民國九十二年一月一日(2003.1.1)
陳水扁總統在元旦祝詞中提出，海峽兩岸有必要將「建立和平穩定的互動架構」，作為現階段共同努力的重大目標。
民國九十二年一月十日(2003.1.10)
陳水扁總統出席國安局「戰略研究班」第一期開訓典禮致詞時表示，相信此刻正是重新開啟兩岸談判協商的新契機，希望兩岸重新回歸開誠協商、談判的道路，就雙方共同關切的議題，廣泛交換意見，以緩和兩岸關係，安定兩岸情勢。
民國九十二年一月十一日(2003.1.11)
金門客輪「東方之星」號載著以金門縣議員楊應雄為團長的楊氏宗親及金門各界人士一百四十五人，泊進泉州后渚港，實現了金門與泉州之間五十多年第一次客輪直航。
民國九十二年一月十六日(2003.1.16)
陳水扁總統接見美國聯邦眾議院「國會台灣連線」訪問團時表示，要將兩岸長期的政治歧見擱置，雙方才能協商。現在，因為我們無法接受對岸所謂一個中國原則與一國兩制，在外交上受到打壓與飛彈部署的威脅，因此不論是三通、直航等議題，都無法坐下來談，這就是和不能擱置政治歧見有關。所以，我們期盼建立兩岸和平穩定的架構來加以化解。
民國九十二年一月十八日(2003.1.18)
陳總統在總統府以茶會款待來臺參加「國際國會議員亞太地區安全會議」與會外賓時再度提出三點重申及說明：第一、台灣是主權獨立國家，不是人家的一部分、人家的地方行省，更不是人家的特別行政區。第二、對於台灣的前途，只有台灣兩千三百萬人民有權作選擇及決定。第三、二００五年台灣還是台灣，絕不會變成「第二個香港」或「中華聯邦」。
民國九十二年一月廿日(2003.1.20)
陳水扁總統接見美國國會外交委員會成員時表示，未來兩岸關係發展機會是在台灣這一邊， 而中共對台政策只訂到 2004年是大錯特錯， 2004 年後這個政府仍舊會繼續，而未來兩岸只要維持和平、穩定就好，不期待在最短的未來有任何改變和突破。
民國九十二年一月廿一日(2003.1.21)
陸委會主委蔡英文在年終記者會上指出，兩岸直航對台灣經濟的影響有利有弊，並牽涉國防安全與經濟安全等複雜問題，希望不要政治化處理，並期待兩岸儘速就直航議題展開協商，「兩岸直航談判愈早愈好」。
民國九十二年一月廿一日(2003.1.21)
陳水扁總統在接受美國智庫外交政策研究中心的訪談時強調，台灣不是任何一個國家的一部分、地方政府或是一省；陳總統並呼籲北京政府面對台灣─中國關係的事實，儘速重開兩岸對話，加強對等交流，如此才能建立互信，為兩岸高層對話創造基礎。
民國九十二年一月廿三日(2003.1.23)
行政院院長游錫(方方土)巡視金門時，呼籲中共透過協商坐下來談判，讓小三通發展有更多的突破。
民國九十二年一月廿六日(2003.1.26)
兩岸春節包機展開歷史性首航，行政院大陸委員會指出，這項間接包機政策依序推動執行，展現政府照顧大陸台商的美意，也有助於兩岸的良性互動。
民國九十二年一月廿七日(2003.1.27)
行政院長游錫(方方土)在就職週年記者會談及兩岸關係，重申三通絕非萬靈丹，正因為可能對台灣產業帶來正面、負面的不同效應，因此兩岸更應在主權、對等、尊嚴原則下，儘速談判協商。
民國九十二年二月六日(2003.2.6)
陳總統致函教宗若望保祿二世，衷心盼望臺灣海峽及朝鮮半島之緊張局勢能逐漸緩和，並盼對話及和平將與時共進。
民國九十二年二月七日(2003.2.7)
經濟部發布公告，自即日起台灣報紙得經由金門、馬祖轉運至大陸地區。
民國九十二年二月廿日(2003.2.20)
陳水扁總統在美國商會年度餐會致詞指出，台北與北京可以透過經貿方面的合作，為兩岸關係的長遠發展奠定良好基礎。
民國九十二年二月廿二日(2003.2.22)
