回顧兩岸主管智慧財產權官員的第一次接觸，肇始於民國91年底在世界貿易組織(WTO)日內瓦總部的短暫會晤。此後，隨著兩岸人民經貿往來日趨頻繁，互動交流日益緊密，為保障國人權益，近年來智慧財產局積極透過各種管道與中國大陸對口單位進行溝通與協調。自民國97年起，陸續委託及參與由民間機構辦理的兩岸專利、商標及著作權論壇，並建立雙方每年相互主辦一次論壇的默契(詳如附表)。
在兩岸智慧財產權主管機關的共同努力下，「海峽兩岸智慧財產權保護合作協議」自本(99)年6月29日簽署，並於同年9月12日生效，該協議簽署之最重要成果為相互承認專利、商標及植物品種權之優先權、建立主管部門的溝通平台(建置「專利」、「商標」、「著作權」和「品種權」4個工作組）與協處機制，以及直接由台灣本地相關產業協會辦理著作權認證等。
有關相互承認專利、商標及植物品種權之優先權，在雙方進行多次的溝通與努力後，已自本年11月22日開始受理，且得據以主張優先權之基礎案為本年9月12日（即協議生效之日）以後（含當日）的首次申請案。從前述開始受理之日至本年12月21日為止，1個月的期間，雙方相互受理優先權主張之件數(詳如附表)。
兩岸相互承認優先權之主張，以主張專利優先權為最大宗，國內企業赴大陸申請專利案件每年約2.1萬餘件，大部分為半導體、通訊及電子等高科技產業，陸企來台申請專利一年則僅約700件。雙方相互受理優先權之主張後，將可避免因申請專利先後的不同，於前後兩個申請日之間，被第三人不法搶先申請，確實保障國人的研發成果，特別是技術研發密集度高、產品生命周期短的產業如手機、面板或LED等，在專利保護上會有相當助益。
關於協處機制部分，目前智慧局收到請求協處之商標案件合計41件，進行通報協處之案件合計34件，其中經通報協處並已完成協助之案件計9件，尚在協處中之案件計25件；未通報協處計7件。至於是否進行通報，其處理原則為請求協處案件之申請人已依中國大陸法令規定，循正常法律途徑主張權益，於救濟程序中遇有不合理對待或違反法律適用原則或其他困難等情事，經審認相關事證，確有上述情事時，智慧局會通報中國大陸相關對口單位處理。
上述請求協處之商標案件類型可區分為2種較常見類型，即我方廠商之商標遭搶註，需請求陸方暫緩審理，並加速審理另案搶註商標所涉之異議或撤銷案件。另一種類型，則為已在我方取得註冊之商標，廠商以相同商標在大陸地區申請註冊時，因兩岸文化背景及語言差異，遭大陸商標局以缺乏顯著特徵、有害於社會主義道德風尚或者有其他不良影響等事由，而駁回其註冊之申請，須我方協助提供相關證據進行溝通協處。
有關推動由台灣本地影音產業協會辦理著作權認證部分，智慧局已於本年11月17日完成指定社團法人台灣著作權保護協會（下稱TACP）為台灣業界於大陸市場出版影音(音像)製品之著作權認證機構。此外，TACP已與中國大陸國家版權保護中心確認相關著作權認證流程之細節，並於本年11月23日致函中國大陸國家版權局，並於同年12月16日取得中國大陸國家版權局之認可在案，故自該日起，台灣著作權保護協會已可正式為台灣地區影音（音像）製品進入大陸市場進行著作權認證工作，可縮短台灣業界進軍中國大陸市場的時間，並藉由主管部門溝通平台與協處機制的建立，改善盜版問題，對我國文化創意產業的發展極有助益。
未來兩岸將持續進行業務交流及加強審查合作，包括推動業務主管部門人員進行工作會晤、討論共同建置優先權證明文件電子交換系統，並加強審查合作，減少前端冗長繁複的檢索作業，並推動相互利用專利檢索與審查結果等，相信在良性的互動下，能提升兩岸智慧財產權保護環境與合作關係，共創互利雙贏的效果，並使兩岸人民的智慧財產權益獲得妥適的保障與維護。
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相關檔案：
‧兩岸論壇表格
‧優先權主張之件數