有關12月28日聯合報A8版刊登之ECFA專題報導，其內容採正面論述及負面論述同時呈現，一方面明白陳述ECFA談判三不原則：「不矮化、不開放大陸勞工來台、不會新增農產品開放項目」，惟同時於「ECFA優缺點」將「矮化台灣主權」列為「壞處」，兩者間易產生誤解；此外，將「就業機會、勞工薪資增加」列為「ECFA優缺點」之「好處」，同時亦將「勞工薪資水準向下看齊大陸」列為「ECFA優缺點」之「壞處」。
雖然該媒體係本專業立場採平衡報導，惟將「矮化台灣主權」及「勞工薪資水準向下看齊大陸」列為ECFA之「壞處」，實與事實不符，經濟部特予澄清。
政府已多次表明，「兩岸經濟合作架構協議」（ECFA）為經濟協議，完全無涉統獨等政治問題。未來與中國大陸協商時，政府絕對會秉持「對等、尊嚴、公平」的原則，絕對不會自我矮化，亦不可能因為經濟利益而犧牲國家主權。
至「勞工薪資水準向下看齊大陸」一節，經濟部表示，未來兩岸薪資差距，重點在於台灣技術提昇的速度，是否快於中國大陸，如果台灣技術停滯，中國大陸在生產技術上急起直追，致使兩岸技術差距逐漸縮小，即使不簽ECFA，兩岸工資也可能趨於一致，如果台灣簽ECFA後，繼續努力提升其生產技術，使得台海兩岸技術差距擴大，兩岸工資差距反而可拉大。
再者，兩岸貿易發展過程中，中國大陸的技術固然快速提升，然台灣技術水準亦同樣持續提升中。為能繼續維持領先，使我高工資勞力仍具市場競爭力，經濟部已規劃台灣經貿發展的新定位，包括引導台灣從高科技產品供應鏈的製造中心，走向全球創新中心，將科技與產品創新作為提升生產力及競爭力的主軸，藉此創造我國部分產業對中國大陸的技術領先。
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