我國人民近四十人於二月二十一日搭機前往香港，遭香港特區政府拒絕入境，並以原機遣返，其中部分國人甚至被港府人員捆綁手腳抬上飛機。我方對於香港政府此種粗暴、漠視人權的舉措，表達嚴重的抗議。
民國九十二年二月廿七日(2003.2.27)
陸委會澳門事務處於2月27日正式對外受理澳門居民入台證，及外籍人士入台證件等兩項業務之申請。
民國九十二年三月九日(2003.3.9)
金廈小三通週日客運航班啟動，由金廈兩門五艘客船對開，為往返兩岸旅客提供行的方便。
民國九十二年三月十一日(2003.3.11)
陳水扁總統接見「美國美南暨佛州地區傳統僑社負責人回國訪問團」時指出，面對中共利用僑社進行反獨促統活動，孤立打壓台灣，僑界應不分黨派，以全僑和平民主聯盟作為團結僑社合作平台，爭取國際社會對民主台灣的認同，對外抗衡中共威脅。
民國九十二年三月廿日(2003.3.20)
針對美伊戰爭此一重大國際情勢發展，陸委會重申，追求兩岸關係和平與穩定，乃是政府始終追求的目標，過去兩年半以來，也持續採取具體行動，緩和並改善兩岸關係。
民國九十二年三月廿日(2003.3.20)
針對美英聯軍正式對伊拉克開戰，陳水扁總統在嘉義水上空軍基地發表政府的聲明，呼籲中華人民共和國能夠共同維護台海和亞太區域的穩定，並且請美國、日本和南韓等亞太週邊國家，共同合作維護亞太的安定。
民國九十二年三月廿五日(2003.3.25)
行政院陸委會決議，為免嚴重急性呼吸道症候群疫情 (非典型肺炎)擴散到金馬地區的風險，暫不擴大小三通實施範圍。
民國九十二年三月廿八日(2003.3.28)
行政院因應嚴重急性呼吸道症候群（SARS）疫情，呼籲國人非必要勿前往中國大陸、香港、越南等地，為了避免兩岸人員往來造成疫情擴散，陸委會宣佈，即日起在台停留時間屆滿的大陸配偶及高科技人士，可自動延長停留。
民國九十二年四月十日(2003.4.10)
陸委會針對港府訂定「國家安全條例草案」立場發表二點聲明。
民國九十二年四月十一日(2003.4.11)
針對中共官員表示要協助台灣防治嚴重急性呼吸道症候群（SARS）疫情，卻一再藉SARS議題將台灣矮化為大陸一省，陸委會發表聲明鄭重重申，台灣不是中華人民共和國的一省，對於中共官員藉SARS疫情企圖搞政治小動作，我們不歡迎。
民國九十二年四月廿一日(2003.4.21)
內政部警政署入出境管理局宣布，大陸地區SARS傳染病疫情持續擴大，為了避免兩岸人員往來影響國內防疫工作，「大陸配偶」自動延長停留時限自四月卅日再延長至五月卅一日止。
民國九十二年四月廿五日(2003.4.25)
陸委會表示，因香港疫情尚未減緩，且已有兩病例進入台灣，國內SARS疫情似有擴大跡象；政府決定暫停核發香港居民來台「落地簽證」一個月。
民國九十二年四月廿九日(2003.4.29)
辜汪會談屆滿十週年，陸委會主委蔡英文發表書面談話指出，最近兩岸都面臨SARS疫情的嚴重挑戰，應儘早建立兩岸疫情相互通報機制，以及共同合作研究防治各種疫病，自應是對兩岸人民生命財產最重要的急務。
民國九十二年四月廿九日(2003.4.29)
海基會董事長於「辜汪會談十周年紀念活動」以「恢復協商、走向雙贏」為題發表書面談話強調，兩岸政治立場雖然互異，卻因為互異才有「在寬容不同意見存在下」持續對話的必要性。
民國九十二年四月卅日(2003.4.30)
為避免 SARS病例集中地區人員經由澳門 入境後，造成防疫上的漏洞，陸委會宣布，針對國人由澳門返臺、澳門居民及外籍人士入境，採取「國人、澳門居民及外籍人士由澳門入境之處置措施」。
民國九十二年五月五日(2003.5.5)
為防止台灣地區與大陸地區人民非法接觸，造成嚴重急性呼吸道症候群之防疫漏洞，行政院公布強化查緝走私偷渡實施要點，訂名為「淨疫專案」，實施期間暫訂至六月底止。
