民国九十八年一月一日(2009.1.1)
马英九总统主持中华民国98年开国纪念典礼暨元旦团拜时表示，维护台海和平与引导两岸关系良性发展，应该是朝野政党共同的努力方向。「大三通」之後，台湾与大陆的经贸关系将日益密切，两岸民间交流也将更为频繁，这对台湾而言，既是机会，也是挑战。台湾不仅应藉此提升在全球经济中的地位，也要在两岸经贸关系日益深化之际，积极维护中华民国的主权与台湾的尊严，同时也要有效发挥自己在政治、社会与文化的特质，让台湾对两岸关系的长期发展，发挥正面的引导作用。
民国九十八年一月一日(2009.1.1)
针对中共总书记胡锦涛发表「推动两岸关系和平发展」谈话，总统府发言人回应表示，自520之後，我们始终坚持扞卫中华民国主权，维护台湾尊严，并在中华民国宪法的架构下，维持「不统、不独、不武」的现状，并在「以台湾为主，对人民有利」的原则以及「九二共识、互不否认」的基础上，与大陆开展协商与交流，共同追求两岸人民的和平繁荣与进步。
民国九十八年一月八日(2009.1.8)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员接见英国国会台英国会小组共同主席福克纳勳爵(The Lord Faulkner of Worcester)一行时指出，目前两岸关系进入「互不否认」阶段，双方亦有共识搁置政治上的争议、优先协商解决经济议题，透过良性互动，逐步累积两岸的互信。
民国九十八年一月十七日(2009.1.17)
马英九总统出席「2009亚太国际领导者会议」（2009 Asia-Pacific International Leadership Conference）开幕典礼时表示，新政府上任近8个月以来，恢复两岸已中断10年的协商，实现三通，已使得两岸关系进入新纪元，此举应有利於此一区域及世界的和平。
民国九十八年一月十八日(2009.1.18)
行政院大陆委员会发布新闻稿指出，政府当前的两岸政策是在衡酌整体的情势发展、考量各项主客观条件、坚持台湾整体利益、维护国家与社会安全的前提之下，按照既定的步骤推动两岸间各项开放措施。在实施的过程中，也一定会同步启动各种必要的监控及配套作为，并不存在所谓「没有建筑防火墙，无法保障台湾安全」的问题。
民国九十八年一月十八日(2009.1.18)
马英九总统出席「2009年世界自由日庆祝大会暨世界自由民主联盟中华民国总会第53次会员代表大会」致词时表示，上任之後，恢复与大陆中断10年的协商，逐步减低海峡两岸的紧张，真正用和解消除对抗、用谈判取代对立。如果海峡两岸没有战争，充满和平与繁荣，相信两岸的政府都会有更大的勇气推动自由民主。
民国九十八年一月廿四日(2009.1.24)
行政院大陆委员会发布「完善保障大陆配偶在台生活权益」新闻稿表示，为落实保障大陆配偶基本权益，本会业与相关机关会商，并参采民间团体之意见，拟具两岸条例部分条文修正草案，修正重点包括全面放宽大陆配偶工作权、缩短大陆配偶取得身分证的时间为6年，取消大陆配偶继承不得逾200万元的限制等，以使大陆配偶在台生活权益获得完善保障。
民国九十八年二月二日(2009.2.2)
马英九总统出席总统府新春团拜时表示，政府秉持谋求和平、促进双赢、搁置争议的政策，不仅在两岸关系上已发挥效果，更延伸到国防与外交上。两岸大三通不只是缩短往来时间、节省资源，也让两岸和解成为一个不可逆转的趋势。
民国九十八年二月二日(2009.2.2)
行政院大陆委员会发表新闻稿表示，政府坚守中华民国为一主权国家的立场从来没有改变，未来也不会改变。对於国内多元民主的声音，将给予尊重，并将持续沟通，以期望在共同努力及展现智慧、理解与包容之前提下，为两岸关系和平发展开创新局。
民国九十八年二月三日(2009.2.3)
马英九总统参加「2009年大陆台商春节联谊活动」时表示，两岸实施「大三通」使得台商往来两岸更为方便，今年上半年有第三次的「江陈会谈」，将就定期航班、金融监理备忘录、共同打击犯罪等议题作进一步协商。并强调，进一步推动两岸关系经济的正常化是政府的既定政策，这也带来了我国对外关系及国防等其他领域的重要发展。
民国九十八年二月四日(2009.2.4)
经济部邀请台企联及北京、东莞、武汉、重庆、广州、中山、上海、汕头、厦门、深圳、花都与成都等地大陆台商协会代表进行座谈。
民国九十八年二月五日(2009.2.5)
马英九总统主持国防部高阶将领授勳暨授阶典礼时表示，尽管两岸要改善关系，但政府仍将秉持「以台湾为主，对人民有利」的原则，双方在互动中可以「搁置争议、追求双赢」，目的是希望有效因应中国大陆这个极特殊与复杂的因素，把「威胁极小化、机会极大化」。而在改善两岸关系的过程中，国军绝不能有任何松懈，我们不畏战，但也不求战，我们希望止战但不惧战。
民国九十八年二月五日(2009.2.5)
萧万长副总统主持总统府财经谘询小组第9次会议，提出改革方向：善用两岸经贸新契机、循序开放资本市场，重点包括两岸主管机关尽速签订合作备忘录、两岸交易所加强交流与合作、继续吸引台商回台上市、开放两岸证券业投资，以及发展两岸筹资及资产财富管理业务。
民国九十八年二月六日(2009.2.6)
行政院大陆委员会刘德勳副主委表示，对於大陆安利13000名直销商来台旅游案，只要安利能够取得大陆核可，台湾愿意专案放行。
民国九十八年二月十六日(2009.2.16)
行政院大陆委员提出「2008年两岸关系国内各界民意调查综合分析」报告，指出民众乐见两岸关系趋於缓和，不仅对政府维持两岸和平稳定深具信心，也对未来两岸的发展表示乐观。
民国九十八年二月廿日(2009.2.20)
马英九总统接受《TAIPEI TIMES》专访时强调，两岸将来签订综合性经济合作协议，一定要考虑国内产业的利益，该保护的保护、该开放的开放，不开放大陆劳工、不开放大陆农产品、不开放陆生来台考证照。
民国九十八年二月廿日(2009.2.20)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员在「联合报」发表「扞卫生存，细致对待经济协定」专文表示，两岸经济交流正常化的进行，未来不管以哪一种协议的形式出现，台湾都不可能向中国大陆「全面开放」。 不管是FTA、CEPA、CECA还是政府拟议中的「综合性经济合作协定」，若与对岸签署此类协定，政府会就产业项目逐一评估。涉及主权的部份，台湾的生存是两岸交流的前提，两岸经贸正常化的过程中，不容许台湾主权有丝毫的损害，力求在主权与繁荣两方面「人财两得」。
民国九十八年二月廿日(2009.2.20)
行政院大陆委员会发言人刘德勳表示，「综合性经济合作协定」必须以两岸经贸正常化为前提，海基会与海协会已经针对部分经济议题展开多次协商，为「综合性经济合作协定」定下基础。未来该协定也会以两岸经贸正常化为前提，往前推动。
民国九十八年二月廿日(2009.2.20)
经济部投审会统计，98年1月份核准对中国大陆投资件数23件，核准投资金额为2亿8,286万9千美元。
民国九十八年二月廿一日(2009.2.21)
马英九总统主持当前总体经济情势及因应对策会议并裁示：两岸经贸关系正常化是政府两岸关系的重点。我们应正视两岸经贸现实，建构合理框架，在「以台湾为主，对人民有利」的前提之下，签订两岸综合性经济合作协定。并就名称、方式及内容，广徵各界意见，并欢迎在野党参与讨论。寻求台湾社会最大共识。
民国九十八年二月廿二日(2009.2.22)
行政院大陆委员会发布新闻稿，主任委员赖幸媛指出，「综合性经济合作协定」是不牵涉主权问题的经济交流事务，并没有公投的需要。未来政府将就名称、方式及内容，广徵各界意见，寻求社会各界共识。两岸签署相关的经济协定，一定会经过立法院的审议。
民国九十八年二月廿三日(2009.2.23)
行政院农业委员会发布新闻稿表示，为避免两岸农业交流产生之问题，以及随著大陆农产品在中国内地及国际市场与台湾农产品竞争，农委会已持续加强采取各项因应措施。未来亦将透过两岸农业协商方式，在中国大陆申请相关智慧财产权保护之机制，以防止我国有研发成果在中国被违法侵权使用，以确保台湾农业技术之发展优势，维护我国农业之永续发展。
民国九十八年二月廿三日(2009.2.23)
行政院大陆委员会赵建民副主委出席「两岸经贸交流与台湾竞争力」座谈会时表示，目前对两岸间的「综合性经济合作协定」共识尚待建立，政府相关部门目前正在进行研究，第三轮江陈会谈不会纳入谈判，和大陆与香港之间的CEPA（更紧密经济夥伴关系的安排）必定不同。中华民国是主权独立国家，而CEPA则是「一国两制」下的产物，而且产业在台湾经济活动中占有重要的一席之地，此与香港以金融服务业为主的经济也不同。
民国九十八年二月廿四日(2009.2.24)
中华邮政公司表示，自2月26日起开办「大陆邮政汇入汇款业务」。
民国九十八年二月廿五日(2009.2.25)
内政部入出国及移民署公告，香港澳门居民来台临时入境停留（落地签、电子签），停留期限由现行14日放宽为30日。
民国九十八年二月廿五日(2009.2.25)
行政院长刘兆玄在立法院施政总质询表示，行政院有两岸签订CECA的规划，不过，现在并无签订的时间表。两岸将来要签订的CECA，其实是属於广义的FTA（自由贸易协定）的一种，因为两岸关系非常的特殊，所以将来其签署的内容，以及要如何运作，一定有别於一般的协议。至於最後名称、内容，以及运作部分，现在正由内部积极的在协商。
民国九十八年二月廿七日(2009.2.27)
马英九总统接受年代新闻台专访时强调，签署「两岸经济合作架构协议」（ECFA，Economic Cooperation Framework Agreement）」时会平等、互惠、有尊严，协议内容是经济合作，有共识的部分先签署，是一个「架构性的协议」。而和大陆签经济的协议，不是只为大陆，也是全球布局的一部分。
民国九十八年三月五日(2009.3.5)
马英九总统应邀在「美国商会谢年饭」发表演讲时指出，台方与大陆洽谈ECFA的目的，在於避免台湾在区域经济整合中被边缘化，特别是明年「东盟加一」生效之後，台湾经济将面临更严重的挑战；希望两岸三次「江陈会」能将「两岸经济合作架构协议」纳入对话内容。
民国九十八年三月五日(2009.3.5)
行政院大陆委员会发言人刘德勳副主委表示，中华民国是主权独立国家，在宪法架构下推动「不统、不独、不武」的三不政策，维持两岸现状，正视现实。大陆应该给予台湾参与国际空间更大善意，排除军事威胁，将和平繁荣的理念推动到各个层面。
民国九十八年三月五日(2009.3.5)
行政院院会通过「台湾地区与大陆地区人民关系条例」第25条之2修正草案，行政院长刘兆玄表示，随著「大三通」的启动，台湾与大陆的经贸关系日益密切，但也因无完整的租税规范，不利台商与其他国家厂商在大陆的公平竞争。本案的提出将可解决相关问题，并提供税务协助，为日後签署两岸租税协议，提供明确的法律根据。
民国九十八年三月六日(2009.3.6)
行政院长刘兆玄在立院答询及接受电视专访时表示，将来针对ECFA的谈判原则是「三不三要」，三不是「不矮化主权、不扩大开放农产品、不开放大陆劳工」，三要则是「要透过协商解决关税问题、要同时与东协或其他贸易夥伴洽谈自由贸易协定、要在WTO精神架构下搁置争议」。
