民国九十年一月一日(2001.1.1)
陈水扁总统发表元旦祝词强调，台湾内部对如何建构未来两岸关系的策略虽缺乏共识，但是对於要求中共扬弃对台文攻武吓，以及以和平方式进行建设性对话的立场并无二致。
民国九十年一月一日(2001.1.1)
依据「试办金门马祖通航实施办法」，即日开始试办金马小三通。
民国九十年一月二日(2001.1.2)
「小三通」官方金厦通航参访团从金门料罗港顺利启航。
民国九十年一月三日(2001.1.3)
陆委会主委蔡英文表示，「小三通」的成功是「大三通」能否顺利上路的关键，政府绝对无意以「小三通」来拖延「大三通」的进程。
民国九十年一月六日(2001.1.6)
行政院六日至七日在台北召开全国经济发展会议，结论包括：因应加入世贸组织，检讨调整「三通」的「通商」政策，合理开放大陆货品进口，并开放陆资企业来台投资服务业；在平等互惠原则下，与大陆方面展开两岸通航协商；加强两岸科技交流，扩大引进大陆产业科技人才。
民国九十年一月十二日(2001.1.12)
陈水扁总统表示，他心中的「统合」就是欧盟模式，其中具有主权、自由、自愿三大意义。
民国九十年一月廿二日(2001.1.22)
陆委会针对钱其琛「江八点」六周年讲话，发表三点声明，重申愿与中共当局坐下来谈，彼此不预设前提与立场，针对两岸共同及各自关心的问题展开沟通对话。
民国九十年一月廿九日(2001.1.29)
陆委会主委蔡英文表示，立法委员曹尔忠与大陆「福建省马尾经济文化交流中心」签订合作协议的行为，是民间性的沟通，没有生效与否的问题。此乃因为「小三通」的协商属於中央政府职权，地方协商不可能取代官方协商。
民国九十年二月六日(2001.2.6)
第一艘首航台湾金门的大陆厦门客轮，完成了往返金、厦的历史性航程。
民国九十年二月八日(2001.2.8)
首批中共「新华社」来台驻点记者范丽青、陈斌华抵达台北，展开为期一个月的驻点采访。
民国九十年二月廿日(2001.2.20)
行政院院长张俊雄在立法院的施政报告中表示，过去政府实施的「戒急用忍」政策，随时空条件变迁，已到必须调整的时刻。行政院已经指示经济部及相关部会就两岸经贸政策全面检讨，将朝「积极开放，有效管理」方向调整。
民国九十年二月廿三日(2001.2.23)
行政院长张俊雄在立法院表示，「国统纲领」是两岸关系的重要文件，不过，这几年两岸互动情势有所变化，确有必要再进行思考，惟目前并无调整「国统纲领」急迫性。
民国九十年三月廿六日(2001.3.26)
陆委会主委蔡英文表示，目前两岸应该先以经贸互动做为建立双方互信的基础。
民国九十年四月九日(2001.4.9)
劳委会公布实施「大陆地区配偶在台湾地区停留期间工作许可及管理办法」。
民国九十年五月十五日(2001.5.15)
经济部部长林信义在记者会上表示，政府对大陆经贸「戒急用忍」政策将作调整，未来产业赴大陆投资项目，将由目前正面表列，改采负面表列方式，但对电厂投资案，仍不开放。
民国九十年五月廿一日(2001.5.21)
陈总统五月廿一日至六月五日赴中美洲邦交国进行「合作共荣，睦谊之旅」。
民国九十年五月廿七日(2001.5.27)
陈总统於「合作共荣，睦谊之旅」在瓜地马拉与随行记者茶叙时，提出两岸「新五不政策」：（一）军售、过境美国不是对中共的挑衅；（二）中华民国不会错估、误判两岸情势；（三）台湾不是任何一个国家的棋子；（四）政府从来没有放弃改善两岸关系的诚意与努力；（五）两岸关系不是零和关系。
民国九十年五月卅日(2001.5.30)
行政院院会通过「台湾地区与大陆地区金融业务往来许可办法」部分条文修正案，开放国际金融机构分行办理两岸金融业务直接往来，并允许国内金融机构赴大陆设立代表人办事处。
民国九十年六月一日(2001.6.1)
陆委会发表港澳白皮书指出，期望中共以宏观、长远的视野，务实地处理台港澳关系，进而建立正常化的联系协调机制。并乐见港澳均能成立驻台机构，建立相互往来的新架构，共创「四赢」的局面。
