民国八十九年二月廿日(2000.2.20)
中断近八个月的「金门协议」海峡两岸要犯遣返作业，再度在马祖恢复运作。
民国八十九年三月卅日(2000.3.30)
中共「台办」官员表示，虽然两岸谈判已经中断，但是两岸交流、台商保护和接待台湾人士的功能，仍是由海协会负责，因此，短期内不会裁撤海协会。
民国八十九年六月二日(2000.6.2)
大陆海协会人事有重要调整：海协会副秘书长、国台办综合局副局长李亚飞，升任海协会秘书长及国台办综合局局长；原秘书长、国台办综合局局长张金成专任海协会副会长。
民国八十九年七月十九日(2000.7.19)
总统府秘书长张俊雄紧急发布新闻强调，陈水扁总统及新政府绝对不会出现「密使」的作法。同时强调，「非制度化」的密使，绝不能取代「制度化」的海基、海协两会。
民国八十九年七月廿日(2000.7.20)
陆委会副主委林中斌表达三点正式声明，一、有关密使，乃过去政府所为，陆委会不作评论；二、陆委会肯定多方接触有其功能存在，但应在体制内运作，接受民主制度监督；三、陆委会认为海基、海协两会应尽速回到正式协商管道。
民国八十九年九月一日(2000.9.1)
行政院长唐飞在立院下会期施政报告中指出，两岸工作当务之急是促成「辜汪会晤」，在确立风险管理机制下，不排斥第二或第三管道的接触。
民国八十九年九月八日(2000.9.8)
两岸首次由马祖直航大陆福建琯头码头遣返大陆偷渡客，由连江县警局负责遣返任务；为往後简化遣返作业跨出重要一步。大陆方面把此次双向直航遣返称为对口交换，以地方对地方做为未来遣返作业的推动。