民國九十二年五月十七日(2003.5.17)
由於SARS疫情蔓延，行政院宣布暫停金門與大陸客、貨船之往來，其他運作如人員、貨物進出申請、貨物中轉規定等仍予維持。暫停時間長短將視疫情狀況適時進行檢討。
民國九十二年五月廿日(2003.5.20)
中共杯葛台灣爭取成為世界衛生大會觀察員後，陳水扁總統出席民進黨中常會時表示，將請相關單位，包括朝野社會各界，共同研議推動「台灣加入世界衛生組織」的公民投票，讓全世界聽到台灣的聲音，向全世界展現兩千三百萬人民的共識和決心。
民國九十二年五月廿五日(2003.5.25)
陸委會再一次呼籲中共，為避免一再傷害台灣人民的感情，不要再阻撓台灣參與世界衛生組織，或與相關國家及國際組織合作、交流，以便對兩岸關係更有助益。
民國九十二年六月十二日(2003.6.12)
外交部發表「護照封面加註TAIWAN字樣」說帖指出，由於外國境管單位及航空公司未能正確辨認中華民國護照與中共護照的不同，對台灣民眾旅行造成不便，基於便民的功能性、實務性考量，決定在護照封面的國徽下方加註TAIWAN字樣，新版護照將於九月一日發行。
民國九十二年六月十九日(2003.6.19)
陸委會主委蔡英文表示，鑑於國內疫情趨於緩和，且考量金馬地區民意，及貨物傳播疫疾的風險甚低，在配合整體防疫政策下，陳報行政院同意後決定自即日起局部恢復「 小三通 」貨運往來。
民國九十二年六月廿五日(2003.6.25)
陳水扁總統和中小企業主餐敘時表示，不會推動統獨公投。
民國九十二年六月廿五日(2003.6.25)
陸委會對中共公開反對我方推動公投一事深表遺憾，強調我方致力於維持兩岸關係穩定的政策並沒有改變，也不會改變「四不一沒有」的承諾。
民國九十二年六月卅日(2003.6.30)
陸委會發布「香港移交六週年情勢研析報告」指出，香港移交以來，政治運作雖尚稱平穩，惟司法獨立及新聞自由前景仍存隱憂。
民國九十二年七月一日(2003.7.1)
針對香港即將以「國家安全條例」的形式，限制未來港人以及前往香港各國人士的言行，陸委會特別呼籲香港政府必須維繫並逐步發展台港各項交流互動為重。
民國九十二年七月二日(2003.7.2)
行政院陸委會主委蔡英文在行政院院會談話指出，香港「 國家安全條例 」立法是非常嚴重的事，不僅引起國際關注，台港關係可能因此倒退。
民國九十二年七月三日(2003.7.3)
陳水扁總統在台北接受日本「 每日新聞 」專訪，針對兩岸直航問題表示，這是關係到主權和安全的問題，出入境管理和檢疫不可能交給民間處理，政府的介入是必要的，只要中國堅持「一個中國原則」，無法同意直航。
民國九十二年七月四日(2003.7.4)
陳總統參加行政院國家發展研究班及女性領導發展研究班聯合開訓典禮致詞時重申，台灣的現狀如果要做任何改變，除非透過人民用公民投票的方式來做選擇與決定，否則沒有一個國家、政府、政黨或個人，能夠改變台灣的命運，改變台灣的未來以及目前的獨立現狀。總統也重申，在他任內只要中共無意對台使用武力，他保證「 四不一沒有」政策。
民國九十二年七月八日(2003.7.8)
行政院新聞局正式開放進口大陸簡體字圖書，並訂定「大陸地區出版品在台銷售許可辦法」。
民國九十二年七月十日(2003.7.10)
外交部發表正式聲明指出，中華民國自一九一二年創建至今，國祚從未間斷；且中華人民共和國自一九四九年成立以來，其治權未曾及於台灣，台海兩岸由兩個政治實體分治，乃不爭之事實，台灣絕非中華人民共和國之一部分。
民國九十二年七月十四日(2003.7.14)
