行政院大陸委員會指出，陳總統元旦文告中提出應尊重台灣人民對國家未來前途及兩岸關係發展選擇權的宣示，是基於「主權在民」的基本原則，也符合民主政治的核心價值，任何非理性的惡意批判，都凸顯缺乏民主的基本素養，也漠視台灣主流民意的趨勢。
陸委會指出，陳總統元旦文告中強調，台灣歷經20多年來的民主深化過程，已逐步建構台灣人民對於國家認同及台灣主體意識的成長，包括中國大陸與國際社會都應該予以尊重。陸委會強調，北京當局應該理性、務實理解台灣民主發展的真實情況，才能制定和推動利人利己、兩岸雙贏的政策。
陸委會也強調，我政府兩岸政策始終是以追求台海和平穩定為最高目標，維護台灣主體性以及尊重2300萬台灣人民對未來前途最終的選擇權，以維護台灣民主、自由、和平的現狀不被片面改變。在此一前提之下，我們仍將持續推動兩岸既有的交流，尋求恢復兩岸正常的對話與協商，並開創台灣永續發展。
資料來源：陸委會網站，民國96年1月2日