民国九十八年三月六日(2009.3.6)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员在接见大陆配偶会面时表示陆委会将会站在反歧视、人权的角度，积极为大陆配偶争取基本工作权、财产权与相关权益。
民国九十八年三月七日(2009.3.7)
马总统出席成大EMBA管理论坛，并发表「金融海啸後之两岸经济与商务发展」演讲时表示，我国要和大陆签署ECFA，理由有三：第一，推动两岸经贸关系正常化；第二、避免台湾被边缘化；第三、促进台湾对外经贸关系的国际化。
ECFA的内容并非一次到位，可以先谈双方有共识部分，签署的最大好处是让我们有缓冲的时间，不会因为其他国家加入了这个区域经济整合的行列而将台湾排除在外。
民国九十八年三月十一日(2009.3.11)
行政院大陆委员会赵建民副主委接见韩国国会议员访问团时表示，政府上任以来与大陆方面所签署的六项协议，以及未来将签署的任何协议，都是秉持对台湾有利的原则，且绝对不会对中华民国的主权造成丝毫损伤。并强调，政府在推动两岸签署「经济合作架构协议」的同时，亦将持续寻求与其他国家商讨签署自由贸易协定的可能性。
民国九十八年三月十二日(2009.3.12)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员在立法院接受质询时表示，为凝聚国内对两岸重大经贸政策的共识，政府将会深入基层，与产业界与劳工界共同讨论，让政策可以反映大多数人民的声音，真正落实「以台湾为主、对人民有利」的大陆政策目标。
民国九十八年三月十二日(2009.3.12)
行政院大陆委员会发言人刘德勳副主委表示，在目前两岸经济文化交流协商当中，若务实累积、奠定互信的基础，可以为两岸长远的共同发展有更坚实的基础，有了这个基础之後，相信进一步探讨建立军事互信机制是比较容易的。
民国九十八年三月十四日(2009.3.14)
总统府发言人针对三一四「反分裂国家法」四周年发表声明指出，马总统上任九个多月以来，两岸关系由紧张走向缓和，双方在「九二共识」的基础上进行对话与合作，逐步增加互信，使台海出现了和平共荣的曙光，并赢得国际社会的普遍肯定，可见「反分裂国家法」制订的时空环境已有重大改变。我们认为大陆当局应慎重考量台湾人民的感受，对该法做出适当的处理。
民国九十八年三月十四日(2009.3.14)
行政院大陆委员会发布新闻稿表示，政府推动两岸政策始终坚持扞卫国家主权与尊严，对於中国大陆4年前制定的「反分裂国家法」，中共当局应该以更积极的态度面对当前两岸情势的转变，排除对台湾的武力威胁。两岸应以「正视现实、互不否认」态度，共同开启和平共荣的历史新页。
民国九十八年三月十八日(2009.3.18)
内政部入出国及移民发布新闻稿表示，已简化大陆地区专业人士申请来台手续，并持续配合政府政策，放宽现行各项来台许可办法；现行入出国及移民署对於大陆地区专业及商务人士申请案，除有党、政、军背景者须提请「大陆地区专业人士来台参观访问联合审查会」讨论外，大多数案件均可於5至10日内许可发证。
民国九十八年三月十八日(2009.3.18)
马英九总统出席「2009台湾投资论坛」午餐会时指出，经济合作架构协议不涉及政治，不会讨论主权，也不会谈到统一或是独立，完全是纯粹经济上的努力；并强调「不会开放大陆劳工来台」以及「不会进一步开放大陆农产品进口」的立场。
民国九十八年三月十九日(2009.3.19)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员接见AIT理事主席薄瑞光（Raymond F. Burghardt）时强调，两岸是一个动态发展的关系，当前政府推动两岸关系发展的目标，就是要长期维持台海现状，这个现状就是中华民国是一个主权独立之国家，以及两岸间「不统、不独、不武」的和平状态；而现阶段藉由两岸间经济、文化、社会等之互动增加，建构一个长期和平稳定之环境，以寻求对台湾社会与经济最大的利益。
民国九十八年三月廿日(2009.3.20)
马英九总统与媒体茶叙时表示，要重返国际社会或是加入国际组织，当然不会是以中国大陆团一部分的身分，否则就是主权矮化。名称上最优先的当然是「中华民国」，如果做不到，「台湾」是可以接受的，再做不到，「中华台北」也可以接受，不会为了参加而牺牲主权和尊严。
民国九十八年三月廿九日(2009.3.29)
马英九总统到云林县访视时指出，政府研议与大陆签署ECFA，除了希望有助於与美、日及东南亚等国签署自由贸易协定，也是要避免台湾被边缘化。政府的原则就是「三要」，即「要凝聚共识」，「要循序渐进」、「要广结善缘」，希望最终能和其他国家洽签自由贸易协定。
民国九十八年三月卅日(2009.3.30)
行政院大陆委员会发言人刘德勳副主委表示，两岸共同打击犯罪已经确定纳入第三次陈江会谈的协商议题，两岸司法机关希望调整金门协议内容，不只包括通缉犯的遣返，还希望涵盖一般性司法互助与证据交换、相互协处与受害情境说明等，彻底打击犯罪。
民国九十八年四月一日(2009.4.1)
行政院大陆委员会发布「第三次江陈会谈相关问题说明」新闻参考资料，指出「第三次江陈会谈」将在今年上半年举行，协商议题包括：两岸共同打击犯罪及司法互助、两岸定期航班、两岸金融合作及陆资来台投资等四大项。ECFA是否列入第三次江陈会谈的对话议题之一，将与对方交换意见，若有共识，不排除进行相关的安排。
民国九十八年四月七日(2009.4.7)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员在逢甲大学参加「大陆政策暨两岸协商」座谈会时表示，政府大陆政策的立场是，中华民国是一个主权独立的国家，在「不统、不独、不武」、「维持现状」的前提下，积极改善两岸关系，维护台海的和平稳定。政府推动两岸关系的最高指导原则，就是秉持「以台湾为主、对人民有利」的原则。「以台湾为主」就是马总统提到的要扞卫台湾主体性，「对人民有利」就是政策措施要符合台湾老百姓的利益，务实促进两岸的协商与交流，希望开创「互利双赢、共存共荣」的两岸新局。推动与大陆协商签署ECFA，可以为两岸经贸正常化订出基本规则，各国政府也会更积极和台湾洽谈FTA，让台湾可以避免「边缘化」的威胁，进而让台湾经济与世界市场接轨，扩大台商发展的空间。
民国九十八年四月八日(2009.4.8)
行政院大陆委员会发布「有关两岸共同打击犯罪及司法互助协议相关说明」指出，两岸共同打击犯罪及司法互助，将就重点打击的各类型犯罪、侦查合作、资讯交换、人犯遣返等，建立常态化合作机制，建构民刑事司法互助的机制，以确保两岸人民权益，提升司法案件的处理效率；并在侦查合作、资讯交换、人犯遣返等方面建立制度化合作机制。
民国九十八年四月九日(2009.4.9)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员於主持「大陆政策」宣导短片首映记者会时表示，为增进国人对政府大陆政策的支持与了解，陆委会将积极推动一系列的宣导活动，坚定的向国人宣示，政府始终坚持中华民国主权、维护台湾尊严；陆委会推动两岸两会制度化协商及签署各项协议，都是秉持「以台湾为主，对人民有利」的原则，及坚持扞卫国家的主权与安全。
民国九十八年四月十日(2009.4.10)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员会见传统产业的代表时指出，ECFA的本质是公平贸易。ECFA是个与统独无关、与主权无关的经济协议，不会有、也不须要牵涉到政治。两岸经贸关系的正常化仍须在「以台湾为主，对人民有利」的原则下，以平等的制度性协商为平台，积极为台湾的产业与消费者权益争取公平的待遇。
民国九十八年四月十日(2009.4.10)
行政大陆委员会发布新闻稿指出，第三次江陈会所规划签署的各项协议，根据两岸条例第5条的规定，协议内容涉及修法的部份，一定会送立法院审议；如未涉及修法的部份，会送立法院备查。陆委会再次强调，对於协议的处理程序，行政机关会严守立法权与行政权之应有分际，也会与立法院作最好的沟通，依法展现行政受立法监督之负责任态度。
民国九十八年四月十一日(2009.4.11)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员出席由民进党主办的第二阶段「台湾民间国是会议」时表示，政府推动两岸关系的战略目标，就是在面对双方诸多条件悬殊差异下，要确保中华民国自由民主的社会、繁荣的经济，以及主权独立的现状，并且成为一个国际认同的实质国家，永续发展。并强调，ECFA是公平贸易的实践，也是两岸经贸正常化的路线图，无涉主权，也毫无主权退让疑虑。
民国九十八年四月十二日(2009.4.12)
马英九总统出席「台湾关系法30周年：回顾与前瞻」国际学术研讨会致词表示，政府的施政将依循主张维持现状的主流民意，在与中国大陆改善关系的同时，绝不会牺牲任何主权。也指出，为了要与世界接轨，我们必须要与中国大陆发展更为正常的经济关系，具争议性的政治议题则应搁置，如果经济、文化以及教育等方面的交流尚未紮下稳健的基础，双边还不能达到更互惠的信任与自信，政治谈判是不可能进行的。
民国九十八年四月十二日(2009.4.12)
行政院农业委员会发布新闻稿指出，两岸签署 ECFA ，仍将继续管制 830 项中国大陆农产品进口，绝不会进一步扩大开放项目。未来 ECFA 谘商时，包括农业智慧财产权保护、建立两岸动植物检疫检验机制等，均将列为优先谘商议题。农委会将在维护我国农业发展及农民权益之前提下，妥善处理 ECFA 的农业议题。
民国九十八年四月十四日(2009.4.14)
马英九总统接见「台湾关系法30周年回顾与前瞻」国际研讨会美国学者时表示，两岸的主权议题无法於短期内获得解决，但仍可寻求务实处理，而「九二共识」就是最好的基础与起点，双方可先寻求互不否认，透过海基、海协两会的会谈建立起良好的沟通桥梁，让具有急迫性的事项透过合作机制获得解决，进而使两岸都能互蒙其利。而「经济合作架构协议」不仅有助两岸经济关系正常化，避免我国在区域内被边缘化，也可使我国更进一步全球化。
民国九十八年四月十四日(2009.4.14)
马英九总统接见泰华侨团首长访问团时表示，希望与大陆就经济合作签订一个架构性的协议，此协议可以分好几年、有弹性地来完成。
民国九十八年四月十五日(2009.4.15)
马英九总统接见「2009博鳌亚洲论坛」代表团时表示，希望能将「同舟共济，相互扶持；深化合作，开创未来」理念，传达给包括大陆代表在内的所有人们。我们所采取「不统、不独、不武」的政策，是「要做和平的缔造者，而不做麻烦的制造者」。
民国九十八年四月十六日(2009.4.16)
马英九总统接见全美安良工商会回国参访团时表示，为促进两岸经济关系正常化，我们正推动两岸签订经济合作架构协定（ECFA），该协定除可帮助两岸经济关系正常化，也可避免台湾在东亚区域整合过程中被边缘化，并可推动台湾的国际化。
