行政院大陸委員會鄭重指出，堅持台灣的主體性、維護台海的和平穩定是我政府一貫的立場，也是當前兩岸政策的核心精神。歷來各項民調也顯示，絕大多數台灣人民贊成在確保國家安全的前提下，發展正常的兩岸關係。政府最近公佈的國家安全報告主要即是在強調此一基本的思維，也和美、日等國的考量一致。國安報告同時也明確說明中共對台武力與非和平手段威脅日益嚴重的事實，讓國內外理解台灣政府與人民面臨的國家安全現狀，並且支持我政府以負責、務實的態度與作為來處理兩岸關係。中共國台辦今天針對該份報告的談話，顯示他們不敢面對兩岸關係的根本癥結，刻意掩飾其是製造台海局勢緊張和兩岸關係發展的最大障礙，也充分顯示中共對台政策僵化依舊，完全沒有展現出改善兩岸關係的具體誠意。
陸委會表示，兩岸直航是政府既定政策，政府在堅持維護國家主權、公權力運作，並考量國家整體利益、安全及民眾長期福祉的原則下，透過兩岸協商來解決。陸委會指出，雖然我方一直採取主動、穩健的態度推動，但由於中共方面一再迴避與拖延兩岸直航協商，使兩岸直航的進程遲緩，以致無法盡如各方之期望。但在直航尚未能有具體開展之前，政府在兩岸包機方面已經展現積極作為，也希望很快能有具體成果，讓兩岸的貨客包機可以朝向常態化的方向來發展。
陸委會再次強調，兩岸有關農業之議題，我政府已委託既定窗口，並已進行相當長時間的溝通聯繫，中共方面卻只見口頭宣傳，大張旗鼓地進行一些枝微末節而並無實質內涵的喊話，也不斷片面指定我國內組織與其協商，卻迴避我方的指定窗口，顯然意在透過製造我方內部矛盾的方式來剝奪政府的公權力。陸委會呼籲，中共方面若真有誠意，就應該尊重並儘速透過雙方各自指定之窗口，具體回應我方相關建議，積極展開兩岸相關議題協商的安排。這種具體而正面的回應，是兩岸人民和國際社會可以看得到、可以體會得到，而不需要再費盡心機招募不相干的人定期為轉移焦點而說三道四。
資料來源：陸委會網站，民國95年5月31日