一、应备文件：
（一）大陆地区人民往来金门马祖申请书（附最近6个月内拍摄之2寸白色背景照片1张）。
（二）大陆居民身分证影本（贴於申请书上），年龄未达请领身分证规定者，附常住人口登记表影本。
（三）相关证明文件（如附表）。
（四）限时挂号回邮信封（委托他人在台北署本部代领或在当地发证者免附，团体一团一个）。
（五）证件费：单次证每人新台币400元，多次证每人新台币800元。
（六）在金马出生之华侨申请返乡探视，第二款改附我国、外国或中共护照影本。
二、申请类别、相关证明文件、代申请人资格、停留日数及每日许可数额（必要时入出国及移民署【以下简称移民署】可在总人数余额内调整）：
三、申请地点：移民署各县市服务站
四、相关事项：
（一）受理时间：星期一至星期五，上午8时至下午17时30分，中午不休息，放假日不受理。
（二）工作天：一般不须送审案件3天须送审案件7天。
（三）发证种类：
１、依第一类申请者，依内政部公告之每日许可数额按排配进度，发入境效期15日或30日，出境效期自入境之次日起6天之个别往来金门、马祖入出境许可证。申请进入金门者，附记栏载「限停留金门」，申请进入马祖者，附记栏载「限停留马祖」。但就读推广教育学分班者，於再次申请时，得核发1年效期金门、马祖专用之多次入出境许可证。大陆地区随团领队以带团旅行事由申请者，得核发1年效期金门、马祖专用之逐次加签入出境许可证。
２、依第二类申请者，依内政部公告之每日许可数额按排配进度，发入境效期15日或30日，出境效期自入境之次日起2天之团体往来金门、马祖入出境许可证，第一张注记本团人数及团号，第二张以後注记「应与○○○等○人整团入出境」。申请进入金门者，加注「限停留金门」，申请进入马祖者，加注「限停留马祖」。以旅行事由进入金门、马祖转赴澎湖者，停留澎湖期间自抵达澎湖之次日起不得逾2日；停留金门或马祖期间自入境之次日起算扣除停澎湖期间不得逾2日。
３、前二项之入境效期，每日申请数量未逾公告数额者，入境效期为30日；申请案件须经排配时，入境效期为15日。
（四）除大陆地区随团领队（申请书贴大陆地区领队证件影本）外，其他申请人均应於出境後，始得再申请。
（五）依第二类事由进入金门、马祖，因故急於个别出境者，应备下列文件，向服务站（港口）申请发给当日效期之个别入出境许可证出境：
１、申请书。
２、团体入出境许可证本人联影本（正本由港口查验人员注销）。
３、证件费新台币200元。
（六）大陆地区人民依本须知申请进入金门、马祖探亲或奔丧者，得再依大陆地区人民进入台湾地区许可办法之规定办理。
（七）大陆地区人民申请进入金门、马祖或经转赴澎湖旅行，有下列情形之一者，得不予许可；已许可者，得撤销或废止其许可：
１、现在中共党务、军事、行政或其他公务机关任职者。
２、参加暴力或恐怖组织，或其活动者。
３、涉有内乱罪、外患罪重大嫌疑者。
４、涉嫌重大犯罪或有犯罪习惯者。
５、曾未经许可入境者。
６、曾经许可入境，逾停留期限者。
７、曾从事与许可目的不符之活动或工作者。
８、曾有犯罪行为者。
９、有事实足认为有危害国家安全或社会安定之虞者。
１０、患有足以妨害公共卫生或社会安宁之传染病、精神病或其他疾病者。
１１、其他曾违反法令规定情形者。
１２、有第五目情形者，其不予许可期间至少为2年；有第六目或第七目情形者，其不予许可期间至少为1年。
五、特别注意事项：
（一）大陆地区人民得同时检具航空公司包机合约文件或船舶运送业包船合约文件，申请於金门、马祖旅行後，包机或包船整团转赴澎湖旅行。其代申请，由经交通部观光局许可在金门、马祖或澎湖营业之综合或甲种旅行社办理；由金门、马祖旅行业者代申请者，须另检附与澎湖旅行业者签订之合作文件。
（二）由代申请人担任保证人，被保证人逾期不离境时，应协助有关机关强制其出境，并负担因强制出境所支出之费用。
