民国八十八年一月八日(1999.1.8)
大陆海协会副秘书长杨晓明率团来台参加研讨会。
民国八十八年一月九日(1999.1.9)
大陆海协会会长汪道涵在上海会见日本自民党成员时表示，为进一步促进海峡两岸的交流，他今年准备访问台湾。
民国八十八年一月十日(1999.1.10)
大陆海协会会长汪道涵在「两岸关系」杂志发表「光辉的文献、历史的篇章」为名的文章，呼吁两岸展开政治对话。
民国八十八年一月十一日(1999.1.11)
海基会去函大陆海协会，要求大陆方面依人道、安全、便利原则，安排遣返滞留台湾的九名大陆劫机犯及两名子女。大陆海协会元月廿日函覆海基会表达欢迎之意。
民国八十八年一月十二日(1999.1.12)
大陆海协会派团分往美、日、新加坡、泰国进行政策宣达。
民国八十八年一月十五日(1999.1.15)
大陆海协会致海基会函，邀请海基会副秘书长於二月底或三月初率团访问大陆，主要就两会对话交换意见。
民国八十八年一月廿二日(1999.1.22)
海基会去函大陆海协会，表达欢迎大陆海协会会长汪道涵在本年春季来台进行建设性对话，以及邀请海协会副秘书长於二月底先行来台磋商。
民国八十八年一月廿九日(1999.1.29)
大陆海协会顾问林丽韫率「大陆少数民族艺术家访问团」来台访问，预计在台停留十天。
民国八十八年二月一日(1999.2.1)
大陆海协会函覆海基会，提出两会进行政治、经济对话。
民国八十八年二月四日(1999.2.4)
大陆海协会顾问林丽韫於清水参拜紫云岩观音佛祖并会晤亲友时，发生「国旗」风波。
民国八十八年二月五日(1999.2.5)
针对大陆海协会顾问林丽韫的「国旗」风波，行政院大陆委员会主任委员苏起表示，类似事件将不利两岸交流与良性互动。政府对於大陆专业人士来的行为本就有法令规范，以往未严格执行，往後将不会再让相同情况重演。
民国八十八年二月九日(1999.2.9)
海基会与大陆红十字会人员在金门签署「交接书」，将近年劫机来台并服刑期满之刘保才、罗昌华、王玉英、邹维强、李向誉等五名大陆劫机犯交由大陆红十字会人员接回。
民国八十八年二月十二日(1999.2.12)
海基会致函大陆海协会祝贺禧，并望尽速派员前磋商汪道涵来访事宜。
民国八十八年二月十三日(1999.2.13)
大陆海协会覆函海基会，表示愿意派遣副秘书长率团前来台湾，就有关问题包括汪道涵会长於适当时间访台事宜与海基会交换意见。
民国八十八年二月廿六日(1999.2.26)
海基会函覆大陆海协会，建议海协会副秘书长於三月十五日至十七日来台。
民国八十八年三月二日(1999.3.2)
大陆海协会函覆海基会，表示该会副秘书长李亚飞将於三月十七日至十九日率团来台磋商。
民国八十八年三月十七至十九日(1999.3.17-19)
大陆海协会副秘书长李亚飞来台，与海基会就去年十月「辜汪会晤」所达成之四项共识，安排海协会会长汪道涵访台事宜进行磋商。双方原则确定汪道涵今年秋天访台，时间五至六天左右。
民国八十八年三月廿八日(1999.3.28)
大陆「中国国际贸易促进委员会」会长俞晓松率领经贸访问团来台，参加「海峡两岸流通领域合作研讨会」。
民国八十八年三月廿九日(1999.3.27)
中共中央统战部和中央台办在北京人民大会堂举行「对台工作形势政策报告会」。
民国八十八年四月二日(1999.4.2)
海基会致函大陆海协会，希望四月底两会副秘书长、处长层级在北京进行双轨协商，尽速安排海协会会长汪道涵今秋访问台湾，同时就劫机犯遣返等议题进行事务性协商，以此加强两岸对话。
民国八十八年四月十六日(1999.3.16)
大陆海协会回覆海基会四月二日函表示，同意海基会人员「适当时候」到大陆就汪道涵询问台湾事宜继续交换意见；指出两会当前接触的基础是落实「汪辜会晤」四项共识，希望海基会对落实两岸对话安排事宜早日回应。
民国八十八年四月十六日(1999.3.16)
大陆海协会来函说明拒绝海基会副秘书长张良任赴大陆桂林、福州等地参加台商高尔夫球赛的理由。
民国八十八年四月廿三日(1999.4.23)
