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由於民國76年11月政府開放民眾赴大陸探親,兩岸民間往來日趨密切,行政院乃於77年8月,以任務編組方式成立「行政院大陸工作會報」,協調各主管機關處理有關大陸事務。79年4月,政府為了強化大陸政策的決策功能及工作推動的效率,特別擬訂「行政院大陸委員會組織條例(草案)」。經立法院在80年1月18日三讀通過,並由總統於同月28日公布施行,本會乃正式成為政府統籌處理大陸事務的專責機關。