民国九十五年一月二日(2006.1.2)
陆委会吴钊燮主委在立法院指出，两岸经贸政策无法以「紧缩」或「开放」简单二分法说明，未来两岸政策仍秉持原来的大方向；但有关西进投资可管理的部分，必须加强管理，将由行政部门和厂商之间提出详细计画，经济部会针对这些计画草拟加强管理方案，「如果管理做得好，开放也有很多空间」。
民国九十五年一月三日(2006.1.3)
金马直航实施届满五周年。据警政署入出境管理局金门服务站、金门港务部门统计，2005年金厦航线从金门到厦门旅客达264088人次，从厦门到金门旅客达258231人次，金厦往返共达518719人次。
民国九十五年一月四日(2006.1.4)
大陆广东省公安机关依据「金门协议」将抓获重大刑事罪犯林振兴及吴朝顺遣返台湾。
民国九十五年一月六日(2006.1.6)
陆委会吴钊燮主委表示，政府去年10月3日先後在金马地区试办人民币兑换後，发现许多人预期人民币升值，买进人民币的是卖出人民币的九倍，这与政策目标无法完全相符，因此这项政策仍处观察期。
民国九十五年一月六日(2006.1.6)
针对国台办宣布遴选出两只赠台猫熊，陆委会吴钊燮主委在陆委会记者会中表示，中共事先从未与我政府讨论，透过媒体不断文宣操作猫熊议题及统战，这是非常不尊重台湾的作为。而随後农委会指出，没有台湾核发的输入许可证，大陆不能片面宣布把猫熊送到台湾，最迟在3月23日决定猫熊能否来台。
民国九十五年一月六日(2006.1.6)
最新一期加拿大汉和防务评论报导指称，过去十年来，中共的海空军一直著力建设可以全天候及主要用来监听台湾的电子侦察能力。
民国九十五年一月六日(2006.1.6)
国台办发言人李维一解释台湾海基会人员未出席汪道涵遗体告别式原因，指是基於汪老生前丧事从简的嘱咐。而交流局局长戴萧峰表示，希望台湾方面顺应民意，相关主管部门积极配合，让赠台大熊猫能够早日落户宝岛台湾。
民国九十五年一月六日(2006.1.6)
立法院三读通过国际金融业务条例部分条文修正草案，将达成协助台商加强运用OBU成为海外及大陆台商资金调度中心之政策目标；而指定银行（DBU）开放协助此类业务之处理，将促使OBU的功能更为落实、效率更为提升。
民国九十五年一月七日(2006.1.7)
陆委会吴钊燮主委表示，既有的货运包机与开放中国旅客来台观光等政策，不会影响政府推动的决心及进度，需要与两岸早日协商，才能落实各项管理措施，达到既开放、又管理的双赢结果。
民国九十五年一月七日(2006.1.7)
陆委会吴钊燮主委接受中央社专访时表示，中国一再宣称不放弃「一个中国」及「一国两制」的情况下，高度政治意涵，包括建立军事互信机制、建构和平稳定互动架构、开启政治对话等事项，未来两年内看不出会出现使两岸关系获致正面突破的契机。根据观察，两岸关系的可能变数，存於「中国内部本身」。
民国九十五年一月九日(2006.1.9)
台湾智库公布最新民调结果显示，6成6受访民众赞成政府更积极管理两岸交流，同时有6成5受访民众不赞成政府接受中国设下一中原则为前提的两岸协商条件。
民国九十五年一月十七日(2006.1.17)
由中共政府、欧盟执委会、世界银行联合主办「禽流感防控国际筹资大会」，共有来自90多个国家的官员及20几个国际组织代表共同研商筹资抗禽事宜。中共拒绝邀请台湾派代表出席，罔顾台湾人民健康权益，伤害两岸人民感情并无助於双方互信关系之良性发展。
民国九十五年一月十八日(2006.1.18)
陆委会吴钊燮主委接受德国「世界报」专访时表示，台湾希望猫熊比照规范濒临绝种动物进出口的国际公约进口，北京却政治操作，把赠送猫熊当成「国内运输」。对中国拒绝台湾成为世界卫生组织的观察员一事，吴主委认为台湾想承担区域防疫的责任，当邻国正爆发禽流感，台湾将成为全球防疫网的死角。
民国九十五年一月十九日(2006.1.19)
陆委会表示，配合2006年春节扩大「小三通」专案，在1月20日至2月13日的春节专案期间，金马旅台乡亲无需组团，可以经由「小三通」入出大陆地区。全案已由内政部警政署入出境管理局於17日公告申请须知，即日起可向该局及其各相关服务处(站)提出申请。
民国九十五年一月十九日(2006.1.19)
陆委会吴钊燮主委表示，已连续两年推动的春节包机，除非有意外状况，明年的春节包机应会持续。政府亦不会以年年春节包机为满足，如果客货包机两岸能协商实现，政府才会感到满意。
民国九十五年一月十九日(2006.1.19)
台湾产茶地名遭人在大陆抢注商标，陆委会表示，将推派台湾区制茶商业同业公会代表赴大陆，向中共商标局提出撤销注册的行政救济申请。陆委会并指出，必要时也会协助业者循法律或世贸（WTO）途径解决。
民国九十五年一月十九日(2006.1.19)
海基会新闻稿表示，对於台湾七大茶叶产地名称日前在大陆地区已遭特定人士抢先注册为商标，特致函大陆海协会表达严正关切。海基会说，将请大陆有关机关正视此问题，尽速撤销一切利用台湾地名所为之不当商标注册。
民国九十五年一月十九日(2006.1.19)
美国「盖洛普机构」发布「2005年国际社会对台湾形象认知调查」结果显示，美日英法德受访民众普遍认为台湾和中共为分开的主权国家，且多表示如果中国非以和平手段侵害台湾的自主，将遭受全球挞伐。
民国九十五年一月廿四日(2006.1.24)
陆委会吴钊燮主委表示，中国仍然坚持刻意回避与我政府间的互动，企图排除我政府公权力的介入，并对特定两岸交流议题协商进行点的突破，以展开对我「去政府化」、「去公权力化」的攻势，进而达到「两岸议题国内化」、「台湾地位港澳化」的策略目的。
民国九十五年一月廿四日(2006.1.24)
陆委会发出新闻稿表示，去年3 月中共通过「反分裂国家法」，企图将武力犯台予以合法化，片面改变两岸现状，造成台海紧张情势升高，这是过去1年两岸关系无法顺利开展的主要原因。中共在实际作法上，仍然坚持其刻意回避与我政府间的互动，企图排除我政府公权力的介入，并对特定两岸交流议题协商进行点的突破，以展开对我「去政府化」、「去公权力化」的攻势，进而达到「两岸议题国内化」、 台湾地位港澳化」的策略目的。
民国九十五年一月廿五日(2006.1.25)
第一艘获农委会核准的两岸渔民接驳船旺泰腾号，载50名大陆船员返回福建等地区过春节。
民国九十五年一月廿七日(2006.1.27)
陆委会表示，所属「中华发展基金」95年度之预算，全数删除国库拨补收入3,610万2千元，已严重影响今年两岸交流活动。
民国九十五年一月廿八日(2006.1.28)
台湾争取出席世界卫生大会提案，遭中共围堵，世界卫生组织秘书处以不符合执委会议事规则为由，未列入执委会议程。
民国九十五年二月三日(2006.2.3)
海峡两岸警方联手行动，起出近60公斤海洛因，破获一起特大毒品走私案。
民国九十五年二月七日(2006.2.7)
二００六年两岸春节包机结束。两岸各六家航空公司的一百四十四个航班共搭载台胞二万七千三百九十七人，搭载率八成一。其中台湾公司搭载一万四千八百五十六人，搭载率为九成；大陆公司搭载一万二千五百四十一人，搭载率七成三。
