公权力，政府绝对从宽、从速办理；在大陆的投资，银行在大陆设分行，我们可以开放，但是相关应该有的监理制度，应该要由政府来谈。
民国九十五年十月四日(2006.10.4)
行政院陆委会吴钊燮主委接见德国国会议员访问团时重申，开放大陆人士来台观光是政府一贯政策，希望协商能尽早完成，於年底前落实这项政策。而影响两岸关系发展的关键因素，仍在於中国大陆对台湾的军事威胁及外交打压。因此，再度呼吁，中国大陆应与台湾民选政府展开对话，就实质性议题进行协商，才是改善两岸关系的根本之道。
民国九十五年十月四日(2006.10.4)
行政院陆委会吴钊燮主委出席「世界华商会议」时重申，现阶段两岸经贸政策指导原则仍是「积极管理，有效开放」，两岸经贸有调整空间，但必须在能控管风险的前提下进行。
民国九十五年十月十日(2006.10.10)
陈总统主持「中华民国建国95年国庆典礼」时指出，唯有中国的领导人将自由、民主、人权与和平等普世价值，化为两岸的共同语言，并以此建构和平稳定的互动，才有可能形塑有内涵、有意义的两岸关系。至於两岸关系的发展，绝对不能拘泥於台海两岸这个狭小的框架，必须将整个格局与视野提升到整体国际政经情势演变的层次。
民国九十五年十月十一日(2006.10.11)
行政院陆委会指出，两岸农业交流应透过双方主管部门间的联系与互动，循序推动，才能真正对两岸各自的农业发展有实质的帮助。中共当局将两岸农业交流当作政治操作的筹码，利用此一议题做为有利於其推动对台工作的工具，对保障我方农民实质权益，推动两岸交流的正常化发展，以及维护台湾整体的利益，将不会有正面的帮助。
民国九十五年十月十二日(2006.10.12)
行政院陆委会吴钊燮主委接见德国国会议员时指出，目前政府致力推动开放大陆人民来台观光，政府期待经由开放大陆人民来台观光，能让大陆人民超越中国当局严格控管媒体与接收资讯的限制，亲身体验台湾民主多元社会的样貌。
民国九十五年十月十三日(2006.10.13)
陈总统接见德国国会议员弗鲁格 (Johannes Andreas Pflug)时强调，台湾与中国的接触、对话及谈判，政府的公权力及角色都无法被取代，他期盼中国政府正视台湾作为主权国家的现状，两岸能尽速展开对话，让两岸关系可以早日正常化。
民国九十五年十月十三日(2006.10.13)
陈总统接见美国共和党青年政治菁英访台团时表示，朝鲜半岛有六方会谈的对话机制，都无法阻挡集体安全机制的漏洞。面对来自中国的军事威胁以及有效因应两岸军事力量的平衡不向中国倾斜，必须强化台湾自我防卫能力，展现强化国防的意志与决心。
民国九十五年十月十四日(2006.10.14)
行政院陆委会吴钊燮主委在接受中央电台专访时表示，台湾著名的农产品，遭中国仿冒严重，农民权益备受损失。中国和台湾现在都已经是世界贸易组织会员体之一，农业相关问题，应透过世贸架构来进行相关的产品或议题的协商，或农产品仿冒的议题，也可以在世界贸易组织架构下，来谈论智慧财产权保护的问题。
民国九十五年十月十五日(2006.10.15)
行政院陆委会副主委刘德勳表示，国民党应利用国共农业合作论坛，要求中国严格执行尊重台湾的智慧财产权，也希望中国能以开放、坦承、不回避的态度，透过两岸正式协商管道具体协调，在经贸交流、农业合作等方面，建立常态机制解决问题。
民国九十五年十月十五日(2006.10.15)
行政院金管会副主任委员张秀莲在立法院表示，是否可允许金融业赴中，需要留意国家安全等问题；陆委会吴钊燮主委指出，目前两岸尚未签署「金融监理备忘录（MOU）」，不宜贸然开放。
民国九十五年十月十七日(2006.10.17)
