民国九十三年一月十四日(2004.1.14)
大陆海协会回函海基会，指称海基会上月协寻的台湾居民傅宏章等七人，均系台湾军情局派遣至大陆的间谍，负有搜集情报的任务，目前皆被大陆国安部门羁押，同时对其间谍身分和从事间谍 活动的情况供认不讳。海协会函件中还称，傅宏章等七人身体状况良好，案件正在审理中。
民国九十三年一月十六日(2004.1.16)
海基会就我方人民七人涉嫌在大陆搜集军事情报遭拘留审查案复函海协会，希望大陆尽速查明实情，还当事人清白，并对大陆有关方面违反侦查不公开之原则，损及当事人等之权益表示遗憾。
民国九十三年一月十七日(2004.1.17)
海基会再度致函海协会，对近期大陆扣押台商，违反侦查不公开之原则，且未经正当司法程序判决事，重申我方严重之抗议与遗憾，并向大陆方面提出保障当事人基本权益及司法协助等六项要求。
民国九十三年一月廿九日(2004.1.29)
海基会发函大陆海协会，要求协助遭扣押台商的家属赴大陆探视亲人，并盼早日释放被扣押人员。
民国九十三年二月十二日(2004.2.12)
中共证实在福建仙游的台湾情侣挡张旭闵、余诗屏，疑因涉嫌蒐集大陆部署飞弹情资被捕。海基会已去函海协会，强调两人只是单纯台商，希望大陆查明；海基会秘书长许惠佑并呼吁中共不要为了政治目的，滥捕无辜的台湾人民。
民国九十三年二月十九日(2004.2.19)
针对海南省台商黄淯诚遇害身亡案，海基会立即函请大陆海协会等有关单位尽速缉捕凶嫌并再次呼吁大陆有关当局应积极侦办追缉凶嫌，正视各地治安问题，确实保障台商人身安全。
民国九十三年二月廿三日(2004.2.23)
海基会再度去函海协会，希望大陆方面尽速协缉遣返张益松与陈由豪，以利两岸共同打击犯罪。
民国九十三年二月廿六日(2004.2.26)
针对东莞宋姓台商遭杀害案件，海基会再度致函海协会并要求大陆方面尽速提供相关情资，以利我方警察机关同步侦办。
民国九十三年四月廿九日(2004.4.29)
海基会董事长辜振甫发表「辜汪会谈」十一周年书面谈话指出，当前两岸政治立场虽然互异，却因互异才有宽容不同意见，持续对话的必要性。殷盼两岸本著相互宽容心态，重启建设性对话，进而开创两岸互动新局，增进两岸人民权益，共同缔造两岸和平发展新愿景。
民国九十三年四月廿九日(2004.4.29)
海巡署两名执勤队员在处理两岸渔船擦撞纠纷时，遭大陆渔民胁迫，强行载往大陆，海基会立即去函大陆海协会，要求确保两名海巡队员安全，并立即安排送回我方，同时要求大陆方面不应再姑息不法份子，以免影响两岸和谐气氛。
民国九十三年五月一日(2004.5.1)
大陆海协会就台湾花莲发生地震，传真函致海基会，请海基会向地震遇难者家属转达慰问之意。
民国九十三年六月十五日(2004.6.15)
陆委会主委吴钊燮到「大陆地区人民新竹处理中心」探视大陆偷渡犯时呼吁，大陆应加强约束大陆人民、严加查缉不法偷渡情事，并由两岸两会对偷渡犯遣返议题尽速签订协议，才能根本解决问题。
民国九十三年六月卅日(2004.6.30)
海基会致函海协会，要求大陆方面尽速派船，接回滞留我方等待遣返的两千七百名偷渡犯，若大陆调派船只有困难，我方愿租用适当船只，代为执行遣送任务。
民国九十三年七月二日(2004.7.2)
针对上海市公安局宣布侦破两岸电话诈骗集团案，陆委会副主委邱太三在例行记者会时表示，两岸对司法管辖权各有一定程度坚持，但中共当局若坚持对此案有管辖权，情况会更趋复杂，陆委会将会透过管道与对岸沟通，表明台湾嫌犯应遣送回台接受审判，既方便又有效。
民国九十三年七月五日(2004.7.5)
海协会致电海基会，慰问在敏督利台风中受创的台湾民众。
民国九十三年七月十三日(2004.7.13)
陆委会发言人邱太三呼吁对岸尽速与台湾签订旅游协议，保障旅客安全，并重申政府希望能尽早恢复制度化协商的意愿，希望能就各方关切的民生与经济相关议题寻求一劳永逸的解决。至於协商形式，各种谈判形式都可接受，只要对方有意愿，复委托机制相关办法随时可以公布，完成复委托。
民国九十三年七月廿九日(2004.7.29)
海基会召开董监事会，通过陆委会副主委刘德勳为新任副董事长兼秘书长。刘德勳并表示，两岸事务性谈判不应预设前提与议题，希望能尽速恢复各项议题的协商。
民国九十三年七月廿九日(2004.7.29)
海基会召开董监事会，董事长辜振甫致词表示，两岸之间存在不同的看法与思维，需透过沟通对话来求同化异。因此，以积极的态度促成两岸早日恢复协商，是当前两岸应该努力以赴的目标。
民国九十三年八月十三日(2004.8.13)
海基会致函海协会，对於台风在浙江地区造成民众生命与财产重大损失，请海协会向灾区民众与家属表达诚挚慰问。
民国九十三年八月廿五日(2004.8.25)
海协会致函海基会，慰问因「艾利」台风而受灾的台湾同胞。
民国九十三年八月廿六日(2004.8.26)
对海协会致函慰问因中台「艾利」侵袭台湾所造成的人员伤亡和财产损失，海基会函覆致谢。
民国九十三年九月七日(2004.9.7)
海基会致函海协会，对四川东北部地区的暴雨灾情表达关切，并向受灾民众和家属表达慰问之意。
民国九十三年十月廿二日(2004.10.22)
海基会致函海协会，河南地区日前发生煤矿爆炸不幸事件，造成人员严重伤亡，本会深表关切，请向受灾民众与家属表达本会诚挚慰问之意。
民国九十三年十月廿六日(2004.10.26)
海协会致函海基会，慰问因「纳坦」台风而受灾的台湾同胞。
民国九十三年十一月廿六日(2004.11.26)
海基会就台商张简荣坤等命案致函海协会，请该会尽速协调有关单位追缉凶嫌，并对前往处理善後之家属提供协助。
民国九十三年十二月二日(2004.12.2)
海基会致函海协会：「据新闻报导，贵方陕西、贵州等地区日前发生煤矿爆炸不幸事件，造成人员严重伤亡，本会深表关切，请向受灾民众与家属表达本会诚挚慰问之意。」