民国九十五年二月八日(2006.2.8)
中共海峡两岸航空运输交流委员会副理事长浦照洲表示，希望两岸有关民间行业组织尽快按既有模式就两岸客运包机的节日化、周末化、常态化和货运包机问题一并商谈，达成共识，作出安排，同步实施。
民国九十五年二月十二日(2006.2.12)
陆委会吴钊燮主委接受电视专访时表示，台湾有多项独步全球的农业科技被大陆有心人士窃取，而日前中共国家主席胡锦涛更要求台商一个月要有一个新品种、新技术到福建，此举将摧毁台湾农业，因此，政府必须从事积极管理，才是真正维护台湾农业与农民权益的务实作法。
民国九十五年二月十三日(2006.2.13)
中共商务部13日公告，决定终止对原产於美国、泰国、韩国和台湾地区的进口未漂白牛皮箱纸板徵收反倾销税。
民国九十五年二月十五日(2006.2.15)
据金马港务处统计显示，95年金厦春运期间，旅客进出两岸48937人次，较去年同时增加1万1千多人次，成长达三成一。
民国九十五年二月十五日(2006.2.15)
中共海峡两岸关系协会致函台湾海峡交流基金会，对孙运璿逝世深表哀悼。
民国九十五年二月十五日(2006.2.15)
中共中央台湾工作办公室、国务院台湾事务办公室主任陈云林致电俞蕙萱女士对孙运璿先生逝世表示深切哀悼。
民国九十五年二月十五日(2006.2.15)
中共国家旅游局统计显示，2005年大陆共接待台湾同胞411万人次，台湾作为大陆重要旅游客源地的地位不断增强。与此同时，大陆同胞赴台人数达16万人次。
民国九十五年二月十五日(2006.2.15)
中共国家旅游局局长邵琪伟在第九届海峡两岸旅行业联谊会开幕式上呼吁，海峡两岸共同努力，构建「双向互动，管道畅通，机制健全，有序发展，相互扶持，合作共赢」的两岸新型旅游合作框架。
民国九十五年二月十五日(2006.2.15)
中共国台办交流局局长戴肖峰表示，欢迎台湾各旅游行业民间组织与大陆旅游行业民间组织就一些技术问题逐一进行先期磋商，以便两岸有代表性的旅游民间组织之间能够早日举行正式的商谈。
民国九十五年二月廿一日(2006.2.21)
立法院国民党团曾永权执行长及朱凤芝委员至陆委会拜会，陆委会刘德勳副主委代表接待，并强调我方已於2002年开放第二、三类大陆地区人民来台观光，并公布相关政策方案及许可办法；反观大陆方面已公布其人民可以赴境外观光之国家（地区）已达到81个之多，但是迄今仍未将台湾列为准许大陆居民观光之地点，也未公布相关办法，因此，无论在法规或申请程序等技术面，大陆方面显然尚未准备好。
民国九十五年二月廿二日(2006.2.22)
陆委会发布新闻稿表示，有关两岸协商推动客货运包机及开放大陆人民来台观光等议题，是政府的既定政策，其中开放大陆人民来台观光部分，我方早在两年前即已完成开放方案规划并公布许可办法，更一再呼吁中共方面尽早与我进行协商，充分显示我方一贯的基本态度，然而国台办负责人宣称「近期」将公布相关管理办法，实际上是延宕已久的作为，我们对中共方面是否仍停留在光说不练，以及是否真有诚意与我协商，仍会做持续的观察。
民国九十五年二月廿二日(2006.2.22)
中台办主任陈云林会见中国国民党政策会执行长曾永权一行时表示，希望两岸民间航空行业组织能够尽快按既有模式，就两岸客运包机的节日化、常态化和货运包机问题进行商谈；愿与主张发展两岸关系的民进党人士，就两岸客货运包机和大陆居民赴台旅游交换意见，共同推动；国家旅游局等部门研拟的《大陆居民团体赴台湾地区旅游管理办法》将於近期公布 。
民国九十五年二月廿四日(2006.2.24)
经济部国贸局表示，去年台湾对中国大陆贸易总额为717亿美元，贸易顺差318.45亿美元。
民国九十五年二月廿七日(2006.2.27)
陆委会根据去（94）年陆委会及各界所作有关两岸关系之民意调查结果进行综合分析显示，大多数民众仍期待两岸关系朝稳定与和平方向发展，赞同政府在维护国家安全及利益的原则下，推动两岸间各项领域的交流。至於国内各政党或民间团体与中国大陆交流时，绝大多数民众认为仍应遵守政府法令、优先维护台湾的整体利益。
民国九十五年二月廿七日(2006.2.27)
行政院海岸巡防署针对94年1至12月份各机关联合查缉大陆偷渡犯执行成效，计查获偷渡犯罪案件744件、缉获大陆偷渡犯1069人（男性887人、女性182人）、涉案国人347人，其中侦破计画性偷渡案件6件、组织性偷渡仲介与色情集团案件3件。
民国九十五年二月廿七日(2006.2.27)
内政部警政署自94年7月1日至12月31日止查处大陆人民来台从事非法行为专案，报告指出，对大陆人民违法、违规行为计获案6831人，其中大陆人民4951人（包括偷渡入境者531人、逾停居留期限者860人、非法工作或活动者2205人、虚伪结婚者478人等），涉案国人1880人，并查获仲介非法入境、仲介虚伪结婚入境、色情经营等组织性集团性案件52案。
民国九十五年三月二日(2006.3.2)
经济部贸调会针对大陆毛巾低价行为，依WTO特别防卫措施召开首场听证会，中国商务部官员等七人抵台出席听证会。
民国九十五年三月五日(2006.3.5)
行政院主计处公布最新统计数字，去年台湾与大陆（不含香港）的贸易总额达717亿美元，其中台湾对大陆出口金额518亿美元、进口199亿美元，台湾约有319亿美元贸易顺差，较上年增加35亿美元。
民国九十五年三月六日(2006.3.6)
国策院公布「反分裂法一周年」民调数据显示，高达87.1%受访民众认为台湾前途应由台湾2300万人民决定。
民国九十五年三月八日(2006.3.8)
中共商务部进出口公平贸易局有关负责人表示，大陆方面注意到，继2005年9月26日台湾地区公告对大陆毛巾发起特保调查後，2006年3月1日，台湾当局又宣布对大陆毛巾进行反倾销调查。我们认为，随著两岸经贸关系的不断发展，贸易摩擦的出现是正常的，应当而且可以通过协商解决。
民国九十五年三月八日(2006.3.8)
海峡交流基会公布一项民调结果显示，在台湾前途的问题上，33.1%受访者主张台湾独立，比例比主张维持现状的26.8%还高。
民国九十五年三月九日(2006.3.9)
陈总统主持「因应禽流感可能入侵防治对策」第三次高层会议并裁示，政府除应加强对中国大陆疫情资讯的蒐研及严密监测之外，尤应再郑重呼吁国际社会力促中国政府，尽速将疫情完全透明化，以防止相关疫情演变成人传人大规模流行的空前灾难。对於国境的管制，特别是杜绝对岸走私禽鸟、防止中国渔船越界入侵、严格查缉偷渡犯罪活动、以及金马两地小三通检疫工作等，为当前防疫工作的关键，各相关权责机关务必要严加把关。
民国九十五年三月九日(2006.3.9)
陆委会发言人刘德勳指出，大陆中央电影集团投资的年度大片「云水谣」，该案的申请理由是希望来台拍摄当年228事件的场景，不过这部分「其实在台湾不可能找到」，相关场景其实在大陆均已拍摄，境管局联审会认为「不需要」，因此驳回申请。