鑒於國內外整體疫情已漸趨緩，為逐步恢復台港兩地正常經貿及人員之往來，行政院境外管制組表示，香港居民來台「十四天臨時入境停留(落地簽)」即日起恢復。
民國九十二年七月十六日(2003.7.16)
陸委會宣布即日起全面恢復金馬小三通的客貨運往來運作。
民國九十二年七月十七日(2003.7.17)
行政院大陸委員會表示，軍公教人員因探親、探病等事由赴大陸、旅居海外大陸士來台從事專業交流活動、大陸地區人民第二三類來台觀光等多項兩民間交流活動，自即日起解除管制，恢復得依「臺灣地區人民進入大陸地區許可辦法」相關規定提出申請。
民國九十二年七月十七日(2003.7.17)
陳水扁總統接受「遠東經濟評論」專訪時表示，兩岸議題的對話、諮商，必須在台灣不被地方化、邊緣化、矮化等三原則下進行，兩岸直航不可能在「一中原則」下實現，在一中原則下實施三通無異投降，政府不能為少數人方便而犧牲國家主權、尊嚴、安全及國家整體利益。
民國九十二年七月十七日(2003.7.17)
陳水扁總統接受亞洲華爾街日報訪問時強調，我們不能為了直航而直航，並重申台灣是一個「主權獨立的國家」，絕不可能為了達到直航的目的，而接受中共所謂「一個中國」的原則。
民國九十二年七月廿五日(2003.7.25)
陳水扁總統接見美國企業研究院院長狄繆思（Christopher DeMuth）及資深研究員李潔明（James Lilley）時，針對兩岸關係的發展表示，兩岸關係迄今無法突破，很清楚的，完全卡在中共所謂的「一個中國」原則，而台灣絕不可能接受所謂「一個中國」原則。
民國九十二年七月廿八日(2003.7.28)
行政院陸委會通過「大陸地區專業人士來台從事專業活動邀請單位及應備具之申請文件表」，放寬大陸地區產業科技人士來台。
民國九十二年八月十三日至十四日(2003.8.13-14)
陳總統與媒體主管進行「看見台灣進步之旅」時首度提出「兩岸直航三階段」主張，包括準備、協商、實現三個階段，並強調政府在處理兩岸事務的態度是「立場堅定，務實前進」。
民國九十二年八月十五日(2003.8.15)
行政院公布「兩岸『直航』之影響評估」。陸委會主委蔡英文在行政院公布兩岸直航之影響評估報告記者會上表示，兩岸主權爭議並非短時間內可以解決，直航是短、中期必須進行的作業，兩岸政府有義務找出可以協商的模式，我方將在堅持主權的前提下，注入協商彈性及民間參與可能性，如果中共願意，兩岸可立刻展開直航談判。
民國九十二年八月廿七日(2003.8.27)
陳水扁總統接見美國兩岸問題學者專家訪問團，就台灣國家主權、公民投票、兩岸直航議題發表看法，總統強調，在兩岸協商前，將積極推動兩岸貨運便捷化，以作為兩岸直航協商的準備。
民國九十二年八月廿七日(2003.8.27)
行政院游院長在行政院院會再度呼籲對岸，不應以政治理由杯葛，儘速與我針對防範偷渡、打擊海上犯罪與潛返偷渡客議題展開協商。
民國九十二年九月二日(2003.9.2)
行政院大陸委員會就有關加註「台灣」的中華民國新版護照發表聲明指出，兩岸及台港人民的往來申請及入境程序，長久以來已有一定運作模式與使用文件，新版護照對台港兩地的民間交流不致造成影響。
民國九十二年九月十日(2003.9.10)
行政院大陸委員會公布「航空貨運便捷化」措施。
民國九十二年九月十六日(2003.9.16)
陳水扁總統參加九十二年大陸台商協會負責人秋節座談聯誼活動致詞時公開呼籲，希望海峽對岸能以台商權益及競爭力為優先考量，讓「間接貨運包機」順利啟航，為將來兩岸的直航創造更有利的條件。
民國九十二年九月十九日(2003.9.19)
交通部公布「國籍航空公司申請飛航大陸間接貨運包機作業程序」。
民國九十二年九月廿五日(2003.9.25)
