行政院大陸委員會指出：
一、從「台企聯」組成過程及相關人事安排，該組織雖宣稱係為服務台商及聯誼性質，但卻具有強烈統戰意味，是否能維持單純化及自主性，應持續觀察。
二、「台企聯」的組成及人事安排明顯有「國台辦」色彩及大陸官方的一定介入，陸委會及相關機關將持續關注及了解「台企聯」之運作，將來若該組織已非代表台商的自主意志或朝向對台統戰的發展傾向，政府將依法採取必要的處置措施。
三、政府對大陸台商的處境及遭遇的各種困難，一直保持高度關心，並透過各種可行方式提供台商必要的協助及服務，我們呼籲中共當局應該給予廣大台商自由結社及自主運作的空間，而非以政治操作影響台商的組織。我們也希望中共當局不要迴避與我政府部門的互動，透過雙方協商來處理解決台商在大陸所遭遇的各種困難及問題。
資料來源：陸委會網站，民國96年4月14日