壹、重大施政項目
一、 以「特殊國與國關係」定位，開展兩岸關係
李總統去（八十八）年七月九日在接受「德國之聲」專訪時，就「北京視臺灣為『叛離的一省』」提問時表示，兩岸關係的定位是「特殊的國與國關係」。這項務實、前瞻並且充分反映中華民國在臺灣二千二百萬人民心聲的主張，是為了奠定兩岸對等的基礎，以提昇對話的層次，進而建立民主和平的兩岸交往機制。
為進一步闡明 李總統的理念，本會於同年八月一日公布「對等、和平與雙贏-中華民國對『特殊國與國關係」的立場」說明書，擴大宣導活動。同時，為傳達我方整體理念，並積極向國際媒體說明，有助於國際社會瞭解我對兩岸關係定位的明確立場。
二、 委託設立論壇，結合網路資源，爭取輿論支持
本會委託民間學術機構成立論壇網站，以和平議題為切入，工作重點包括：舉辦學術研討會、建立重要網站聯結，籌建資料庫及具影響力之聯繫電子信箱及名錄等；期能整合國內有關大陸情勢、兩岸關係及國際關係研究資源，主動提供最新資訊和評論，進行網路文宣與學者聯繫工作，以匯集各方意見和傳達政府觀點，凸顯我政府對臺海和平之追求與在國際與區域扮演之角色。
三、 成立兩岸科技交流專案小組，推動多項科技交流方案
為妥善規劃兩岸科技交流，並使相關機關凝聚共識，八十八年一月奉行政院科技會報指示，由本會、經濟部、國科會及相關機關組成兩岸科技交流專案小組，專責規劃及推動兩岸科技交流事項。本年來已規劃及推動「現階段兩岸科技交流重點工作及具體作法」、「研究設立兩岸科技交流專責單位」及「加強延攬大陸科技人才具體作法」等重要方案，除已委請學術單位規劃辦理兩岸民生科技交流研討會外，亦將修訂相關法令，放寬大陸科技人士來臺之限制並簡化相關作業流程。
四、 精進兩岸資訊交流，增進兩岸認識與了解
(一) 獎助在大陸地區出版之臺灣著作，計單冊十二件，套書五部。
(二) 補助大陸地區人民出版學術著作，計八件。
(三) 每週定期更新「兩岸文教交流活動簡訊」網路資料，除供民眾查詢外，並鼓勵參與。
(四) 製作「臺灣精萃」ＶＣＤ節目帶，贈送大陸人士，以了解臺灣地區之風俗民情。
五、 確實瞭解民間團體動態，以利建立交流秩序
(一) 建立兩岸文教交流活動資料庫系統，內容涵蓋民間團體基本資料、兩岸文教交流活動調查、申請補助之交流活動資料等，以利瞭解民間團體動態及辦理交流活動之情形。
(二) 蒐集並整理兩岸文教交流所產生之問題，並提出解決之道，以提升文教交流品質。
(三) 加強與各相關部會的橫向溝通聯繫，並建立大陸專業人士來臺進行文教交流之異常活動即時通報機制，俾利就各種異常情況做適當處置。
(四) 每月定期寄送「大陸地區專業人士來臺從事文教交流活動簡訊」，確實瞭解大陸人士來臺實際情況。
(五) 加強訪視民間團體所辦交流活動，俾確實瞭解交流之實況。
六、 因應兩岸加入世界貿易組織新情勢，規劃兩岸經貿關係調整與因應方案
為因應兩岸加入世界貿易組織新情勢，除密切注意兩岸入會進展並加強蒐集相關資訊外，亦就兩岸加入世界貿易組織後兩岸關係可能發展和兩岸經貿關係可能調整架構，進行整合性規劃，以研擬兩岸中長期經貿政策與措施。
七、 進行兩岸農業交流整體政策規劃與協調推動
配合大陸經貿政策階段性目標，協調規劃及推動兩岸農業交流短、中、長期策略與具體作法；積極進行第二次「辜汪會晤」建設性對話相關準備工作，召開一系列座談會徵詢各界對於兩岸農業交流的看法與建議，進一步充實有關兩岸農業交流規劃方案。
八、 提升「陸委會臺商窗口」功能，擴大大陸臺商輔導及服務體系
(一) 「陸委會臺商窗口」自成立已來，逐步整合政府及民間資源，功能明顯提升，成效良好，並已成為政府與大陸投資廠商重要溝通管道。累計已提供廠商有關大陸投資實務與權益保障系列叢書逾十萬七千冊；提供諮詢服務近八千件、申訴服務六五一件；陸委會「大陸臺商全球資訊網」上網人次逾七萬二千人次；辦理臺商時間與廠商座談會共三三場；大陸臺商在地服務七九場；行前講習、人才培訓及研習活動共五０場。
(二) 舉辦「大陸投資風險研討會」，編撰「臺商大陸投資危機管理手冊」，並完成「大陸投資環境與區域風險評估」摘要報告，分送政府及民間相關單位參考，協助臺商因應大陸投資風險。