民国九十八年四月十七日(2009.4.17)
行政院大陆委员会发布新闻稿，说明「第三次江陈会谈」相关情形，指出第三次「江陈会谈」涵盖四大议题，包括：两岸共同打击犯罪及司法互助、两岸定期航班、两岸金融合作及陆资来台投资等，亦将针对两岸已签署六项协议的执行情形进行检讨及提出策进建议，同时，也将就第四次两岸会谈的主要议题，交换意见。为表示对立法院之尊重，陆委会赖主委将会同参与本次议题协商之相关机关首长或副首长，向立法院王院长非正式说明有关第三次「江陈会谈」之相关事宜。此外，陆委会将率同海基会向立法院内政委员会提出正式的专案报告，展现行政部门与立法院沟通的诚意，并争取立法院对第三次「江陈会谈」所签协议的支持。
民国九十八年四月十九日(2009.4.19)
行政院大陆委员会公布最新民调，有七成的民众认为有必要和大陆政府签订两岸经济合作架构协议（ECFA），有六成的民众认同签订ECFA有助於促进台湾的国际化，以及提升台湾产品在大陆市场的竞争力，半数以上（55.9%）的民众认为ECFA对台湾经济发展有「好的影响」。
民国九十八年四月廿日(2009.4.20)
有关中国大陆总理温家宝在博鳌论坛上要求开放大陆货来台，行政院农业委员会重申，未来两岸签署经济合作架构协议(ECFA)时，农委会将坚守继续管制中国大陆农产品进口之立场，不会进一步扩大开放项目。
民国九十八年四月廿日(2009.4.20)
经济部投审会98年3月份核准对中国大陆投资投资件数8件，核准投(增)资金额为2亿4,404万1千美元。
民国九十八年四月廿一日(2009.4.21)
行政院大陆委员会邀集内政部移民署、警政署、交通部观光局、民航局、航政司、海基会等相关机关，就大陆旅客来台人数增加有关问题，会商後续因应方式。陆委会指出，对违规登机闯关的陆客，移民署及各相关机关皆依境管规定严加把关；航空及船舶业者若搭载未具备入境许可的大陆旅客来台，亦将依规定处罚。政府已要求业者严守规定，亦已透过管道知会对方相关部门，要求大陆业者遵守规定。
民国九十八年四月廿二日(2009.4.22)
马英九总统出席「『战略暨国际研究中心』（CSIS）台湾关系法30周年研讨会」视讯会议致词时表示，两岸和解的核心就是「九二共识」。也就是两岸认知到这世界上只有一个中国，但双方的定义有所不同。在这个新基础上，我们重新开启了中断超过十年的协商管道。并表示，两岸「经济合作架构协议」(ECFA)，就是要将台湾建设成国际企业的创新与物流中心，这能强化与保障台湾在大陆市场，也有助於台湾全球市场的竞争优势。而参加国际卫生大会(WHA)是我们不放弃的目标，台湾人民一定要能够享有和世界其它国家相同的医疗资源与资讯。
民国九十八年四月廿三日(2009.4.23)
内政部入出国及移民署通过「大陆地区人民进入台湾地区许可办法」部分条文修正草案，放宽大陆地区人民来台探亲及停留期间、探病或奔丧之亲等、增加以探亲事由来台之亲属亦适用延期照料、缩短大陆配偶逾期停留管制期间、核发入出境许可证及取消入境代保管之大陆证照等；另增列大陆地区人民来台接受医疗服务常态化等规定。
民国九十八年四月廿四日(2009.4.24)
马英九总统接见由江丙坤董事长所率领的海峡交流基金会协商代表团时表示，政府一向坚持「以台湾为主，对人民有利」的原则推动两岸政策，而且都有完整的构想与理念，绝无任何地方牺牲台湾的主权或出卖台湾的利益。 关於经济合作架构协议的议题，希望海基会能与对方先进行对话，彼此交换意见，期能形成双方的初步共识。
民国九十八年四月廿四日(2009.4.24)
经济部投审会发布新闻稿指出，有关开放陆资来台投资，经济部已研拟「大陆地区人民来台投资许可办法」草案，并经行政院完成审查。开放陆资来台投资项目系秉持「以台湾为主、对人民有利」之立场，依先紧後宽、循序渐进、有成效再扩大之原则，逐步开放。未来陆资来台投资在经济上如果有具有独占、寡占或垄断性地位、或在政治、社会或文化上具有敏感性地位者，或其他对国内经济发展或金融稳定有不利影响，政府得禁止其投资。
民国九十八年四月廿六日(2009.4.26)
法务部检察司发布新闻稿表示，第三次江陈会谈中，有关海峡两岸共同打击犯罪及司法互助议题，可望藉由协议之签订，有效追诉犯罪、遣返罪犯，解决困扰两岸的跨境犯罪问题，为维护两岸交流秩序、社会安定及人民福祉立下基石。
民国九十八年四月廿七日(2009.4.27)
行政院大陆委员会发布新闻稿表示，两岸的制度化协商，从去年第一次的江陈会谈到第三次江陈会谈，所有技术性的业务沟通都是由两岸官员谈判。将来签订整体性的协议之後，我方主管机关和对岸主管机关，就可以针对後续技术上所需洽签的协议(或其他任何形式)，展开协商或谈判。
民国九十八年四月廿七日(2009.4.27)
行政院大陆委员会发布新闻稿表示，重大经济犯为一般刑事罪犯，当属两岸共同打击犯罪之对象。陆委会强调，两岸签署本项协议，在「全面合作、重点打击」原则之下，建立制度化的合作机制，对於我方依据协议所提出遣返罪犯之请求，大陆方面有责任本於协议，协助追缉并遣返该等不法之徒，以共同维护两岸的交流秩序。
民国九十八年四月廿九日(2009.4.29)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员在接受海基会协商代表团「第三次江陈会谈」成果报告时指出，政府对於两岸协商的立场，就是在「以台湾为主、对人民有利」的最高原则下，循序渐进的推动，政府的两岸政策自去年520後一路走来，就是以「成熟、稳健、有节奏」的步伐在进行。
民国九十八年五月五日(2009.5.5)
马英九总统接见「纽约中华公所回国访问团」致词时表示，过去将近一年的时间，政府积极改善两岸关系，目的是希望让两岸长期以来的对立与冲突逐渐减少；也希望这种和解的气氛能够延伸到国际社会，在外交关系上相互尊重、互相合作。政府从去年开始推动活路外交，包括外交休兵，也就是在双边的外交关系上，我们不再去争取大陆的邦交国与我们建交。两岸关系应该是逐步地建立友谊、求同存异、共创双赢。
民国九十八年五月五日(2009.5.5)
行政院大陆委员会公布民调显示，有超过70%以上的民众支持透过两岸制度化的协商，来处理两岸交流问题；超过60%以上的民众满意第三次江陈会谈整体结果，同时认为所达成的3项协议及一项共识，对台湾的经济发展有「好的影响」。
民国九十八年五月七日(2009.5.7)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员於立法院答询时表示：目前两岸条例以及新签定的「海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议」中的「认可」，不代表中华民国司法机关将照单全收、完全接受大陆法院的判决。并强调，司法互助最重要的一个机制，就是中华民国的法院会依照中华民国的法律，来保障中华民国国民的权益。
民国九十八年五月八日(2009.5.8)
马英九总统前往海基会访视致词时表示，两岸关系的改善带动外交有活路、经济有活水、国家有活力。两岸协商是「三先三後」，就是「先易後难」、「先急後缓」，再来是「先经後政」。真正能够做到「以台湾为主，对人民有利」，就不需担心外界批评矮化、主权或尊严流失问题。
民国九十八年五月九日(2009.5.9)
马英九总统接受新加坡《联合早报》和《海峡时报》专访时表示，台海两岸方面还是先经济、後政治；但如果2012年能够连任，政治议题有迫切需要协商的话，不排除触及。为避免台湾被东南亚国协（ASEAN）加一、加三等区域合作组织边缘化，有必要推动和包括新加坡在内的个别国家签署自由贸易协定（FTA），和大陆签署ECFA是愈快愈好。
民国九十八年五月九日(2009.5.9)
行政院长刘兆玄接受电视专访时表示，两岸经济合作架构协议（ECFA）是经济性议题，不涉及主权，因此不需要动用公投。但如果未来有涉及台湾的主权、国安的议题，当然是可以考虑进行公投。
民国九十八年五月十四日(2009.5.14)
行政院大陆委员会发布「爱台湾、护主权，政府完全做到了」新闻稿表示，马政府上台後，恢复制度化协商，与对岸签订九项协议与一项共识，规范交流秩序，让两岸经贸交流正常化。政府透过两岸和解，更带动两岸在国际上的和解，使我们的主权不但没有被矮化、被掏空，台湾能见度反而更为提升。
民国九十八年五月十五日(2009.5.15)
马英九总统就职一周年接受电视专访时强调，中国对台湾是威胁、也是机会，必须摆脱锁国心态；以「中华台北」参与国际组织，是委曲求全，但是是为了更高更大的目标。
民国九十八年五月十九日(2009.5.19)
马英九总统接见香港7大台湾社团时表示，我们一方面推动两岸和解，一方面也将和解气氛扩大到国际关系。未来准备和大陆签订经济合作架构协议（ECFA），其目的是让台湾和其他地区在中国大陆市场竞争时不会被歧视。
民国九十八年五月十九日(2009.5.19)
马英九总统举行就职周年中文记者会致词时表示，中华民国的主权属於国民全体，台湾是中华民国，应该从历史、从宪法，把这一点讲清楚，不要有任何让所谓台湾地位未定的问题，来困扰我们的国民。
民国九十八年五月廿日(2009.5.20)
马英九总统举行就职一周年英文记者会时表示，政府单方面宣布「互不否认」政策，也宣示要与中国大陆在国际舞台上「外交休兵」，此等政策促使两岸恢复和平协商，并结束两岸在国际社会的外交恶斗。两岸的和解也跨越台湾海峡而延伸至附近整个区域，使各利害相关国家获益，这一年我们把台湾海峡从一个危险的引爆点，转变成一条和平与繁荣的通道。
民国九十八年五月廿一日(2009.5.21)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员主持「新时代台湾人－陆配篇」宣导短片首映茶会时表示，要开放大陆配偶工作权，是因为工作权不是只给予陆配，而是要给26万个台湾家庭的，陆配的工作权也就是26万个台湾家庭的生存权。
民国九十八年五月廿二日(2009.5.22)
行政院长刘兆玄在「『务实与开展』大陆工作研习会」致词时表示，中华民国是一个主权独立的国家，任何一个政策都必须要能扞卫主权及全民利益。尽管两岸关系已获大幅度改善，未来政府对於两岸政策，仍会更加小心谨慎，步步为营，绝不会用任何国家的主权去交换经贸的利益，希望大家要对政府有信心。
民国九十八年五月廿二日(2009.5.22)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员在「现阶段大陆政策」专题演讲时表示，政府大陆政策的目标，就是要长期维系台海和平和东亚区域安定，以及确保台湾的生存、安全和繁荣。在两岸经贸交流正常化的过程中，中华民国的主权不但没有损伤，只有更加巩固，只有扞卫人民的生存权，才是真正扞卫主权，这也是过去一年两岸关系的推动与政府大陆政策的精髓。
民国九十八年五月廿四日(2009.5.24)
马英九总统接见中国国民党主席吴伯雄暨大陆参访团成员时表示，两岸要继续发展更密切的关系，一定要有多重沟通管道，不同部门间要有定期沟通协商平台。海基会与海协会是扮演政府授权的单位，可签署协议，但签署後应视其性质依法送立法院审查或备查。而政党也可扮演沟通的桥梁，并保持适当分际，使之运作顺畅。