海基会函覆大陆海协会，表示两会对话之相关意见，可於汪会长来访时进行建设性对话；并再建议於五月中旬就汪道涵来访及劫机犯、偷渡犯遣返等议题进行商谈。
民国八十八年四月廿八日(1999.4.28)
海基会举办纪念「辜汪会谈」六周年茶会，邀请行政院大陆委员会主任委员苏起共同主持这次活动，辜振甫也发表谈话表达六年来对两岸关系的看法，并郑重呼吁大陆，严格遵守六年前新加坡辜汪会谈的协议恢复制度化协商，双方进行制度化协商的同时，海基会不会回避在「分治对等」的政治现实基础上，就双方关切的重要问题交换意见。
民国八十八年六月至廿七至廿九日(1999.6.27-29)
海基会副秘书长詹志宏率团前赴大陆，协商安排大陆海协会会长汪道涵来台访问事宜。随詹志宏前往北京的人员，包括海基会法律服务处处长谢福源、科长何武良、专员高富月、刘慧玲、王正磊、卢正恺、组员张峰青，以及陆委会科长张志宇等人。
民国八十八年七月十五日(1999.7.15)
海基会致函海协会，要求尽速协调中共有关单位，安排专案遣返非法来台的大陆人犯。海基会同时发布新闻稿指出，根据我方主管机关统计，截至十四日止，大陆非法来台等待遣返的人民仍有五百余人，且其收容时间大多已逾四个多月，不但造成我方管理上诸多问题，且多年来已付出庞大的社会成本与人力物力，其中收容中心偷渡人犯的生活费用支出已超过新台币六亿多元。
民国八十八年七月卅日(1999.7.30)
海基会董事长辜振甫就李登辉总统所提「两岸关系是特殊的国与国关系」举行说明会，强调「特殊的国与国关系」就是两岸一九九二年所达成「一个中国、各自表述」共识中，我方立场的表达。海基会在辜振甫谈话的同时，将谈话稿传给海协会，惟海协会在二个小时内，即以辜振甫谈话稿「严重违背一个中国原则」为由，传真退回给海基会。
民国八十八年七月卅日(1999.7.30)
大陆海协会以负责人名义发表谈话表示，海基会董事长辜振甫谈话「不伦不类」，并重提「两会交流对话基础不复存在」。
民国八十八年八月三日(1999.8.3)
大陆海协会协办的第七届「促进中国现代化学术研讨会」在台北召开。
民国八十八年八月四日(1999.8.4)
海基会副董事长兼秘书长许惠佑表示，海协会会长汪道涵应有四分之三的访台机率。
民国八十八年八月四日(1999.8.4)
大陆海协会副秘书长李亚飞表示，海协会会长汪道涵是否访台，目前无法答覆，大陆方面等待台湾下一步行动。
民国八十八年九月八日(1999.9.8)
中共国家主席江泽民表示，要实现汪道涵访台，必须要做到以下两条件：一是李登辉公开收回「两国论」；二是李登辉只能以国民党主席的身份接待汪道涵。
民国八十八年九月九日(1999.9.9)
陆委会主任委员苏起表示，江泽民所提汪道涵访台两条件，系制造人为障碍。
民国八十八年九月十日(1999.9.10)
大陆海协会常务副会长唐树备表示，只要李登辉一天不收回「两国论」，汪道涵就一天不能去台湾。
民国八十八年九月十一日(1999.9.11)
大陆海协会常务副会长唐树备表示，希望台湾大选後，新的领导人会抛弃「两国论」，并表示汪道涵访台明年三月後有机会。
民国八十八年九月十四日(1999.9.14)
大陆海协会常务副会长唐树备表示，台湾当局只有公开收回「两国论」，真正回到「海峡两岸均坚持一个中国原则」的承诺上来，两岸政治经济对话才能进行。
民国八十八年九月十七日(1999.9.17)
中共台办官员表示，汪道涵访台之门仍未完全关闭。
民国八十八年九月廿三日(1999.9.23)
大陆海协会致函海基会表示，愿对我集集大地震进行捐款及派遣专业人士来台，海基会副秘书长詹志宏指出，我方对於大陆的心意表示感谢，并接受捐款，但物资及专业人员部分，则要进一步评估是否需要後再通知大陆。
民国八十八年九月廿四日(1999.9.24)
大陆海协会再度来函询问我方是否要「通过大陆」要求联合国启动救援行动，海基会对此极度挑衅的作为，立即覆函表示：「谢谢，不用了」。
民国八十八年九月廿九日(1999.9.29)
大陆海协会常务副会长唐树备接受「美国之音」访问时表示，台湾一定要收回「两国论」，两岸关系才能恢复正常。