九、 研（修）訂兩岸關係法規，建立交流秩序
(一) 修正「臺灣地區與大陸地區人民關係條例」部分條文
本會基於人道、倫理與延攬大陸地區優秀人才來臺教學研究之考量，以及落實大陸配偶來臺「身分從嚴、生活從寬」循序漸進調整政策，有條件開放大陸配偶在臺停留期間從事工作，經本會邀請有關機關、團體開會研商，分別擬具「臺灣地區與大陸地區人民關係條例第十六條、第二十一條修正草案」及「臺灣地區與大陸地區人民關係條例第十七條之一修正草案」，提報本會委員會議討論通過後，業分別於八十八年五月二十日及八十八年十一月十六日函報行政院通過後送請立法院審議。
(二) 研（修）訂兩岸交流活動許可辦法
為規範兩岸交流秩序，本會賡續協調相關機關訂定發布「大陸地區人民及香港澳門居民強制出境處理辦法」；另修正「退除役官兵死亡無人繼承遺產管理辦法」、「臺灣地區人民進入大陸地區許可辦法」及「大陸地區人民在臺灣地區居留數額表」。今後仍將配合兩岸交流進程，繼續協調各主管機關擬訂相關法規，俾利兩岸能在法制化之基礎上正常發展與良性互動。
十、 累積兩岸刑事犯罪個案處理模式
(一) 自八十二年十月至八十八年九月止，大陸漁船擅入我外島限禁水域，為我國軍、水上警察等巡邏艦驅離之船隻共計五八二、０００餘艘次。其中又以金馬地區因地理位置較接近大陸沿海，故其驅離案件佔大多數。另外，自七十九年一月至八十八年十月，經向政府報案之大陸漁船與我作業漁船之漁事糾紛案件共計二四０件，經分析，其中我方漁船遭疑似大陸海盜船行搶案件共計三十六件，漁事糾紛衍生刑案計四十八件，我方漁船遭疑似大陸公務船舶攔檢騷擾案件計五十八件，單純作業絞網碰撞等糾紛案件計九十八件，均由本會協調海基會與大陸方面聯繫處理。
(二) 八十七年十月二十八日大陸地區人民袁斌、徐梅夫婦，涉嫌利用駕駛中國民航ＣＡ９０５班機自北京飛往緬甸仰光途中，劫持該民航機降落桃園中正機場。本案經協調海基會與大陸方面聯繫，本於「人機分離」之處理模式，除袁斌夫婦留置臺灣進行相關偵審程序外，其餘機員及乘客原機遣返，於當日經由香港返回大陸地區。袁斌、徐梅夫婦二人於八十八年四月一日經司法機關分處以不同之刑責，徐梅依違反國家安全法判處有期徒刑六個月，緩刑二年；袁斌則於八十八年八月十日依刑法妨害自由及違反國家安全法非法入境之規定判處有期徒刑十個月，經高院判決確定。
(三) 近年我國遠洋漁船僱用大陸地區漁工上船工作情形日漸普遍，近一年來「裕豐六十七號」、「鵬吉志七號」、「順美號」、「振傑六十六號」等於海外作業時，先後發生兩岸人民間喋血案件，由於事涉兩岸人民權益及我國司法管轄事宜，本會主動召集外交部、法務部、刑事警察局、漁業署、海基會等單位協調後續處理事宜，依案件個別狀況分別研商後續處理方向，以統合各機關步調並爭取處理時效。本會並於「防制兩岸犯罪聯繫工作會」決議建立相關機關聯繫協調機制，及建立近年來我國遠洋漁船海上喋血案件處理情形有關資料，期使相關機關及駐外單位於日後處理類似案件時，有所依循及參考。
十一、 成立本會澳門事務處
民國八十八年十二月二十日起，澳門已成為中共之特別行政區，為因應其地位之轉變，我方「香港澳門關係條例」暨相關辦法中有關澳門部分已於同日施行，行政院並核定本會澳門事務處亦於同日正式成立，將各機關駐澳門單位納入，以統籌處理澳門事務。事務處在當地之對外名稱為「臺北經濟文化中心」，其業務包括服務、聯絡及問題研究、文書認證等事項。
未來該處功能將予以擴大，以加強臺澳之交流往來，提升服務效率。
十二、 因應澳門地位轉變，研擬相關文宣
因應「九九」澳門地位之轉變，本會研擬並發表政府對澳門治權移轉一事之觀點，俾加強反制大陸在海內外之統戰。此外，亦於八十八年十二月二十日發布反駁江澤民在澳門移交典禮中關於「一國兩制」談話之新聞稿，以重申我方不接受「一國兩制」之立場，以正國際視聽。
十三、 設置「Dear Friend」信箱、發行英文新聞簡訊，傳達本會大陸政策
為向國際傳達我大陸政策，強化國際傳播效果，爭取國際社會支持。