民国九十八年五月廿六日(2009.5.26)
海基会公布民调显示，两岸协商事务性议题有7成以上的支持度，其中有76.7%民众赞成两岸互设办事处，82.6%民众赞成制度性协商轮流在两岸举行；对於两岸协商过程与制度性协商模式，亦有超过5成的支持度。在涉及主权议题方面，将近5成民众认为协商成果无损台湾主权及尊严；在问及两岸整体协议结果是否符合「以台湾为主，对人民有利」时，约有5成6的民众表示赞同。
民国九十八年五月廿九日(2009.5.29)
马英九总统在贝里斯演讲时表示，基於以和平方式解决争端的理念，致力於改善两岸关系，以「建立互信、搁置争议、求同存异、共创双赢」之两岸政策，协商解决歧见，顺利推动两岸重启制度性协商。为开启台海两岸和平共荣的历史新页，政府并提出「活路外交」政策，停止与中国大陆在国际上恶斗，以改善两岸紧张情势，对东亚地区和平稳定与繁荣做出积极贡献。
民国九十八年六月一日(2009.6.1)
行政院长刘兆玄出席大陆台商端午节联谊餐会致词时表示，希望台商了解台湾的优势与政府的努力，考虑回台投资发展，政府将持续规划优惠与便利的措施。政府将与台商一起携手努力，共同创造新的契机、新的经营模式。
民国九十八年六月二日(2009.6.2)
行政院大陆委员会发布新闻稿表示，此次邀请港府政制及内地事务局局长林瑞麟局长一行来台访问，主要是就成立台港新的双边合作组织，加强双方经贸、文化交流等各项议题进行商讨、沟通，期待未来台港之间有能更多的正式交流与互访，以进一步提升双边关系。
民国九十八年六月三日(2009.6.3)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员在高雄所举办的「大陆政策暨两岸协商南部说明座谈会」表示，现阶段两岸间尚不具备解决主权争议的客观条件，因此，我们主张两岸间应本於「搁置争议，互不否认」的态度，务实面对两岸现状，透过两岸制度化协商管道，优先解决攸关两岸人民利益，以及因为两岸经贸、文化、社会各方面互动所产生的问题，尤其是民生经济的各项议题。新政府也揭櫫「以台湾为主，对人民有利」的协商原则，举凡协商议题设定、协商腹案及底线研拟、协商程序及相关安排，均以能否彰显台湾主体性，维护2,300万台湾人民的利益作为最优先考量；在任何一项谈判均能做到坚持两岸对等，扞卫国家主权及尊严，不以损伤主权或矮化国格来交换经贸利益。
民国九十八年六月四日(2009.6.4)
马英九总统发表「六四事件」20周年感言表示，「六四事件」伤痛的历史，必须勇敢面对，不能刻意回避。任何一个政府，面对不幸的历史，要「就事论事」；面对沈痛的家属，要「将心比心」。唯有如此，才能避免悲剧重演。
民国九十八年六月四日(2009.6.4)
马英九总统访问中美洲友邦返抵国门发表谈话表示，这一年中，两岸关系从过去的对立、锁国，到现在的和解、开放，对外关系，也从过去的烽火恶斗，到现在的休兵共存；侨务方面，也开始推动侨务休兵，希望两岸侨胞在海外和谐相处，共同促进侨社发展。在外交政策上也做了重大调整，将外交政策回归宪法对於外交工作的要求，即在自主、尊严、务实和互惠的精神下，达成外交工作的正常化、合理化和国际化。
民国九十八年六月五日(2009.6.5)
行政院大陆委员会傅栋成副主任委员与香港特区政府政制及内地事务局局长林瑞麟举行工作会议，达成多项共识并发表声明指出，为进一步促进台港的交往和加强彼此之间的经贸及其他方面的合作关系，双方同意推动成立民间性质的新组织，构建台港新的沟通平台，并就相关组织的成立原则及合作方向达成共识。
民国九十八年六月五日(2009.6.5)
经济部国际贸易局发布新闻稿强调，ECFA内容只规范两岸经济往来及合作事项，完全无涉统独等政治问题。未来与中国大陆协商时，我方将秉持对等、尊严、公平的原则，绝对不会自我矮化，亦不可能因为经济利益而牺牲国家主权。未来政府所签署的两岸经济合作架构协议，也一定会依法送立法院审议，接受国会监督。
民国九十八年六月六日(2009.6.6)
内政部入出国及移民署发布新闻稿表示，为因应开放两岸专业与商务交流活动持续扩大发展，提供更便捷之申请程序，内政部已发布修正「大陆地区专业人士来台从事专业活动许可办法」，另公告修正「大陆地区专业人士来台从事专业活动邀请单位及应备具之申请文件表」，及「大陆地区人民来台从事商务活动许可办法」等部分条文修正案。
民国九十八年六月八日(2009.6.8)
内政部发布修正「大陆地区人民进入台湾地区许可办法」，放宽大陆地区人民来台探亲及停留期间、探病或奔丧之亲等；另增列大陆地区人民来台接受医疗服务常态化及大陆地区人民因继承遗产由机关管理者，得申请进入台湾地区申办领取遗产及停留期间等规定。
民国九十八年六月十日(2009.6.10)
总统府公共事务室就马总统「识正书简」概念提出说明表示，「识正书简」是针对大陆13亿使用简体字的人而建议的，目的是希望大陆民众逐渐认识代表中华文化特色的正体字，因此印刷体应尽量使用正体字，在书写上可写简体字。由於台湾人都认识正体字，因此在台湾没有提倡「识正书简」的必要。
民国九十八年六月十一日(2009.6.11)
马英九总统接见中国青年创业协会总会理监事及各县市理事长时强调，我们看待大陆，不能只靠大陆的市场，这只是我国所有市场的一部份而已，我们希望把市场扩展到新兴国家，因此我们应该设法把这部分当成努力的重点，分散市场及外销产品，藉以降低风险。
民国九十八年六月十六日(2009.6.16)
立法院审查两岸条例第25条之2修正草案，未能完成立法程序，行政院大陆委员会发布新闻稿表示，该条文修正内容系尊重立法院决议，让海运协议税收互免之执行依据更为明确，同时也考量两岸後续协商可能涉及空运「税收互免」及两岸避免双重课税等议题，故本次修正特参考我国执行与外国签署租税互免协定之相关法律规定，订定法源依据，让修法更为周延完备。
民国九十八年六月十八日(2009.6.18)
行政院大陆委员会在嘉义市举办「大陆政策暨两岸协商南部说明座谈会」，赖幸媛主任委员表示，推动两岸关系最高原则是「以台湾为主、对人民有利」，不会牺牲国家主权换取经济利益，ECFA是单纯两岸经贸交流事务，不涉主权、政治，没有公投必要。
赖主委表示，两岸已建立制度化协商机制，保障台商人身、财产安全及工作权益，未来将列入两岸协商优先议题。
民国九十八年六月十九日(2009.6.19)
马英九总统参加「第六届全球华文网路教育研讨会开幕典礼」时强调，要想与中华文化接轨，势必要认识正体汉字，「识正书简」是对中国大陆说的，不是针对台湾，台湾并不需要作任何的改变，我们希望大陆有更多使用正体汉字的机会，让他们与中华文化接轨，从正体汉字来理解中华文化的精髓。
民国九十八年六月十九日(2009.6.19)
马英九总统接见美国学者谢淑丽（Susan Shirk）教授一行时表示，希望能与大陆完成经济合作架构协议（ECFA）的谈判，这其实是类似各种不同形式的自由贸易协定（FTA），有助两岸贸易与投资的正常化；此外，他也倡导「外交休兵」，不排斥友邦与大陆发展经贸关系。
民国九十八年六月十九日(2009.6.19)
行政院大陆委员会发布新闻稿，就「海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议」提出说明，陆委会表示，两岸条例第74条以及「海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议」第10条规定，是在体现国际司法互助「不违反己方法律原则」、避免裁判歧异、减省民众诉讼耗费等精神而制定与签署。我国法院并非照单全收，也不会完全接受大陆法院的判决，而是由我国法院依照我国法律规定，并在不违背我方公共秩序或善良风俗之情形下，经过「认可」程序之後，大陆法院的判决才有可能在我国进行执行程序，大陆法院之判决如果有违反我国法律规定或有违我方公序良俗的情形时，法院将会不予认可，绝不会有「让中国不公不义的法院判决效力延伸到台湾境内」情形发生。
民国九十八年六月廿二日(2009.6.22)
马英九总统接见日本贸易振兴机构（JETRO）理事长林康夫时强调，政府推动与大陆洽签ECFA协议，不会谈判台湾的未来，也不会触及统一或独立等问题，纯粹只是经贸协议，目的就是希望让两岸经贸关系正常化，有利於强化台湾的经贸实力，并盼望能进一步与其他国家进行类似协商，促进经贸往来的自由化与正常化。
民国九十八年六月廿四日(2009.6.24)
行政院大陆委员会发言人刘德勳表示，目前没有与对岸协商政治议题的规划。两岸应该透过制度化协商，以务实态度，深化交流，累积互信基础，才能往前推进，讨论更为复杂、困难的议题。
民国九十八年六月廿五日(2009.6.25)
马英九总统主持陆海空军将官晋任布达暨授阶典礼时表示，政府致力於两岸经贸交流合作的正常化，进行多次对等协商，签订九项协议，有效降低台海紧张。尽管我们追求两岸和平，也相信台海间发生战事的可能性愈来愈小，但面对中共对台部署超过1000枚的短中程飞弹，台海安全的成胁呈现多元化，国军仍不可松懈建军备战，还是要贯彻「固若磐石」的策略，打造一支小而精、小而强的国防劲旅，以保卫台湾人民的身家安全，为亚太和平创造条件，并在国际上争取更佳的发展机会。
民国九十八年六月廿五日(2009.6.25)
行政院大陆委员会副主委刘德勳宣布，经过和大陆协商，确定第三次江陈会达成的三项协议，正式生效。
民国九十八年六月卅日(2009.6.30)
行政院大陆委员会傅栋成副主委表示，大陆138家国有企业中，9家军方投资企业不得来台投资外，其他的129家国有企业，若涉及敏感性问题，主管机关可禁止来台投资，原则禁止，视个案审查。在开放项目的考量原则上，以有助於国内产业发展、带动投资、增强外国人对台湾投资环境信心，以及配合两岸签署的协议中，双方承诺先开放的投资项目，包括航空运输业与船舶运送业等为优先开放。
民国九十八年七月二日(2009.7.2)
马英九总统在巴拿马国会发表演说时表示，在去年五月就职时宣布在中华民国宪法的架构下采取「不统、不独、不武」的政策，维持台海的现况，并且基於「正视现实、建立互信、搁置争议、求同存异、相互尊重、共创双赢」的原则，重启两岸停滞多年的制度性协商，签订九个协议，现在计划与对岸签订经济合作架构协议，进一步把双方关系正常化。
民国九十八年七月二日(2009.7.2)
行政院大陆委员会刘德勳副主委在例行记者会表示，两岸有关航路的协商，必须在不影响国家安全的基础上进行，国家安全是必要考量，我方已在第三次江陈会谈中明确表示，海峡中线航路不在协商规划之内。
民国九十八年七月三日(2009.7.3)
马英九总统在巴拿马与媒体座谈时表示，希望下一步协商两岸经济合作架构协议(ECFA)；对於海峡中线问题，第三次「江陈会」前，对方也有类似建议，但海峡中线是空军演训场所，实在无法开放，已多次向对岸说明。
民国九十八年七月三日(2009.7.3)
经济部发布「大陆地区人民来台投资许可办法」及「大陆地区之营利事业在台设立分公司或办事处许可办法」，自98年6月30日施行。
