陸委會在新聞稿中指出，兩岸農業交流仍應透過雙方主管部門間的聯繫與互動，循序推動，才能真正對兩岸各自的農業發展有實質的幫助。中共當局將兩岸農業交流當作政治操作的籌碼，利用此一議題做為有利於其推動對台工作的工具，對保障我方農民實質權益，推動兩岸交流的正常化發展，以及維護台灣整體的利益，將不會有正面的幫助。陸委會表示，「國、共兩岸農業合作論壇」為兩岸個別政黨間的交流活動，既是在政黨交流的框架內運作，該項活動是否會以維護我方農民實際利益為優先，國人應會有清楚的判斷。
陸委會表示，台灣農產品輸銷大陸及相關農業交流事宜，政府於去（94）年7月28日委託外貿協會作為聯繫及安排協商之窗口，但是因中共刻意迴避甚至予以抵制，兩岸協商一直無法順利展開，結果不僅農產品輸銷大陸所遭遇的問題無法根本解決；反而因為大陸仿冒台灣水果問題加劇，嚴重侵害到台灣農民的長短期利益。
再者，大陸方面積極推動兩岸農業合作試驗區及農民創業園，以優惠措施大量吸引我農民赴大陸投資，更加大台灣優良農業品種及先進技術非法流向大陸的隱憂。再加上，大陸對我農特產品智財權的侵權問題益形嚴重，兩岸農業交流對台灣的負面影響愈來愈明顯。是以，陸委會強調，為確保台灣農業及農民的利益，應該及早透過制度化協商來解決農業交流衍生的問題。陸委會呼籲大陸方面應尊重我方體制，及早與外貿協會聯繫安排協商事宜，也希望相關民間團體亦應敦促中共當局務實面對兩岸協商，才能真正為農民爭取應有的權益。
對於中共國台辦發言人指我政府刻意阻攔「國、共兩岸農業合作論壇」在台灣舉行，陸委會嚴正指出此一說法實為顛倒是非、混淆視聽。有關中共國台辦主任陳雲林有意申請入境台灣、參與「國、共兩岸農業合作論壇」一事，我政府先前即展現高度誠意，表示願秉持「事前磋商、相互尊重」的原則慎重考慮該案，並曾三度透過海基會去函海協會，迄今均未獲任何回應，中共當局此一不負責任、欠缺誠意的作為，才是真正扼殺了兩岸關係正常化的契機。
資料來源：陸委會網站，民國95年10月11日