民国九十五年三月九日(2006.3.9)
WHO官方网页发生将台湾列入禽流感疫情传播地区的错误，经台湾方面强烈抗议与沟通後，终於13日由WHO更新网站地区资讯。
民国九十五年三月十日(2006.3.10)
陆委会吴钊燮主委出席行政院新闻局举行的「台湾经济永续成长会议」表示，陆委会将尽速提出积极管理机制，建立两岸经贸秩序，在现有架构下，让两岸资金、人员、技术等方面，更有秩序。有关两岸直航，他表示，最重要是启动协商，协商无法启动，直航推动有困难。
民国九十五年三月十日(2006.3.10)
陆委会发布新闻稿指出，监於近期发生数起大陆地区影、视演艺界人士申请来台活动，所衍生「得否接受采访及从事宣传活动」等相关争议性问题，实系肇因於两岸交流日趋频密，现行法规已无法完全涵盖民间新的交流需求。对此，有必要重新检视相关法规，以因应两岸间新的交流趋势。
民国九十五年三月十一日(2006.3.11)
彰化县三山国王庙的三百多名信徒，搭乘金门快轮自台中港启航，依小三通模式前往广东进香，开启台中港的小三通航线。
民国九十五年三月十二日(2006.3.12)
陆委会吴钊燮主委接受中央通讯社专访时表示，为回应中国提出「接触铁杆泛绿」说，他愿在不设任何前提下，受邀前往中国访问，希望中国早日回应。他并认为，「铁杆策略」有两大著眼点，一是分化泛绿内部，二是做为国际的软性诉求，假意对台释出善意，将是中国下波国际文宣的重点。
民国九十五年三月十三日(2006.3.13)
陆委会吴钊燮主委指出，金马试行人民币与台币兑换以来，出现严重失衡，与央行当初预估情况有明显落差；两岸除应先签订货币清算协定，还得持续观察金马试办情况，作为开放台湾本岛兑换的依据。
民国九十五年三月十四日(2006.3.14)
行政院长苏贞昌表示，大陆艺人的宣传活动可以视为商业行为，并可以研究放宽相关规定。陆委会举行跨部会会议，确立放宽大陆艺人赴台限制，新闻局长郑文灿表示，大陆演艺人士赴台，基於节目映演的需要，在必要合理的范围内，将适度放宽，以利两岸交流的需要。
民国九十五年三月十六日(2006.3.16)
陆委会吴钊燮主委表示，一旦台湾民众取得中国身分证，将丧失具有台湾身分的权利；另外，两岸条例也规定，「因台湾地区人民身分所负的责任及义务（兵役、纳税等），不因而丧失或免除」。
民国九十五年三月十六日(2006.3.16)
陆委会发布新闻稿指出，未来成立移民署後，面谈机制应会更加落实，目前对於外籍配偶亦有面谈措施，殊无针对大陆配偶降低管理密度，改为抽验之理，同时若国境线上未及采行较具效能的管理，改以入境後抽验之管理措施，庞大人力物力投入查察，执行成本的配当应较不具效能。
民国九十五年三月十六日(2006.3.16)
海巡署缉获一起「假渔工、真偷渡」案，逮捕到58位持伪造身分证的大陆居民，企图偷渡来台。
民国九十五年三月十七日(2006.3.17)
经济部贸易调查委员会认定大陆进口毛巾采行进口救济及反倾销调查的产业损失成立，大陆进口毛巾确实对台湾毛巾产业造成市场扰乱及实质损害。
民国九十五年三月十七日(2006.3.17)
关於欧盟对大陆鞋类产品提出反倾销指控，两岸鞋厂将进行抗辩大作战。七家大陆台商鞋厂不仅成立欧盟对华鞋产品反倾销应对联盟，台湾制鞋公会亦以具体行动，声援大陆台商鞋厂抗辩欧盟反倾销的指控。
民国九十五年三月十八日(2006.3.18)
陆委会指出，政府於93年3月1日修正公布两岸条例第9条之1，即明订台湾地区人民在大陆设籍或持用中华人民共和国护照者，丧失台湾地区人民身分及相关权利，并由户政机关注销台湾地区户籍。
民国九十五年三月十八日(2006.3.18)
经济日报报导，世界贸易组织秘书处将公布中国贸易政策检讨报告，内容显示台湾去年对大陆贸易顺差达580亿美元，是大陆贸易逆差最大来源。
民国九十五年三月廿二日(2006.3.22)
陆委会会同内政部、交通部、经济部、农委会、金管会等相关机关主管在陆委会举行临时记者会，共同宣布「两岸经贸『积极管理、有效开放』配套机制」，进一步完整配套机制将在六月底完成。
民国九十五年三月廿二日(2006.3.22)
大陆商务部公告，初步裁定原产日本、台湾地区的PBT树脂存在倾销，并决定进行反倾销调查。
民国九十五年三月廿三日(2006.3.23)
陈总统在最新一期「阿扁总统电子报」，诚挚呼吁中国大陆领导人将大猫熊留在原来栖息地，赋与牠们像人类一般不可剥夺的生存权利。
民国九十五年三月廿三日(2006.3.23)
陈总统巡视南寮渔港新竹海巡队表示，目前威胁台湾治安的几个大问题，例如：毒品黑枪、人口贩卖、电话诈骗、大圈仔入侵，以及通缉要犯的潜逃藏匿等等，都与对岸的中国脱不了干系。
民国九十五年三月廿四日(2006.3.24)
行政院长苏贞昌表示，猫熊是国际级的保育类动物，是否让猫熊到台湾来，需依照台湾野生动物保育法的规定，由行政院农业委员会专业审查。也应遵守华盛顿公约规定。
民国九十五年三月廿八日(2006.3.28)
陆委会吴钊燮主委推介「台商投资实用手册」系列丛书，一套四册的丛书，包括：「台商大陆投资手册」、「大陆台商经营管理手册」、「大陆台商财税金融实务手册」及「大陆台商财经法令导览手册」。
民国九十五年三月廿八日(2006.3.28)
行政院农业委员会「大猫熊案专案审查小组」举行第3次审查会议决议，现阶段无法依野生动物保育法施行细则第26条第2项规定发给供申请人向中国申请输出国之出口许可证之文件。
民国九十五年三月卅一日(2006.3.31)
行政院长苏贞昌在立法院施政总质询时表示，同意两岸警局互签约定，为有利共同打击犯罪建立良好管道，落实拚治安的目标。
民国九十五年四月四日(2006.4.4)
交通部表示，金门县政府经规划建设，水头港区有关客运码头、设施及旅客通关大楼等各项设备均已备齐，并於94年11月7日正式启用，获行政院同意，指定水头港区为离岛通航客运港口。
民国九十五年四月四日(2006.4.4)
中新社报导，大陆、香港、台湾三地海关联手合作，破获市值约合新台币3200多万元毒品走私案。
民国九十五年四月六日(2006.4.6)
台资人力资源企业1111人力银行公布针对上海、浙江、江苏等华东省份主要高校学生的就业问卷调查结果显示，近9成学生表示愿意赴台就业或受训。
民国九十五年四月七日(2006.4.7)
陆委会刘德勳副主委在记者会表示，政府早已开放第一类大陆人士来台观光，但包括签证、证照等问题，仍需要两岸协商方能促成。中共对其他国家开放观光的议题上，都先经过协商。但大陆迟迟未开放其人民来台湾观光，甚至以行政命令加以限制。并指出，综观大陆开放台湾15项水果零关税输销措施，实际对台湾农民没有多大助益，我们盼望大陆方面自行完善「内部机制」，面对两岸农业回归「常态机制」，我们才能期待有良好的「市场机制」效果。
民国九十五年四月十一日(2006.4.11)