针对中国国民党与中国共产党在海南博鳌举行「两岸农业合作论坛」，行政院陆委会发表三点声明指出，中共方面提出所谓「4点建议」、「7项共同建议」及「20项政策措施」，均是旧调重弹。而中共方面基於政治考量片面采取多项对台农业优惠措施，事实证明，不仅对台湾农产品输销大陆助益有限，而且还造成很多负面影响。并呼吁重建两岸农业交流秩序，并就双方关切的农业议题及早进行协商。
民国九十五年十月十七日(2006.10.17)
针对国共第三次农业论坛，行政院农委会发表声明指出，国共举办第一次论坛迄今已届1年半，台湾优良品种与农业技术不断遭大陆窃取，大陆黑心廉价农产品走私来台打击台湾农业，两岸农业的竞争更加激烈，而非互补。此次论坛获致共同建议，涉及公权力的执行，有待两岸政府或政府授权团体进行协商，否则只是徒呼口号，无法落实执行。
民国九十五年十月十八日(2006.10.18)
内政部警政署入出境管理局核定「简任第十职等及警监四阶以下未涉及国家安全机密之公务员及警察人员赴大陆地区作业要点」，自民国九十五年十月十九日生效。
民国九十五年十月十八日(2006.10.18)
内政部警政署入出境管理局核定「台湾地区公务员及特定身分人员进入大陆地区许可办法」修正条文，自民国九十五年十月十九日施行。
民国九十五年十月十九日(2006.10.19)
行政院陆委会吴钊燮主委接受路透专访时表示，北京方面想把直航（例如台北直飞广州）定位为国内航线，而非国际航线，以彰显台北是中国大陆的一部分。台湾反对此一构想。而由於在航线与航空器等问题僵持不下，两岸至少两年内无法展开直航。
民国九十五年十月廿日(2006.10.20)
行政院长苏贞昌在立法院接受质询时表示，不管是观光、直航、金融等，凡对台湾有利的，政府都是持正面开放，以及互惠互利的态度，但涉及公权力部份，需要对等协商。
民国九十五年十月廿日(2006.10.20)
行政院陆委会副主委刘德勳表示，两岸三通是政府既定的政策，但过程中须有必要的平台和机制，这些须双边协商，目前中国不愿意协商航权的部分。中国把两岸航线依照其国内法定位为国内航线，造成两岸直航协商的障碍，中国应先去除这个障碍以利协商的进行。
民国九十五年十月廿四日(2006.10.24)
行政院长苏贞昌在立法院表示，大陆要和台湾谈，应该要先承诺放弃对台动武，以及放弃一个中国的坚持，因为「台湾是主权独立的国家」。
民国九十五年十月卅日(2006.10.30)
陈总统参加由日本早稻田大学台湾研究所主办的「与台湾陈水扁总统对谈」视讯会议时表示，半个世纪以来，台湾始终笼罩在中国武力威胁的阴影之下，没有人比台湾人民更期待和平。台湾会信守承诺积极强化自我防卫的力量，并对维持台海和平的现状尽最大的努力，但我们更期许国际社会能够正视台海问题的本质，为开创一个更民主、更和平的世界共同奋斗。
民国九十五年十月卅一日(2006.10.31)
陈总统在接见第六十届优良商人、优良外国驻台商务单位暨优良在台外商时重申，两岸直航不只是往来便捷及商业利益的问题，也涉及到国家安全，三通应采逐步渐进、务实的态度，先有「小三通」才有「大三通」，应先进行货运包机直航再进到人员包机直航。
民国九十五年十一月一日(2006.11.1)
陈总统接见美国联邦参议员穆考斯基(Lisa Murkowski)时表示，希望中国领导人能够与台湾民选政府的领导人接触、对话并协商；两岸的歧见、台海的争端应该透过对话和平解决，而不应该诉诸武力或者非和平的手段。
民国九十五年十一月一日(2006.11.1)
行政院陆委会发布新闻稿指出，为积极延揽港澳专业人士来台工作，落实教育松绑政策，并充分尊重港澳居民在台教育选择权，增订港澳居民来台工作者，其子女得准用外侨子女相关规定，进入外侨学校及其附设幼稚园就读。
民国九十五年十一月二日(2006.11.2)
