針對陸委會宣布兩岸四項包機業務一事，行政院發言人鄭文燦表示，政府會秉持台灣的主體性、政策的主動性，以及政府的主導性的原則和前提循序漸進，非常穩健、負責地推動兩岸的交流，希望大家採取理性、冷靜的態度來討論兩岸關係，共同尋找出台灣最大的利益和朝野間的交集。
鄭文燦進一步說明，行政院認為政府必須很負責任的規劃兩岸的交流工作，也必須很穩健推動各項交流的進展，事實上只要兩岸能夠透過一定的政府授權程序，坐下來談，包括包機、貨運便捷化、觀光客來台等議題就會有很好的進展。
鄭文燦指出，國內有些政黨認為只要片面立法就能達成兩岸三通直航，但實際上不是台灣片面的立法就能夠促成兩岸的協商；行政院認為在維護國家主權的前提下，還是應該透過兩岸協商的談判，才能穩健地推動直航。他強調，片面立法既不能取代兩岸協商，也不能促成兩岸直航，這是很清楚的道理，希望國人共同支持政府來主導兩岸關係，由政府很負責任地規劃兩岸交流的政策，讓各項交流都很有秩序的推動。
鄭文燦並表示，蘇院長提到要以台灣的主體性、政策的主動性兩大原則來規劃兩岸關係，從這次四項專案包機業務也可看出在維護台灣利益的前提之下，只要對岸願意坐下來好好的談，兩岸協商必然有所進展，這對促進兩岸的和平穩定也會有所幫助的。
資料來源：行政院網站，民國95年6月15日