民国九十八年七月五日(2009.7.5)
马英九总统在尼加拉瓜侨胞午宴致词时表示，自从去年5月就任以来采取「活路外交」政策，台海两岸外交休兵，过去一年多来台湾与邦交国及非邦交国的关系逐渐扩大，也增强许多。两岸外交休兵，侨务也应休兵，让侨胞们能在侨居地共同努力，维护权益及共谋福祉。
民国九十八年七月八日(2009.7.8)
针对近日以来，新疆乌鲁木齐发生严重流血冲突及人员伤亡事件，行政院大陆委员会表示，政府对於在此一事件中出现的暴力行为，严厉谴责；对於因此造成的伤亡，表示高度的关切与遗憾。陆委会呼吁，相关方面均应该尽量保持冷静与克制，以和平、理性的沟通方式处理後续问题。对於因为此一事件遭受逮捕的民众，政府也呼吁大陆当局在司法的调查、审理过程中，给予他们人道、公平、公正的待遇，以期尽快还给无辜的人自由与清白。
民国九十八年七月九日(2009.7.9)
马英九总统接见「第五届两岸经贸文化论坛」代表团致词时表示，「两岸经贸文化论坛」的目的是为了促进交流，以後不妨称为「两岸论坛」；此外，大陆政策如果只有国民党参与制订，而没有其他党派的意见，力道不够强、代表性也不足，因此国民党一定要能谦虚与包容。
民国九十八年七月九日(2009.7.9)
马英九总统接见工商建设研究会代表致词时表示，政府正积极筹划与大陆进行有关「经济合作架构协议」（ECFA）的协商工作，理由就是避免台湾在东亚区域经济整合过程中被边缘化；其次则是加速正常化，因为许多政治的问题让两岸无法进一步洽谈，透过ECFA的签订排除政治上的障碍，将有利两岸经贸正常化。
民国九十八年七月九日(2009.7.9)
行政院大陆委员会「关怀大陆配偶」网站专区正式启用，赖幸媛主任委员表示，网站专区的启用标志著政府关心陆配权益的努力已经获得阶段性成果。
民国九十八年七月十一日(2009.7.11)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员在纽约表示，中华民国政府的两岸政策战略目标就是要「保障台湾安全、彰显台湾主体性、促进台湾繁荣与维持台海和平稳定现状」。去年520以来，政府就是在「以台湾为主，对人民有利」的原则下，以「成熟、稳健、有节奏」的步伐循序推动两岸政策。政府推动ECFA绝不会涉及统独与主权问题，也不会有任何政治前提，至於ECFA的推动时程，预计今年内两岸将有机会就此议题进行商谈，并可望在明年签署。
民国九十八年七月十三日(2009.7.13)
行政院大陆委员会刘德勳副主委表示，推动ECFA涉及两岸个别研究及共同研究，目前经济部、陆委会等相关部门正针对ECFA积极进行严谨的评估及研究工作，等到双方完成各自研究及准备後，将进行技术层面的共同研究及先期沟通。刘副主委强调，如果能够建立一定的共识，预期在今年内两岸应有机会就此议题进行商谈。
民国九十八年七月十四日(2009.7.14)
行政院长刘兆玄参加工商协进会早餐会致词时表示，两岸工作不能一厢情愿，必须以谨慎、有智慧的做法与对岸进行互动。不管是签订两岸金融监理合作备忘录(MOU)或两岸经济合作架构协议(ECFA)，政府一方面要积极准备，另一方面也会步步为营，脚踏实地把工作做好。
民国九十八年七月十四日(2009.7.14)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员要邀出席美国华府布鲁金斯研究所研讨会致词表示，中国大陆针对台湾的军事部署仍是两岸关系发展中，必须袪除的最大障碍；高政治性的两岸议题包括建立两岸军事互信机制及两岸和平协议，都需待互信累积更为紮实後再行探讨。现阶段仍将藉由扩大两岸经贸及文化交流，深化两岸合作，俾强化双方未来政治谈判的互信基础。
民国九十八年七月十六日(2009.7.16)
行政院大陆委员会赵建民副主委在例行记者会表示，由於立法院尚未完成「承认大陆学历」三读立法程序，所以现阶段仍然「不承认台湾学生在大陆高等院校所修习的学分」。
民国九十八年七月十八日(2009.7.18)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员在华府向侨界说明两岸政策时指出，两岸关系的进一步发展，必须尊重彼此存在，在国际社会也应落实「互不否认」的精神，以「对等、尊严」开创两岸在国际合作的新局。赖主委强调，中国大陆必须尊重中华民国的生存空间与国际尊严，充分理解台湾人民的感情与期待，才能为两岸关系的永续发展，建构稳固利基。
民国九十八年七月十九日(2009.7.19)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员接受华盛顿时报(Washington Times)国际版专访时指出，尽管两岸关系有所改善，我国仍然极为关切中国大陆持续针对台湾扩张军备所造成的威胁。并呼吁，台湾是一个民主高度发展的国家，如果中国大陆期盼赢得台湾的民心，就必须解除对台湾的军事威胁，以利两岸关系获得更进一步的改善。
民国九十八年七月廿三日(2009.7.23)
行政院大陆委员会副主委刘德勳在例行记者会中表示，两岸媒体互设常驻机构一事仍需两会商谈，虽然双方曾各自表达过意见，但还没有确认的方向。
民国九十八年七月廿七日(2009.7.27)
行政院大陆委员会对崔世安先生当选澳门第3届行政长官表示祝贺之意，并希望未来台澳关系能更进一步开展。
民国九十八年七月廿七日(2009.7.27)
马英九总统当选国民党主席，回覆中共总书记胡锦涛的贺电中指出，希望今後双方仍须顺应民意，继续在「正视现实、建立互信、搁置争议、共创双赢」的原则下，不断努力，以巩固海峡和平、重建区域稳定、促进两岸持续发展与繁荣。
民国九十八年七月廿九日(2009.7.29)
马英九总统接受「联合晚报」专访时强调绝大多数台湾人民都是支持维持现状，统、独两者目前都不可行，对台湾发展没有必要，现在我们只要维持现状，但加强对大陆交流；两岸已透过非正式管道沟通ECFA，未来将加速协商签订事宜。也指出，ECFA纯粹是经济问题，不涉政治层面，未来的协议里，「不会提到一个中国、和平统一、一国两制」等字眼。
民国九十八年七月卅日(2009.7.30)
行政院大陆委员会刘德勳副主委在例行记者会上表示，政府研议中的ECFA，是一个整体架构评估，不会从区域角度来思考这个问题。ECFA能否放到第四次江陈会来谈，要看届时第四次江陈会举行时，ECFA是否已经谈得够成熟，只要够成熟，就可以随时放进来。
民国九十八年八月五日(2009.8.5)
马英九总统出席「2009世界和平大会」开幕典礼时指出，我们一方面促进两岸和平发展，一方面也将两岸和解的作为延伸到国际社会，他3次出访中南美洲友邦，向国外友人及侨胞说明「活路外交」政策；也很明确的向友邦说明，不反对友邦和大陆发展非官方经贸关系的立场。
民国九十八年八月六日(2009.8.6)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员接见美国众议院「国会台湾连线」共同主席金格瑞先生等一行时表示，两岸关系逐渐改善，应持续沟通、对话以及协商，逐步累积互信，为未来的永久和平奠定基础。
民国九十八年八月十一日(2009.8.11)
马英九总统出席「亚洲太平洋国会议员联合会」 (APPU)第40届年会时强调，致力改善台湾与中国大陆的关系，让台湾成为国际的和平缔造者，也会继续加强我国与邦交国及非邦交国的关系。
民国九十八年八月十二日(2009.8.12)
行政院大陆委员会发布新闻稿，就大陆对我「莫拉克」水灾给予慰问及捐输表达诚挚谢忱并表示，为有效运用大陆地区之捐助资源，我政府部门已协调成立专责联系窗口。
民国九十八年八月十二日(2009.8.12)
内政部入出国及移民署表示，修正两岸人民关系条例第17条，大陆配偶取得我国身分证时间由8年缩短为6年，并取消团聚结婚须满2年始得申请依亲居留之规定。
民国九十八年八月十四日(2009.8.14)
马英九总统接见东莞台商协会代表时表示，下一步我们要跟大陆谈的是「经济合作架构协议」（ECFA），内容是「就经济论经济」的架构协议，希望能够针对一些需要尽快解决的部分，如关税减让，订定「早期收获条款」（Early Harvest Clause），让台湾产业不要受到伤害。
民国九十八年八月十八日(2009.8.18)
行政院大陆委员会发言人刘德勳副主委表示，「莫拉克」台风重创南台湾，造成重大灾情，中国大陆及港澳各界持续向台湾表达关切及慰问，并以积极行动提供救援物资及捐款，陆委会代表政府及受灾民众表达谢忱。
民国九十八年八月十九日(2009.8.19)
行政院大陆委员会发布新闻稿，感谢大陆捐赠组合屋的人道关怀与善意的表现。大陆方面对南台湾受灾民众的关心与即时的人道协助，让我方充分感受到温暖与善意。陆委会再次表达衷心感谢之意。
民国九十八年八月廿一日(2009.8.21)
马英九总统接见美国联邦众议院外交委员会主席柏曼（Howard Berman）众议员等一行时表示，两岸关系的改善使得台湾与美国在安全方面的关系变得相对更为单纯。在政府提出不统、不独、不武的政策下，我们可以同时维持与美国及大陆的友好关系，让三方都可以在彼此的关系中找到双赢或多赢的可能性。
民国九十八年九月一日(2009.9.1)
马英九总统接见美国在台协会台北办事处新任处长司徒文（William Stanton）时表示，政府一方面改善两岸关系，同时也改善与美国、日本及欧盟的关系，让彼此间获得平衡。一年多来，我们渐渐发现这种平衡的政策符合各方利益。
民国九十八年九月三日(2009.9.3)
行政院大陆委员会刘德勳副主委在例行记者会表示，两岸交流过程中，我们特别强调民主、自由，这是两岸交流重要的基础，也是普世价值，大陆方面应该相当了解。达赖来台为宗教关怀之行，台湾人民接受、认同并感谢其关怀。如此单纯的行程，希望不要影响到两岸好不容易建立的互信基础。
民国九十八年九月七日(2009.9.7)
马英九总统出席「八八水灾全国追悼大会」致词时表示，感谢中国大陆对「八八水灾」灾民提供的捐助、救援与关怀，希望两岸未来在灾难救助与重建方面，能相互学习经验与合作，共同抵御自然灾害。
民国九十八年九月八日(2009.9.8)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员接见比利时国会参众议员访问团时表示，政府推动两岸制度化协商，以沟通协商取代冲突对立，终将为台海永久的和平稳定奠定坚实的基础。赖主委进一步表示，除了两岸经贸关系正常化之外，政府「外交休兵」的政策，让两岸停止争夺邦交国的零和游戏，今年我国更首度以观察员身分获邀参与「世界卫生大会」（WHA），显见两岸关系的改善，为我国争取到更宽广的国际空间。
民国九十八年九月九日(2009.9.9)
马英九总统接见海地共和国外交部长尼古拉(Alrich Nicolas)时表示，自他上任以来，采取弹性外交策略，使台湾能在互信、尊重与责任的原则下，与世界其他各国相互交往，并与中国大陆改善关系，降低两岸紧张局势。总统表示，希望两岸和解能延伸到国际社会，我国不再反对我们的友邦国家与中国大陆建立经贸往来关系。