民国八十八年十月十四日(1999.10.14)
陆委会主任苏起表示，海基会与海协会是两岸政府部门授权的谈判机制，其协商功能不宜轻言中断。
民国八十八年十月十四日(1999.10.14)
海基会董事长辜振甫在辜汪上海会晤一周年会上发表谈话指出，我们竭诚欢迎大陆海协会会长汪道涵适时来台访问，如果有必要，他愿前往北京、上海，再次当面邀请汪道涵访台。
民国八十八年十月廿七日(1999.10.27)
大陆海协会常务副会长唐树备表示，中共对台湾正式收回「两国论」的要求，并不会因为李总统明年任满离职而放松。并表示「两国论」已经破坏汪道涵今年秋天的访台计画，北京方面也不能接受改由辜振甫往访大陆的提议。
民国八十八年十月廿八日(1999.10.28)
陆委会呼吁中共当局，应尽早恢复两岸两会协商，就偷渡犯遣返议题达成协议。
民国八十八年十月卅日(1999.10.30)
海基会召开「两岸地震交流与合作学术研讨会」筹备会议。
民国八十八年十一月二日(1999.11.2)
海基会改选第四届董监事成员，除少数董监事因原代表职务有所变动因而调动外，成员结构与代表性大致维持不变。
民国八十八年十一月三日(1999.11.3)
内政部警政署入出境管理局七月已开放大陆人士来台可在澳门领取入台证，但大陆边防官员仍没收到上级指示。海基会表示考虑向海协会发函，转告大陆有关部门，我方此项新规定。
民国八十八年十一月三日(1999.11.3)
大陆海协会常务副会长唐树备表示，澳门回归时辜汪会面日，不排除这种作法。
民国八十八年十一月九日(1999.11.9)
中共对台工作部门人士接受专访时表示，「两岸关系在短期内不会有乐观发展」，期望辜振甫与汪道涵在澳门会面，都不能使两岸关系在短期内回暖。
民国八十八年十一月十六日(1999.11.16)
行政院院长萧万长表示，我方对於两岸会谈一向积极主动，如果外传属实，大陆也有此意愿，可以考虑让辜振甫至澳门与汪道涵会晤。
民国八十八年十一月廿九日(1999.11.29)
汪道涵的智囊学者章念驰，最近在香港中国评论月刊撰文建议中共中央，成立国家统一委员会。同时，他也认为在世纪之交，两岸关系的首务之一，是两岸签署终止敌对状态条约，并共同起草「台湾基本法」。
民国八十八年十二月一日(1999.12.1)
陆委会主任委员苏起表示，无需再发函邀请汪道涵访台。
民国八十八年十二月一日(1999.12.1)
大陆海协会陆续发函邀请台湾各界人士参加在澳门举行的政权交接仪式，以及「中华人民共和国澳门特别行政区」成立大典暨特区政府宣誓就职仪式等相关活动。
民国八十八年十二月二日(1999.12.2)
海基会董事长辜振甫表示，两岸加入世界贸易组织提供双方协商合作的契机；而在入会之後，海基会也将调整功能，以因应两岸关系的新局面。希望两岸的入会能成为促成汪道涵来台的契机。
民国八十八年十二月二日(1999.12.2)
海陆两会表示，针对大陆释放新华轮与部分船员发表声明，希望仍遭扣押的船员尽早获得释放，对於我方人员遭不合理对待，表示不满与遗憾，并认为接船方式不涉直航问题。
民国八十八年十二月二日(1999.12.2)
海基会高层人事改选，辜振甫第四度获得连任，许惠佑续兼秘书长。
民国八十八年十二月十七日(1999.12.17)
海基会去函大陆海协会，就台商李宗白在昆明遇害案，促请重视被害者家属提出希望大陆方面厘清案情的疑点与要求。
民国八十八年十二月十七日(1999.12.17)
大陆海协会复函对海基会邀大陆地震专家表示乐观其成。
民国八十八年十二月廿一日(1999.12.21)
大陆海协会副会长唐树备表示，澳门的回归，再次证明解决台湾问题大的框架还是「一国两制」。
民国八十八年十二月廿三日(1999.12.23)
大陆海协会常务副会长唐树备表示，台湾与港澳的两制不同，两岸是在「一个中国」下的特殊关系。
民国八十八年十二月廿三日(1999.12.23)
大陆海协会会长汪道涵盼尽速访台，对今秋无法成行表示遗憾。
民国八十八年十二月廿八日(1999.12.28)
海基会南区服务处在高雄成立。