行政院日前宣布實施兩岸航空貨運便捷措施，自即日起開放由台灣航空業者先飛的間接貨運包機。在兩岸尚未協商直航前，及不違反現行兩岸航空貨運政策架構下，推動「單向」、「有限度」、「間接」貨運包機。
民國九十二年十月六日(2003.10.6)
陳水扁總統接受美國華盛頓郵報專訪時重申「我們要走自己的路，走自己的台灣路」，不能再被視為中國的一部分。所謂「一個中國」就是「一國兩制」，「一中各表」或「一中屋頂」都是將台灣地方化、邊緣化及矮化。
民國九十二年十月九日(2003.10.9)
立法院三讀通過「兩岸人民關係條例」條文條正案。此修正案原條數一百零二條，本次共修正八十三條，修正後總條數計一百三十二條，修正幅度超過百分之八十。
民國九十二年十月九日(2003.10.9)
立法院三讀通過兩岸人民關係條例修正案，陸委會發佈新聞稿說明本次修法最大幅度的調整，在建立兩岸社會、文教及經貿交流可長可久的新秩序，進而引導兩岸關係逐步邁向正常化的前提下，就兩岸協商、人員往來、兩岸通航、經貿交流及文教交流等事項，均進行整體性之檢討及調整，以建構「合理開放」、「有效管理」及「落實執行」的法律新機制。
民國九十二年十月十日(2003.10.10)
陳水扁總統參加九十二年國慶大會致詞表示，兩岸之間永遠存在「合作之門」、「和平之門」。要打開「合作之門」，就應該放下所謂「一個中國」、「一國兩制」的政治框架。要打開「和平之門」，更應該放棄對台灣人民的武力威脅和國際打壓。
民國九十二年十月十七日(2003.10.17)
陳水扁總統接見美國在台協會理事主席夏馨時重申，只要中共無意對台灣動武，他保證在其任期之內絕對會做到四不一沒有，到目前為止沒有改變，公投的推動或者公元二千零六年台灣人民共同催生台灣新憲法，都不會牴觸五二零的四不一沒有政策主張。
民國九十二年十月廿二日(2003.10.22)
陳水扁總統參加全國商業總會大會致詞時表示，政府仍將維持穩健的兩岸政策，營造兩岸穩定互動的架構。
民國九十二年十月廿三日(2003.10.23)
陸委會主委蔡英文在「中紐暨紐中經濟協進會聯席會議」專題演講強調，關於兩岸直航，政府則會全力推動過渡期的準備工作，但不能急於談判，否則將喪失優勢。
民國九十二年十月廿七日(2003.10.27)
針對中共當局直接批評我元首，陸委會發佈聲明稿，重申我方在對等的立場上升展兩岸關係的誠意仍然一貫。只要中共當局能多一分務實與信任，少一分猜忌與泛政治化，兩岸關係會有更大的良性互動空間。
民國九十二年十月廿九日(2003.10.29)
陸委會發佈新聞稿指出，中共當局對陳水扁總統出國訪問的各項行程擅作無理評論，是粗暴地干預中華民國對外關係，再一次破壞兩岸和諧氣氛。陸委會再次呼籲，中共當局應秉持相互尊重、互不干涉內政的態度，以免傷害兩岸關係。
民國九十二年十月卅一日(2003.10.31)
陳水扁總統在接受「今日美國報」專訪時指出，解開兩岸關係僵局的球「一直在中國那一邊」。台灣是主權獨立的國家，不屬於中華人民共和國，中共片面設定「一個中國原則」框架，企圖強加於台灣，將台灣矮化、地方化、邊緣化的做法，台灣無法接受。
民國九十二年十一月一日(2003.11.1)
陳水扁總統在紐約接受國際人權獎並發表演說指出，台灣憲政制度不足是催生台灣新憲主要思維，強調公投不涉「四不一沒有」，更不應將攸關台灣未來憲政發展與落實「國民主權」的重要課題窄化成政治性的「統獨」爭辯。
民國九十二年十一月二日(2003.11.2)
陳水扁總統在巴拿馬參加該國獨立建國一百週年紀念活動之際，接受新聞媒體專訪，強調中華民國是主權獨立的國家，絕對不是其他國家的一部份，因此中華民國拒絕一國兩制。
民國九十二年十一月十二日(2003.11.12)