经济部贸易调查委员会（贸委会）召开第52次委员会议，就「云林县毛巾产业科技发展协会申请对自大陆进口毛巾采行大陆货品进口救济措施暨临时措施案」拟采行之进口救济措施建议进行审议，决议采行提高关税之进口救济措施建议。
民国九十五年四月十二日(2006.4.12)
台湾媒体申请采访国民党荣誉主席连战参访大陆遭中国政府封杀，台湾新闻记者协会发表声明，严正谴责中国长期打压新闻采访自由的非民主作法。
民国九十五年四月十二日(2006.4.12)
行政院长苏贞昌在院会表示，两岸货运包机、节日包机制度化或周末包机等，只要经过双方协商，做出适当安排，都可以持开放的态度，不排除任何可能性。
民国九十五年四月十三日(2006.4.13)
据中国时报报导，陈水扁总统透露，国际危机组织为邀请中国加入并在北京成立办事处，将改变台湾与会名称和担任理事的名衔。
民国九十五年四月十四日(2006.4.14)
首届国共经贸论坛在大陆北京举行，50家以上的台湾企业参与。陆委会吴钊燮主委 表示，政府对此会关心但不会忧虑，且台商在两岸之间，可以扮演著正面的互动角色。
民国九十五年四月十四日(2006.4.14)
行政院大陆委员会发布民意调查结果显示，有高达76.6％的民众赞同「台湾是一个主权独立的国家」。另有高达84.3%民众主张台湾的未来「由台湾人民自己决定」。
民国九十五年四月十四日(2006.4.14)
经济部国际贸易局表示，有关报载我高精度工作母机可能出口至中国大陆後被转作军事用途事，该局刻正从相关单位与资讯查证可能涉及之确切出口货品及交易个案。该局另针对去（94）年至今所有输往中国大陆之综合加工机、切削金属用车床、车削综合加工机之出口厂商进行稽查，将於近日内进一步根据出口厂商提供之高精度工作母机出口後之管控资料，查证是否有违法使用情况。
民国九十五年四月十四日(2006.4.14)
经济部贸易调查委员会终判，决定对大陆进口毛巾由现行的从价课税改为从量课税，税率为每公斤42元（相当於60%税率），这项关税只限第一年，之後逐年下降。
民国九十五年四月十五日(2006.4.15)
农委会表示，中共中央台办宣布对台湾农产品销中七项措施，在不违反相关法令及危害国家安全之前提下，对台湾农民有利之措施，该会均乐观其成，惟将来两岸农业互动交流，在台湾农产品在中国遭仿冒、知名产地标章产品被注册登录，以及其他品种、技术之智慧财产权受到窃取，中国应释出善意予以解决，始能真正惠及台湾农民。
民国九十五年四月十七日(2006.4.17)
陆委会吴钊燮主委表示，中国在国共经贸论坛提出15项政策措施，许多农渔类措施的实质效益有限，政府有必要让民众理解，中国许多措施仅具宣传意义，更是「新瓶装旧酒」。
民国九十五年四月十九日(2006.4.19)
行政院长苏贞昌在行政院会表示，国共论坛的共识，只要对台湾有利，不必因人废言，可以全盘考量推动，但推动时仍要依据台湾主体性的原则；对於国民党与共产党的 两岸经贸论坛，政府视为两个政党的民间交流活动，对於政府的政策并没有法律上的效力，但相关部门仍要依法行政，主动规划推动。
民国九十五年四月十九日(2006.4.19)
中共加入世贸组织四年後，首度在4月19至21日在瑞士日内瓦召开贸易政策检讨会议。WTO提出的大陆贸易政策检讨报告中，亦详述两岸经贸关系。
民国九十五年四月十九日(2006.4.19)
农委会副主委李健全表示，农委会设计的台湾水果「产地标章」即将出炉，将於一个月内与省农会协调後，委由省农会前往大陆注册。
民国九十五年四月十九日(2006.4.19)
在中华民国红十字会总会人员见证下，大陆方面在马祖接返偷渡犯153人。
民国九十五年四月廿日(2006.4.20)
苏院长出席台湾产经建研社社员大会时表示，政府四年前就已宣布开放大陆观光客来台，是中国政府设立门槛，一直到今天都没有将台湾列入中国国民出国观光的地方，台湾方面早有变通方法，欢迎第二类第三类的大陆观光客来台，但是大陆不开放第一类没有限制的观光客来台旅游。
民国九十五年四月廿四日(2006.4.24)
法务部於陆委会第169次委员会议提报「加强查处大陆地区来台人民非法行为」专案工作报告，报告指出，据该部自90年起至94年底止之统计资料，大陆地区人民来台所为非法行为，涉及刑事案件之态样甚多，包括公共危险罪、伪造文书印文罪、妨害性自主罪、妨害风化罪、赌博罪、杀人罪、伤害罪、妨害自由罪、窃盗罪、惩治走私条例、毒品危害防制条例、渔业法、就业服务法、国家安全法、台湾地区与大陆地区人民关系条例、个人资料保护法、入出国及移民法、其他案由案件等，总计18种犯罪类型。
民国九十五年四月廿四日(2006.4.24)
陆委会於委员会议提出「加强金马小三通防检疫防范禽流感入侵工作」报告，报告指出，为加强金马小三通入境检疫及旅客中转本岛，相关机关已建立「6道防线之联合防检疫机制」。另农委会为查验旅客是否携带大陆动植物及产品入境，於金门水头港更配有检疫犬协助旅客行李检查。同时相关机关对健康异常旅客及当地候鸟监测皆已建立处置机制；海巡署并专案执行「晴空专案」加强金马海域巡查，加强查缉走私及偷渡等违法情事。
民国九十五年四月廿四日(2006.4.24)
陆委会主任秘书詹志宏参加国民党立院党团座谈会时表示，依现行法令规定，两岸政府必须签署货币清算协定，各金融机构才能全面实施人民币兑换业务，陆委会希望在6个月内完成，如果无法如期完成，为配合未来开放大陆人士直接来台观光，基於便利性的考量，陆委会将会同相关单位研拟配套，在不违法情况下，开放定点兑换人民币。
民国九十五年四月廿五日(2006.4.25)
陆委会副主委刘德勳表示，实施小三通是提供金、马与台湾人民往返两岸的便利管道，增辟金门与泉州航线，展现政府以务实态度处理小三通事务的一贯作为；未来政府将秉持「台湾主体性」、「政策主动性」原则，持续推动落实小三通政策。
民国九十五年四月廿五日(2006.4.25)
由於近期海基会接获多件我方人民指控大陆苏家屯地下集中营及其他集中营、劳教所、监狱摘除法轮功学员活体器官牟利，并就地焚屍灭迹等不法情事之陈情案件，海基会致函大陆海协会，请海协会协调大陆有关单位查明案情，严惩涉及本案不法人员，以维护基本人权。
民国九十五年四月廿五日(2006.4.25)
高雄市「三星旅行社」组团赴福建省武夷山旅游之旅行团，因车辆失控坠山，造成5人身受重伤，另22位团员轻伤。海基会接获相关讯息後，除协请漳州台商协会就近探视照料，并协助重伤者转厦门中山医院继续治疗。
民国九十五年四月廿六日(2006.4.26)
针对日前在福建省漳州市发生车祸受重伤之4位台湾游客，海基会致函大陆海协会，请该会同意海基会派员陪同伤者家属前往协助处理相关医疗事宜。惟经多方联系，直到家属自金门出发前往大陆之前，海协会仍未对海基会人员陪同前往一事做出任何正面之回应。
民国九十五年四月廿六日(2006.4.26)
经济部国际贸易局召开开放大陆物品输入审查会议，邀请农委会、环保署、关税总局、海关、工业局及相关产业公会，共同针对厂商及公会建议开放进口之大陆物品项目进行审查，初步同意开放：复合铁钛粉（防锈颜料）、溴甲烷（溴化甲烷）、汽车安全气囊控制器、电脑排线（适用电压150伏特者）等5项货品。
