關稅總局表示，已依據ECFA臨時原產地規則之行政程序訂定「ECFA進口貨物通關作業要點」，並自100年1月1日實施。
該總局指出，依據該作業要點規定，適用ECFA優惠關稅待遇之進口貨物，貨物進口時除必須檢附大陸方面簽證機構簽發之有效原產地證明書正本外，進口人亦須主動聲明該貨物符合原產資格並適用優惠關稅，亦即必須在進口報單「輸出入貨品分類號列附碼」（訊息格式：商品分類號列附碼）欄申報「PT」字樣(PT代表優惠關稅待遇Preferential Tariff Treatment)，並於「主管機關指定代號」欄填報該證明書號碼。
關稅總局另表示，陸方ECFA產證共16位文數字，其第1位碼為「H」，報關人填報時，該第1位碼「H」免填報，僅須填報自第2位碼起之後15位碼。報關人申報進出口時如有疑議，該總局已設有專線電話（25505500轉2907），歡迎善加利用。