為遏止利用漁船等運輸工具載運大陸地區人民偷渡來臺之不法情事發生，農委會依行政院大陸委員會第174次委員會議決議，訂定「臺灣地區與大陸地區人民關係條例第79條第5項及第6項裁處作業本國籍漁船案件處理程序」及流程圖之相關作業細節規範，並提本（96）年12月31日陸委會第188次委員會議報告。
利用漁船違法載運大陸地區人民偷渡來臺之船長、船員或漁船船主，依兩岸條例第79條規定，除有1年以上有期徒刑之刑事責任外，依同條第5項及第6項之規定，並得廢止涉案漁船及船長之相關證照及沒入該漁船。而針對該等行政裁處，陸委會於95年9月間業與相關機關共同研議訂定作業流程及處理原則，並協助相關機關依法執行，迄今已有5艘涉案漁船經主管機關依兩岸條例處分沒入，已具有一定成效，展現政府積極依法處理之決心。
此外，農委會進而明定相關作業細節規範，包括查緝機關之協力事項、漁政主管機關之裁處、裁量基準，以及對涉案漁船之沒入、點交及處理方式等，並函送各級漁政主管機關遵循辦理，將可增進行政處理效能，強化遏止大陸地區人民偷渡來臺之不法情事發生。