經濟部標準檢驗局指出，「海峽兩岸標準計量檢驗認證合作協議」內容包括標準、計量、檢驗、驗證認證及消費品安全等五大項目，都是國內廠商及民眾關心的議題，簽署的目的就是要提升我國產業競爭力，加強保護國內消費者權益。兩岸標準計量檢驗認證制度化合作機制的建立，可使民眾及廠商關切的問題，在合作架構及機制下，透過平等協商及交流合作獲得解決，除可協助我國產業提昇競爭力、放眼大陸市場、布局全球外，在消費品安全方面，也可透過兩岸合作加強源頭管理，增進保護消費者權益。
有關外界質疑華聚產業共同標準推動基金會自2005年起與中國電子工業標準化技術協會、中國通信標準化協會等單位接洽，並已就LED、面板等產業討論出兩岸共同標準的共識結論，而此次「江陳會談」兩岸標準協議將是華聚「收割」、有利其取得兩岸產官界相關業務等描述，經濟部標準檢驗局聲明，因應本次簽署之合作協議，未來兩岸官方要進行的標準合作與華聚基金會所推動之行業團體標準有明顯的不同。
標準檢驗局進一步說明，華聚基金會推動兩岸標準合作所討論的是「行業團體標準」範疇，而本次江陳會談兩岸簽署合作協議所要推動的共通標準，是由標準檢驗局與大陸國家質量監督檢驗檢疫總局所屬之中國國家標準化管理委員會主導辦理，屬於「國家標準」層級，兩者在本質及目的上均確有不同。簡單來說，「行業團體標準」適用於產業團體之間，著重於業界之技術溝通，內容多從規格、專利、製程及成本等方面考量，目的在於促進產品之設計、生產、品管及銷售；而「國家標準」通用於全國各界，內容針對一致性、互換性、安全性、性能及品質等方面之要求，可廣泛用於產品驗證、採購、分析、鑑定及進出口檢驗等。
針對外界疑慮華聚基金會曾接受標準檢驗局委託辦理建置兩岸標準資訊平台等有關業務，標準檢驗局再次重申，該局過去未曾委託華聚基金會進行有關業務，而有關未來推動兩岸標準計量檢驗認證合作事務，將由雙方官方機構－我國標準檢驗局與大陸國家質量監督檢驗檢疫總局作為對口單位直接接洽，亦無須委託華聚基金會辦理相關業務或居中協商。
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