陈总统主持「APEC高层会议」时表示，近年来，中国策动一连串拉拢国内在野势力的作为，对照今年中国强力施压主办会员体--越南，各种阻挠台湾平等参与APEC的举动，在在突显北京「只准台湾前进中国，不准台湾走向国际」的统战策略，政府应该全力进行国际宣传，以正国际视听。
民国九十五年十一月二日(2006.11.2)
行政院陆委会吴钊燮主委在第六届两岸专业交流绩优团体颁奖典礼时表示，专业优质的交流，为两岸关系良性发展奠定稳固基础，希望透过两岸专业交流团体的协助，两岸政府共同致力深化交流内涵，促进两岸关系的善意互动与和平互信。
民国九十五年十一月三日(2006.11.3)
陈总统接受英国「金融时报」驻台北特派员席佳琳(Kathrin Hille)专访时表示，不独不武的所谓和平协定，其实是投降协定、是降书，是在改变现状，其前提是要接受一个中国，其结论就是终极统一，台湾不可能接受。
民国九十五年十一月三日(2006.11.3)
行政院陆委会对国民党主席马英九所谓「不独换不武」之立场说明指出：中华民国是主权独立国家，两岸互不隶属是目前的现状，两者间并不存在「独」或「统」的问题。中国国民党倡议「台湾不独、中国不武」，将两者并无直接关联的情况做连结，将两岸现状发展做了倒退性的诠释，完全漠视台湾2300万人民之权益与台湾人民对台湾未来发展之决定权。
民国九十五年十一月七日(2006.11.7)
陈总统接见95年侨务委员会议代表时表示，近年来随著中国整体国力的提升，对我采取强势的「三光政策」，面对此一困境，我们一定要坚强的站起来、走出去，不断为台湾发声，争取应有的国际人格，吁请全世界要正视台湾做为一个主权国家存在的事实。
民国九十五年十一月九日(2006.11.9)
陈总统出席「全侨民主和平联盟第五次全球大会」时表示，虽然中国口口声声对外宣称「和平崛起」，但国际社会却普遍认为是「中国威胁」，始终怀抱著高度的戒心与疑虑。因为中国始终坚持一党专政的独裁统治，极力抗拒、打压并迫害政治的改革。近几年来，中国并没有因为经济的繁荣而放松对政治权力的控制，不管在政治参与、宗教信仰、言论及新闻自由等方面，都呈现不进反退的现象，而中国也是全世界对网际网路进行新闻检查最为严格的国家之一。
民国九十五年十一月九日(2006.11.9)
行政院陆委会吴钊燮主委在2006年「全侨民主和平联盟」演说时表示，根据民调，台海两岸维持现状是最为台湾大多数人民可以接受的，民进党政府就是要确保台湾是一个实质独立的现状，不受中国大陆的武力威胁。至於未来的方向将朝向开放的态度，不排除与中国政府发展任何形式的关系，只要台湾人民同意。
民国九十五年十一月十日(2006.11.10)
行政院长苏贞昌在立法院答询时表示，两岸应先建立金融监理机制，在此之前不赞成银行贸然前往大陆投资。副院长蔡英文也表示：「两岸在金融监理上没有签定备忘录，再多的立法动作与行为，都於事无补。」
民国九十五年十一月十日(2006.11.10)
针对参加亚太经济合作组织（APEC），外交部发布新闻稿指出：我方自始即主张应由我国总统亲自出席该经济领袖会议，惟由於中国的阻挠及打压，我总统在顾及APEC整体和谐及不为难主办会员体的考量下，过去均亲自指派领袖代表出席APEC经济领袖会议。我国领袖代表在参与领袖会议时，在会议中与其他成员享有同等礼遇及地位。我作为APEC正式及完全成员，与其他会员体尽相同义务，亦享相同之权利。
民国九十五年十一月十三日(2006.11.13)
行政院陆委会钊燮吴主委接见美国共和党全国委员会一行时表示，政府期待经由开放大陆人民来台观光，能让大陆人民亲身体验台湾民主多元社会的样貌，了解台湾的真实面貌，吴主委也吁请国际社会一同敦促中国大陆资讯透明化。
民国九十五年十一月十四日(2006.11.14)
