兩岸兩會於99年12月21日簽署「海峽兩岸醫藥衛生合作協議」。
效益：由兩岸衛生主管機關建立制度化的合作機制，有效管控兩岸交流日益深化後可能衍生的醫藥衛生風險，依據協議規定，兩岸已建立平時及重大疫情資訊交換及通報機制，我方得以即時掌握中國大陸疫情資訊，將更有效維護民眾之健康安全；對於兩岸醫藥品的安全管理協處機制，雙方將依照國際間公認安全管理之規範建立相關品質安全管理機制，確保兩岸醫藥品的品質，以及推動雙方新藥臨床試驗合作；並針對中國大陸輸入中藥材進行源頭管理，以保障消費者使用進口中藥材的安全；同時，對於國人在中國大陸發生重大意外事故，即時提供緊急救治措施之協助，使國人生命健康更有保障。