民国093年04月08日内政部台内警字第0930079945号令订定发布
民国094年08月30日内政部台内警字第0940137529号令修正发布第4条条文
民国099年05月25日内政部台内移字第0990930805号令修正发布第5条、第7条条文
民国101年10月19日内政部台内移字第1010930972号令修正发布第3条条文
中华民国103年12月26日行政院院台规字第 1030158355 号公告第 5 条第 1 项、第 7 条第 1 项、第 2 项所列属「内政部入出国及移民署」之权责事项，自104年1月2日起改由「内政部移民署」管辖
第一条 本办法依台湾地区与大陆地区人民关系条例（以下简称本条例）第十条之一规定订定之。
第二条 本办法之主管机关为内政部。
第三条 大陆地区人民申请进入台湾地区团聚、居留或定居者，应按捺指纹并建档管理之；未按捺指纹或经按捺指纹核对认定身分不符者，不予许可其团聚、居留或定居之申请，已许可者，撤销其许可。
前项大陆地区人民按捺指纹程序如下：
一、申请人在大陆地区者，应於向本条例第四条第一项所定之机构或第二项所定受委托民间团体在大陆地区之分支机构申请时按捺指纹。未设立分支机构前或分支机构无按捺指纹设备者，得先予许可其申请，并於许可文件上注明须於入境查验前补行按捺指纹；拒绝补行按捺者，废止其许可，并拒绝其入境。
二、申请人在第三地区者，应於向我驻外使领馆、代表处、办事处或其他经政府授权或设立之机构（以下简称驻外馆处）申请时按捺指纹。驻外馆处无按捺指纹设备者，得先予许可其申请，并於许可文件上注明须於入境查验前补行按捺指纹；拒绝补行按捺者，废止其许可，并拒绝其入境。
第一项大陆地区人民已进入台湾地区尚未按捺指纹者，应於接受面谈或办理团聚、居留或定居之相关申请手续时按捺指纹；未按捺者，不予许可其申请。
未满六岁之大陆地区人民申请进入台湾地区团聚、居留或定居者，不予按捺指纹，俟年满六岁後，於办理团聚、居留或定居之相关申请手续时按捺指纹；未按捺者，不予许可其申请。
已接受指纹建档之大陆地区人民除经主管机关认有必要者外，无庸重复建档。再次入境查验前经主管机关认有身分真实性相关疑虑时，仍应按捺指纹以核对认定身分；经核对认定身分不符者，撤销或废止其入境许可。
第四条 按捺指纹应查明受捺人身分後，建立受捺人姓名、性别、出生年月日、住址、身分证明文件号码、相片及指纹等基本资料，并注记按捺单位、按捺时间及按捺人员。
受捺人应以左、右手拇指接受按捺。受捺手指有残缺或伤病者，依序以该手食指、中指、环指、小指接受按捺，并由按捺人员注明该指名称。但无手指，经按捺人员注明者，不在此限。
前项指纹按捺後，受捺手指有残缺或伤病者，应依前项顺序补捺。
按捺指纹应力求清晰，不清晰者应立即重新按捺，或以书面指定期日通知受捺人补行按捺；未依期限补行按捺者，不予许可其後续所提出之团聚、居留或定居申请。
第五条 按捺单位应利用资讯科技设施或其他方式，将指纹资料建档储存，并透过网路连线，将档案传输至内政部入出国及移民署（以下简称入出国及移民署）指纹资料库集中管理。
指纹档案之传输、储存及查询过程，应遵守资讯安全相关规范，确保指纹资料库安全，防范不法入侵及资料外泄。
指纹档案及资料库，应由专责人员管理及维护，并永久保存。
第六条 指纹档案与受捺人资料不符时，应立即查明处理。如有错误，应於查明後更正受捺人资料。
第七条 入出国及移民署应将指纹档案备份，送内政部警政署刑事警察局利用。
其他公务机关依电脑处理个人资料保护法或其他法令，请求入出国及移民署提供指纹资料者，应以书面叙明理由、所需资料类别、内容及使用目的。但情形急迫者，得以电信传真方式为之，并於事後补送书面正本。
第八条 因职务或业务知悉或持有之大陆地区人民指纹档案资料，除法令另有规定外，应予保密。违反保密义务者，依电脑处理个人资料保护法或其他相关法令规定处理。
第九条 大陆地区人民或香港澳门居民於强制出境前或於收容处所收容时，其按捺指纹，准用本办法规定。
第十条 本办法自发布日施行。