為因應兩岸貨物運輸之需要，及鑑於海運航行時間短，貨物通關作業倉容空間需求大等特性，財政部關務署研議於海運港埠設置海運快遞專區，目前已完成相關法規（海運快遞貨物通關辦法、申請設立海運快遞貨物專區審查作業要點、海運快遞貨物通關作業規定、海運進口應稅快遞貨物預繳稅費保證金徵稅作業規定）、電腦系統建置、人力勻調規劃等準備作業，有意願申請設置海運快遞貨物專區業者，需建置相關軟硬體設備（如X光機、輸送帶等）經海關審查通過後始可上線營運。
鑑於海運快遞專區屬海關新興業務，初期先於臺北港辦理。查目前在臺北港已有兩家業者向關務署基隆關提出海運快遞貨物專區設置申請審查通過，准予設立，分別為臺北港物流股份有限公司、臺灣港務股份有限公司，業者積極建設相關軟硬體設備，預期104年2-6月啟用營運。透過高速客貨輪運輸，具有裝卸效率高、費用低等優點，適合用於日常生活用品、新鮮農副?品、高附加值生?品，以及快遞、郵包、電子商務產品等運輸，未來將更有效輔助兩岸貨運直航以及小三通貨運航班，促進兩岸原物料的供應補給並使成品的運輸更便捷與省時。
財政部關務署表示，為提供高便利、低成本及更安全通關方式，未來將透過ECFA兩岸經濟合作委員會海關合作工作小組，以關港貿單一窗口架構，推動兩岸海運快遞貨物合作並建立聯絡人機制，兩岸快遞貨物以臺灣「海運快遞專區」對中國大陸「海運快件物流中心」為主，簡化報關手續，達到快速通關目標。
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