民国九十八年九月九日(2009.9.9)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员接见美国在台协会台北办事处新任处长司徒文时强调，两岸推动制度化协商，以沟通协商取代冲突对立，终将为台海永久的和平稳定奠定坚实的基础。赖主委表示，两岸关系是一种动态发展的过程，在过程中难免遭遇若干波动，但在两岸双方有智慧、相互理解的沟通、处理下，两岸关系必然会朝和平、稳定的正确方向继续发展。
赖主委表示，未来两岸政策仍旧是以「成熟、稳健、有节奏」的方向循序渐进积极推动，也将符合两岸、区域及美国的共同利益，她呼吁台美能持续提升双边关系，增强两国坚实的友谊。
民国九十八年九月十七日(2009.9.17)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员接受中央社专访时表示，，ECFA只规范两岸经济合作事项，不涉及统独及主权问题，更不会是「一国两制」下，大陆与港澳签署的「建立更紧密经贸关系的安排」（CEPA）。
赖主委表示，在签署前，陆委会将广徵民意，并向立法院充分说明，签署後再依两岸人民关系条例相关规定，送请立法院审议，落实国会监督，但似乎没有必要耗费社会资源办理公投。
赖主委表示，现在两岸官员可在两岸两会的架构下，同坐谈判桌进行协商，她不排除有一天与国台办主任王毅坐下来，共商两岸关系的良性发展，这也是两岸关系正常健康发展的一环。
民国九十八年九月十八日(2009.9.18)
行政院吴敦义院长在立法院施政报告时表示，我们将秉持「以台湾为主，对人民有利」的基本原则，稳健、循序地推展两岸关系，逐步完成两岸金融监理合作备忘录（MOU）及两岸经济合作架构协议（ECFA）的签署；未来任何两岸重要协议的签署，也都必须在「国家需要」、「民意支持」及「国会监督」的原则下进行。以国人非常关心的ECFA为例，未来两岸在协商的过程中，我们所秉持寻求台湾利益极大化、冲击极小化的基本立场绝不退让，同时我们也将透过相关鼓励与辅导措施，因势利导，协助相关产业转型升级，有效降低对特定产业的不利影响。
吴院长表示，我们一向秉持「尊严、自主、务实、灵活」的原则，持续推展「活路外交」，促使两岸和解休兵，务实处理实质议题。未来，我们将加强拓展与非邦交国家的实质关系，并积极参与有助台湾发展的功能性国际组织。
民国九十八年九月十八日(2009.9.18)
行政院吴敦义院长向立法院提出的书面施政方针报告中表示，将禀持下列原则推动两岸关系发展：
一、遵循对等尊严原则，持续规划推动两岸协商互动，巩固台湾优势，厚植台湾政经实力；扩大凝聚共识，团结内部力量，促进两岸繁荣发展，维系台海和平稳定。
二、秉持「以台湾为主，对人民有利」原则，持续推动两岸经贸协商，建立两岸经贸互动新架构，促进两岸经贸关系正常化；因应全球经济环境变化，强化对大陆台商联系与服务。
三、检讨现行法制及规划推动研修工作，完善配套管理机制，提升交流品质，建立两岸交流新秩序。
四、强化大陆政策整体文宣作为，增进与社会各界沟通工作，扩大宣导对象与层面，透过多元管道强化国际宣导，争取海内外认同与支持。
民国九十八年九月廿四日(2009.9.24)
内政部公告：修正大陆地区人民来台从事观光活动之数额、实施范围及实施方式，自即日生效。
民国九十八年九月廿九日(2009.9.29)
马总统视导金门国军官兵部队时表示，两岸关系愈来愈缓和，但中国大陆对我们的部署并没有改变，迄今仍有约1000多枚飞弹对准台湾。总统表示，尽管发生战争的机率非常小，政府也用一切力量防止战争的发生，相关建军备战的努力都不能松懈，所谓「毋恃敌之不来，恃吾有以待之」，我们必须「料敌从宽、御敌从严」，维持应有的战备。
民国九十八年九月廿九日(2009.9.29)
马总统出席世界台湾商会联合总会第15届年会时表示，我们不只将大陆视为工厂，应进一步作为产品销售市场，增加我们的经济利益，这是政府要和大陆签订「两岸经济合作架构协议」（ECFA）的原因。总统也指出，改善两岸关系，不只改善两岸间的贸易关系，更重要的是，也扩大台湾在国际社会的空间，政府未来仍会继续努力争取参与国际组织或活动。
民国九十八年九月卅日(2009.9.30)
行政院大陆委员会公布最新民调指出，六成民众赞成今年年底前在台湾举行第四次两岸协商；有近五成五的民众支持推动两岸经济合作架构协议（ECFA）。此外，台湾国际参与的议题，多数（60%）认为两岸关系改善有助於扩大台湾的国际空间，而赞成政府优先争取参与联合国专门机构的民众，亦高达七成以上。
民国九十八年十月一日(2009.10.1)
行政院长吴敦义於院会中表示，为搭建两岸产业合作平台，经济部自97年12月启动「搭桥专案」，至今已促成80余家企业进行合作及签订合作意向书，成功促成两岸产业初步的交流互动。未来应继续扩大并深化两岸在市场、标准、技术、法规等面向合作，并视产业需求继续推动两岸试点的合作计画，逐步建立起两岸经贸合作关系。
民国九十八年十月一日(2009.10.1)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员表示，政府将稳健开展、加速推动，尽量争取与中国大陆及早完成ECFA协商工作，而在过程中，行政部门将接受「高度国会监督」，就ECFA议题与立法院随时沟通、随时磋商，让国会充份了解协商的进度，等两岸协商完成，并经立法院完成审查程序後，ECFA才会正式生效及施行。
民国九十八年十月五日(2009.10.5)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员於国立政治大学举办的「中共建政60年回顾与展望」研讨会中，以英文发表「现阶段两岸关系与政府大陆政策」专题演讲。赖主委强调，两岸彼此间长期累积的问题，有赖双方搁置争议、逐步解决。政府推动两岸协商，始终是秉持「以台湾为主，对人民有利」的原则，从未在坚持两岸对等及国家尊严上有任何妥协；在协商的优先顺序上，也是采取「先易後难」、「先急後缓」、「先经後政」的作法，以推动两岸经贸关系正常化及维护交流秩序作为最优先的考量。对於建立两岸军事互信机制等政治议题，政府各相关单位皆有研究，但两岸就此谈判的条件仍不成熟，我们对两岸政治谈判尚无预设推动的时间表。
民国九十八年十月八日(2009.10.8)
马英九总统接见「2009年美国新锐政策菁英访华团」时表示，在两岸关系上，政府的基本态度是以经济关系为优先，主要是因为经济攸关民生，因此政府会优先处理「两岸经济合作架构协议」（ECFA）这类议题。
民国九十八年十月八日(2009.10.8)
行政院长吴敦义接见全美台湾同乡联谊会回国访问团时表示，在朝向两岸和平发展的同时，台湾也会与美国、日本、欧洲、东南亚等国家，维系更好、更密切的关系，并且台湾也会发展小而精、小而强的国军，以确保扞卫国土，保全人民最基本的国防力量。
民国九十八年十月八日(2009.10.8)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员接见美国智库「新美国安全中心」访团时表示，目前包括军事互信机制、和平协议等议题协商的主客观条件尚未成熟，现阶段两岸需要累积更多的互信，对於政治性议题的协商我们并不排斥，但也未预设时程表。
民国九十八年十月八日(2009.10.8)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员接见「全美州检察长协会」访问团时强调，两岸在今年4月签署「海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议」，双方在「全面合作、重点打击」原则下建立制度化的打击犯罪合作机制，共同维护两岸的交流秩序。
民国九十八年十月十日(2009.10.10)
马英九总统主持「中华民国建国98年国庆典礼」时表示，两岸在「九二共识」的基础上，签署了9项协议。将来两岸关系的和平发展仍需双方抱持信心，正视现实，循序渐进，以扩大互信，求同化异。如今两岸关系虽然大幅改善，我们却从未轻忽对岸的军事威胁。我们积极寻求海峡和平，但绝不会牺牲台湾的国防安全。因此，「防卫固守，有效吓阻」的国防战略仍是我们的坚持。
民国九十八年十月十四日(2009.10.14)
行政院长吴敦义出席98年行政院「稳健与繁荣」大陆工作研习会时表示，大陆政策应掌握「以台湾为主，对人民有利」原则，不论外交、经贸、文化及国防等政策的推动，均应以维护中华民国，确保台湾二千三百万人民的生命财产安全为依归；政府所推动的两岸政策，将会禀持和平发展的路线，以确保国家主权的完整。并强调，在与大陆发展两岸关系的同时，我们也要维持及加强我国与美国、日本、欧洲等全世界爱好自由民主法治国家的关系；台湾也必须要能够确保自我防卫的能力，绝不能将台湾人民的安全福祉及国家的安定，完全寄托在两岸关系的改善上。
民国九十八年十月十六日(2009.10.16)
马英九总统接见美国智库「战略与国际研究中心」（CSIS）大平洋论坛代表团时表示，两岸休兵的缓和氛围不仅为两岸带来有利发展，也延伸到国际舞台，包括台湾参与亚太经济合作会议（APEC）、政府采购协定（GPA）、世界卫生大会（WHA）等也有进展。未来台湾的国际参与将优先考虑与台湾安全及便利相关、且不具政治性的联合国专门机构及其活动，包括「国际民航组织」（ICAO）及「联合国气候变化纲要公约」（UNFCCC），对於重返联合国则采取务实的做法，这也就是「活路外交」中道而务实的精神。
民国九十八年十月十六日(2009.10.16)
行政院长吴敦义出席98年「高阶领导研究班」第1期开训典礼时表示，政府的两岸政策最重要的就是要能够掌握「以台湾为主，对人民有利」，以维护中华民国权益，确保台湾2300万华人民的生命财产安全。台湾目前出口贸易中有40%是与大陆、香港地区有关，单是从大陆外贸获得的顺差，就高於政府每年总预算，因此必须要审慎处理两岸关系。
吴院长并强调，在与大陆发展和平关系的同时，我们也要加强与美国、日本、欧洲等爱好和平国家的关系；台湾必须要能够确保自我防卫的能力，包括小而精、小而强的国军，我们绝不能将台湾人民的生命财产及国家安全寄托在两岸关系的改善上。
民国九十八年十月廿日(2009.10.20)
行政院大陆委员会公布最新的民调显示，46.3%民众赞成与大陆签订MOU，60%民众认为MOU有助於健全两岸金融交流秩序，53%的民众认为对台湾的金融业发展将有好的影响。未来与大陆洽谈开放金融市场时，有七成的民众认为应该采取比国外银行更严格的限制。
民国九十八年十月廿一日(2009.10.21)
交通部令：订定「大陆地区观光事务非营利法人来台设立办事处从事业务活动许可办法」，自即日施行。
民国九十八年十月廿一日(2009.10.21)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员接见美国堪萨斯州州长柏金森夫妇时表示，目前政府大陆政策是以「沟通协商取代冲突对立」，循序渐进的推动两岸制度化协商，也透过制度化协商逐步累积互信。推动两岸协商最重要的基础，即是搁置争议，务实面对两岸现状，优先解决攸关人民利益的事项，包括两岸经贸、文化、社会等各层面交流互动所衍生的问题。