民国九十五年四月廿七日(2006.4.27)
陆委会及经济部同步宣布开放低阶半导体封测及小尺寸面板赴大陆投资，陆委会吴钊燮主委表示，该政策经过行政院和国安会讨论，相关首长已有共识，并与关心人士在事前做过充分谘询。经济部表示，「低阶半导体封装测试」及「四寸以下面板中段制程」自4月28日自原列禁止赴中国大陆投资项目改为一般类项目。
民国九十五年四月廿八日(2006.4.28)
行政院卫生署疾病管制局4月27日接获中国疾病预防控制中心传真通知，中国四川省确诊1例人类感染禽流感病毒病例。
民国九十五年四月廿八日(2006.4.28)
经济部国贸局公布，本（95）年1至2月份我对中国大陆贸易总额为123.88亿美元，较上年同期成长18.8％，占我同期对外贸易总额19.7％，比重较上年同期增加0.7个百分点。
民国九十五年四月廿八日(2006.4.28)
广东省公安机关依据金门协议，将日前抓获张锡铭集团成员唐荣宏遗返台湾。
民国九十五年四月廿九日(2006.4.29)
海地总统就职典礼订於本（95）年5月14日举行，中国再度藉联合国驻海地维和部队续延要胁海地，并透过国际社会介入施压，蛮横阻扰苏院长出席5月14日举行之海地新任总统就职典礼，再次打压我国际活动空间，外交部严正表达强烈不满。
民国九十五年四月卅日(2006.4.30)
行政院长苏贞昌视察「台湾兰花生技园区」接受媒体询问时，强烈抨击中国打压台湾无所不用其极，致无法顺利出访向友邦海地祝贺。
民国九十五年五月一日(2006.5.1)
内政部警政署：公告修正「大陆地区人民申请进入金门马祖送件须知」。
民国九十五年五月一日(2006.5.1)
内政部警政署：修正「试办金门马祖与大陆地区通航人员入出境作业规定」。自5月1日起，金马旅台乡亲「不必组团」，得往返小三通自由行。金门旅台乡亲配偶、直系亲属，二亲等旁系血亲与配偶、未成年子女，得同行纳入适用范围；但如具有公务员身分，不在开放适用范围内。
民国九十五年五月一日(2006.5.1)
中共国家质检总局公告，从5月1日起，台湾水果检验检疫准入大陆市场的品种正式由18种扩大到22种，同时正式开放11种台湾主要蔬菜品种检验检疫准入并实行零关税。同时，正式允许台湾渔船自捕的水产品输往福建，参照中国大陆自捕渔船做法，凭公海捕鱼许可证、贸易合同、发票等资料向检验检疫部门报检，不再要求提供台湾主管部门出具的卫生证书。
民国九十五年五月三日(2006.5.3)
外交部发言人吕庆龙在记者会表示，中国连台湾在非政府组织，如红十字会及其它NGO的参与均不断予以打压，根本无助於改善两岸的关系。
民国九十五年五月三日(2006.5.3)
经济部自即日起开放大陆产制CCC2903.30.90.21-4「溴甲烷（溴化甲烷）」等5项货品准许输入。
民国九十五年五月四日(2006.5.4)
陆委会法政处长杨家骏受访指出，近两个月来，执行5梯次的遣返中国偷渡犯作业，执行率创近10年来新高。另外，各地靖庐目前仍有689名中国偷渡犯等待遣返。
民国九十五年五月五日(2006.5.5)
甘比亚等友邦联名致函联合国大会主席及联合国秘书长协助转达我「终统」立场後，中国驻联合国常任代表王光亚亦致函联合国秘书长重弹「一中」滥调，指责我国「终统」为加速推动台独，挑衅台海和平，制造两岸紧张关系。外交部认为王某所言与事实相反，爰提出严正说明。
民国九十五年五月五日(2006.5.5)
中共国台办副主任兼海协会副会长孙亚夫表示，前商务部副部长安民已接任海协会副会长。
民国九十五年五月九日(2006.5.9)
卫生署药物食品检验局最近整理完成一批大陆药品之检验，结果发现民众经小三通入境通关时被警方查扣之34件大陆药品检体，均检出壮阳药或镇静剂、局部麻醉剂等西药成分。卫生署郑重呼吁民众，赴大陆地区不要再购买标示不清、用途不当之大陆药品。
民国九十五年五月九日(2006.5.9)
大陆海峡两岸信息产业大陆代表团团长、信息产业部副部长蒋耀平赴台参加「第二届海峡两岸信息产业技术标准论坛」。
民国九十五年五月十日(2006.5.10)
5月18日开幕的第八届海峡两岸经贸交易会将首次举办「澎湖日」主题活动，组织澎湖展馆，举行「福州—澎湖交流合作座谈会」。
民国九十五年五月十一日(2006.5.11)
台湾南投县议会与南京市人大常委会在南京签署《关於建立交流合作关系的协议》，正式建立经常化的交流联系渠道。南京市人大与南投县议会签署的协议，是江苏地方人大常委会继无锡市与台湾台东县议会签订此类协议後签订第二个协议。
民国九十五年五月十七日(2006.5.17)
陆委会发出新闻稿指出，我方对於推动两岸货客运包机、促成大陆开放人民来台观光，以及大陆有意输入台湾农产品等议题，都已委托相关团体与大陆指定之对象，进行沟通联系，并获得一定成果。但是，中共方面却只见汲汲於口头宣传，却未见积极从事协商的作为。陆委会呼吁，中共方面若真有诚意，就应该尊重并尽速透过双方各自指定之窗口，具体回应我方建议，积极展开两岸相关议题协商的安排。
民国九十五年五月十七日(2006.5.17)
国务院台办经济局副局长刘军川在国台办新闻发布会指出，台湾「陆委会」和海基会的人员不宜参加两岸民间团体就台湾农渔产品输入大陆实施零关税相关技术性问题进行的协商。
民国九十五年五月廿日(2006.5.20)
台湾许多地名被中国抢注商标，对国内业者商机造成击冲，经济部智慧财产局局长蔡练生将於本月23日赴北京访问，并与中国商标局等相关部门官员商谈。
民国九十五年五月廿三日(2006.5.23)
中共资讯产业部副部长蒋耀平表示，去年海峡两岸「通话」时间近20亿分钟，平均每天540多万分钟。
民国九十五年五月廿三日(2006.5.23)
大陆执行海峡两岸双向遣返任务的新「海峡号」穿浪双体工作船正式启用。中共国台办副主任李炳才表示，乐见两岸有关方面进一步加强合作，共同打击「蛇头」，有效解决两岸不法分子利用私渡进行犯罪问题，共同营造海峡两岸的良好氛围。
民国九十五年五月廿五日(2006.5.25)
海基会秘书长游盈隆表示，海基会筹办的「九十五年大陆台商协会端午节座谈联谊活动」将在6月1日在台北君悦饭店举行，将有包括150余位中国大陆各地台商协会会长及重要干部、台商代表，以及财经法律顾问团等工作人员，共200多位人士参与。
民国九十五年六月六日(2006.6.6)
经济部智慧财产局局长蔡练生表示，对於台湾农产品遭大陆抢注的问题，阿里山茶的名称应可望收回，而8件遭抢注商标的正牌业者要求撤销案，请业者再提供充分举证，且补充理由，大陆官方承诺一年内完成审查，且多数可望顺利撤销。
民国九十五年六月六日(2006.6.6)
大陆中华全国归国华侨联合会与台湾侨联总会共同主办「和平与发展论坛」。这是两岸侨联组织的首次正式接触。
民国九十五年六月九日(2006.6.9)
