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由於76年11月政府開放民眾赴大陸探親,兩岸民間往來日趨密切,行政院乃於77年8月,以任務編組方式成立「行政院大陸工作會報」,協調各主管機關處理有關大陸事務。政府為了強化大陸政策的決策功能及工作推動的效率,訂定「行政院大陸委員會組織條例」經立法院於80年1月18日三讀通過,並由總統於同月28日公布施行,本會乃正式成為政府統籌處理大陸事務的專責機關。

配合行政院組織調整,「大陸委員會組織法」經立法院於107年5月22日三讀通過,總統於107年6月13日公布,並經行政院令自107年7月2日施行。