陳水扁總統接見美國布魯金斯研究院訪問團時表示希望在2006年12月10日世界人權日，能有機會行使公投催生台灣新憲法；並表示不論是台海兩岸「一邊一國」、推動公民投票、催生新憲法，這些都是台灣民主改革、憲政改革的一部份，無涉「四不一沒有」，也不能窄化為所謂的「統獨爭議」。
民國九十二年十一月十二日(2003.11.12)
針對中共國台辦在例行記者會中對我總統出訪過境美國再度以歪曲方式進行無理評論，陸委會重申，中共此舉是在激化兩岸情緒、傷害台灣人民感情，陸委會除表示強烈遺憾外，也呼籲中共當局能立即停止錯誤的行為。
民國九十二年十一月十七日(2003.11.17)
針對中共國台辦負責人就我政府推動「公投立法」發表無理評論，陸委會呼籲中共當局勿干涉台灣內政，並強調中共恣意批評我方元首，不僅無助正確理解台灣民意與人心，更無助兩岸關係的和諧與安定。
民國九十二年十一月廿日(2003.11.20)
陳水扁總統接見92年僑務委員時重申仍要堅持「由下而上、不預設前提、全民公投決定」三個民主原則，繼續深化台灣的民主。並再次強調，我們絕對無法接受海峽對岸的中共，將這個民主的時程與目標，曲解或窄化成所謂的統獨議題。
民國九十二年十一月廿日(2003.11.20)
陳總統出席第四屆工業永續精銳獎表揚大會，在致詞時重申，兩岸之間和平與善意的大門，必須靠兩岸人民共同來開啟，絕對不可能以犧牲台灣人民的尊嚴與福祉，來換取兩岸更進一步的交流與往來。
民國九十二年十一月廿一日(2003.11.21)
行政院長游錫(方方土)正式宣布，大陸台商明年春節返台模式，將比照今年春節包機模式，以及金馬小三通的方式返台，而政府也考量讓大陸航空公司參與包機業務，並在兩岸協商同意下，開放兩岸雙向對飛。
民國九十二年十一月廿五日(2003.11.25)
行政院大陸委員會主任委員蔡英文應邀赴考試院以「兩岸關係與大陸政策」為題做專題演講指出，台灣對大陸政策主張，最重要思考是堅持中華民國主權與自主。唯有在主權、對等、和平基礎上，兩岸關係發展才能正常化。
民國九十二年十一月廿六日(2003.11.26)
行政院大陸委員會發布新聞稿，針對中共國台辦發言人就台灣「公投立法」發表言論表示遺憾，並再度重申，中華民國的大陸政策基本立場並未改變，而中共當局應該秉持相互尊重的態度，不干涉台灣民主化的過程，以維護兩岸關係的和諧。
民國九十二年十一月廿七日(2003.11.27)
立法院通過「公民投票法」。
民國九十二年十一月廿七日(2003.11.27)
陸委會主委蔡英文應邀在臺北市進出口商業同業公會發表專題演說時表示，大陸當局不要將台灣民主化的發展，扭曲窄化為統獨問題，甚至片面的劃定所謂的「紅線」，造成兩岸關係不必要的摩擦及風險。並期待大陸方面作出正面回應，讓明年春節間接包機能在兩岸良性互動下順利啟航。
民國九十二年十一月卅日(2003.11.30)
陳水扁總統表示，中共在六百公里範圍內部署四百九十六枚導彈，並隨時演習攻打台灣，這是進行式外力威脅，為確保台灣主權、人民安全、明年三月廿日將進行防禦性公投。
民國九十二年十二月一日(2003.12.1)
陸委會主委蔡英文指出，防禦性公投是台灣民主力量的一種展現，不應該被認為具有挑釁性；大陸在面對台灣民主發展時，應該對台灣人民的想法與期望有更深刻的觀察與認識，不要片面的設限或作出非理性的反應，造成兩岸關係不必要的摩擦與風險。
民國九十二年十二月四日(2003.12.4)
陳水扁總統接見美國聯邦參議員賓格曼時表示，多數台灣人民的想法是「要和平、反飛彈」，「防衛性公投」的行使是為了要維護現狀，是為了避免現狀被改變，不但無涉統獨爭議，也不違背「四不一沒有」政策，台灣民主的深化及鞏固，是為追求台海永久和平及亞太地區的安全與穩定。
