本會成立於民國八十年元月卅一日。依據本會組織條例之規定，職司統籌處理政府有關大陸事務，對省、市政府執行本會主管事務及對中介團體經政府授權處理兩岸交流事項，有指示及監督之責。九年多來，各項業務的推展，在各界關注與督促之下，已逐漸茁壯成長。
自民國七十六年十一月政府開放民眾赴大陸探親以來，兩岸從完全隔絕到民間頻繁往來，兩岸關係已較以往呈現完全不同的面貌。十二年來，我政府通過的文教、經貿、社會交流及港澳政策計有二百二十餘項具體措施，包括：放寬大陸地區人民來臺探親探病有關規定、開放大陸地區各類專業人士來臺從事專業活動，並設置單一窗口，簡化作業程序、開放臺灣地區民間對大陸地區學生捐贈獎助學金、放寬大陸地區人民在臺灣地區定居或居留數額、放寬兩岸貿易、投資、技術引進、從事商業行為的相關規定、設置境外航運中心等。為了因應去年十二月廿日澳門的治權移交，本會設立了澳門事務處，統籌處理未來台、澳間事務。
多年來，政府始終秉持既定的政策和原則，為促進雙方的瞭解與認識，克盡心力，期以誠意與善意來建構兩岸良性發展與互動。為了奠定兩岸對等的基礎，提昇對話的層次，進而建立長期穩定的兩岸互動機制，
李總統提出現階段兩岸關係是「特殊的國與國關係」定位主張。這項主張是基於維護國家利益與尊嚴的前提，從政治、歷史與法律的觀點，對既存事實作明確的說明。惟中共當局仍不願面對兩岸分治、互不隸屬的客觀事實。今（89）年二月，在我第十任總統選舉活動期間，刻意發表「一個中國的原則與臺灣問題」白皮書，片面窄化了「一個中國」的定義，並接續對我進行言詞恫嚇，企圖影響我國選舉。這些作為傷害了兩岸人民的情感，對兩岸關係也產生負面的影響。
面對新的世紀，新的內外環境，兩岸都應展現新的思惟，從「解決問題」的務實態度出發，以創造雙贏的兩岸關係。更期盼各界先進續予本會指導和支持，使政府大陸工作能夠走向更具建設性的道路。
主任委員 蘇起 謹識民國八十九年四月