行政院陆委会吴钊燮主委接见澳大利亚执政党参议员时表示，希望中国大陆依国际惯例处理台湾参加2008年北京奥运事宜。政府为改善两岸关系，持续推动实质议题的协商，日前在包机议题上已获得具体进展，并与中国大陆就四项专案包机事项达成共识。目前则是积极与中方协商开放大陆人士来台观光议题。
民国九十五年十一月十四日(2006.11.14)
行政院陆委会有关处理「澎湖县与大陆地区通航自治条例」之说明指出，其内容涉及中央权限事项，均非属地方自治事项范畴，该通航自治条例已抵触两岸条例第95条之1及地方制度法第25条第1项（即非其自治事项权限）等规定，依地方制度法第30条第1项规定，应属无效。
民国九十五年十一月十六日(2006.11.16)
陈总统接见美国「信心建立措施」(CBM)研习班讲员时表示，「信心建立措施」重点在於预防台海发生战事以及建立两岸和平对话机制，并指出，台湾的国家安全是全民的共同语言，必须要超越政党及个人的利益，唯有国家安全防卫机制完整建立，才能健全两岸的对话平台。但是这种对话平台，并非依赖任何一党领袖到对岸演讲、会谈或握手就能建立，因为台湾的整体利益，绝对不能被矮化、地方化以及去政府化。
民国九十五年十一月十六日(2006.11.16)
行政院陆委员会吴钊燮主委在立法院答询时指出，对晶圆代工业赴大陆设置8寸晶圆厂及使用0.18微米制程技术，政策面将采取「绿灯放行」的开放态度，但实际开放与否，仍待经济部完成细部规划。
民国九十五年十一月十六日(2006.11.16)
行政院陆委会吴钊燮主委指出，金马目前的基本设施还不够，陆委会正与交通部等相关机关评估机场扩建，整体负荷量及需求量，年底前会就扩大小三通的适用范围方面完成检讨。
民国九十五年十一月十七日(2006.11.17)
针对中共当局发布外资银行管理条例以及近来部分媒体及特定人士就两岸条例第36条修正案对陆委会及政府相关机关所作不实批评，陆委会特提出说明指出：两岸协商建立金融监理制度，是确保对银行有效监理的前提条件，朝野应凝聚共识一致要求中共当局与我协商建立金融监理制度。
民国九十五年十一月廿七日(2006.11.27)
行政院陆委会副主委刘德勳指出，台商赴大陆投资上限的问题，未来还是要透过政府相关机关、社会大众、专业人士共同来探讨，提出共同可接受符合国家整体经济利益与个体经济利益的方向。
民国九十五年十一月廿七日(2006.11.27)
行政院发言人郑文灿就日月光并购案发表政府基本立场，指「两案政策因素对并购案并无任何显著、立即的影响」，尤其已依法提出大陆投资申请案件，并在经济部投审会审查中；政府会虚心面对，从政策面及实务面作深入的检讨及必要调整，务期让两岸政策更能兼顾国家整体利益及企业的需要。
民国九十五年十一月廿八日(2006.11.28)
针对凯雷并购日月光乙案，行政院长苏贞昌强调坚持「台湾的主体性政策主动性、政府主导性」。
民国九十五年十一月廿九日(2006.11.29)
行政院陆委会吴钊燮主委在英国「皇家三军联合国防研究所」（RUSI）演讲时表示，中国持续加强军备，在沿岸地区架设八百多枚飞弹瞄准台湾，以武力恫吓台湾；同时无所不用其极打压台湾的国际空间，台湾民众也对中国此举愤怒不已。
吴主委进一步指出，去年三月中国片面制订改变台海现状的「反分裂国家法」，扩大动武条件，建构武力攻台的法律基础，强迫各国采行「一个中国」原则，而这个一中原则是指中国拥有台湾，与台湾独立存在的事实根本不相符。
吴主委表示，台湾与中国达成两岸货运包机协定、并开放大陆人士来台观光旅游，希望能与中国进行协商谈判，但至今北京当局仍不愿意，他呼吁国际社会能利用各种场合与机会，持续不断鼓励中国与台湾重启协商。
民国九十五年十二月一日(2006.12.1)
