總統於會中表示，基於主權在民之民主原則，基於中國持續以軍事威脅及《反分裂國家法》等非和平手段意圖片面改變台海現狀，國安高層會議綜合國安會所提報告建議及相關單位之討論共識，作成以下之決議：
「國家統一委員會」終止運作，不再編列預算，原負責業務人員歸建；《國家統一綱領》終止適用，並依程序送交行政院查照。
同時，為確保國家安全、提升人民福祉、維護區域和平穩定，我們也要公開宣示：
一、台灣感謝布希總統在2005年京都演說中明白表示，美國珍視與台灣之夥 伴關係，且讚揚台灣之民主繁榮。台灣亦感謝美國盼繼續就雙方互利之事項共同合作。
二、台灣無意改變現狀，也堅決反對以任何非和平手段造成此一現狀的改變，並感謝國際社會共同支持維護現狀。
三、「國統會」之終止運作及《國統綱領》之終止適用，不涉及現狀之改變，而是基於主權在民之民主原則；只要符合民主的原則，尊重兩千三百萬台灣人民自由意志的選擇，兩岸未來將發展任何形式的關係，我們都不排除；也堅持任何人不得為台灣人民的自由選擇預設前提或終極目標。
四、憲政改造工程之推動，必須要符合由下而上、由外而內、先民間後政黨之精神，依循現行憲法程序，最後仍需立法院四分之三之同意，以及人民公投複決。任何不符合此種程序的主權議題，不僅無益現狀的維持，也將不會被處理。
資料來源：總統府網站，民國95年2月27日