民国九十八年十月廿三日(2009.10.23)
行政院新闻局公告：修正「大陆地区影视节目得在台湾地区发行、映演、播映（送）之数量、类别、时数」，并修正名称为「大陆地区影视节目得在台湾地区发行映演播送之数量类别时数」，自即日生效。
民国九十八年十月廿五日(2009.10.25)
马英九总统在金门参加古宁头战役六十周年纪念大会时表示，希望两岸都能够为人民著想，为人民找出和平相处之道，也希望金门的建设能够在两岸和解之後大幅进步。
民国九十八年十一月一日(2009.11.1)
行政院农委会表示，政府针对两岸签署 ECFA， 已多次重申不再进一步开放中国大陆农产品之立场，也未将农产品开放议题纳入 ECFA 谘商，因此两岸签署 ECFA 并不会冲击我国农业。另我国亦将在 ECFA 架构下，与中国大陆进一步建立两岸农业智慧财产权协商机制，以顺畅我农产品出口，保护国内农民权益。
民国九十八年十一月二日(2009.11.2)
行政院大陆委员会发言人刘德勳副主任委员指出，四项协议签署将近一年，为两岸经贸交流正常化带来不少实质效益，在野党的批评与媒体的报导与事实有很大出入，并表示：大陆旅客赴台湾旅游并未排挤国际观光旅客；两岸空运协议签署增加客运航点及航班，大幅缩短航行时间；两岸海运协议适用对象亦包括两岸资本权宜船；两岸邮政协议有助资金汇回台湾；两岸已建立制度化食品安全联系窗口及常态交流机制；六、两岸共同打击犯罪及司法互助协议：自协议生效迄今，双方相互提出之各式 请求案件共计2299件。
民国九十八年十一月三日(2009.11.3)
行政院长吴敦义参加「工商建研会」午餐会致词指出，我国从去年开始将烽火外交修正为活路外交，就是证明政府有心打开台湾的工商业通路，真正为台湾人民谋福利。政府的一切作为都遵循「以台湾为主、对人民有利」的方针，包括签订ECFA、MOU等，一定都以此作为依据。
民国九十八年十一月四日(2009.11.4)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员参加「第13届两岸新闻报导奖」颁奖典礼致词时表示，随著两岸交流活动的增加，两岸新闻的范畴也更广阔。期待不久的将来，大陆的网民们可以透过网路看到台湾记者的报导，对台湾的理解不再是只能透过大陆媒体的报导，而是能从台湾记者的报导中认识台湾，这才是两岸新闻交流的真谛。
民国九十八年十一月五日(2009.11.5)
马英九总统接见参加「2009APEC领袖会议」代表团时表示，新政府上任以来，一直积极推动扩大台湾国际空间的外交政策，未来我国除希望继续维持参与世界卫生大会（WHA）的成果，并盼能参与「国际民航组织」（ICAO）与「联合国气候变迁架构公约」（UNFCCC），除可让国际社会了解台湾希望回馈的用心，并可向国人展现新政府改善外交与两岸关系的各项成果。
民国九十八年十一月十日(2009.11.10)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员在花莲县的「开创两岸新局、追求互利双赢」座谈会上表示，政府推动与中国大陆的制度化协商，不仅是要为两岸经贸活动订出基本规则，更是要规划出一条让台湾与世界接轨的护台路线。而坚守「以台湾为主、对人民有利」是当前两岸互动的最高指导原则，以台湾为主就是扞卫台湾主体性，中华民国是一个主权独立的国家，台湾的前途由两千三百万人共同决定；对人民有利，就是两岸协商的成果要为全民共享、对全民有利，而不是只对特定财团有利。
民国九十八年十一月十二日(2009.11.12)
行政院吴敦义院长赴大陆委员会巡视时表示，在两岸协商过程中，一定要据理力争，为台湾2,300万人民争取最大的福祉；在规划与推动大陆政策时，要依据马总统所提示「以台湾为主，对人民有利」的原则，作法要严谨、要有节奏、要有秩序，行稳才能致远，要做大陆政策的推动者与把关者，必要时该踩煞车就要踩。两岸政策国会的支持是很重要的一环，依据宪法所订行政、立法分际原则，相关机关在重大大陆政策或相关措施的形成与推动上，例如「ECFA」，都应该在适当的时候，充分地接受国会的监督与在野党的鞭策，并与国会进行沟通及做完整的说明，以争取支持，落实「国会高度监督」的原则。
民国九十八年十一月十三日(2009.11.13)
行政院大陆委员会副主委高长在「98年度两岸政策论坛－ECFA南部地区会议」中表示，ECFA是架构性协议，对台湾并没有立即性的影响，政府会守住不进一步开放大陆农产品及大陆劳工来台的承诺，也会尽力争取我方最大利益。
民国九十八年十一月十三日(2009.11.13)
行政院大陆委员会刘德勳副主委表示，会在两岸两会制度化协商的架构下处理ECFA，刘副主委表示，ECFA将会符合WTO精神，同时两岸两会在过去一年已签署9项协议，ECFA也会在两岸两会制度化协商的架构下处理，与过去签署两岸协议的处理方式一样。
民国九十八年十一月十六日(2009.11.16)
行政院金融监督管理委员会（以下简称金管会）陈主任委员分别与大陆「银监会」、「保监会」、「证监会」的正职首长，以互递方式完成签署两岸银行、保险、证券期货等三项金融监理合作了解备忘录（MOU）的签署事宜。
民国九十八年十一月十七日(2009.11.17)
行政院大陆委员会针对「欧胡会」後联合声明，发表回应表示：
一、陆委会乐见欧巴马总统对台海情势和缓，表达肯定及称赞，这与一年多来国际间对台海关系的反应是一致的。
二、欧巴马总统重申在台湾关系法的基础上，支持两岸关系进一步发展与联系，这是美国长期以来的政策。陆委会表示，政府会在确保台湾安全的基础上，持续改善两岸关系。
三、两岸关系的改善，符合区域及两岸利益，也与美中加深了解与交流的趋势一致，政府会将继续推动两岸制度化协商与交流。
民国九十八年十一月十八日(2009.11.18)
教育部对於开放陆生来台及采认大陆学历事宜，教育部表示乃是在秉持台湾优先、维护台湾整体利益、提升台湾国际竞争力的前提下，基於「阶段性、渐进开放、完整配套」原则，仍以「三限」及「六不」来规划相关政策及配套措施。
教育部长吴清基表示，将争取在明年六月前开放台湾的大学院校招收大陆学生，每年名额约为二千人，但大陆生不能参与公务员考试。而台湾也将承认大陆学历，初期将以北大、清华等「九八五工程」为主的四十一所大学学历，并拟追溯至一九九七年；不过，中医和西医等医院学历则不在开放及承认的范围内。
民国九十八年十一月十九日(2009.11.19)
马英九总统接见中华民国工业协进会理事长及会员时表示， ECFA还在协商阶段，政府一定会秉持「国家需要、民意支持、国会监督」原则，在适当时间公开内容，并向国会报告；签订後也会送交立法院审查，如果立法院没有通过，就不会实施。谈判及决策的过程中，政府也一定坚持「以台湾为主、对人民有利」原则，扞卫台湾的利益。
民国九十八年十一月十九日(2009.11.19)
行政院长吴敦义听取金管会「两岸签订三项金融监理合作了解备忘录（MOU）之过程、结果及未来影响」报告後表示，建立两岸金融监理合作机制，有助於双方金融业之交流，使金融业者得以布局大陆市场，并可确保我方有效达成金融监理及维护金融稳定。未来各相关机关处理两岸协商事务时，应发挥统合互助的力量，并特别注意加强与立法院、相关团体、社会大众之沟通与宣导工作，争取民意支持，使相关政策推动更为顺利。
民国九十八年十一月十九日(2009.11.19)
行政院大陆委员会中英文全球资讯网全新改版正式上线。新版网站增列「专题报导」，以利重要大陆政策宣导；提供「民意交流」专区，含「民意信箱」、「答客问」、「民意调查」、「讨论区」等，增进与各界的意见交流。
民国九十八年十一月廿日(2009.11.20)
马英九总统接见教宗特使团董高．若瑟枢机主教（JOZEF CARDINAL TOMKO）一行时指出，希望台海和平能持续下去，让两岸人民都能在和平环境中追求幸福。我们将继续促进海峡两岸和平，除经贸、文化外，与大陆也能在宗教方面进行交流，让两岸人民都能同享天主的福音，促使双方社会继续向前迈进与发展。
民国九十八年十一月廿三日(2009.11.23)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员会会见美国在台协会理事主席薄瑞光後，发布新闻稿表示，两岸必须有更多时间互相了解、建立互信，国内也必须先建立共识，目前谈政治议题并不成熟。赖主委在会见中重申，中华民国是主权独立的国家，两岸互不隶属是现状。
民国九十八年十一月廿五日(2009.11.25)
马英九总统出席国军98年干部研习会时表示，我们一方面希望能够化敌为友，但也不能排斥备战。小而精的精是指品质要高，3S-Super、Strong、Smart是国军未来的发展方向。这样做并不是要反攻大陆、攻城掠地，而是要防卫固守，更重要是有效吓阻。
民国九十八年十二月八日(2009.12.8)
教育部针对研拟大陆高等教育学校采认名册范围提出说明，教育部表示，对於研议陆生来台及大陆学历采认事宜，教育部系基於「阶段性、渐进开放、完整配套」原则，以审慎、严谨的方式进行规划，并组成专案小组审议认可学校名册，拟采认范围以大陆较为绩优之学校作为采认基准，第一阶段将透过大陆高等教育学历采认审议会研议以985工程之38所学校（扣除国防科学技术大学）及增加北京体育大学、中央音乐学院及中央美术学院等体育、艺术办学卓著之大学，作为采认范围之可能性。至於是否扩充认可范围，将视第一阶段办理情形，审慎评估，目前并无时间表。
民国九十八年十二月九日(2009.12.9)
经济部国际贸易局就「签ECFA工作机会增加，本土资金、技术和台商根留台湾并深耕台湾」发布新闻稿表示，政府会以「机会最大化，威胁最小化」的原则，推动洽签ECFA。由於ECFA为架构协议，其渐进式开放的协议内容，不会有一般FTA立即且全面开放之压力，未来与中国大陆协商时，将循「先易後难、循序渐进」的方式，对於目前有急迫性、获共识的议题先处理，其他议题则俟两岸获致共识後再逐步推动。
经济部表示，政府推动洽签ECFA，主要目的在因应当前严峻国际经贸环境，为台湾的经济竞争力著想，并有助台湾成为外商进入中国大陆市场之优先合作夥伴及门户，建立以台湾为在东亚地区的生产、行销、研发与营运的基地，加速台湾发展成为产业运筹中心，并有助於整体供应链根留台湾，创造更多就业机会。
民国九十八年十二月十日(2009.12.10)
行政院农业委员会举行「第四次江陈会谈农业议题新闻背景说明会」表示，「两岸渔船船员劳务合作协议」让雇用大陆渔工制度化，保障我渔船主的利益，使渔业人力补充和渔工管理更加安全、有效率；此外「两岸农产品检疫检验合作协议」建立两岸未来在动植物疫情通报与食品安全上的机制，对於动植物疫病防治、保障国人健康、拓展我农产外销市场，以及维护我国生态安全都有重大意义。
农委会也表示，政府保障农民与国人权益，800多项管制的大陆农产品绝对不会开放，而大陆渔工「境外雇用、境外作业、过境暂置」的原则也没有改变，没有开放陆劳的问题。