香港入境事务处公布，自6月12日起，持有有效《台湾居民来往大陆通行证》和有效内地入出境签注的台湾居民，如符合一般入境规定，可以访客身份在香港逗留最多7天。
民国九十五年六月十四日(2006.6.14)
我对外贸易发展协会（贸协）邀请18位台湾省地方农会负责人和业者在贸协北京办事处，与大陆农产品零售业者、农产进出口公司面对面洽谈，协商购买台湾水果、蔬菜具体事宜。
民国九十五年六月十七日(2006.6.17)
海峡两岸青年领袖圆桌会议暨《 两岸青年交流与合作愿景》签约仪式在福州举行，共同探讨海峡论坛发展方向以及海峡两岸青年合作交流前景。
民国九十五年六月十八日(2006.6.18)
福建泉州石井港开通至澎湖马公港的货运航线，并举行首航仪式，这也是大陆货运首次直航澎湖。
民国九十五年六月廿日(2006.6.20)
陆委会为维持补助大陆研究生来台研究计画，向民间单位募得新台币220万元，今年将如期办理，预计录取32名大陆研究生来台。
民国九十五年六月廿二日(2006.6.22)
台海两岸就大陆毛巾进口特别防卫措施（进口救济）举行双边谘商，这也是2002年底以来，两岸在世界贸易组织（WTO）架构下的第一次正式谘商。
民国九十五年六月廿三日(2006.6.23)
海峡两岸12家航空公司负责人在北京进行联谊，达成两项共识。一、当前应加紧落实节日包机和专案包机的框架性安排；二、应进一步推进包机周末化、常态化，以及货运包机便捷化，继续为推进实现全面、直接、双向空中直航而努力。
民国九十五年六月廿三日(2006.6.23)
WTO公布「台湾、澎湖、金门、马祖单独关税区」加入WTO以来的首份有关台北贸易政策的审议报告，该报告称，两岸贸易对台湾经济的重要性与日俱增，台湾当局有必要进一步放松对两岸交通的限制，以促进两岸贸易增长。
民国九十五年六月廿四日(2006.6.24)
大陆首次在澎湖举办的商品展销会─福建优良家庭用品礼品展销会24日至26日在澎湖举办。
民国九十五年六月廿五日(2006.6.25)
110吨的台湾香蕉运抵厦门海天码头。
民国九十五年六月廿六日(2006.6.26)
陆委会指出，政府应利用金马地处两岸中介地理优势及相关法令授予金马之有利条件，进一步完善就学环境，鼓励台商子女返金马就学，提供台商子女返台就学的新模式，并研究可开放福建台资企业之大陆籍干部至金门就读推广教育，协助大陆台资企业发展。
民国九十五年六月廿六日(2006.6.26)
海峡两岸产业市场论坛於26到29日在广西南宁举行，此次论坛旨在总结两岸经贸合作的最新成果，深化两岸经贸交流合作机制，探索两岸产业共同市场的形成条件，增强两岸经贸合作的社会功能和经济效益，进一步促进桂台经贸交流合作的深度和规模。
民国九十五年六月廿七日(2006.6.27)
国际SOS与中国金鹿公务机公司共同宣布，启动海峡两岸医疗救援直飞包机业务。
民国九十五年六月廿九日(2006.6.29)
国贸局发布两岸贸易统计指出，今年累计至四月台湾对大陆顺差已破百亿美元，达120亿美元，创历年同期新高。
民国九十五年七月一日(2006.7.1)
中共国台办和中华全国新闻工作者协会共同主办两岸记者青藏行联合采访活动。参加此次活动的大陆和台湾记者各14人。
民国九十五年七月七日(2006.7.7)
陆委会副主委刘德勳表示，投资所在地有责任协助解决台商的融资问题，中共当局应以常态机制解决问题，不该用选择性的方式解决，也不需要与台湾任何政治人物的活动挂勾。
民国九十五年七月七日(2006.7.7)
交通部公布6项两岸货客专案包机申请作业程序，且自即日生效，包含国籍及大陆籍航空公司申请飞航两岸专案货运包机作业程序、国籍及大陆籍航空公司申请飞航两岸节日客运包机作业程序及国籍及大陆籍航空公司申请飞航两岸「紧急医疗包机」及「特定人道包机」作业程序。
民国九十五年七月十九日(2006.7.19)
两岸首架专案货运包机於19日晚从台北飞往上海。
民国九十五年七月卅一日(2006.7.31)
陆委会於委员会议提出，两岸条例第9条修正案关於简任十职等及警监四阶以下未涉及国家安全机密之公务员及警察人员赴大陆地区，业经修正公布之报告。依该报告，全案将俟行政院订定修正条文施行日期，并核定内政部会同相关机关拟订作业要点後，由内政部发布实施。
民国九十五年七月卅一日(2006.7.31)
陆委会委员会议通过由内政部提报之「大陆地区人民及香港澳门居民入出境许可证件规费收费标准」第6条修正案，恢复免收证照费用之措施。
民国九十五年八月二日(2006.8.2)
国民党智库国家政策基金会宣布，预定10月13日到18日，在台北召开「两岸农业合作论坛」，并邀请中共国台办主任陈云林来台与会。
民国九十五年八月二日(2006.8.2)
中台办发言人接受记者采访表示，根据国共两党的共识，双方共同举办的论坛，原则上在大陆和台湾轮流举行。因此双方商定，这次两岸农业合作论坛安排在台北举行。
民国九十五年八月二日(2006.8.2)
中共商务部统计，2006年1至6月，大陆方面共批准台资项目1743项，合同利用台资55.2亿美元，实际利用台资10.34亿美元；两岸间接贸易额达502亿美元，大陆对台出口95.7亿美元，大陆自台进口406.3亿美元。
民国九十五年八月二日(2006.8.2)
2001年1月至今年6月，福建沿海地区与台湾金门、马祖、澎湖间的海上客运直航航线累计运送旅客153.96万人次，双方船舶共营运12831航次。
民国九十五年八月三日(2006.8.3)
陆委会副主委刘德勳表示，中共中央台办主任陈云林来台，将涉及两岸 政府高层交流，政府会以「事前磋商」、「相互尊重」的原则，依法审理。
民国九十五年八月四日(2006.8.4)
陆委会吴钊燮主委表示﹐陈云林如果来台，事前需谘商行程，双方以相互尊重为原则。吴主委表示，行政院长苏贞昌前日已针对陈云林来台一事表示，两岸互动应互惠、对等、彼此尊重；如果陈云林要搞统战，那就不必费事了。
民国九十五年八月六日(2006.8.6)
外交部召开紧急记者会，宣布因获悉查德密谋与中国建交，我国正式终止与查德外交关系，行政院苏院长原订访问查德的行程也被迫取消。
民国九十五年八月廿一日(2006.8.21)
中国国民党正式向内政部境管局提出中共中央台办主任陈云林等一行66人来台参加「两岸农业合作论坛」的申请。
民国九十五年八月廿三日(2006.8.23)
行政院长苏贞昌表示，台湾各港口的岸置处所、原船安置及「海上船屋」常有中国大陆船员脱逃、鼓噪对抗公权力情事发生，影响治安或衍生海难事件，应强化管理机制。
民国九十五年八月廿七日(2006.8.27)
「台湾海峡两岸观光旅游协会」在台北举行捐助人会议，交通部观光局局长许文圣被推举为董事长（对外称会长），将受政府委托，与大陆协商大陆人士来台观光事宜。
民国九十五年八月廿九日(2006.8.29)
针对中共官方媒体以「海协会发言人」的名义，刊出海协会对於中共国台办主任陈云林有意申请入境台湾一事的看法，陆委会再次透过海基会去函海协会，以确认中共当局的真正意见，并再度邀请中共方面直接派员来台进行磋商。