行政院陆委会副主委游盈隆接见香港民主党访问团时表示，大陆对於「一个中国原则」的坚持，让两岸呈现既合作又对立，既交流又僵持的不正常现象；双方应暂时搁置主权争议，对等务实协商，共同促进两岸情势良好的发展。
民国九十五年十二月四日(2006.12.4)
陈总统与扁友会座谈时表示，有关台湾前途的选项应是开放的，台湾前途的选择不能只有一个结论。
民国九十五年十二月四日(2006.12.4)
陈总统参观日月光半导体公司时表示，政府的经贸政策是追求永续发展与社会正义，全球化不是中国化，业者要有风险管理观念，鸡蛋不要放在同一个篮子里；行政院应推动吸引中国资金回流台湾的方案。
民国九十五年十二月四日(2006.12.4)
行政院陆委会发布「台湾地区与大陆地区人民关系条例」第35条条文修正草案之参考资料中指出，应该思考减少赴大陆投资对我国的负面影响，同时兼顾国内企业之需求。一味提高赴大陆投资比例上限，是本末倒置的做法，无法根本解决问题。
民国九十五年十二月五日(2006.12.5)
陈总统接见马绍尔群岛共和国驻联合国常任代表克培利（Alfred Capelle）、宏都拉斯共和国驻联合国常任代表、洛梅诺-马丁雷斯（Ivan Romero-Martinez）以及巴拉圭共和国驻联合国副常任代表布法（Juan Alfredo Buffa）时指出，联合国2758号决议只解决中国在联合国代表权的问题，并没有解决2300万台湾人民在联合国代表权的问题；应依照联合国宪章会籍普及化的原则与精神，使2300万台湾人民不被拒绝於联合国大门之外。目前正研拟以台湾名义加入联合国，未来不会以中华民国、中华民国在台湾、中华民国（台湾）名义申请加入联合国，避免陷入一个中国代表权之争。
民国九十五年十二月五日(2006.12.5)
行政院陆委会吴钊燮主委接受德国之声访问时表示，中国提出如果要跟进行两岸直航议题的协商，台湾应该先接受「一个中国」的原则，将两岸直航的航线当作是国内的航线。这些政治的障碍是两岸协商没有办法进行的最主要障碍。两岸应该在对等协商的状况之下，就航权的谈判进行对等的协商，签订航权的协议。
民国九十五年十二月六日(2006.12.6)
行政院陆委会吴钊燮主委接见西班牙国会众议员访问团时表示，台湾在拓展国际生存空间上，处处受到中国当局的打压。中国不仅不承认台湾，更不断打压与限制台湾参与国际社会的种种努力，不论是对台湾2,300万民众卫生福祉至为重要的WHO参与案，乃至於许多非政府组织或民间举办的活动，包括联合国秘书处举办的全球性邮票创作比赛、世界美容美发大赛和环球小姐选美等，中国当局皆无所不用其极地介入干预，使得台湾一再在国际上受到不公平待遇及打压。
民国九十五年十二月七日(2006.12.7)
陈总统接见欧洲议会「中国报告」主笔人欧洲议会议员贝尔德(Bastiaan Belder)时指出，「中国报告」的主要内容包括：反对欧盟解除对中国武器禁运的决议、坚定支持台湾积极参与包括世界卫生组织在内的国际组织、台海两岸的歧见与争议应透过对话和平解决等立论均非常正确。并呼吁国际社会尊重台湾人民的集体人权，不管是基於联合国宪章会籍普及化原则，或医疗卫生保健无国界之分等最高原则，台湾都应该受到国际社会的接纳。
民国九十五年十二月七日(2006.12.7)
行政院陆委会吴钊燮主委接见欧洲议会议员贝尔德（Mr.Bastiaan Belder）时表示，尽管北京当局严格管控媒体和言论，藉此打压宗教自由，但我方仍积极推动两岸宗教交流，希望促使中国大陆早日实现宗教自由。
民国九十五年十二月十三日(2006.12.13)
陈总统接见法国国民议会友台小组主席巴戴尔（Christian Bataille）一行时表示，中国的言论自由、新闻自由与宗教自由，迄今仍然恶名昭彰，解除对中国的武器禁运，无异於让一个不自由、非民主的中国，对付一个自由民主的台湾，同时也危害亚太地区的和平稳定。