民國九十二年十二月五日(2003.12.5)
陳水扁總統接受紐約時報專訪時，宣布防衛性公投題目為：「兩千三百萬的台灣人民堅定地要求中華人民共和國能夠立即撤除對台飛彈，以及宣示不再對台灣使用武力」。並強調若中國領導人有善意回應，同意立即撤除對台飛彈，並立即宣示不再對台灣動武，我們可以停止舉行明年三二○的防衛性公投。
民國九十二年十二月八日(2003.12.8)
針對中共總理溫家寶會見安南的談話，行政院陸委會回應強調，中共口口聲聲表示不放棄和平解決兩岸問題，卻持續在大陸沿海加強包括飛彈在內的各項針對性軍事部署，這是對台海穩定情勢的嚴重威脅，更將使兩岸關係良性發展遭遇重大困難。並呼籲中共當局正確理解民主真義，不應以扭曲的態度、偏差的視野來看待我們政府和台灣人民推動民主化的努力。
民國九十二年十二月十日(2003.12.10)
陳水扁總統接見美國聯邦眾議員柏頓，就「布溫會」發表三點看法，呼籲國際社會不要把中國武力威脅、飛彈部署視為理所當然，不能將台灣人民對民主深化、和平維護意志與努力及對飛彈威脅感到憂心，視為挑釁，什麼是民主、和平、威脅、挑釁，絕對不是北京當局所能片面決定。
民國九十二年十二月十一日(2003.12.11)
行政院陸委會主委蔡英文在「中國崛起之再省思：現實與認知」美日台國際研討會演講時指出，中共四百九十六枚對台飛彈部署以及中國大陸近來刻意扭曲台灣領導人及人民倡議憲政改革與公民投票以深化民主的意向，已構成台灣人民展現自由意志以及台灣民主進程的重大障礙。
民國九十二年十二月十五日(2003.12.15)
陳水扁總統接受英國「金融時報」專訪，就防衛性公投議題強調，美國布希總統關切的是台灣現狀會不會被改變，而政府也一再重申無意改變現狀，公投是要進一步捍衛台灣現狀，避免台灣現狀被改變。
民國九十二年十二月十七日(2003.12.17)
中共國台辦有關三通的說法，陸委會希望大陸方面能夠以務實的態度排除兩岸協商的障礙，以促成直航及三通的順利啟動，不要再假借「一個中國」為詞來杯葛兩岸兩會的協商。
民國九十二年十二月廿六日(2003.12.26)
陳水扁總統召開「總統經濟顧問小組」會議重申，我方願意大幅開放大陸人士來台觀光，呼籲對岸善意回應。
民國九十二年十二月廿九日(2003.12.29)
行政院長游錫(方方土)在年終記者會上表示，政府願意繼續辦理春節包機，甚至歡迎雙向和增加航點，因牽涉到兩岸行政權，一定要協商，但對岸沒有協商意願，使得包機無法實施，令人遺憾。
民國九十二年十二月卅一日(2003.12.31)
陳水扁總統發表年終談話，呼籲對岸的北京當局，公開放棄武力的威脅、撤除針對性的飛彈部署，否則，再多的鄉愁、再多的柔性訴求也無法拉近台灣人民的心。
民國九十二年十二月卅一日(2003.12.31)
陸委會對中共國台辦例行記者會再度惡意批評及污衊我國元首發布新聞稿表示遺憾，此舉反映出大陸當局缺乏民主素養，無意維護兩岸和諧的關係。並再次呼籲大陸當局，應冷靜並深入瞭解台灣民主的內涵，立即停止激化兩岸情緒，恫嚇、傷害台灣人民感情的不理性作為，才能讓兩岸關係回復正軌。
民國九十二年十二月卅一日(2003.12.31)
「行政院核定兩岸條例修正條文施行日期，暨修正發布兩岸條例 施行細則」，採取二階段處理方式。第一階段是自九十二年十二月三十一日施行，包括具急迫性宜儘速施行的修正條文，如第十六條、第十八條、第二十一條、第二十二條之一、第三十四條、第七十九條及第八十九條、以及兩岸條例修正案中未修正之條文（共計四十七條）；其餘修正條文包括兩岸人員往來與整體入出境制度、大陸配偶相關配套及執行、兩岸協商新機制的建置規劃等，自九十三年三月一日施行。