民国九十五年八月廿九日(2006.8.29)
经济部贸委会对自中国大陆进口之毛巾产品临时课徵反倾销税暨课徵反倾销税案，最终认定产业损害成立。
民国九十五年九月一日(2006.9.1)
针对中共国台办主任陈云林有意申请入境台湾一事，陆委会第三度透过海基会去函海协会，请海协会尽速转告中共有关单位，并函复中共当局的真正意见。
民国九十五年九月二日(2006.9.2)
国台办发言人李维一接受采访时指出，如果台湾方面同意陈云林赴台，双方就可以适当名义展开磋商，没有必要在回覆的形式上纠缠。
民国九十五年九月五日(2006.9.5)
对於陈云林等中共国台办官员有意申请来台一案，陆委会强调我方已三度透过海基会去函，洽请大陆海协会向中共明确转达我方立场与建议，但是迄今为止，我方依旧没有收到中共方面的回信。
民国九十五年九月七日(2006.9.7)
针对中共国台办主任陈云林等官员申请来台，内政部入出境管理局审查决定不予许可。陆委会副主委刘德勳表示，中共刻意回避事前与我政府联系、磋商，其作为已说明这件申请案对改善两岸关系及促进区域和平与稳定，并没有任何正面的意义。
民国九十五年九月八日(2006.9.8)
针对大陆将推动开放大陆人士赴台观光与周末包机同步协商、同步实施，陆委会副主委刘德勳表示，包括大陆人士来台观光及两岸包机两项议题，两岸各有授权的指定窗口联系与沟通，目前在正式管道中并无该项讯息。
刘副主委也表示，两岸是否开启新航路，我方始终没有排除，只要是经过双方正式协商，都可以做好相关安排。
民国九十五年九月十三日(2006.9.13)
陆委会指出，首件两岸紧急医疗包机申请案，已於本年9月12日向境管局提出申请。
民国九十五年九月十四日(2006.9.14)
陆委会表示，大陆演艺人士如葛优、章子怡申请来台从事电影或戏剧宣传活动，目的事业主管机关已依内政部最新之规定，同意其来台活动。
民国九十五年九月十九日(2006.9.19)
财政部自本（95）年6月1日起，对自中国大陆进口之毛巾产品课徵反倾销税，课徵期间5年
民国九十五年九月廿日(2006.9.20)
第二届两岸图书交易会於9月20日至24日在台北市世贸中心举行。
民国九十五年九月廿二日(2006.9.22)
陆委会最新民意调查显示，对於参与联合国，绝大多数（75.8%）的台湾民众赞成政府应该继续积极推动，且有70.5%的民众赞成以台湾的名义申请加入联合国。民调结果也显示，有66.3%的受访者赞成继续发展外交关系。
民国九十五年九月廿八日(2006.9.28)
陆委会中华发展基金办理96年度「杂志在大陆地区赠阅活动邮资补助」活动，开始接受各杂志社提出申请。
民国九十五年九月廿九日(2006.9.29)
陆委会副主委刘德勳表示，「台湾海峡两岸观光旅游协会」（台旅会）法定程序完成後，台旅会就取得法律效力，接下来就要看双方後续的沟通，我方仍希望年底前就大陆观光客来台取得具体进展。
民国九十五年十月二日(2006.10.2)
海基会举行「大陆配偶关怀专线启动仪式」，行政院长苏贞昌致词表示，大陆配偶关怀专线结合有限的政府力量及无限的民间力量，协助大陆配偶解决相关问题。
民国九十五年十月二日(2006.10.2)
大陆旅游团来台观光惊传重大车祸事故，5名中国旅客和一名台湾导游罹难，另有5人轻重伤。
行政院陆委会吴钊燮主委表示，陆委会在第一时间致电行政院长苏贞昌，包括陆委会、海基会、交通部等相关部会皆已派员前往处理。
民国九十五年十月三日(2006.10.3)
行政院陆委会发表新闻稿表示，大陆观光团发生车祸造成重大伤亡的不幸事件，深表遗憾，并对受伤大陆旅客及伤亡者家属表达最深切的关心及慰问之意。陆委会强调，相关单位会提供受伤者最好的医疗照护，并负起协助善後处理的责任。
民国九十五年十月四日(2006.10.4)
海基会董事长张俊雄在「2006大陆台商秋节联谊晚宴」时表示，海基会新一年未来的重点工作是协助台商回台投资，以行动响应苏揆的「大投资」施政理念。
民国九十五年十月四日(2006.10.4)
大陆观光客日前在南投发生车祸，26名协助处理善後的大陆家属及相关人士抵台。
民国九十五年十月九日(2006.10.9)
台北国际秋季电子展暨海峡两岸秋季电子展同时登场，40家大陆厂商来台参展。
民国九十五年十月十二日(2006.10.12)
行政院陆委会吴钊燮主指出，「财团法人台湾海峡两岸观光旅游协会（简称台旅会）」已正式运作，希望对岸尽速展开协商，让全面开放中国旅客来台早日实现。
民国九十五年十月十三日(2006.10.13)
行政院陆委会吴钊燮主委表示，陆委会除了关切法轮功在中国遭到迫害，也高度关切最近几项中国迫害人权的事件，包括藏人逃离中国暴政却遭武警射杀、中国维权律师遭逮捕及家庭教会及回教人士受迫害等事件，台湾希望和全世界一起促进、维护中国人权发展，让中国人权能达到文明社会的标准。
民国九十五年十月十三日(2006.10.13)
台湾海峡两岸观光旅游协会今天揭牌。台旅会会长许文圣表示，希望两岸尽速达成共识，让大陆旅客来台早日实现。
民国九十五年十月十五日(2006.10.15)
行政院农委会表示，民间团体拓展中国大陆市场，农委会乐观其成。
民国九十五年十月十六日(2006.10.16)
「两岸城市艺术节」之「北京周」在台北登场。
民国九十五年十月十八日(2006.10.18)
卫生署发布新闻稿表示，为加强进口大闸蟹之管理，拟加强管控措施。
民国九十五年十月廿日(2006.10.20)
行政院长苏贞昌在立院备询时强调，「两岸交流不能失去国格」，两岸谈判没有进展，「是对方的问题」，关键是中国方面的态度。
民国九十五年十一月一日(2006.11.1)
大陆旅游界代表500余人抵达台北参加台北旅游展。
民国九十五年十一月二日(2006.11.2)
行政院陆委会吴钊燮主委表示，「台湾海峡两岸观光旅游协会」已与对岸的「海峡两岸旅游交流协会」完成开放中国旅客来台观光的技术性事项磋商。
民国九十五年十一月三日(2006.11.3)
内政部警政署入出境管理局修正：「大陆地区人民申请进入台湾地区送件须知－配偶来台团聚」，并自95年12月1日起实施。
民国九十五年十一月五日(2006.11.5)
大陆2006年度报关员资格统一考试，有5名台湾籍考生在厦门考区首次参加考试。
民国九十五年十一月六日(2006.11.6)
首届「海峡两岸法学论坛」开幕。这是两岸首次举办的「部长级高峰会议」，双方合计超过10位前部长与会。
民国九十五年十一月七日(2006.11.7)
首届海峡两岸商标品牌论坛在厦门开幕。
民国九十五年十一月八日(2006.11.8)
内政部发布新闻稿表示，任职跨国企业之大陆员工因内部人员调动服务活动事由来台，其子女得以在台就学并取得学籍。
民国九十五年十一月八日(2006.11.8)
