行政院大陸委員會指出：
一、兩岸問題的本質在於中國以僵化的「一個中國原則」做為處理兩岸交流與互動的原則，在此一原則下，兩岸關係只是中國的「國內事務」，兩岸對話與協商也只能在中共所設置的政治框架下才能進行。馬先生主張在「九二共識」的基礎上來簽訂和平協議、建立軍事互信機制，並進行協商，除非能明確讓中國當局公開表明「九二共識」與他的一中原則完全無涉，否則正好落入中國「一中」的圈套，自我貶抑，必將嚴重損及台灣2300萬人民的利益及台灣的主體性。
二、兩岸間包括直航或進一步經貿合作等議題，應在不設任何政治前提的情況下透過兩岸政府間的對話與協商，才能確保我方人民的福祉與權益。兩岸關係正常化是我政府一貫的主張，針對相關的議題，政府部門也都有完整的規劃，任何議題都可以透過正式的協商來具體推動。馬先生以喊價的方式，對兩岸經貿交流提出的主張，卻沒有可行性的評估，以及如何落實的規劃和說明，因此，只是一種競選的手法，並不是保證可以兌現的。
資料來源：陸委會網站，民國96年6月4日