民国九十五年十二月十四日(2006.12.14)
行政院陆委会吴钊燮主委接见法国国民议会友台小组主席巴戴尔（Mr. Christian Bataille）议员时表示，台湾对中国的民主与人权发展至为关心，台湾与欧洲各民主国家的行政及立法部门应密切合作，敦促中国改善人权纪录，进而迈向民主。
民国九十五年十二月十四日(2006.12.14)
行政院陆委会吴钊燮主委出席「从2006年大陆投资环境变迁，看未来台商经营策略研讨会」专题演讲时表示，政府强化风险管理机制，但同时也推出放宽中国商务人士来台、推动中国观光客来台的开放政策，希望台商在投资中国之余，能结合台湾优势策略，思考回台投资。
民国九十五年十二月十四日(2006.12.14)
经济部发布新闻稿指出，修正「在大陆区从事投资或技术合作审查原则」，并增订「在大陆地区重大投资案件政策面审查协调作业要点」，明定重大投资案件之定义、重大投资案件之审查程序、审查项目、与投资人协调项目、投资人应承诺事项等项。
民国九十五年十二月廿日(2006.12.20)
行政院陆委会主委吴钊燮与国民党立院党团座谈时表示，开放中国观光客来台是既定政策，愈快愈好。而中国大陆航空公司来台设立办事处问题，陆委会也会认真思索两岸都可以接受的方案。
民国九十五年十二月廿日(2006.12.20)
内政部警政署入出境管理局发布新闻稿表示，自96年12月20日开始，取消大陆地区人民、香港澳门居民申请来台保证书至警察机关办理对保规定。
民国九十五年十二月廿一日(2006.12.21)
行政院陆委会发表澳门移交7周年情势研析报告指出，澳门移交7年来，台澳民间交流持续热络，惟官方往来有待开展。陆委会希望澳门政府采取更为开放的作法，建立正常化、制度化的沟通往来架构。
民国九十五年十二月廿七日(2006.12.27)
行政院陆委会发布新闻稿指出，中共国台办藉公布所谓台湾媒体在奥运期间可以有较为宽松的采访空间，刻意塑造对台新闻交流假象，但全世界没有一个民主国家规定记者的新闻采访权，是限定时间，过期失效的。中共刻意公布这项采访规定，是向全世界公开证明中共当局其实是一个完全不熟悉，也从不尊重新闻自由的政府。
民国九十五年十二月廿九日(2006.12.29)
针对中国当局公布国防白皮书，行政院陆委会副主委刘德勳指出，中国完全无视国际社会对中国军备扩张的高度质疑，只会增加国际对中国崛起的疑虑；白皮书中刻意扭曲台湾民主的价值与意涵，再强调维护国家安全与统一的军事能力提升的重要性；显示中国对台硬的一手不仅仍维持，甚至将强化对台军事威胁手段，为两岸前景埋下阴影。
民国九十五年十二月廿九日(2006.12.29)
行政院陆委会发布新闻稿表示，政府相关机关依据经续会结论进行8寸晶圆制程技术相关政策之检讨，并决定在限於国内母公司移转制程技术予其大陆投资事业，且限於自用之原则下，将现行准许赴大陆投资之8寸晶圆制程技术由0.25微米放宽至0.18微米。
民国九十五年十二月廿九日(2006.12.29)
行政院陆委会发布新闻稿表示，在累积多年「小三通」实施经验後，针对相关政策及执行方式进行通盘检讨，初步结论认为：「小三通」安全管理层面在这两年强化「积极管理、有效开放」的观念及机制後，已获致大幅改善；「小三通」政策在两岸未能有效协商的情况下，扩大开放的空间十分有限。不过，在「小三通」执行层面仍有改善的空间，经过详细评估後，未来将朝几方面进行调整，让金马「小三通」的正面效益能够提升。
民国九十五年十二月卅一日(2006.12.31)
中央银行总裁彭淮南表示，新台币代表国家主权，不能被其他货币取代，未来开放中国观光客携带人民币後，一定要收兑，不能让人民币在台湾流通。