中央健康保险局订定「大陆人士参加健保後，其出境後再入境参加健保资格处理原则」，并自96年1月1日起生效。
民国九十五年十一月八日(2006.11.8)
海巡署举行金门区服务座谈会，与会民众要求海巡单位接获有关大陆渔民越界捕鱼的报案後，应立即派员处理，以争取时效。
民国九十五年十一月十四日(2006.11.14)
经济部成立「促进台商回台投资专案小组」，目的在於统筹整合政府各部会之行政资源，作为台商投资资讯提供、投资机会开发、投资障碍排除等高效率服务品质之协调窗口。
民国九十五年十一月廿一日(2006.11.21)
经济部贸委会就「台湾制鞋品发展协会、台北县鞋类商业同业公会、台南市皮革制品商业同业公会申请对自中国进口鞋靴课徵反倾销税暨临时课徵反倾销税案」初步认定产业损害成立。
民国九十五年十一月廿七日(2006.11.27)
行政院陆委会提出「我国民间团体於两岸文教交流之角色与功能」研究报告指出，民间团体在扮演推动两岸文教交流的角色上，确实有助於大陆专业人士对我国社会发展与民间活力的理解，并产生潜移默化的影响。
民国九十五年十一月廿八日(2006.11.28)
海基会副秘书长张树棣受访时表示，台湾民众程法望与妻子宋孝倓在福建省遇害，海基会已应家属请求，协助办理相关证照，并由福州台商协会协助处理善後。
民国九十五年十一月廿八日(2006.11.28)
中国商务部台港澳司指出，今年1至10月份，大陆与台湾的贸易额达到880亿3000万美元。
民国九十五年十二月五日(2006.12.5)
行政院金融监督管理委员会表示，截至95年第3季，赴大陆投资公司家数，合计840家，较94年底增加28家；而累计投资金额达6,005亿元，较94年底增加688亿元。
民国九十五年十二月七日(2006.12.7)
财政部台湾省北区国税局表示，营利事业对大陆地区之捐赠，应经行政院大陆委员会许可，并应透过合於规定之教育、文化、公益、慈善机关或团体为之，未经许可，或直接对大陆地区捐赠，不得列为费用或损失。
民国九十五年十二月十三日(2006.12.13)
行政院陆委会吴钊燮主委接受美国之音访问时表示，建议中国政府与台湾政府直接对谈，而对谈不排除政治议题。
民国九十五年十二月十四日(2006.12.14)
行政院陆委会吴钊燮主委在「从2006年大陆投资环境变迁，看未来台商经营策略研讨会」专题演讲时表示，针对中国观光客来台议题，两岸对口单位已数度技术性磋商，很有机会让台海两岸正式代表坐上谈判桌，落实全面开放中国观光客来台。
民国九十五年十二月十五日(2006.12.15)
行政院陆委会刘德勳副主委主持例行记者会时表示，针对春节包机的乘客资格，以往的实施对象皆是以台商返乡为基础，故我方立场是待实施以後，双方再透过机制共同检讨，目前没有任何这方面的讨论。
民国九十五年十二月十五日(2006.12.15)
经济部贸委会就「台湾区造纸工业同业公会申请对自日本、中国及印尼进口非涂布纸课徵反倾销税暨临时课徵反倾销税案」初步认定国内产业有实质损害之虞。
民国九十五年十二月十五日(2006.12.15)
中国共产主义青年团与中国国民党青年团共同主办的两岸青年论坛在北京开幕。
民国九十五年十二月廿日(2006.12.20)
行政院陆委会詹主任秘书与国民党立院党团座谈时表示，陆委会原则同意两岸包机「大弯变小弯」，不过中国方面连紧急医疗包机都不同意，说必须协商才能决定，陆委会同意截弯作法，卡在中国不愿协商。
民国九十五年十二月廿日(2006.12.20)
经济部投审会发布新闻稿指出，在对中国大陆投资方面，11月份核准件数104件，核准投资金额为5亿1,097万4千美元，95年1-11月份核准投资件数为983件，较上年同期减少17.26%，核准投资金额为64亿100万5千美元，则较上年同期增加13.80%。
民国九十五年十二月廿二日(2006.12.22)
行政院陆委会公布最新民意调查结果显示，民众对於统独的立场，主张广义维持现状的民众仍占绝大多数（85.5％），此外，仍有大多数（73％）的民众不赞成中共所提以「一国两制」发展两岸关系的主张。民众认知大陆当局对我政府及我人民不友善的比例仍高，分别是59.5％及41.7％。
民国九十五年十二月廿三日(2006.12.23)
行政院长苏贞昌赴马祖视察时指示陆委会和交通部观光局，评估放宽大陆观光团经小三通旅游金马的人数限制，由目前的10至25人，放宽为5至40人。
民国九十五年十二月廿三日(2006.12.23)
交通部观光局长赖瑟珍表示，今年底开放大陆观光客来台已确定没办法如期，观光局与陆委会将会再加速推动。
民国九十五年十二月廿五日(2006.12.25)
行政院陆委会发布新闻稿表示，为解决两岸智慧财产权相关问题，陆委会及经济部智慧财产局，已於本(95)年4月及5月间分别赴大陆进行交流活动，并就相关议题与对岸进行初步沟通及了解。
民国九十五年十二月廿六日(2006.12.26)
内政部发布新闻稿表示，新修正大陆民众来台依亲居留每年为12000名的规定，是考量实施面谈後每年结婚对数下降的现况，并为维持台湾人口合理的数量所建立之适量机制，与旧制相比，其实还多5000名。
民国九十五年十二月廿六日(2006.12.26)
交通部观光局局长赖瑟珍宣布，明年1月1日起，严格落实大陆观光团来台，每人每天接待团费最低80美金（约台币2600元）方案。赖瑟珍并表示，何时开放第一类大陆居民赴台观光，目前没有时间表。
民国九十五年十二月廿七日(2006.12.27)
海峡两岸关系协会致函海基会，转达大陆方面对26日遭受地震灾害的台湾南部民众的慰问。
民国九十五年十二月廿八日(2006.12.28)
中共国家旅游局副局长王志发表示，两岸民间旅游机构已经就大陆居民赴台旅游进行了两轮技术性磋商。目前，还要就两岸旅游企业之间建立业务关系，制定旅游线路和交通保障，以及保证游客的权益，保证旅游的安全等问题进行进一步磋商。
民国九十五年十二月卅日(2006.12.30)
中共国台办交流局局长戴萧峰接受新华社专访时表示，据统计，1至10月，台湾居民到大陆374．3万多人次，同比增长6．2％，全年预计突破440万人次；大陆居民赴台16．8万多人次，同比增长26．47％，全年预计突破20万人次；其中应邀赴台交流5790项、32636人次，同比分别增长27．06％、36．22％。
民国九十五年十二月卅一日(2006.12.31)
行政院长苏贞昌表示，开放0.18微米制程技术後，希望台湾企业能够将机器汰旧换新，加码投资台湾，根留台湾；至於40％上限松绑规定，暂时不考虑。
民国九十五年十二月卅一日(2006.12.31)
大陆厦门边检部门自2007年1月1日开始，厦（厦门）金（金门）航线正式施行台湾居民免填入境登记卡制度，包括台湾居民、大陆居民和华侨在内所有中国公民取道厦金航线入境都不用再填写入境登记卡。
民国九十五年十二月卅一日(2006.12.31)
大陆海峡两岸旅游交流协会发函，邀请台湾海峡两岸观光旅游协会近日举行第三次技术性磋商。