民国九十八年十二月十四日(2009.12.14)
经济部标准检验局就第四次江陈会谈将签署「两岸标准计量检验认证合作」表示，两岸「共通标准」主要系针对尚未形成国际标准之新兴技术领域进行合作，只要技术领先，相关标准自然能引领国际标准发展趋势，协助产业开拓商机，这是跟时间的竞赛，关乎国际新兴市场未来版图分配，机会稍纵即逝，这也是政府积极推动两岸合作制定共通标准一个很重要的原因。
标准检验局进一步指出，两岸间产品往来因双方检验程序有落差，导致厂商为将产品销往中国大陆，必须重复检验，在金钱或时间成本耗费上均形成严重负担，而「两岸标准计量检验认证合作」即是希望能协助解决上述这些经济事务技术层面的问题。
民国九十八年十二月十五日(2009.12.15)
经济部工业局发布「因应贸易自由化，提升产业竞争力之措施」新闻稿表示，政府洽签ECFA，是两岸经贸关系朝向自由化发展，台湾朝向国际化之好契机；透过开放或调降关税，来创造两岸产业优势互补互利双赢。我国除与中国大陆签订ECFA外，未来将与其他主要贸易对手国陆续签订各项自由贸易协定，故贸易自由化的影响将持续发生。
民国九十八年十二月十五日(2009.12.15)
行政院大陆委员会刘德勳副主委强调，签署两岸渔船船员劳务合作协议，并不涉及开放陆劳问题。
民国九十八年十二月十六日(2009.12.16)
经济部国际贸易局发布新闻稿表示，政府自98年2月宣布推动洽签两岸经济合作架构协议(ECFA)以来，极力争取民意支持，迄今仅经济部即已举办超过200场次与各界沟通之宣导说明会，对象包括全国工业、商业、服务业等工商协会、各县市工业会、中小企业协会以及劳工团体等。此外，经济部亦已建置ECFA官方网站(网址：www.ecfa.org.tw)供各界查询ECFA之内容及进展。
民国九十八年十二月十七日(2009.12.17)
马英九总统接见「全加传统侨团回国参访团」时指出，推动「活路外交」、「外交休兵」，除了希望改善两岸关系，也能停止两岸在国际间不必要的恶斗，不必为了争取对方的邦交国进行无谓的内耗。同时，政府也提出「侨务休兵」政策，希望大家以侨社发展繁荣为重，为中华民族和平相处找出解决之道。
民国九十八年十二月十七日(2009.12.17)
行政院大陆委员会公布民调显示，有六成的民众支持透过制度化的协商来处理两岸交流的问题；针对这次4项协商议题，超过半数的民众持正面肯定的态度。
民国九十八年十二月十七日(2009.12.17)
经济部标准检验局发布新闻稿表示，两岸洽谈标准计量检验认证合作，系顺应我产业界的需求。此外，两岸标准合作重点是在尚未形成国际标准的新兴技术领域，希望发挥我产业创新研发的技术优势抢占国际标准先机，协助我国产业捷足先登深耕大陆，进一步为布局全球新兴市场积极备战。
标准检验局重申，两岸签署标准计量检验认证合作协议，推动两岸标准、计量、检验、验证认证及消费品安全等5大领域的合作，是为了提升我产业竞争力，以及加强保护国内消费者的权益。政府绝对会坚守国家主权，并秉持「以台湾为主、对人民有利」的原则来推动两岸事务，请国人安心。
民国九十八年十二月十八日(2009.12.18)
马英九总统出席「中华民国98年非政府组织国际参与研讨会暨成果展」时表示， 1年7个多月推动活路外交与外交休兵政策後，台湾与23个邦交国邦谊稳固，也有机会参与包括亚太经济合作会议(APEC)、WTO下的重要协定－政府采购协定(GPA)，以及世界卫生组织(WHO)所召开的世界卫生大会(WHA)。希望在两岸关系改善过程中，对於民间NGO团体的国际参与也能相互尊重，彼此协助，如此两岸关系才能更平和的发展。
民国九十八年十二月十八日(2009.12.18)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员於「第四次江陈会谈」会前记者会，提出两项呼吁：一、盼国人能在充分保障言论自由下，藉由意见的表达以及尊重他人的过程让国际社会看到台湾健康成熟的民主法治；二、希望中国大陆可正确了解台湾是一个民主、自由且多元的社会，政府必须保障人民的言论自由。
民国九十八年十二月廿一日(2009.12.21)
行政院大陆委员会副主委赵建民表示，国会与民意的支持，是两岸制度化协商得以顺利运作的关键，也是不可或缺的因素，陆委会将在既有基础上，进一步加强与各界的沟通，希望在包容与和解中寻求最大共识，也期待国内各界对政府推动两岸两会制度化协商能理性、务实看待。
民国九十八年十二月廿二日(2009.12.22)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员在台中接见大陆海协会陈云林会长时表示，台湾人民要有尊严的参与国际社会的心声，尤其NGO活动是民间性质，这类组织参与国际性的活动，如果受到不公平的对待，会让民众认为两岸关系的改善，无助於台湾参与国际空间，并进而否定两岸这段时间以来，在缓和双方关系上所做的努力。
赖主委并强调，两岸的和解绝对不可能在军事武力威胁的阴影下达成。相信两岸有足够智慧审慎地共同面对这个历史的新局势，好好掌握，让两岸关系向前稳健迈步，走得可长可久。
民国九十八年十二月廿二日(2009.12.22)
第四次「江陈会谈」双方签署「海峡两岸农产品检疫检验合作」、「海峡两岸标准计量检验认证合作」、「海峡两岸渔船船员劳务合作」等3项协议。陆委会新闻稿指出，陆委会高度肯定这次会谈的成果。并强调，未来在推动相关政策与协商时，陆委会都将秉持过程透明化、公开化的原则，充分尊重民意、扩大沟通，并且透过各种管道，向社会各界说明具体内涵，让政府大陆政策的推动能获得更大共识。
民国九十八年十二月廿四日(2009.12.24)
行政院农业委员会发布新闻稿表示，第四次江陈会谈完成「海峡两岸渔船船员劳务合作协议」及「海峡两岸农产品检疫检验合作协议」的签署，最大利益是将来我渔船主可雇用素质高、能适应海上作业之大陆船员，且渔船主与大陆船员有申诉管道处理劳资纠纷，我方之仲介机构由政府自行核准，船员工资及雇用管道明确，使两岸渔船船员劳务合作朝制度化及正常化发展。
此外，「海峡两岸农产品检疫检验合作协议」系在务实基础上，加强农产品检疫检验交流，主要内容包括建立双方的业务交流机制，强化检疫检疫相关讯息的查询，及时通报重大疫情及安全事件，定期通报不合格案件，建立证明文件查核机制，对重大突发事件进行协处，以及建立农产品安全管理追溯体系，透过考察访问，实施便捷检疫检验措施等。
民国九十八年十二月廿四日(2009.12.24)
经济部国际贸易局发布新闻稿表示，政府与中国大陆洽签两岸经济合作架构协议（ECFA），绝对会援引GATT第24条，而非所谓《授权条款》，未来签署後也会依规定通知WTO。
民国九十八年十二月廿五日(2009.12.25)
马英九总统接见中国回教协会「98年回教朝觐团」一行时表示，与对岸签署协议的过程中，都是秉持「以台湾为主，对人民有利」原则。未来双方将进一步洽商签订「两岸经济合作架构协议」（ECFA），是为了避免台湾在东亚区域整合的趋势中被边缘化，降低我国产品进入中国大陆市场的关税，以提升我国产业的全球竞争力。
民国九十八年十二月廿五日(2009.12.25)
行政院大陆委员会赖幸媛主任委员协同海基会江董事长赴行政院向吴院长简报第四次「江陈会谈」後向媒体表示，第四次「江陈会谈」是自两岸恢复制度化协商以来，透明度最高的一次。秉持吴院长指示的「国家需要、民意支持、国会监督」原则，这次会谈，每星期定期透过记者会的形式，藉由媒体向大众报告协商的内容，可以说是「两岸协商到哪里，政府就向媒体说明到哪里」；并且还主动向立法院王院长、各党团报告，同时协议签署後便立即向大众公开协议文本，让民众一字一句的检视。未来在两岸两会会谈协议内容及时程的公布方面，将更有弹性，因时因势有所调整，以满足人民知的权利。
民国九十八年十二月廿五日(2009.12.25)
针对大陆当局以「煽动颠覆国家政权罪」判处刘晓波11年徒刑、剥夺政治权利2年乙事。行政院大陆委员会发布新闻稿表示，希望大陆方面能加速推动落实这两项公约的相关改革；并对以平和方式表达对政治、社会关心的大陆民众，展现其对人权的尊重及普世价值的保障。
民国九十八年十二月廿八日(2009.12.28)
外交部沈政务次长向驻华使节及代表说明第四次「江陈会谈」时指出，两岸关系改善有助台湾推动外交工作。「活路外交」推动一年多来，两岸停止长期恶斗虚耗，使我对外工作可以恢复正常化、专业化，并获致具体成果；例如「亚太经济合作组织」(APEC)领袖会议、「世界贸易组织」(WTO)「政府采购协定」(GPA)、以观察员身份参与「世界卫生大会」(WHA)等，均为突破性的进展。在参与联合国专门机构活动方面，目前政府推案重点是参与「联合国气候变化纲要公约」(UNFCCC)及「国际民航组织」(ICAO)，盼能获得进展。
民国九十八年十二月廿九日(2009.12.29)
行政院大陆委员会赵建民副主委向驻华使节代表说明「两岸经济合作架构协议」(ECFA)时表示，但目前两岸之间并未累积足够的互信与经验，因此无论是就彼此的政治地位、台湾参与国际空间，乃至於军事安全等议题，双方进行政治协商的时机都尚未成熟。
民国九十八年十二月廿九日(2009.12.29)
马英九总统主持「99年上半年陆海空军将官晋任布达暨授阶典礼」时表示，两岸关系和解并不代表就可松懈建军备战的工作，唯有居安思维才能有备无患，要坚持「防卫固守、有效吓阻」的战略构想，利用国防战备的优势，完成国防转型的工作，将「固若磐石」的理念彻底发挥。
民国九十八年十二月廿九日(2009.12.29)
行政院大陆委员会民调显示，民众对两岸制度化协商维持高度支持，有68%的民众认为制度化协商有助於两岸关系的和平稳定，65%的民众赞成两岸要继续协商；63%的民众也同意两岸建立主管部门间的沟通管道，对处理两岸交流衍生的问题有帮助。
民国九十八年十二月卅一日(2009.12.31)
马英九总统接受德国「国际政治」（Internationale Politik）期刊书面专访「国际政治」专访时表示，现阶段两岸必须先累积互信，并且以「对等、尊严」的民主方式来面对及协商解决。两岸间如何早日建立一个可长可久的和平相处架构，是值得双方共同重视的课题，惟目前相关的条件还不成熟。我政府坚持国家主权地位及推动和平稳定的两岸关系立场从未改变，也愿就相关议题与中国大陆展开协商。但中国大陆政府必须尊重台湾的民主体制，不否认中华民国存在的事实，放弃预设的政治前提及撤除对台飞弹部署，在「对等、尊严、互惠」的原则下，相关协商才有可能进行。
民国九十八年十二月卅一日(2009.12.31)
行政院长吴敦义在行政院会听取「第四次『江陈会谈』成果说明报告」後表示，第四次「江陈会谈」签署的3项协议，都与民众权益息息相关，陆委会应会同相关机关，完整详实向大众公开，让民众清楚了解政府签署这3项协议的理由。特别是下一阶段的ECFA议题，除了朝野沟通外，必须强化政策、措施的论述，告诉民众ECFA的具体内涵及政府坚持的立场，并持续对相关产业、劳工及农民加强说明、沟通与解释，让社会各界充分了解政府所做的是坚守国家主权、维护国家利益的事。