民国九十年六月六日(2001.6.6)
交通部民航局宣布，鉴於台港双方尚未谈妥新航约，为使台港航线继续正常营运，双方已签署延约协议文件，将旧约效期从6月12日展延至今年12月31日止。
民国九十年七月五日(2001.7.5)
陆委会发布「开放大陆地区人民来台观光政策规画及推动」说帖指出，政府已完成「大陆地区人民来台从事观光活动许可办法」草案，大陆人士来台观光将采「总量管理」方式循序渐进，并以「团进团出」模式进行。
民国九十年七月八日(2001.7.8)
总统府经济发展谘询委员会召开首次筹备会议，「促进两岸经贸交流、根留台湾」列为五大讨论议题之一，题纲包括：一、两岸经贸与国家安全；二、检讨两岸投资规范；三、两岸通航之时机与条件；四、建立资金回流机制；五、加速WTO与两岸贸易之因应调整。
民国九十年七月十三日(2001.7.13)
陈水扁总统表示，「一国两制」是要将台湾「香港化」，制度、自由、人权都必须得到中共当局的同意才算数。这样的「一国两制」，绝大多数台湾人民都不能接受。
民国九十年八月十四日(2001.8.14)
内政部修订发布「大陆地区专业人士来台从事专业活动许可办法」部分条文修正案，大陆科技人士来台停留，期限延长为三年。
民国九十年八月廿六日(2001.8.26)
经济发展谘询委员会议同意以包裹方式通过两岸组共同意见，包括：推动两岸经贸发展之基本原则、积极开放两岸经贸及投资（「戒急用忍」政策之松绑）、建立两岸资金流动的灵活机制、加入WTO与两岸「三通」、积极推动大陆人士来台观光及两岸协商问题。
民国九十年九月五日(2001.9.5)
行政院会通过「试办金门马祖与大陆地区通航实施办法修正案」，增订试办通航期间，基於大陆政策需要，中华民国船舶得经交通部专案核准由澎湖进入大陆地区。
民国九十年九月廿一日(2001.9.21)
陆委会主委蔡英文在立法院答询时强调，两岸通航或开放大陆人士来台观光等政策，涉及公权力行使问题，不宜由民间机构代表与对岸协商。
民国九十年九月廿八日(2001.9.28)
财政部公布核准第一、华南、彰化、中国国际商银、土地、合作金库、世华、中国信托商银等8家银行，赴大陆设立办事处。
民国九十年十月一日(2001.10.1)
大陆中华全国新闻工作者协会记者团一行16人抵台采访，此批大陆记者在新闻局发放的记者证有效期限之内，无须受限於某地，可自由於台湾境内进行与教育相关的采访活动，突破以往大陆记者来台的限制与规定。
民国九十年十月十日(2001.10.10)
陈水扁总统发表国庆致词时表示，希望对岸的领导人能够体会当前台湾主流民意所在，尽速恢复两岸对话的机制，开启协商的大门，为两岸人民新世纪的未来创造无限可能的契机。
民国九十年十一月一日(2001.11.1)
陈水扁总统接见美国国防部前部长柯恩时，指出中共提出承认「一个中国」原则是「九二共识」，作为复谈的前提要件，是变相拒绝对话，因为我们遍查所有文件，并无所谓该「共识」，这是中共自创，并未获得台湾同意。
民国九十年十一月七日(2001.11.7)
行政院院会通过大陆投资「积极开放、有效管理」政策，取消大陆投资个案5,000万美元上限，建立新的审查机制。
民国九十年十一月七日(2001.11.7)
行政院会宣布第二阶段两岸金融业务往来措施，决定放宽国际金融业务分行（OBU）与大陆银行直接通汇。
民国九十年十一月十二日(2001.11.12)
陆委会发表声明指出，两岸互不隶属，双方加入WTO申请案也是分开处理，入世後将是两个独立、平行、对等的会员体。希望大陆当局不要以政治干预两岸经贸关系以及WTO体系下两岸的互动，以体现WTO的自由贸易精神。
民国九十年十二月廿五日(2001.12.25)
行政院金马小三通指导委员会决定，金马「小三通」试办期间展延一年。