（三）大陆地区人民应持有效往来金门、马祖入出境许可证及大陆居民身分证或其他足资证明居民身分之文件，经查验後进入金门、马祖，或由金门、马祖经查验後进入大陆地区。
（四）以旅行事由申请之团体，需5人以上始准进入金门、马祖，不足5人者，请勿成行。
（五）经许可进入金门、马祖或经转赴澎湖旅行之大陆地区人民，需过夜住宿者，应由代申请人检附经入境查验之入出境许可证，向当地警察机关（构）办理流动人口登记。
六、紧急事故：大陆地区人民於金门、马祖海域，因突发之紧急事故，经救助单位救助上岸者，由救助单位填具申请书附身分证明文件及说明书，向服务站（港口）申请临时停留许可证。大陆地区人民在金门、马祖或转赴澎湖旅行患重病、受重伤、发生天灾或其他特殊事故情事，该人民及其必要协处人员，得申请专案许可，往返金门马祖与大陆地区；该大陆地区人民经许可之停留期间届满者，亦同。
七、特殊事故延期：
（一）依第一类或紧急事故进入金门、马祖或经转赴澎湖旅行，因受禁止出境处分、疾病住院、突发或其他特殊事故，未能依限出境者，应备下列文件，向服务站申请延期，由服务站予以延期，每次不得逾7日。
１、延期申请书。
２、入出境许可证或临时停留许可证出境联。
３、流动人口联单。
４、相关证明文件。
５、依第一类申请者之证件费新台币200元。
（二）依第二类事由进入金门、马祖或经转赴澎湖旅行，因受禁止出境处分、疾病住院、突发或其他特殊事故，未能依限随团出境者，应备下列文件，向服务站申请发给自到期之次日起算7日之个别入出境许可证出境联。
１、延期申请书。
２、团体入出境许可证本人联影本（正本由港口查验人员注销）。
３、流动人口联单（当日入境者免附）。
４、相关证明文件。
５、证件费新台币200元。
（三）前项人员再次未能依限出境者，申请延期依前款规定办理。
（四）停留期间之相关费用，由代申请人代垫付。
八、其他事项：
（一）大陆地区人民经依大陆地区人民进入台湾地区许可办法或大陆地区人民在台湾地区依亲居留长期居留或定居许可办法规定许可进入台湾地区，有下列情形之一者，得持入出境许可证或入境证正本，经服务站查验後进入金门、马祖。
１、来台地址为金门、马祖或澎湖者。
２、台湾地区人民之配偶在大陆地区福建设有户籍者。
３、前款人民之同行子女。
（二）前项第一款及第二款人员，已取得台湾地区人民身分者，得向移民署申请许可核发入出境证或於护照加盖章戳，持凭经查验後由金门、马祖入出大陆地区。
（三）依大陆地区专业人士来台从事专业活动许可办法规定申请许可来台者，不适用前款规定。
九、违规处理：
（一）大陆地区人民在金门、马祖或经转赴澎湖旅行逾期停留、非法工作或过夜未申报流动人口，代申请人之处罚规定如下：
１、依第一类代申请者，大陆地区人民出境前，不受理其代申请案件，已受理尚未许可者，申请案不予许可。其代申请之案件，第2次以後违反规定，1年内不受理其代申请。
２、依第二类代申请者：
（１）1人违规者，该违规人出境前，不受理其代申请案件，已受理尚未许可者，申请案不予许可。其不受理期间最长为1年。
（２）1个月内有2人违规且已出境者，3个月不受理其代申请，3人至5人违规者，6个月不受理其代申请。6人以上违规者，1年不受理其代申请。
３、前项违规案件，由移民署制作处分书，通知代申请人，副知服务站。
（二）进入金门、马祖或经转赴澎湖旅行之大陆地区人民，有下列情形之一者，治安机关得以原船或最近班次船舶迳行强制出境。但其所涉案件已进入司法程序者，应先经司法机关之同意。
１、未经许可入境者。
２、经许可入境，已逾停留期限者。
３、从事与许可目的不符之活动或工作者。
４、有事实足认为有犯罪之虞者。
５、有事实足认为有危害国家安全或社会安定之虞者。
６、患有足以妨害公共卫生或社会安宁之传染病、精神病或其他疾病者。